الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تحديد الببتيد
-
Frag’n’Flow: سير عمل آلي للبروتيوميات الكمية على نطاق واسع في بيئات الحوسبة عالية الأداء Frag’n’Flow: automated workflow for large-scale quantitative proteomics in high performance computing environments
2026 | المؤلف: István Szepesi-Nagy وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تقدم البحث Frag’n’Flow، وهو خط أنابيب قائم على Nextflow مصمم لتعزيز تحليل مجموعات بيانات البروتيوميات القائمة على مطياف الكتلة على نطاق واسع. الطرق التقليدية، مثل FragPipe، فعالة في تحديد الببتيدات عبر أوضاع تحضير العينات المختلفة وطرق الاكتساب (DDA، DIA، TMT)، لكنها تواجه صعوبات في قابلية التوسع وغالبًا ما تتطلب تكوينًا يدويًا. يقوم Frag’n’Flow بأتمتة إنشاء…
-
تحليل متعمق لخصائص البيانات وتقييم مقارن لدقة dda و dia في البروتيوميات الكمية بدون علامات للعينات البيولوجية In-depth analysis of data characteristics and comparative evaluation of dda and dia accuracy in label-free quantitative proteomics of biological samples
2026 | المؤلف: Xun Zou وآخرون | المجلة: Clinical Proteomics | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)في هذه الدراسة، قمنا بمقارنة منهجيات الاكتساب المعتمد على البيانات (DDA) والاكتساب المستقل عن البيانات (DIA) بشكل منهجي في علم البروتيوميات القائم على مطيافية الكتلة عبر ثلاثة أنواع من العينات النموذجية: نموذج مرضي ونموذجان معالجتان بالأدوية، جنبًا إلى جنب مع ضوابطها. شمل تقييمنا مجموعة من المقاييس تتجاوز التدابير التقليدية مثل إجمالي عدد البروتينات والببتيدات، بما…
-
كوين: ديمقراطية التعلم الآلي لأبحاث البروتيوميات Koina: Democratizing machine learning for proteomics research
2026 | المؤلف: Ludwig Lautenbacher وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تقدم التطورات الأخيرة في التعلم الآلي (ML) والتعلم العميق (DL) فرصًا كبيرة لتعزيز تطبيقات البروتيوميات، بما في ذلك إنشاء مكتبات طيفية وتحسين تحديد الببتيدات عبر أوضاع اكتساب مختلفة. ومع ذلك، فإن اعتماد هذه النماذج ML داخل مجتمع البروتيوميات لا يزال بطيئًا، ويرجع ذلك أساسًا إلى التحديات المتعلقة بإمكانية العثور على هذه النماذج والوصول إليها، فضلاً…
-
DIA-BERT: نماذج تحويلية مدربة مسبقًا من البداية إلى النهاية لتحليل بيانات البروتيوميات المحسنة DIA-BERT: pre-trained end-to-end transformer models for enhanced DIA proteomics data analysis
2026 | المؤلف: Zhiwei Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)يقدم القسم نظرة عامة على تطوير وقدرات DIA-BERT، أداة برمجية جديدة مصممة لتحليل بيانات قياس الطيف الكتلي المستقل عن البيانات (DIA-MS) في البروتيوميات الكمية. يستخدم DIA-BERT نموذج ذكاء اصطناعي مدرب مسبقًا قائم على المحولات، تم تدريبه على مجموعة بيانات كبيرة تضم أكثر من 276 مليون سلف ببتيد عالي الجودة من ملفات DIA-MS الحالية و34 مليون…