DOI: https://doi.org/10.1111/geb.70003
تاريخ النشر: 2025-05-01
المؤلف: María Dornelas وآخرون
الموضوع الرئيسي: دراسات الديناميات البيئية والنباتية
نظرة عامة
يقدم هذا القسم النسخة الثانية من قاعدة بيانات BioTIME، التي تعمل كمستودع شامل لتقديرات الوفرة لمجموعة متنوعة من الأنواع عبر تجميعات بيئية مختلفة على مر الزمن. تهدف هذه النسخة المحدثة إلى تعزيز إمكانية الوصول إلى البيانات البيئية وفائدتها، مما يسهل البحث في اتجاهات التنوع البيولوجي وتفاعلات الأنواع. الدافع وراء هذا التحديث يبرز أهمية البيانات الطولية في فهم الديناميات البيئية وإبلاغ جهود الحفظ.
مقدمة
تعمل قاعدة بيانات BioTIME كمستودع شامل لملاحظات السلاسل الزمنية لوفرة الأنواع، مما يمكّن من تقدير مجموعة متنوعة من مقاييس التنوع البيولوجي على مر الزمن، مثل غنى الأنواع، والتوازن، والتغيرات التركيبية. منذ إصدارها الأول (BioTIME 1.0)، سهلت قاعدة البيانات العديد من الدراسات، كاشفة عن تحولات كبيرة في تركيب المجتمع وتأثيرات العوامل البيئية مثل تغيرات درجات الحرارة وفقدان المواطن على التنوع البيولوجي. تشمل التحديثات الأخيرة إلى BioTIME 2.0 مساهمات من مجموعات بيانات إضافية، وتعزيزات في بروتوكولات الترتيب، وتحسينات في دقة التصنيف الضريبي، إلى جانب تطوير حزمة R BioTIMEr لتبسيط استخدام قاعدة البيانات.
تعكس مقدمة BioTIME 2.0 زيادة كبيرة في عدد الدراسات المدرجة، بينما تعالج أيضًا التناقضات التي تم تحديدها من خلال ملاحظات المستخدمين. من المهم ملاحظة أنه على الرغم من وجود قواعد بيانات تنوع بيولوجي أخرى، مثل RivFishTIME وInsectChange، إلا أن لديها معايير إدراج مختلفة وتتناول فقط جزءًا من BioTIME. وهذا يستلزم الحذر عند دمج البيانات من مصادر متعددة لتجنب التكرار. تهدف النسخة المحدثة إلى دعم الأبحاث الجارية وتقديم الاعتراف المناسب لجمع البيانات ضمن اتحاد BioTIME.
نقاش
تم تعزيز قاعدة بيانات BioTIME 2.0 من نسختها السابقة، مع الحفاظ على هيكل علاقاتي يتضمن جدول بيانات رئيسي واحد و11 جدول بيانات وصفية. يسمح التنظيم الهرمي للبيانات بتتبع مفصل لوفرة الأنواع عبر أحداث أخذ العينات المختلفة، والمواقع، والدراسات، مع تضمين البيانات الوصفية التصنيف الضريبي، وطرق أخذ العينات، وممارسات الإدارة البيئية. شمل عملية ترتيب البيانات للحصول على البيانات فحوصات صارمة لضمان أن الدراسات تلبي معايير إدراج محددة، مثل طرق أخذ العينات المتسقة ومدة لا تقل عن عامين. تتضمن قاعدة البيانات الآن 708 دراسات، و11,989,233 سجل، و56,400 نوع، مما يعكس زيادات كبيرة في كل من عدد الدراسات والأنواع مقارنة بالنسخة 1.0.
على الرغم من التحسينات، لا تزال هناك انحيازات مكانية وضريبية، خاصة في الدراسات الأرضية. تمتد قاعدة البيانات من عام 1874 إلى 2023، مع متوسط طول سلسلة زمنية يبلغ 7 سنوات، وتتضمن 4,301 سلسلة زمنية، العديد منها يتجاوز خمس سنوات في المدة. تتاح BioTIME 2.0 للجمهور بموجب ترخيص CC-BY، مع حزمة R المصاحبة، BioTIMEr، المصممة لمساعدة المستخدمين في توحيد البيانات المكانية والزمنية للتحليلات المقارنة. تهدف جهود التوحيد الواسعة إلى تسهيل التكامل مع قواعد بيانات التنوع البيولوجي الأخرى، مما يعزز فائدة BioTIME للبحث البيئي وتقييمات التنوع البيولوجي.
DOI: https://doi.org/10.1111/geb.70003
Publication Date: 2025-05-01
Author(s): María Dornelas et al.
Primary Topic: Ecology and Vegetation Dynamics Studies
Overview
The section presents the second version of the BioTIME database, which serves as a comprehensive repository of abundance estimates for various species across different ecological assemblages over time. This updated version aims to enhance the accessibility and utility of ecological data, facilitating research on biodiversity trends and species interactions. The motivation behind this update underscores the importance of longitudinal data in understanding ecological dynamics and informing conservation efforts.
Introduction
The BioTIME database serves as a comprehensive repository of time series observations of species abundances, enabling the estimation of various biodiversity metrics over time, such as species richness, evenness, and compositional changes. Since its initial release (BioTIME 1.0), the database has facilitated numerous studies, revealing significant shifts in community composition and the impacts of environmental factors like temperature changes and habitat loss on biodiversity. The recent update to BioTIME 2.0 includes contributions from additional datasets, enhancements in curation protocols, and improvements in taxonomic classification accuracy, alongside the development of the R package BioTIMEr to streamline database usage.
The introduction of BioTIME 2.0 reflects a substantial increase in the number of studies included, while also addressing inconsistencies identified through user feedback. It is important to note that while other biodiversity databases exist, such as RivFishTIME and InsectChange, they have different inclusion criteria and only partially overlap with BioTIME. This necessitates caution when integrating data from multiple sources to avoid redundancy. The updated version aims to support ongoing research and provide proper recognition to data collectors within the BioTIME consortium.
Discussion
The BioTIME 2.0 database has been enhanced from its previous version, maintaining a relational structure with one main data table and 11 metadata tables. The hierarchical organization of the data allows for detailed tracking of species abundance across various sampling events, sites, and studies, with metadata encompassing taxonomy, sampling methods, and ecological management practices. The curation process for data acquisition involved rigorous checks to ensure studies met specific inclusion criteria, such as consistent sampling methods and a minimum duration of two years. The database now includes 708 studies, 11,989,233 records, and 56,400 taxa, reflecting significant increases in both the number of studies and taxa compared to version 1.0.
Despite improvements, spatial and taxonomic biases remain, particularly in terrestrial studies. The database spans from 1874 to 2023, with a median time series length of 7 years, and includes 4,301 time series, of which many exceed five years in duration. BioTIME 2.0 is publicly accessible under a CC-BY license, with an accompanying R package, BioTIMEr, designed to assist users in standardizing spatial and temporal data for comparative analyses. The extensive standardization efforts aim to facilitate integration with other biodiversity databases, enhancing the utility of BioTIME for ecological research and biodiversity assessments.