الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تجميع التسلسل
-
بناء تسلسلات DNA معقدة ومتنوعة باستخدام تقاطعات ثلاثية لـ DNA
2026 | المؤلف: Noah Evan Robinson وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يحدد تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في سؤال البحث. يوضح معايير اختيار المشاركين، والمواد المستخدمة، والإجراءات المتبعة خلال جمع البيانات. يتم وصف طرق إحصائية محددة، بما في ذلك أي برامج تم استخدامها للتحليل، مما يضمن إمكانية تكرار النتائج. بالإضافة إلى ذلك، قد يتضمن القسم معلومات عن النماذج الرياضية المطبقة…
-
استكشاف الأخطاء الشائعة في تجميع الميتاجينومات طويلة القراءة
2026 | المؤلف: Florian Trigodet وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يتناول المؤلفون التحديات المتعلقة بتقييم دقة تجميع القراءات الطويلة من الميتاجينومات البيئية المعقدة، وخاصة تلك التي تحتوي على كائنات غير ممثلة بشكل كاف. يقومون بتقييم أربعة برامج متقدمة لتجميع القراءات الطويلة—HiCanu و hifiasm-meta و metaFlye و metaMDBG—باستخدام 21 ميتاجينوم من PacBio HiFi تشمل أنواع عينات متنوعة، بما في ذلك المجتمعات الوهمية، والميكروبيومات…
-
الجينوم المرجعي لخط الخلايا البشرية ثنائية الصيغة الصبغية RPE-1
2025 | المؤلف: Emilia Volpe وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)لقد مكنت التقدمات الأخيرة في تقنيات التسلسل من تجميع الجينومات من الطرف إلى الطرف (T2T)، كما يتضح من جينوم T2T CHM13، الذي يوفر تمثيلًا شاملاً للجينوم البشري. ومع ذلك، فإن تطبيقه في التجارب الوظيفية مقيد بسبب التباينات مع جينومات أنظمة بيولوجية محددة. لمعالجة هذه القيود، يقدم المؤلفون RPE1v1.1، وهو تجميع جينوم ثنائي الصيغة الصبغية شبه…
-
تسلسل طويل القراءة مع تحديد الجينوم يوسع التنوع الميكروبي المعروف عبر المواطن الأرضية
2025 | المؤلف: Mantas Sereika وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على التقدمات الكبيرة التي جعلها تسلسل الحمض النووي طويل القراءة وعالي الإنتاجية ممكنة في استعادة الجينومات الميكروبية من عينات بيئية معقدة. من خلال تسلسل نانوبور العميق وطويل القراءة لـ 154 عينة من التربة والرواسب من مشروع Microflora Danica، نجح المؤلفون في تحديد جينومات من 15,314 نوعًا ميكروبيًا لم يتم وصفه سابقًا. استخدمت…
-
تجميع الجينوم على مقياس الكروموسومات لقصب السكر الهجين المزروع حديثًا يوفر رؤى حول الأصل والتطور
2024 | المؤلف: Yixue Bao وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)قصب السكر هو محصول حيوي ذو أهمية اقتصادية وصناعية كبيرة، ومع ذلك لا يزال جينومه المعقد غير محسوم بسبب تعدد الصبغيات العالي وإعادة التركيب الواسعة بين تحت الجينومات الخاصة به. تقدم هذه الدراسة تجميعًا لجينوم على مستوى الكروموسومات، تم حله حسب الأنماط الوراثية لزراعة قصب السكر الهجينة ZZ1، ويشمل 10.4 جيجابايت من تسلسلات الجينوم و68,509…
-
تجميع الميتاجينوم عالي الجودة من قراءات طويلة دقيقة باستخدام metaMDBG
2024 | المؤلف: Gaëtan Benoit وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. يتفصل في معايير اختيار المشاركين، التدخلات المحددة التي تم إدارتها، ومدة الدراسة. تشمل المنهجية مقاييس كمية، مثل الاختبارات الإحصائية المستخدمة لتحليل البيانات، مما يضمن قوة النتائج. بالإضافة إلى ذلك، يصف القسم الأدوات والآلات المستخدمة لجمع البيانات، بما في ذلك أي استبيانات أو تقييمات. يؤكد المؤلفون…
