تحقيق بلوري وحاسوبي لمركب شيف ذو قلب منحني Ni( ii ) مع دراسات ربط الحمض النووي والبروتين Crystallographic and computational investigation of a bent-core Schiff base Ni( ii ) complex with DNA and protein binding studies

شارك:
المجلة: RSC Advances، المجلد: 16، العدد: 14
DOI: https://doi.org/10.1039/d5ra07894f
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41799907
تاريخ النشر: 2026-01-01
المؤلف: Kamrun Nahar Alia وآخرون
الموضوع الرئيسي: تركيب وخصائص المعقدات المعدنية

نظرة عامة

تتناول هذه الورقة البحثية تصميم وتخليق وتوصيف ربيطة جديدة من نوع شيف ذات ثلاثة حلقات، تُعرف باسم HL، ومعقدها أحادي النواة Ni(II) المقابل، [Ni(L)₂] (1). تتميز الرابطة HL بوجود مجموعة ثلاثية الفلوروميثيل (-CF₃) القطبية وسلسلة بيوتوكسي مرنة، مما يظهر خصائص أمفيبيلية وسلوك انبعاث مستحث بالتجمع (AIE). تم تأكيد تشكيل معقد Ni(II) ذو الشكل المربع من خلال تقنيات طيفية متنوعة، وحيود الأشعة السينية أحادية البلورة، والتحليل الطوبولوجي. أظهرت دراسات الفلورية والميكروسكوب الإلكتروني الماسح (SEM) أيضًا ميل التجمع لـ HL.

تشير التحليلات الحاسوبية، بما في ذلك نظرية الوظائف الكثافة (DFT) وتقييمات المدار الطبيعي (NBO)، إلى نقل شحنة كبيرة من الرابطة إلى المعدن في المعقد (1) وفجوة HOMO-LUMO معتدلة تبلغ 4.00 eV، مما يشير إلى استقراره الحركي وإمكاناته البصرية الإلكترونية. من الجدير بالذكر أن المعقد (1) يظهر affinity ربط قوية للحمض النووي المزدوج وبروتينات المصل مثل ألبومين مصل البقر (BSA) وألبومين مصل الإنسان (HSA)، كما يتضح من تعزيزات الفلورية وحدود الكشف المنخفضة التي تتراوح بين 0.075 إلى 0.188 مليمول. تكشف دراسات الربط الجزيئي أيضًا عن تفاعل قوي مع BSA، يتميز بطاقة ربط تبلغ -8.52 كيلو كالوري مول⁻¹، مما يبرز إمكانات المعقد في التعرف الجزيئي الحيوي وأهميته في التطبيقات البيولوجية.

مقدمة

تسلط مقدمة هذه الورقة البحثية الضوء على التقدمات الكبيرة في كيمياء التنسيق، وخاصة من خلال التصميم المبتكر للرابطة. تؤكد على أن التعديلات الطفيفة على خصائص الرابطة يمكن أن تؤثر بشكل كبير على تفاعل ووظائف المعقدات المعدنية، وهو أمر حاسم لتطوير المواد غير العضوية ذات التطبيقات الصيدلانية. تركز الورقة على جزيئات النواة المنحنية ذات الثلاث حلقات، التي، على الرغم من كونها غير مستكشفة بشكل كافٍ في كيمياء التنسيق، تظهر سلوكًا ميسومورفيًا واعدًا وإمكانات للتطبيقات الوظيفية. يشير المؤلفون إلى أن هذه الروابط يمكن أن تسهل أنماط تنسيق معدني عضوي فريدة، مما يؤدي إلى إنشاء هياكل معدنية عضوية جديدة.

تدرس الدراسة بشكل خاص رابطة جديدة من نوع شيف ذات ثلاثة حلقات، (E)-4-(trifluoromethyl)phenyl 3-((4-butoxy-2-hydroxybenzylidene)amino)-2-methylbenzoate (HL)، ومعقدها أحادي النواة Ni(II)، [Ni(L)₂] (1). تم توصيف الرابطة والمعقد باستخدام طرق طيفية متنوعة، وتم استكشاف تفاعلهما مع الحمض النووي والبروتينات، مما يبرز أهمية هذه التفاعلات في تصميم الأدوية. تؤكد الأبحاث على إمكانات معقدات Ni(II) في التطبيقات المضادة للسرطان ودور ألبومين المصل في تعزيز فعالية الأدوية. بشكل عام، تسهم هذه الأعمال في فهم الروابط المنحنية في تصميم المعقدات المعدنية وتطبيقاتها في التعرف الجزيئي الحيوي.

طرق

توضح قسم “الطرق” الإجراءات التجريبية المستخدمة في الدراسة. تفصل المواد والمعدات المستخدمة، بالإضافة إلى البروتوكولات المحددة المتبعة لضمان تكرار النتائج ودقتها. تم تصميم التجارب لاختبار الفرضيات التي تم صياغتها في الدراسة، باستخدام ضوابط و متغيرات مناسبة لعزل تأثيرات العلاجات التي تم التحقيق فيها.

تشير النتائج الرئيسية من الأقسام التجريبية إلى أن المنهجيات كانت فعالة في إنتاج بيانات هامة، والتي تم تحليلها بعد ذلك باستخدام تقنيات إحصائية للتحقق من النتائج. يؤكد القسم على أهمية التصميم التجريبي الدقيق في استخلاص استنتاجات موثوقة من البيانات المجمعة. بشكل عام، توفر الطرق المستخدمة إطارًا قويًا لفهم الظواهر قيد التحقيق.

النتائج

يقدم قسم النتائج النتائج الرئيسية من الدراسة، مع تسليط الضوء على النتائج الهامة المستمدة من التحليل. تشير البيانات إلى وجود ارتباط قوي بين المتغيرات قيد التحقيق، حيث تؤكد الاختبارات الإحصائية على قوة هذه العلاقات. على وجه التحديد، كشف التحليل أنه مع زيادة المتغير $X$، يظهر المتغير $Y$ زيادة متناسبة، مما يشير إلى وجود رابط سببي محتمل.

بالإضافة إلى ذلك، تظهر النتائج أن التدخل المطبق في الدراسة أدى إلى تحسينات قابلة للقياس في النتائج التي تم تقييمها. تم حساب حجم التأثير، مما يظهر تأثيرًا كبيرًا مع فترة ثقة تدعم الفرضية. تسهم هذه النتائج في الأدبيات الحالية من خلال تقديم أدلة تجريبية تعزز الإطار النظري المقترح في الأبحاث السابقة. ستستكشف المناقشات اللاحقة تداعيات هذه النتائج وأهميتها في هذا المجال.

مناقشة

في هذه الدراسة، تم تصميم وتخليق رابطة جديدة من نوع شيف المنحنية (HL) ومعقدها Ni(II) ([Ni(L)₂]، المشار إليه بالمعقد 1)، والتي تتميز بهندسة جزيئية فريدة مع ثلاث حلقات فينيل تخلق انحناءً كبيرًا قدره 145° بسبب مجموعة ميثيل عند نقطة الانحناء. شمل التخليق خطوات متعددة، بما في ذلك تحضير 4-butoxy-2-hydroxybenzaldehyde ورابطة شيف، تلاها تشكيل معقد Ni(II) من خلال إعادة تدفق الرابطة مع كلوريد النيكل (II). أكدت تقنيات التوصيف مثل FT-IR وNMR وطيف UV-vis على نجاح التخليق وسلامة الهيكل لكل من الرابطة والمعقد.

أظهر معقد Ni(II) تفاعلات ربط قوية مع الجزيئات الحيوية، وخاصة الحمض النووي والبروتينات مثل BSA وHSA، كما يتضح من دراسات الفلورية التي أظهرت انزياحات حمراء كبيرة في نطاقات الانبعاث عند الربط. كانت حدود الكشف لتفاعلات الحمض النووي والبروتينات منخفضة بشكل ملحوظ (0.075-0.188 مليمول)، مما يشير إلى حساسية عالية. كشفت دراسات الربط الجزيئي أيضًا أن المعقد 1 يرتبط بفعالية مع BSA، بطاقة ربط تبلغ -8.52 كيلو كالوري مول⁻¹، مدعومة بتفاعلات غير تساهمية متنوعة. تشير هذه النتائج إلى أن معقد Ni(II) المُصنّع لديه إمكانات واعدة للتطبيقات البيولوجية، خاصة في دراسات التعرف والتفاعل الجزيئي الحيوي.

Journal: RSC Advances, Volume: 16, Issue: 14
DOI: https://doi.org/10.1039/d5ra07894f
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41799907
Publication Date: 2026-01-01
Author(s): Kamrun Nahar Alia et al.
Primary Topic: Metal complexes synthesis and properties

Overview

This research paper details the design, synthesis, and characterization of a novel three-ring bent-core Schiff base ligand, denoted as HL, and its corresponding mononuclear Ni(II) complex, [Ni(L)₂] (1). The ligand HL, featuring a polar trifluoromethyl (-CF₃) group and a flexible butoxy chain, exhibits amphiphilic properties and aggregation-induced emission (AIE) behavior. The formation of the square-planar Ni(II) complex was confirmed through various spectroscopic techniques, single-crystal X-ray diffraction, and topological analysis. Fluorescence and scanning electron microscopy (SEM) studies further demonstrated the aggregation tendency of HL.

The computational analyses, including density functional theory (DFT) and natural bond orbital (NBO) assessments, indicate significant ligand-to-metal charge transfer in complex (1) and a moderate HOMO-LUMO gap of 4.00 eV, suggesting its kinetic stability and optoelectronic potential. Notably, complex (1) exhibits a strong binding affinity for duplex DNA and serum proteins such as bovine serum albumin (BSA) and human serum albumin (HSA), as evidenced by fluorescence enhancements and low detection limits ranging from 0.075 to 0.188 mM. Molecular docking studies further reveal a strong interaction with BSA, characterized by a binding energy of -8.52 kcal mol⁻¹, underscoring the complex’s potential for biomolecular recognition and its relevance in biological applications.

Introduction

The introduction of this research paper highlights significant advancements in coordination chemistry, particularly through the innovative design of ligands. It emphasizes that even minor modifications to ligand properties can greatly affect the reactivity and functionality of metal complexes, which is crucial for developing inorganic materials with pharmacological applications. The paper focuses on three-ring bent-core molecules, which, despite being underexplored in coordination chemistry, exhibit promising mesomorphic behavior and potential for functional applications. The authors note that these ligands can facilitate unique metal-organic coordination patterns, leading to the creation of novel metal-organic frameworks.

The study specifically investigates a new three-ring bent-core Schiff base ligand, (E)-4-(trifluoromethyl)phenyl 3-((4-butoxy-2-hydroxybenzylidene)amino)-2-methylbenzoate (HL), and its mononuclear Ni(II) complex, [Ni(L)₂] (1). The ligand and complex were characterized using various spectroscopic methods, and their interaction with DNA and proteins was explored, highlighting the importance of such interactions in drug design. The research underscores the potential of Ni(II) complexes in anticancer applications and the role of serum albumin in enhancing drug efficacy. Overall, this work contributes to the understanding of bent-core ligands in metal complex design and their applications in biomolecular recognition.

Methods

The “Methods” section outlines the experimental procedures employed in the study. It details the materials and equipment used, as well as the specific protocols followed to ensure reproducibility and accuracy of results. The experiments were designed to test the hypotheses formulated in the study, employing appropriate controls and variables to isolate the effects of the treatments being investigated.

Key findings from the experimental sections indicate that the methodologies were effective in yielding significant data, which were subsequently analyzed using statistical techniques to validate the results. The section emphasizes the importance of rigorous experimental design in drawing reliable conclusions from the data collected. Overall, the methods employed provide a robust framework for understanding the phenomena under investigation.

Results

The results section presents key findings from the study, highlighting significant outcomes derived from the analysis. The data indicate a strong correlation between the variables under investigation, with statistical tests confirming the robustness of these relationships. Specifically, the analysis revealed that as variable $X$ increases, variable $Y$ exhibits a corresponding increase, suggesting a potential causal link.

Additionally, the results demonstrate that the intervention applied in the study led to measurable improvements in the outcomes assessed. The effect size was calculated, showing a substantial impact with a confidence interval that supports the hypothesis. These findings contribute to the existing literature by providing empirical evidence that reinforces the theoretical framework proposed in earlier research. Further discussions will explore the implications of these results and their relevance to the field.

Discussion

In this study, a novel bent-core Schiff base ligand (HL) and its Ni(II) complex ([Ni(L)₂], referred to as complex 1) were designed and synthesized, featuring a unique molecular architecture with three phenyl rings that create a significant bend of 145° due to a methyl group at the kink point. The synthesis involved multiple steps, including the preparation of 4-butoxy-2-hydroxybenzaldehyde and the Schiff base, followed by the formation of the Ni(II) complex through refluxing the ligand with nickel(II) chloride. Characterization techniques such as FT-IR, NMR, and UV-vis spectroscopy confirmed the successful synthesis and structural integrity of both the ligand and the complex.

The Ni(II) complex exhibited strong binding interactions with biomolecules, specifically DNA and proteins like BSA and HSA, as evidenced by fluorescence studies that demonstrated significant red-shifts in emission bands upon binding. The detection limits for DNA and protein interactions were notably low (0.075-0.188 mM), indicating high sensitivity. Molecular docking studies further revealed that complex 1 binds effectively to BSA, with a binding energy of -8.52 kcal mol⁻¹, supported by various non-covalent interactions. These findings suggest that the synthesized Ni(II) complex has promising potential for biological applications, particularly in biomolecular recognition and interaction studies.