تحليل الصيدلة الشبكية التكاملية وتحليل الربط لمورينغا أوليفيرا في مرض الزهايمر: استهداف مزدوج لـ MAPK1 و STAT3 بواسطة المركبات الكيميائية النباتية النشطة Integrative Network Pharmacology and Docking Analysis of Moringa oleifera in Alzheimer’s Disease: Dual Targeting of MAPK1 and STAT3 by Active Phytochemical Compounds

شارك:
المجلة: Medinformatics
DOI: https://doi.org/10.47852/bonviewmedin62028824
تاريخ النشر: 2026-03-09
المؤلف: Israr Hussain وآخرون
الموضوع الرئيسي: أبحاث وتطبيقات المورينغا أوليفيرا

نظرة عامة

تستكشف هذه الدراسة إمكانيات مورنغا أوليفيرا كمرشح علاجي متعدد الأهداف لمرض الزهايمر (AD) من خلال نهج الصيدلة الشبكية المتكاملة والتصميم الجزيئي. من بين 209 مركب نباتي تم فحصه، توافقت ستة مركبات—هيسبيريتين، سيانيدانول، كامبيستيرول، 24-ميثيلين كوليسترول، β-سيتوستيرول، و28-إيزوأفيناستيرول أسيتات—مع معايير التشابه الدوائي والتوافر البيولوجي الفموي. كشفت توقعات الأهداف عن 233 جينًا متداخلًا بين مركبات م. أوليفيرا وجينات مرتبطة بمرض الزهايمر، مما شكل شبكة تفاعل بروتين-بروتين مع بروتينات محورية رئيسية مثل HSP90AA1، SRC، MAPK1، وSTAT3. أشار تحليل الإثراء الوظيفي إلى أدوار مهمة في إشارة MAPK، وتفاعلات الليغاند-المستقبلات النشطة عصبيًا، واستقلاب حمض الأراكيدونيك، ومسارات استجابة الأميلويد-بيتا.

أظهرت دراسات التصميم الجزيئي أن مشتقات الستيرول، وخاصة كامبيستيرول و24-ميثيلين كوليسترول، أظهرت تقاربًا قويًا للارتباط بـ MAPK1 (-8.2 كيلو كالوري/مول)، مما يثبت استقرار البقايا الحرجة. أظهرت الفلافونويدات مثل هيسبيريتين وسيانيدانول تقاربًا معتدلًا للارتباط ولكن بملفات حركية دوائية مواتية. بالإضافة إلى ذلك، تفاعلت عدة مركبات مع STAT3، مما يشير إلى تعديل محتمل للإشارة العصبية الالتهابية. تشير النتائج إلى أن م. أوليفيرا قد توفر تأثيرات وقائية عصبية من خلال استهداف خلل الوظيفة العصبية المدفوع بـ MAPK1 والالتهاب الذي يتوسطه STAT3. تؤسس هذه الدراسة أساسًا للتحقق التجريبي المستقبلي وتبرز م. أوليفيرا كمصدر واعد لوكلاء وقائيين عصبيين متعددين ضد مرض الزهايمر.

مقدمة

تتناول مقدمة ورقة البحث الزيادة المتنامية في انتشار مرض الزهايمر (AD) على مستوى العالم، وهو السبب الرئيسي للخرف، والذي يتميز بتراكم لويحات الأميلويد-بيتا، وتشابكات الألياف العصبية، والالتهاب العصبي، وفقدان الخلايا العصبية. أظهرت الاستراتيجيات العلاجية الحالية، وخاصة العلاجات الأحادية المستهدفة للأميلويد-بيتا، فعالية محدودة وآثار جانبية كبيرة، مما يبرز الحاجة إلى نهج متعدد الأدوية يمكن أن يتعامل مع الطبيعة المعقدة لمرض الزهايمر. مورنغا أوليفيرا، وهي نبات طبي ذو ملف كيميائي نباتي غني، بما في ذلك الفلافونويدات والستيرولات، تقدم طريقًا واعدًا لمثل هذه التدخلات نظرًا لخصائصها المضادة للأكسدة، والمضادة للالتهابات، والوقائية العصبية.

تستخدم الدراسة نهج الصيدلة الشبكية المتكاملة لاستكشاف الإمكانات العلاجية لم. أوليفيرا ضد مرض الزهايمر. من خلال تحديد المركبات النشطة حيويًا وأهدافها البروتينية، قام الباحثون ببناء شبكة تفاعل شاملة مع الجينات المرتبطة بمرض الزهايمر. من الجدير بالذكر أنهم حددوا أهدافًا محورية حرجة مثل HSP90AA1، MAPK1، وSTAT3، مع تحليل الإثراء الوظيفي الذي يكشف عن أدوار مهمة في إشارة MAPK1 وتفاعلات الليغاند-المستقبلات النشطة عصبيًا. برز محور إشارة MAPK1 كآلية مركزية لعمل م. أوليفيرا في مرض الزهايمر، حيث يتناول الالتهاب العصبي وتنظيم المشابك—عمليات رئيسية لم يتم استهدافها بشكل كافٍ من قبل العلاجات الحالية. تضع هذه الدراسة أساسًا جزيئيًا للاستخدام التقليدي لم. أوليفيرا في الاضطرابات المعرفية وتدعو إلى مزيد من التحقق التجريبي من إمكاناتها العلاجية متعددة الأهداف.

الطرق

تحدد قسم “المواد والطرق” تصميم التجربة والإجراءات المستخدمة في الدراسة. يتفصل في المواد المستخدمة، بما في ذلك الكواشف المحددة، والمعدات، وأي عينات بيولوجية، مما يضمن إمكانية تكرار التجارب. يصف قسم الطرق أيضًا البروتوكولات المتبعة لجمع البيانات، بما في ذلك أي تحليلات إحصائية تم تطبيقها لتفسير النتائج.

تستند النتائج الرئيسية إلى التطبيق الدقيق لهذه الطرق، والتي تعتبر ضرورية للتحقق من الفرضيات المطروحة في البحث. يبرز القسم أهمية الدقة المنهجية في تحقيق نتائج موثوقة ويساهم في النزاهة العامة لاستنتاجات الدراسة.

النتائج

كشفت تحليل التصميم الجزيئي لستة مركبات نشطة حيويًا من *مورنغا أوليفيرا* ضد بروتينات MAPK1 (ERK2) وSTAT3 أن جميع المركبات أظهرت تقاربًا أعلى للارتباط بـ MAPK1 مقارنةً بـ STAT3. من الجدير بالذكر أن كامبيستيرول و24-ميثيلين كوليسترول أظهرا أقل طاقات ارتباط متوقعة تبلغ -8.2 كيلو كالوري/مول، مما يشير إلى إمكانيتهما كمرشحين واعدين لمزيد من التحقيق. تراوحت طاقات الارتباط لجميع المركبات ضد MAPK1 من -6.8 إلى -8.2 كيلو كالوري/مول، مع كون هذه القيم أقل قليلاً من تلك الخاصة بالمثبطات المرجعية (NJK14047: -8.0 كيلو كالوري/مول؛ نيفلامابيمود: -7.6 كيلو كالوري/مول). بالمقابل، أظهرت المركبات تقاربًا ضعيفًا بشكل ملحوظ للارتباط بـ STAT3، حيث كانت أعلى طاقات الارتباط -6.2 كيلو كالوري/مول لـ 28-إيزوأفيناستيرول أسيتات و-5.9 كيلو كالوري/مول لـ 24-ميثيلين كوليسترول.

أشارت ملفات التفاعل الجزيئي إلى أن سيانيدانول شكل أكبر عدد من الروابط الهيدروجينية (خمسة) مع البقايا الرئيسية، بينما شكل هيسبيريتين أربع روابط هيدروجينية وأظهر تفاعلات إضافية من نوع π-π وπ-أنيون. لم تشكل مركبات أخرى، مثل بيتا-سيتوستيرول وكامبيستيرول، روابط هيدروجينية ولكنها شاركت في تفاعلات كارهة للماء وتفاعلات فاندرفالس. تشير هذه النتائج إلى مجموعة متنوعة من آليات الارتباط، مع مساهمة كل من التفاعلات القطبية وغير القطبية في تقارب الارتباط للمركبات تجاه MAPK1. ومع ذلك، من المهم ملاحظة أن هذه التوقعات الحاسوبية تتطلب تحققًا تجريبيًا لتأكيد النشاط البيولوجي.

المناقشة

ت outlines قسم المناقشة في ورقة البحث تحقيقًا شاملاً في الإمكانات العلاجية للمركبات النشطة حيويًا المستمدة من *مورنغا أوليفيرا* في سياق مرض الزهايمر (AD). استخدمت الدراسة نهج الصيدلة الشبكية مع التصميم الجزيئي لتحديد وتحليل تفاعلات 209 مركب نباتي فريد. تم اختيار ستة مركبات بناءً على خصائصها الحركية الدوائية المواتية، بما في ذلك التوافر البيولوجي الفموي (OB > 50%)، والتشابه الدوائي (DL > 0.50)، والوزن الجزيئي (MW < 500 جرام/مول). ثم خضعت هذه المركبات لتوقع الأهداف، مما أسفر عن تحديد 256 هدفًا بروتينيًا محتملاً، مع تداخل كبير بلغ 226 جينًا مرتبطًا بمرض الزهايمر. كشفت شبكة تفاعل البروتين-بروتين (PPI) التي تم بناؤها من هذه الأهداف عن هيكل مترابط بشكل كثيف، مما يشير إلى آلية عمل متعددة الأهداف لمركبات *م. أوليفيرا*. من الجدير بالذكر أن مسار إشارة MAPK تم تسليط الضوء عليه كمسار حرج مرتبط بالتسمم العصبي والالتهاب العصبي، مما يشير إلى أن المركبات قد تعدل الإشارات المشبكية والاستجابات الالتهابية ذات الصلة بمرض الزهايمر. أظهرت دراسات التصميم الجزيئي أن مركبات الستيرول، مثل كامبيستيرول و24-ميثيلين كوليسترول، أظهرت تقاربًا قويًا للارتباط بـ MAPK1، متجاوزة المثبطات المرجعية. بالإضافة إلى ذلك، أجرت الدراسة تحليل ADMET، كاشفة عن مخاوف تتعلق بالسلامة، خاصة فيما يتعلق بالتسمم المناعي والتسمم القلبي لبعض المركبات. بشكل عام، تشير النتائج إلى أن مركبات *م. أوليفيرا* قد تقدم استراتيجية علاجية متعددة الجوانب واعدة لمرض الزهايمر، مما يستدعي مزيدًا من التحقق التجريبي.

القيود

تسلط قيود هذه الدراسة الضوء على عدة عوامل حاسمة تؤثر على موثوقية توقع الأهداف ونتائج التصميم. قد لا تعكس الاعتماد على الخوارزميات الحاسوبية التعقيد البيولوجي أو الحركيات الدوائية الملاحظة في الجسم الحي بشكل كافٍ، وغياب التحقق التجريبي من خلال تجارب in vitro أو in vivo يثير القلق بشأن دقة التفاعلات المتوقعة والفعالية الدوائية. بالإضافة إلى ذلك، تتطلب الطبيعة التنبؤية لنتائج ADMET وProTox مزيدًا من التحقق التجريبي السمي.

علاوة على ذلك، يحد نقص الدراسة من محاكاة الديناميات الجزيئية الممتدة (MD)، مثل الانحراف المعياري الجذري (RMSD)، ونصف قطر الدوران، واستقرار الروابط الهيدروجينية، وحسابات الطاقة الحرة باستخدام GROMACS، من الرؤى حول الاستقرار على المدى الطويل والديناميات الشكلية لمجمعات البروتين-الليغاند. بينما تم استخدام محاكاة CABS-flex 2.0 كبديل فعال من حيث الموارد لتقييم مرونة البروتين، فإنها توفر فقط تقريبًا خشنًا. قد يؤدي الاعتماد على قواعد بيانات توقع الأهداف التي تركز على التشابه الكيميائي والارتباطات المعروفة بين الليغاندات والأهداف إلى إدخال تحيز نحو البروتينات المعروفة جيدًا. وبالتالي، يجب أن تعطي الأبحاث المستقبلية الأولوية لدمج محاكاة MD الذرية الكاملة على منصات الحوسبة عالية الأداء لتعزيز دقة وعمق النتائج.

Journal: Medinformatics
DOI: https://doi.org/10.47852/bonviewmedin62028824
Publication Date: 2026-03-09
Author(s): Israr Hussain et al.
Primary Topic: Moringa oleifera research and applications

Overview

This study investigates the potential of Moringa oleifera as a multi-target therapeutic candidate for Alzheimer’s disease (AD) through an integrative network pharmacology and molecular docking approach. Among 209 screened phytochemicals, six compounds—hesperetin, cianidanol, campesterol, 24-methylenecholesterol, β-sitosterol, and 28-isoavenasterol acetate—met drug-likeness and oral bioavailability criteria. Target prediction revealed 233 overlapping genes between M. oleifera compounds and AD-associated genes, forming a protein-protein interaction network with key hub proteins such as HSP90AA1, SRC, MAPK1, and STAT3. Functional enrichment analysis indicated significant roles in MAPK signaling, neuroactive ligand-receptor interactions, arachidonic acid metabolism, and amyloid-beta response pathways.

Molecular docking studies demonstrated that sterol derivatives, particularly campesterol and 24-methylenecholesterol, exhibited strong binding affinities to MAPK1 (-8.2 kcal/mol), stabilizing critical residues. Flavonoids like hesperetin and cianidanol showed moderate binding affinities but favorable pharmacokinetic profiles. Additionally, several compounds interacted with STAT3, suggesting a potential modulation of neuroinflammatory signaling. The findings indicate that M. oleifera may provide neuroprotective effects by targeting MAPK1-driven neuronal dysfunction and STAT3-mediated inflammation. This research establishes a foundation for future experimental validation and highlights M. oleifera as a promising source of multi-target neuroprotective agents against AD.

Introduction

The introduction of the research paper addresses the growing global prevalence of Alzheimer’s disease (AD), the leading cause of dementia, characterized by the accumulation of amyloid-beta plaques, neurofibrillary tangles, neuroinflammation, and neuronal loss. Current therapeutic strategies, particularly monotherapies targeting amyloid-beta, have shown limited efficacy and significant side effects, highlighting the need for polypharmacological approaches that can tackle the multifaceted nature of AD. Moringa oleifera, a medicinal plant with a rich phytochemical profile, including flavonoids and sterols, presents a promising avenue for such interventions due to its antioxidant, anti-inflammatory, and neuroprotective properties.

The study employs an integrative network pharmacology approach to explore the therapeutic potential of M. oleifera against AD. By identifying bioactive compounds and their protein targets, the researchers constructed a comprehensive interaction network with AD-related genes. Notably, they identified critical hub targets such as HSP90AA1, MAPK1, and STAT3, with functional enrichment analysis revealing significant roles in MAPK1 signaling and neuroactive ligand-receptor interactions. The MAPK1 signaling axis emerged as a central mechanism for M. oleifera’s action in AD, addressing neuroinflammation and synaptic regulation—key processes inadequately targeted by existing therapies. This study lays a molecular foundation for the traditional use of M. oleifera in cognitive disorders and advocates for further experimental validation of its multi-target therapeutic potential.

Methods

The “Materials and Methods” section outlines the experimental design and procedures employed in the study. It details the materials used, including specific reagents, equipment, and any biological samples, ensuring reproducibility of the experiments. The methods section also describes the protocols followed for data collection, including any statistical analyses applied to interpret the results.

Key findings are derived from the rigorous application of these methods, which are essential for validating the hypotheses posed in the research. The section emphasizes the importance of methodological precision in achieving reliable outcomes and contributes to the overall integrity of the study’s conclusions.

Results

The molecular docking analysis of six bioactive compounds from *Moringa oleifera* against the MAPK1 (ERK2) and STAT3 proteins revealed that all compounds exhibited higher binding affinities for MAPK1 compared to STAT3. Notably, campesterol and 24-methylenecholesterol demonstrated the lowest predicted binding energies of -8.2 kcal/mol, indicating their potential as promising candidates for further investigation. The binding energies for all compounds against MAPK1 ranged from -6.8 to -8.2 kcal/mol, with these values being slightly lower than those of reference inhibitors (NJK14047: -8.0 kcal/mol; neflamapimod: -7.6 kcal/mol). In contrast, the compounds showed significantly weaker binding affinities to STAT3, with the highest binding energies being -6.2 kcal/mol for 28-isoavenasterol acetate and -5.9 kcal/mol for 24-methylenecholesterol.

The molecular interaction profiles indicated that cianidanol formed the most hydrogen bonds (five) with key residues, while hesperetin formed four hydrogen bonds and exhibited additional π-π and π-anion interactions. Other compounds, such as beta-sitosterol and campesterol, did not form hydrogen bonds but engaged in hydrophobic and van der Waals interactions. These findings suggest a diverse range of binding mechanisms, with both polar and non-polar interactions contributing to the binding affinity of the compounds toward MAPK1. However, it is important to note that these computational predictions require experimental validation to confirm biological activity.

Discussion

The discussion section of the research paper outlines a comprehensive investigation into the therapeutic potential of bioactive compounds derived from *Moringa oleifera* in the context of Alzheimer’s disease (AD). The study utilized a network pharmacology approach combined with molecular docking to identify and analyze the interactions of 209 unique phytochemical compounds. Six compounds were selected based on their favorable pharmacokinetic properties, including oral bioavailability (OB > 50%), drug-likeness (DL > 0.50), and molecular weight (MW < 500 g/mol). These compounds were then subjected to target prediction, resulting in the identification of 256 potential protein targets, with a significant overlap of 226 genes associated with AD. The protein-protein interaction (PPI) network constructed from these targets revealed a densely interconnected structure, indicating a multi-target mechanism of action for *M. oleifera* compounds. Notably, the MAPK signaling pathway was highlighted as a critical pathway involved in neurotoxicity and neuroinflammation, suggesting that the compounds may modulate synaptic signaling and inflammatory responses relevant to AD pathology. Molecular docking studies demonstrated that sterol compounds, such as campesterol and 24-methylenecholesterol, exhibited strong binding affinities to MAPK1, surpassing reference inhibitors. Additionally, the study performed ADMET profiling, revealing potential safety concerns, particularly regarding immunotoxicity and cardiotoxicity for some compounds. Overall, the findings suggest that *M. oleifera* compounds may offer a promising multi-faceted therapeutic strategy for AD, warranting further experimental validation.

Limitations

The limitations of this study highlight several critical factors affecting the reliability of target prediction and docking outcomes. The reliance on in silico algorithms may not adequately reflect the biological complexity or pharmacokinetics observed in vivo, and the absence of experimental validation through in vitro or in vivo assays raises concerns about the accuracy of predicted interactions and pharmacological efficacy. Additionally, the predictive nature of ADMET and ProTox results necessitates further experimental toxicological validation.

Moreover, the study’s lack of extended molecular dynamics (MD) simulations, such as root mean square deviation (RMSD), radius of gyration, hydrogen bond stability, and free energy calculations using GROMACS, limits insights into the long-term stability and conformational dynamics of protein-ligand complexes. While CABS-flex 2.0 simulations were employed as a resource-efficient alternative to assess protein flexibility, they provide only a coarse-grained approximation. The reliance on target prediction databases that focus on chemical similarity and known ligand-target associations may also introduce bias towards well-characterized proteins. Consequently, future research should prioritize the integration of full atomistic MD simulations on high-performance computing platforms to enhance the accuracy and depth of findings.