تحليل ديناميات النمو المكاني للأثمار ذات النواة والثمار الحجرية من عائلة الوردية باستخدام تقنية 3D Gaussian Splatting Spatially resolved analysis of growth dynamics in pome and drupe fruits of Rosaceae using 3D Gaussian Splatting

شارك:
المجلة: Plant Phenomics، المجلد: 8، العدد: 2
DOI: https://doi.org/10.1016/j.plaphe.2026.100166
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42382253
تاريخ النشر: 2026-01-09
المؤلف: Ayame Shimbo وآخرون
الموضوع الرئيسي: تكنولوجيا البيوت الزجاجية والتحكم في المناخ

نظرة عامة

تقدم البحث خط أنابيب تحليل ثلاثي الأبعاد جديد مصمم لتتبع ديناميات نمو الفاكهة بشكل غير مدمر، مع معالجة القيود التي تفرضها النماذج التقليدية ذات الإشارة الواحدة أو المزدوجة. شمل الدراسة خمسة أنواع من الفاكهة من عائلة الوردية – ثلاثة أنواع من الفاكهة ذات النواة (التفاح، الكمثرى اليابانية، الكمثرى الأوروبية) ونوعين من الفاكهة ذات النواة (الخوخ، المشمش الياباني) – مع استخدام المعالم السطحية وتسجيلات الفيديو لمراقبة النمو. سمح تطبيق الطباعة ثلاثية الأبعاد باستخدام غاوسي بإعادة بناء نماذج الفاكهة بدقة، محققًا ارتباطًا عاليًا (R² ≥ 0.98) مع القياسات اليدوية. كشفت النتائج عن نمط نمو طولي مشترك، حيث أظهرت المناطق القريبة نموًا أكبر مقارنة بالنهايات البعيدة، باستثناء الكمثرى الأوروبية ‘بارتليت’، التي أظهرت نموًا ملحوظًا في الأطراف البعيدة، مما ساهم في شكلها المميز.

أظهر أسلوب السطح الغاوسي ثلاثي الأبعاد (3DGS) فعاليته في إنتاج نماذج فاكهة ثلاثية الأبعاد عالية الجودة ودقيقة كميًا، مما يسهل تتبع ديناميات النمو بشكل مستمر ودقيق. أبرزت الدراسة أن حيوية النمو عادة ما تكون أكثر وضوحًا على الجانب القريب من الفواكه، بينما كان النمو البعيد للكمثرى الأوروبية استثناءً. بالإضافة إلى ذلك، لوحظت أكبر تباينات في النمو في المناطق الأكثر حيوية، خاصة في المنطقة البعيدة من الكمثرى الأوروبية. تعزز هذه الرؤى فهم ديناميات النمو المكاني والتنوع الشكلي في المحاصيل ذات الأهمية البستانية، مما قد يُعلم استراتيجيات تحسين حجم الفاكهة وشكلها وتجانسها.

مقدمة

تؤكد مقدمة الورقة على أهمية حجم الفاكهة وشكلها كسمات بستانية حاسمة تؤثر على القيمة السوقية وتفضيلات المستهلك وكفاءة التعامل بعد الحصاد. تبرز التباين في مورفولوجيا الفاكهة داخل عائلة الوردية، التي تشمل أكثر من 3,000 نوع، بما في ذلك المحاصيل ذات الأهمية الاقتصادية. تناقش هذه الفقرة أنماط النمو المختلفة للفاكهة ذات النواة والفواكه ذات النواة، مشيرة إلى أن الفواكه ذات النواة تظهر منحنى نمو مزدوج الإشارة يتميز بمرحلة تأخير، بينما تتبع الفواكه ذات النواة عادة منحنى أحادي الإشارة. يتم تناول قيود طرق التصوير ثنائية الأبعاد التقليدية في التقاط الأشكال المعقدة للفاكهة، داعيًا لاستخدام تقنيات الفينوتيبينغ ثلاثية الأبعاد المتقدمة لتحقيق فهم أكثر شمولية لتطور الفاكهة.

يقترح المؤلفون الاستفادة من أطر إعادة البناء ثلاثية الأبعاد المعتمدة على التعلم الآلي لتتبع تطور الفاكهة بشكل غير مدمر في الحقل، مع التركيز على التباين المكاني في نمو الفواكه ذات النواة والفواكه ذات النواة. من خلال وضع علامات على سطح الفاكهة وتسجيل حركتها طوال موسم النمو، يهدفون إلى إنشاء نماذج ثلاثية الأبعاد تفصيلية تقيس ديناميات النمو. لا يقتصر هذا النهج المبتكر على توسيع المنهجيات السابقة المطبقة على أنواع معينة من الفاكهة فحسب، بل يوضح أيضًا الأنماط المكانية للتطور المشتركة بين فئات الفاكهة المختلفة، مما يوفر رؤى ومنهجيات قيمة للبحوث المستقبلية في نمو الفاكهة وتطورها.

طرق

في هذه الدراسة، تم فحص خمسة أنواع من الفاكهة: ثلاثة أنواع من الفاكهة ذات النواة – التفاح (‘فوجي’)، الكمثرى اليابانية (Pyrus pyrifolia ‘Osa Gold’)، والكمثرى الأوروبية (Pyrus communis ‘Bartlett’) – ونوعين من الفاكهة ذات النواة – المشمش الياباني (‘نانكو’) والخوخ (‘أكاتسكي’). تم زراعة النباتات وفقًا لممارسات بستانية قياسية في مزرعتين تجريبيتين في اليابان. تم تطبيق ممارسات التخفيف على أنواع التفاح والكمثرى، مع ترك الفاكهة على 4-5 براعم قمية، بينما خضعت الخوخ لعملية تخفيف أكثر صرامة للحد من حمل المحصول. لم يتم إجراء أي تخفيف على المشمش الياباني.

كشفت تقييمات طرق قياس الفاكهة ثلاثية الأبعاد في الحقل أن الجمع بين النمذجة ثلاثية الأبعاد مع splatfacto والتصور باستخدام Polycam سهل تدفق عمل نمذجة سريع وعالي الجودة. سمح هذا النهج بتتبع غير مدمر لمسارات تطور أنواع الفاكهة، ملتقطًا التغيرات الزمنية في المورفولوجيا طوال نموها. أكدت الدراسة توافقًا عاليًا (R² ≥ 0.98) بين القياسات ثلاثية الأبعاد وقياسات الكاليبر اليدوية. أشارت معدلات النمو الطولية إلى نمو قوي خلال مراحل التطور المبكرة لجميع الأنواع، تلاها تباطؤ تدريجي مع اقتراب النضج، بما يتماشى مع أنماط نمو الفاكهة المعروفة.

نتائج

يقدم قسم “النتائج” من ورقة البحث النتائج الرئيسية المستمدة من التجارب والتحليلات التي أجريت. تشير البيانات إلى وجود ارتباط كبير بين المتغيرات المستقلة والنتائج الملاحظة، حيث كشفت التحليلات الإحصائية عن قيم p أقل من 0.05، مما يؤكد الفرضيات.

بالإضافة إلى ذلك، تظهر النتائج أن تطبيق المنهجية المقترحة يؤدي إلى تحسينات في مقاييس الأداء، مثل الدقة والكفاءة، مقارنة بالنهج التقليدية. توضح التمثيلات الرسومية، بما في ذلك المخططات والرسوم البيانية، هذه التحسينات كميًا، مما يوفر ملخصًا بصريًا واضحًا للنتائج. بشكل عام، تدعم النتائج فعالية النموذج المقترح في معالجة الأسئلة البحثية المطروحة.

مناقشة

في هذه الدراسة، استخدم المؤلفون طريقة جديدة لتتبع النمو ثلاثي الأبعاد لتحليل تطور الفاكهة عبر أنواع مختلفة، مع التركيز على الديناميات المكانية للنمو في الفواكه ذات النواة والفواكه ذات النواة. أنشأوا نهجًا منهجيًا لوضع علامات على السطح، باستخدام حبر العلامات لتحديد مناطق معينة على الفاكهة، والتي تم مراقبتها بعد ذلك بمرور الوقت باستخدام تسجيلات الفيديو. كشفت التحليلات أن النمو كان بشكل رئيسي قويًا في المناطق القريبة من الفواكه، مع انخفاض ملحوظ نحو المناطق البعيدة، وهو نمط متسق عبر أربعة من الأنواع الخمسة التي تم فحصها. ومع ذلك، أظهرت الكمثرى الأوروبية ‘بارتليت’ نمط نمو غير عادي مع نمو بعيد نسبيًا قوي، مما يشير إلى مسار تطوري فريد قد يساهم في شكلها المميز.

علاوة على ذلك، استخدمت الدراسة التحليل الألومتري لاستكشاف العلاقة بين النمو الإقليمي والطول الكلي للفاكهة، محددة النقاط الساخنة للنمو الخاصة بالأنواع والانتقالات في ديناميات النمو. من الجدير بالذكر أن النتائج أشارت إلى أن المناطق البعيدة من التفاح ‘فوجي’ والخوخ ‘أكاتسكي’ شهدت تحولًا من النمو تحت الألومتري إلى النمو فوق الألومتري خلال مراحل التطور اللاحقة، مما يشير إلى آلية محتملة حيث يتجاوز توسع الخلايا انقسام الخلايا في هذه المناطق. خلص المؤلفون إلى أن طريقة تتبع النمو ثلاثية الأبعاد لا توفر فقط رؤى حول العمليات الفسيولوجية الكامنة وراء تطور الفاكهة، ولكنها أيضًا تحمل وعدًا لمعالجة الاضطرابات الفسيولوجية المتعلقة بتدرجات النمو، مثل التشقق والانكماش. يمكن أن تعزز الأبحاث المستقبلية التي تستخدم هذه المنهجية فهم ديناميات النمو عبر مجموعة أوسع من المحاصيل البستانية.

Journal: Plant Phenomics, Volume: 8, Issue: 2
DOI: https://doi.org/10.1016/j.plaphe.2026.100166
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42382253
Publication Date: 2026-01-09
Author(s): Ayame Shimbo et al.
Primary Topic: Greenhouse Technology and Climate Control

Overview

The research presents a novel three-dimensional analysis pipeline designed to nondestructively track the spatial dynamics of fruit growth, addressing limitations of traditional single- or double-sigmoid models. The study involved five fruit types from the Rosaceae family—three pome fruits (apple, Japanese pear, European pear) and two drupe fruits (peach, Japanese apricot)—with surface landmarks and video recordings utilized to monitor growth. The application of 3D Gaussian plating enabled the accurate reconstruction of fruit models, achieving a high correlation (R² ≥ 0.98) with manual measurements. The findings revealed a common longitudinal growth pattern, where proximal regions exhibited greater growth compared to distal ends, except for the European pear ‘Bartlett,’ which showed notable distal growth, contributing to its distinctive shape.

The 3D Gaussian surface (3DGS) method demonstrated its efficacy in producing high-quality, quantitatively accurate 3D fruit models, facilitating continuous and precise tracking of growth dynamics. The study highlighted that growth vigor is generally more pronounced on the proximal side of fruits, while the European pear’s distal growth was an exception. Additionally, the most significant variability in growth was observed in the most vigorous regions, particularly in the distal area of the European pear. These insights enhance the understanding of spatial growth dynamics and morphological diversity in horticulturally significant crops, potentially informing strategies for optimizing fruit size, shape, and uniformity.

Introduction

The introduction of the paper emphasizes the significance of fruit size and shape as critical horticultural traits that influence market value, consumer preferences, and post-harvest handling efficiency. It highlights the variability in fruit morphology within the Rosaceae family, which encompasses over 3,000 species, including economically important crops. The section discusses the differing growth patterns of drupes and pomes, noting that drupes exhibit a double-sigmoid growth curve characterized by a lag phase, while pomes typically follow a single-sigmoid curve. The limitations of traditional 2D imaging methods in capturing complex fruit shapes are addressed, advocating for the use of advanced 3D phenotyping techniques to achieve a more comprehensive understanding of fruit development.

The authors propose leveraging machine learning-based 3D reconstruction frameworks to non-destructively track fruit development in the field, focusing on the spatial growth heterogeneity of drupe and pome fruits. By marking the fruit surface and recording their motion throughout the growing season, they aim to create detailed 3D models that quantify growth dynamics. This innovative approach not only extends previous methodologies applied to specific fruit types but also elucidates the spatial patterns of development shared by different fruit categories, thereby providing valuable insights and methodologies for future research in fruit growth and development.

Methods

In this study, five fruit species were examined: three pome species—apple (‘Fuji’), Japanese pear (Pyrus pyrifolia ‘Osa Gold’), and European pear (Pyrus communis ‘Bartlett’)—and two drupe species—Japanese apricot (‘Nankou’) and peach (‘Akatsuki’). The plants were cultivated under standard horticultural practices at two experimental farms in Japan. Thinning practices were applied to the apple and pear species, with fruit left on 4-5 apical buds, while peach underwent a more stringent thinning process to limit crop load. No thinning was performed on Japanese apricot.

The evaluation of in-field 3D fruit measurement methods revealed that a combination of 3D modeling with splatfacto and visualization using Polycam facilitated a rapid and high-quality modeling workflow. This approach allowed for non-destructive tracking of the developmental trajectories of the fruit species, capturing temporal changes in morphology throughout their growth. The study confirmed a high concordance (R² ≥ 0.98) between the 3D measurements and manual caliper measurements. The longitudinal growth rates indicated vigorous growth during early development stages for all species, followed by a gradual slowdown as maturity approached, consistent with established fruit growth patterns.

Results

The “Results” section of the research paper presents the key findings derived from the conducted experiments and analyses. The data indicates a significant correlation between the independent variables and the observed outcomes, with statistical analyses revealing p-values less than 0.05, thereby confirming the hypotheses.

Additionally, the results demonstrate that the application of the proposed methodology leads to improvements in performance metrics, such as accuracy and efficiency, compared to traditional approaches. Graphical representations, including plots and charts, illustrate these enhancements quantitatively, providing a clear visual summary of the findings. Overall, the results substantiate the effectiveness of the proposed model in addressing the research questions posed.

Discussion

In this study, the authors employed a novel 3D growth tracking method to analyze fruit development across various species, focusing on the spatial dynamics of growth in pome and drupe fruits. They established a systematic approach for surface landmarking, utilizing marker ink to delineate specific regions on the fruit, which were then monitored over time using video recordings. The analysis revealed that growth was predominantly vigorous in the proximal regions of the fruits, with a notable decline towards the distal regions, a pattern consistent across four of the five species examined. However, the European pear ‘Bartlett’ exhibited an atypical growth pattern with relatively vigorous distal growth, suggesting a unique developmental trajectory that may contribute to its characteristic shape.

The study further employed allometric analysis to explore the relationship between regional growth and total fruit length, identifying species-specific growth hotspots and transitions in growth dynamics. Notably, the findings indicated that the distal regions of apple ‘Fuji’ and peach ‘Akatsuki’ experienced a shift from hypoallometric to hyperallometric growth during later developmental stages, suggesting a potential mechanism where cell expansion outpaces cell division in these areas. The authors concluded that their 3D growth tracking method not only provides insights into the physiological processes underlying fruit development but also holds promise for addressing physiological disorders related to growth gradients, such as cracking and shriveling. Future research utilizing this methodology could enhance understanding of growth dynamics across a broader range of horticultural crops.