الأبحاث في مجلة: Nature Methods
-
Spotiphy يمكّن النسخ الجيني الشامل المكاني على مستوى الخلية الواحدة عبر قسم كامل
2025 | المؤلف: Jiyuan Yang وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، تم استخدام فئران 5xFAD و C57BL/6J التي تبلغ من العمر أربعة أشهر للتحقيق في عمليات بيولوجية محددة. تم تربية الحيوانات في ظروف محكومة في مستشفى سانت جود لأبحاث الأطفال وجامعة توماس جيفرسون، مع الالتزام بدورة ضوء/ظلام مدتها 12 ساعة مع وصول غير مقيد إلى الطعام والماء. تم الموافقة على جميع البروتوكولات التجريبية…
-
UDA-seq: فهرسة تركيبية قائمة على الميكروفلويديات الكروية العالمية لتسلسل الخلايا المفردة متعددة الأنماط على نطاق واسع
2025 | المؤلف: Yun Li وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم القسم نظرة عامة على UDA-seq، وهو سير عمل عالمي جديد مصمم لتعزيز كفاءة وقابلية تطبيق تسلسل الفهرسة التبادلية للخلايا الفردية باستخدام الميكروفلويديات القطرية. تتطلب الطرق التقليدية غالبًا بروتوكولات محددة لموديلات مختلفة، مما يحد من أتمتتها واستخدامها السريري. تعالج UDA-seq هذه القيود من خلال دمج خطوة ما بعد الفهرسة التي تزيد من الإنتاجية وتتكيف مع…
-
مقارنة منهجية لطرق النسخ الجيني المكاني المعتمدة على التسلسل
2024 | المؤلف: Yue You وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يقوم المؤلفون بتقييم منهجيات النسخ الجيني المكاني (sST) بشكل منهجي، مع التركيز على استراتيجيات الفهرسة المكانية المختلفة، بما في ذلك الميكروأري، والتقنيات المعتمدة على الكريات، وتقنيات بولوني/نانوبول، والميكروفلويديك. تستخدم الدراسة أنسجة مرجعية محددة جيدًا: دماغ الفأر البالغ، جنين الفأر E12.5، وبصلة الشم في الفأر البالغ، والتي تظهر خصائص مورفولوجية مميزة وملفات تعبير…
-
كوانتيمز: خط أنابيب قائم على السحابة للبروتيوميات الكمية يمكّن من إعادة تحليل بيانات البروتيوميات العامة
2024 | المؤلف: Chengxin Dai وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)إن الزيادة في حجم بيانات البروتيوميات العامة تقدم تحديات حسابية كبيرة لإعادة التحليل على نطاق واسع. لمعالجة ذلك، يقدم المؤلفون quantms، وهو خط أنابيب مفتوح المصدر قائم على السحابة مصمم لتحليل بيانات البروتيوميات بشكل متوازي بشكل كبير. باستخدام quantms، أعادوا تحليل 83 مجموعة بيانات عامة من ProteomeXchange، تشمل 29,354 ملف أداة من 13,132 عينة بشرية،…
-
فك رموز المجالات المكانية من الميكروبيوم المكاني متعدد الأبعاد باستخدام SpatialGlue
2024 | المؤلف: Yahui Long وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، قام المؤلفون بتقييم SpatialGlue مقابل عدة طرق منافسة باستخدام بيانات متعددة الأومكس المكانية التي تم الحصول عليها تجريبيًا والمحاكاة مع تسميات الحقيقة المعروفة. استخدمت التقييمات مقاييس إشرافية مثل التجانس، المعلومات المتبادلة، المعلومات المتبادلة المعدلة (AMI)، المعلومات المتبادلة العادية (NMI)، ومؤشر راند المعدل (ARI). تضمنت مجموعات البيانات المحاكاة وضعيتين قدمتا رؤى فريدة ومتكاملة…
-
تحسين توقعات بنية البروتينات الأحادية والمعقدة باستخدام DeepMSA2 مع بيانات الميتاجينوم الضخمة
2024 | المؤلف: Wei Zheng وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تم تقديم خط أنابيب DeepMSA2 كنهج جديد لبناء محاذاة متعددة التسلسلات الموحدة (MSAs) للبروتينات أحادية ومتعددة السلاسل، باستخدام بحث محاذاة تكراري عبر قواعد البيانات الجينومية والميتا جينومية. تشير الاختبارات الشاملة إلى أن MSAs التي تم إنشاؤها بواسطة DeepMSA2 تعزز بشكل كبير دقة توقعات الهيكل الثلاثي والرباعي للبروتين مقارنة بالطرق الحالية المتطورة. ومن الجدير بالذكر أنه…