DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2024.29.32.2400486
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39119722
تاريخ النشر: 2024-08-08
المؤلف: Leonard Schuele وآخرون
الموضوع الرئيسي: أبحاث فيروس الجدري وتفشيه
نظرة عامة
تركز الأبحاث على فيروس جدري القرود (MPXV)، وهو مسبّب مرض حيواني ناشئ ذو ملف وبائي معقد يتطلب طرق تشخيص سريعة للتفريق بين فصائله وفصائل فرعية. ومن الجدير بالذكر أن الفصيلة الفرعية الجديدة المعروفة باسم Clade Ib تفتقر إلى منطقة جينومية محددة تستهدفها الاختبارات الحالية من مراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها (CDC) لفصيلة I. استجابةً لذلك، طور المؤلفون اختبار PCR في الوقت الحقيقي مصمم خصيصًا للكشف عن Clade Ib، مما يظهر حساسية وخصوصية عالية عبر 92 عينة. يمكن دمج هذا الاختبار مع اختبارات أخرى تعتمد على TaqMan للكشف الشامل عن MPXV والتفريق بين الفصائل.
في الختام، أدى تحديد سلالة فرعية جديدة من فصيلة I MPXV في جنوب كيفو، إلى جانب الحذف الذي يؤثر على اختبارات التصنيف القياسية، إلى إنشاء هذا الاختبار الجديد الخاص بـ Clade Ib. هذه الأداة ضرورية للتعيين السريع للفصائل الفرعية وستعزز فهم ديناميات الانتقال والانتشار الجغرافي لتفشي Clade Ib بالنسبة إلى سلالات MPXV الأخرى المنتشرة.
نقاش
في هذه الدراسة، تم تطوير اختبار PCR في الوقت الحقيقي جديد (dD14-16) للكشف عن Clade Ib الجديدة من فيروس جدري القرود (MPXV)، والتي تقدم تحديات بسبب تشابه تسلسلها العالي مع فصيلة I وفصيلة II MPXV. يستهدف الاختبار مناطق جينومية محددة تتميز بالإدخالات والحذوفات، مما يسمح بالتفريق الفعال بين الفصائل. أظهرت عملية التحقق من صحة الاختبار حد الكشف (LOD) يبلغ 6.6 نسخ/جينة لفصيلة Ib، وهو ما يعادل الاختبارات الحالية لفصيلة I وفصيلة II. تم تطبيق الاختبار بنجاح على 92 عينة من حالات مشبوهة لجدري القرود في جمهورية الكونغو الديمقراطية، مما أكد 82 عينة على أنها إيجابية لفصيلة Ib.
تؤكد النتائج على فائدة اختبار dD14-16 في مراقبة تفشي MPXV والتفريق بين الفصائل، خاصة في ضوء الظهور الأخير لفصيلة Ib. بينما أظهر الاختبار متانة، تضمنت القيود عدم القدرة على تكرار النتائج بسبب نقص DNA MPXV وغياب DNA فصيلة I لاختبار الخصوصية. قد تركز الأعمال المستقبلية على استهداف متعددة ضمن اختبار واحد لتعزيز الكفاءة والتحقيق بشكل أكبر في ديناميات تفشي Clade Ib في شرق جمهورية الكونغو الديمقراطية. بشكل عام، يمثل هذا الاختبار تقدمًا كبيرًا في التعرف السريع ومراقبة فصائل MPXV، مما يساهم في استجابة الصحة العامة لتفشي المرض المستمر.
DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2024.29.32.2400486
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39119722
Publication Date: 2024-08-08
Author(s): Leonard Schuele et al.
Primary Topic: Poxvirus research and outbreaks
Overview
The research focuses on the Monkeypox virus (MPXV), an emerging zoonotic pathogen with a complex epidemiological profile that necessitates rapid diagnostic methods to differentiate between its clades and subclades. Notably, the newly identified Clade Ib lacks a specific genomic region targeted by existing assays from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) for Clade I. In response, the authors developed a real-time PCR assay specifically designed to detect Clade Ib, demonstrating high sensitivity and specificity across 92 samples. This assay can be integrated with other TaqMan-based assays for comprehensive MPXV detection and clade differentiation.
In conclusion, the identification of a novel sublineage of Clade I MPXV in South Kivu, along with the deletion affecting standard typing assays, prompted the creation of this new Clade Ib-specific real-time PCR assay. This tool is crucial for rapid subclade assignment and will enhance understanding of the transmission dynamics and geographical spread of the Clade Ib outbreak in relation to other circulating MPXV strains.
Discussion
In this study, a novel real-time PCR assay (dD14-16) was developed to detect the newly identified Clade Ib of the monkeypox virus (MPXV), which presents challenges due to its high sequence similarity with Clade I and Clade II MPXV. The assay targets specific genomic regions characterized by insertions and deletions, allowing for effective differentiation between clades. Validation of the assay demonstrated a limit of detection (LOD) of 6.6 copies/genome for Clade Ib, which is comparable to existing assays for Clade I and Clade II. The assay was successfully applied to 92 samples from suspected mpox cases in the Democratic Republic of the Congo, confirming 82 samples as Clade Ib positive.
The findings underscore the utility of the dD14-16 assay in monitoring MPXV outbreaks and distinguishing between clades, particularly in light of the recent emergence of Clade Ib. While the assay showed robustness, limitations included the inability to replicate results due to insufficient MPXV DNA and the lack of Clade I DNA for specificity testing. Future work may focus on multiplexing targets within a single assay to enhance efficiency and further investigate the outbreak dynamics of Clade Ib in eastern DRC. Overall, this assay represents a significant advancement in the rapid identification and monitoring of MPXV clades, contributing to public health responses to the ongoing outbreak.