الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تحليل التسلسل، RNA
-
تقييم تباين الورم باستخدام تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq): التطبيقات في سرطان الرئة للتشخيص والعلاج
2026 | المؤلف: Cecilia Bica وآخرون | المجلة: Frontiers in Immunology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم في تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة (scRNA-seq) وتطبيقاته في فهم بيولوجيا الأورام، وخاصة في سرطان الرئة. يبرز المؤلفون كيف يمكّن scRNA-seq من استكشاف التباين الجيني، والتفاعلات الخلوية، وبيئة الورم (TME) بدقة غير مسبوقة، وهو ما لا يمكن تحقيقه مع تسلسل RNA الكلي. تتيح هذه التقنية تحديد مجموعات…
-
تحسين إعادة بناء الإمكانات التنموية للخلايا الفردية باستخدام CytoTRACE 2
2025 | المؤلف: Minji Kang وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يوضح المؤلفون المنهجيات المستخدمة لمقارنة CytoTRACE 2 مع مجموعة متنوعة من أساليب التعلم الآلي المراقب لتوقع نوع الخلية واستنتاج الإمكانات التنموية. قاموا بتقييم CytoTRACE 2 جنبًا إلى جنب مع ثلاث طرق متخصصة في توضيح الخلايا المفردة (scPred وSingleCellNet وscmap) وخمسة مصنفات عامة. شمل التقييم التدريب والاختبار عبر أربع طيات، بما في ذلك…
-
تحليل RNA-seq يحدد الجينات الرئيسية التي تعزز قوة الحافر لتحمل السباقات بدون حوافر في الخيول من سلالة ستاندردبريد
2025 | المؤلف: Doreen Schwochow وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: فرسي (Equine)تبحث الدراسة في الأساس الجيني لقوة الحافر في الخيول من نوع ستاندردبريد القادرة على السباق بدون حوافر، وهي ممارسة شائعة في صناعة سباقات الحبال السويدية. يعتمد المدربون غالبًا على الخبرة بدلاً من القياسات الموضوعية لتحديد ملاءمة الحصان للسباق بدون حوافر، مما قد يؤدي إلى مخاوف تتعلق بالرفاهية بسبب تآكل الحافر المفرط. لتقديم تقييم موضوعي، استخدمت…
-
كشف تحليل تسلسل RNA للخلايا الفردية عن إعادة تشكيل مثبطة للمناعة للماكروفاجات المرتبطة بالورم بوساطة محور MIF-CD74 في سرطان المعدة
2025 | المؤلف: Weiwei Liu وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم المناعة (Immunology)تقدم هذه الدراسة تحليلًا مفصلًا لخلايا البلعمة المرتبطة بالورم (TAMs) في سرطان المعدة (GC) من خلال تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة (scRNAseq) لـ 75,743 خلية من 11 نسيجًا سرطانيًا. حدد الباحثون أربع مجموعات فرعية متميزة من TAM – TAM-APOE وTAM-IDO1 وTAM-SKAP1 وTAM-POLB – كل منها يتميز بتوقيعات وظيفية فريدة. ومن الجدير بالذكر أن مجموعة…
-
يكشف تسلسل RNA المباشر لجزيء واحد عن تشكيل الإبيترانسكريبتوم عبر أنواع متعددة
2025 | المؤلف: Ying-Yuan Xie وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)N6-methyladenosine (m6A) هو تعديل حيوي حاسم لـ RNA يلعب دورًا كبيرًا في تنظيم التعبير الجيني وعمليات خلوية متنوعة. على الرغم من أهميته، فإن التوصيف الشامل لتوزيعه على مستوى النسخ والآليات الكامنة وراء تكوينه لا يزال معقدًا. تفشل طرق التسلسل التقليدية من الجيل التالي (NGS)، التي تجمع القراءات القصيرة، في التقاط التباين الفطري لنسخ RNA. بالمقابل،…
-
بيانات زمنية لمدة 48 ساعة و24 ساعة تكشف عن إيقاعات يومية محددة لنوع الخلايا في الأرابيدوبسيس
2025 | المؤلف: Yuwei Qin وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)الساعة البيولوجية الوظيفية ضرورية لتكيف وبقاء الكائنات الحية، لا سيما في النباتات الأرضية حيث لا يزال التوصيف التفصيلي للتعبير الجيني اليومي على مستوى الخلية الواحدة غير مستكشف إلى حد كبير. تتناول هذه الدراسة هذه الفجوة من خلال استخدام تسلسل RNA أحادي النواة بتقنية الزمن المتقطع (snRNA-seq) على شتلات الأرابيدوبسيس، وجمع البيانات على مدى 48 ساعة…
-
تقييم نماذج خلايا الأساس لتوقع RNA-seq بعد الاضطراب
2025 | المؤلف: Gerold Csendes وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يؤكد المؤلفون على الحاجة الملحة للتنبؤات الدقيقة للاستجابات الخلوية للت perturbations لتعزيز فهمنا لسلوك الخلايا في حالات مختلفة. يشيرون إلى ندرة بيانات الاضطراب مقارنة ببيانات الخلايا الأساسية، مما أدى إلى تطوير نماذج خلوية أساسية تستخدم بيانات التعبير الجيني على مستوى الخلية الواحدة على نطاق واسع. هذه النماذج، بما في ذلك scGPT و…
-
إعادة تعريف الجينات المتغيرة العالية بواسطة انحدار LOESS المحسن مع نسبة إيجابية
2025 | المؤلف: Yue Xie وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون التحديات التي تطرحها الأبعاد العالية والندرة في بيانات تسلسل RNA أحادي الخلية، مع التأكيد على أهمية اختيار الميزات لتقليل الأبعاد وتحسين القابلية للتفسير. يقدمون خوارزمية جديدة لاختيار الميزات تستخدم الانحدار السلس المحلي المقدر المحسن (LOESS) لنمذجة العلاقة بين مستويات التعبير الجيني المتوسطة والنسب الإيجابية بشكل فعال، مع تقليل خطر الإفراط…
-
scAMZI: مشفر تلقائي عميق قائم على الانتباه مع طبقة مضخمة للصفر لتجميع بيانات scRNA-seq
2025 | المؤلف: Lin Yuan وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نموذج تعلم عميق جديد، scAMZI، مصمم لتجميع بيانات تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq). يدمج هذا النموذج وحدة انتباه بسيطة (SimAM)، ومشفّر تلقائي، ونموذج سالب ثنائي متضخم بالصفر (ZINB)، بالإضافة إلى طبقة متضخمة بالصفر (ZI) للتعامل بفعالية مع التحديات المرتبطة ببيانات scRNA-seq، مثل أحداث التسرب والحاجة إلى دمج مرن للميزات الخلوية والعلاقات بين الخلايا.…
-
تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة وعلم النسخ المكاني يكشفان عن التباين والتواصل بين الخلايا للألياف المرتبطة بالسرطان في سرطان المعدة
2025 | المؤلف: Xijie Zhang وآخرون | المجلة: Journal of Translational Medicine | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تستكشف هذه الدراسة تباين الألياف المرتبطة بالسرطان (CAFs) داخل البيئة الدقيقة للورم (TME) في سرطان المعدة، مع التركيز على أدوارها في تقدم الورم والتواصل بين الخلايا مع الخلايا الظهارية الخبيثة (ECs). باستخدام بيانات تسلسل الخلايا الفردية من 24 عينة سرطان معدة، حدد الباحثون تسع فئات خلوية متميزة وستة تحت مجموعات من الألياف: الألياف الالتهابية (iCAFs)،…