الأبحاث في مجلة: PLoS Computational Biology
-
TCR2HLA: استنتاج مضبوط لجينات HLA من مجموعات TCR يمكّن من تحديد الميتاكلونوتايب ذات الصلة المناعية
2026 | المؤلف: Koshlan Mayer-Blackwell وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم المناعة (Immunology)يقدم القسم نظرة عامة على TCR2HLA، وهي أداة مفتوحة المصدر مصممة لاستنتاج أنماط جينات مستضد الكريات البيضاء البشرية (HLA) من مجموعات مستقبلات الخلايا التائية (TCR) β. تلعب TCRs دورًا حاسمًا في التعرف على الببتيدات ال بواسطة جزيئات HLA المتعددة الأشكال؛ ومع ذلك، غالبًا ما تكون بيانات نمط جينات HLA غائبة في دراسات تسلسل مجموعة TCR.…
-
CoFormerSurv: محول تعاوني لتحليل البقاء متعدد الأوميات
2026 | المؤلف: Gang Wen وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في الطب الحيوي، أدى ظهور تقنيات التسلسل عالية الإنتاجية إلى إنشاء مجموعات بيانات متعددة الأبعاد واسعة النطاق. تشمل هذه المجموعات طبقات بيولوجية متنوعة، بما في ذلك الجينوميات، والترنسكريبتوميات، والبروتيوميات، والميتابولوميات، مما يوفر رؤية شاملة لآليات المرض. يتيح تطبيق تقنيات تحليل البقاء على بيانات المولتي أوميكس للباحثين استكشاف التباين وتعقيد الأمراض بشكل أكثر فعالية، مما يسهل…
-
التعلم الآلي المعزز بواسطة GAN ونمذجة الأيض تكشف عن إعادة برمجة في سرطان البنكرياس
2026 | المؤلف: Tahereh Razmpour وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)سرطان الغدة البنكرياسية القنوي (PDAC) يُعتبر من أكثر أنواع السرطان فتكًا، مع توقعات سيئة وخيارات علاجية محدودة. جانب حاسم في تقدم استراتيجيات العلاج يكمن في فهم إعادة برمجة التمثيل الغذائي التي تحدث في خلايا PDAC. تقدم هذه الدراسة نهجًا حسابيًا جديدًا يدمج محاكاة التمثيل الغذائي الخلوي مع تقنيات الذكاء الاصطناعي (AI) لتحليل مجموعات بيانات كبيرة،…
-
DSCA-HLAII: نموذج انتباه مزدوج التدفق للتنبؤ بتفاعل وعرض الببتيد–HLA من الفئة الثانية
2026 | المؤلف: Ke Yan وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم الدراسة DSCA-HLAII، وهو إطار تنبؤي مبتكر مصمم لتعزيز فهم تفاعلات الببتيد-HLA-II، والتي تعتبر حاسمة للاستجابات المناعية التكيفية. يستخدم هذا الإطار آلية انتباه متقاطع مزدوج (DSCA) تدمج تمثيلات دلالية مدربة مسبقًا (ESMC) مع ميزات ONE-HOT على مستوى التسلسل، مما يسمح بنمذجة دقيقة لديناميات التفاعل بين الببتيدات وجزيئات HLA-II. تشير النتائج التجريبية إلى أن DSCA-HLAII يتفوق…
-
تحسين تصميم السياسات والاستجابة الوبائية باستخدام نماذج متكاملة للاختيار الاقتصادي وديناميات الأمراض مع ردود الفعل السلوكية
2025 | المؤلف: Hongru Du وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: النمذجة والمحاكاة (Modeling and Simulation)يقدم هذا القسم نموذجًا وبائيًا جديدًا مستندًا إلى التغذية الراجعة يدمج السلوك البشري في ديناميات انتقال الأمراض المعدية، مما يعالج فجوة كبيرة في النماذج التقليدية التي غالبًا ما تتجاهل هذا الجانب. من خلال دمج إطار اتخاذ القرار الديناميكي من الاقتصاد، يسمح النموذج للأفراد بتقييم التبادلات بين مخاطر الأمراض والعواقب الاقتصادية، ويربط هذه القرارات بنموذج مقسم…
-
RSero: حزمة R سهلة الاستخدام لإعادة بناء تاريخ انتشار مسببات الأمراض من دراسات انتشار الأجسام المضادة
2025 | المؤلف: Nathanaël Hozé وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: النمذجة والمحاكاة (Modeling and Simulation)يقدم هذا القسم نظرة عامة على حزمة R، Rsero، المصممة لتسهيل تنفيذ ودمج ومقارنة نماذج السيروكاتاليتيك في علم الأوبئة. هذه النماذج ضرورية لتقدير قوة العدوى (FOI) من بيانات انتشار الأجسام المضادة المصنفة حسب العمر، مما يساعد في تحديد مناعة السكان وإعادة بناء دوران مسببات الأمراض التاريخية. تستخدم حزمة Rsero طرق بايزيانية لتقدير FOI وتضم ميزات…
-
أفضل الممارسات لتقدير وتقرير توزيعات التأخير الوبائي للأمراض المعدية
2024 | المؤلف: Kelly Charniga وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: النمذجة والمحاكاة (Modeling and Simulation)تعتبر التأخيرات الوبائية حاسمة لإبلاغ سياسة الصحة العامة والممارسات السريرية، حيث تعمل كمدخلات أساسية للنماذج الرياضية والإحصائية التي توجه استراتيجيات السيطرة. تشير النتائج الأخيرة إلى أن قضايا مثل التعتيم، والتقليص الأيمن، والانحياز الديناميكي غالبًا ما تم التعامل معها بشكل غير كافٍ في تقدير هذه التأخيرات، مما يؤدي إلى انحيازات كبيرة يمكن أن تؤثر على مجموعة…
