الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم الأحياء الحاسوبي

قياس عدم اليقين في تمثيلات البروتين عبر النماذج والمهام

2026 | المؤلف: R. Prabakaran وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

تناقش هذه الفقرة أهمية تقييم التضمينات البيومولكولية، التي تعتبر حاسمة لمهام مثل البحث عن التشابه وتوقع هيكل ووظيفة البروتين. يبرز المؤلفون عيبًا كبيرًا في استخدام هذه التضمينات دون تقييم دقتها، مشبهين ذلك باستخدام مشرط جراحي دون التحقق من حدته. لمعالجة ذلك، يقدمون طريقة جديدة لتقييم نماذج لغة البروتين من خلال تسجيل عدم اليقين في التمثيل،…
متنبئات المتغيرات الحاسوبية لعلم الأدوية الجينومية: من تقييم الأليلات الفردية إلى تقييم ردود الفعل السلبية للأدوية المضادة للاكتئاب

2026 | المؤلف: Jacek Hajto وآخرون | المجلة: The Pharmacogenomics Journal | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)

تقيّم هذه الدراسة فعالية أطر التقييم الحسابية المختلفة في علم الوراثة الدوائية، لا سيما في تفسير المتغيرات الجديدة والأنماط المعقدة التي لا يتم التعامل معها بشكل كافٍ من قبل تعليقات الأليلات النجمية الحالية. قامت الدراسة بتقييم كل من المتنبئين المعتمدين (CADD، FATHMM-XF، PROVEAN، MutationAssessor، SIFT، PhyloP100، APF، APF2) والأدوات الجديدة (PharmGScore و PharmMLScore) عبر سيناريوهات…
الأساليب الحسابية المستندة إلى IUPAC لتحديد معززات وظيفة الجزيئات الحيوية الصغيرة: دراسة حالة لمثبطات الفوسفاتيديل دنا التيروسيل البشري 1 (TDP1)

2026 | المؤلف: Mariya L. Ivanova وآخرون | المجلة: Computers in Biology and Medicine | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)

تقدم هذه الورقة عدة طرق حسابية لإثبات المفهوم (PoC) تهدف إلى مساعدة الباحثين في الكيمياء الحيوية في تسريع عملهم من خلال استراتيجيات فعالة من حيث التكلفة. التركيز الأساسي هو على تحديد المجموعات الوظيفية أو الشظايا في الجزيئات الحيوية الصغيرة التي تثبط الفوسفاتاز 1 (TDP1) لدى البشر. تستخدم الدراسة تقسيم أسماء IUPAC لإنشاء ميزات وتستكشف قابلية…
أطر حسابية لاكتشاف علامات حيوية معززة من الحويصلات خارج الخلوية

2026 | المؤلف: Jina Kim وآخرون | المجلة: Experimental & Molecular Medicine | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

تكتسب الحويصلات خارج الخلوية (EVs) اهتمامًا كعلامات حيوية غير جراحية، لكن تطبيقها السريري يعيقه صعوبة تحديد علامات مناسبة متوافقة مع الاختبارات. تناقش هذه المراجعة الأطر الحسابية المتقدمة، وخاصة تلك التي تستخدم الذكاء الاصطناعي (AI)، لمعالجة هذه التحديات. وتؤكد على دمج مصادر البيانات المختلفة، بما في ذلك الأوميكس المحددة للأمراض، وخصائص الحويصلات، وتوطين البروتينات، وقواعد بيانات…
المراقبة الجينومية لمياه الصرف الصحي لفيروس SARS-CoV-2: الأساليب والتحديات والفرص

2026 | المؤلف: Viorel Munteanu وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: الأمراض المعدية (Infectious Diseases)

لقد ظهرت المراقبة الجينومية المستندة إلى مياه الصرف الصحي (WWGS) كأداة قيمة لمراقبة SARS-CoV-2 وغيرها من مسببات الأمراض الفيروسية في المجتمعات، مما يسهل التعرف السريع على الطفرات المعروفة والجديدة، بالإضافة إلى تقديم رؤى حول السلالات الفيروسية المتداولة. ومع ذلك، فإن تنفيذ WWGS يواجه تحديات تتعلق بمعالجة العينات والتحليل الحسابي، لا سيما في تمييز السلالات المرتبطة…
إخفاء الجليكوز في تصميم المناعية: طرق حسابية وتجريبية

2026 | المؤلف: Gustavo Araiza وآخرون | المجلة: Frontiers in Immunology | المجال: علم المناعة (Immunology)

تقدم هذه القسم نظرة عامة على تصميم اللقاحات المركزة على الإبيتوبي، والتي تسعى لتعزيز استراتيجيات التحصين من خلال استهداف الإبيتوبيات المحددة المعترف بها من قبل الأجسام المضادة العلاجية. التقنية الرئيسية التي تم مناقشتها هي إخفاء الجليكوزيل، حيث يتم استخدام السكريات لإخفاء الإبيتوبيات الأقل فعالية على البروتين المستهدف. يوضح المؤلفون كل من المنهجيات الحاسوبية والتجريبية المتعلقة…
التقنيات الناشئة والتحديات الحالية في أبحاث الميكروبيوم داخل الورم

2026 | المؤلف: Zhiyue Wang وآخرون | المجلة: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology | المجال: علم الأورام (Oncology)

تسلط هذه القسم الضوء على الاعتراف المتزايد بالميكروبات داخل الورم كعناصر حاسمة في بيئة الورم الدقيقة، تؤثر على جوانب مختلفة مثل بدء الورم، الانتشار، تعديل المناعة، واستجابات العلاج. ومع ذلك، فإن الكتلة الحيوية المنخفضة لهذه الميكروبات تمثل تحديات كبيرة للكشف والتحليل الوظيفي، ويرجع ذلك أساسًا إلى القابلية للتلوث البيئي ونقص الإجراءات التحليلية القياسية. تعقيد هذا…
دمج تحديد 16S rRNA لاستراتيجية لقاح واعدة قائمة على الإبيتوبي ضد عدوى Bacillus licheniformis التي تسبب الأمراض المنقولة بالغذاء

2026 | المؤلف: Naveed M وآخرون | المجلة: Allergologia et Immunopathologia | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

تدرس الدراسة إمكانية لقاح متعدد الإبيتوبي ضد *Bacillus licheniformis*، وهو بكتيريا موجبة الجرام مرتبطة بأمراض غذائية وعدوى انتهازية. باستخدام منهجيات المعلوماتية المناعية والمعلوماتية الحيوية، عزل الباحثون سلالات من عينات التربة والغذاء، محددين بروتينين مستضدين—WP_075876128.1 (بروتين افتراضي) وWP_009328059.1 (ناقل طرد من عائلة MATE)—كأهداف مناسبة للقاح بناءً على درجات مستضدية عالية تبلغ 0.582 و0.835، على التوالي. تم…
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق

2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
Helixer: توقع أولي لنماذج الجينات حقيقية النواة باستخدام التعلم العميق ونموذج ماركوف المخفي

2025 | المؤلف: Felix Holst وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

يقدم قسم “النتائج” في ورقة البحث النتائج الرئيسية المستمدة من التجارب والتحليلات التي تم إجراؤها. يبرز النتائج المهمة التي تدعم الفرضيات الموضحة في الدراسة. تشير البيانات إلى وجود علاقة قوية بين المتغيرات قيد التحقيق، حيث تكشف التحليلات الإحصائية عن قيم p أقل من العتبة التقليدية 0.05، مما يشير إلى أن النتائج ذات دلالة إحصائية. علاوة…