الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: محاذاة التسلسل
-
آلية تجنيد العملاء لتجميع مجموعة الحديد-الكبريت السيتوزولية المستهدفة
2026 | المؤلف: Wenjie Ren وآخرون | المجلة: The EMBO Journal | المجال: الطاقة المتجددة والاستدامة والبيئة (Renewable Energy, Sustainability and the Environment)في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في الآليات التي من خلالها تكتسب بروتينات الحديد-الكبريت (Fe-S) حيوية في السيتوسول والنواة عواملها المساعدة الأساسية من خلال التفاعل مع مركب استهداف تجميع الكتلة الحديدية-الكبريتية في السيتوسول (CTC). يحددون نمط ببتيد خماسي متسق يعمل كعلامة تسلسلية حاسمة لغالبية بروتينات Fe-S البشرية المعروفة، وخاصة تلك المعنية في معالجة الحمض النووي/الحمض النووي…
-
أستار: حزمة لإعادة بناء النشوء والتطور على نطاق واسع
2025 | المؤلف: Chao Zhang وآخرون | المجلة: Molecular Biology and Evolution | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على تطوير حزمة شاملة تُدعى ASTER، والتي تدمج طرقًا مختلفة مشابهة لـ ASTRAL لاستنتاج شجرة الأنواع تأخذ في الاعتبار عدم توافق شجرة الجينات. تشمل حزمة ASTER عدة أدوات متخصصة مصممة لأنواع مختلفة من بيانات الإدخال: ASTRAL لتوبولوجيات شجرة الجينات ذات النسخة الواحدة، ASTRAL الموزونة (wASTRAL) لشجرات الجينات ذات النسخة الواحدة…
-
AMPGen: نموذج توليدي مدفوع بالمعلومات المحفوظة والتطور لتصميم جديد للببتيدات المضادة للميكروبات
2025 | المؤلف: S. Jin وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)يقدم القسم AMPGen، وهو نموذج توليدي جديد مصمم لإنشاء الببتيدات المضادة للميكروبات (AMPs) من الصفر، والتي تتميز بمرونتها الهيكلية وضرورتها للعديد من الوظائف البيولوجية. تكافح نماذج تصميم البروتين التقليدية في توليد مثل هذه الببتيدات بسبب نقص الهياكل المستقرة. يدمج AMPGen المعلومات التطورية من خلال نموذج انتشار تلقائي مدرب مسبقًا وغير حساس للترتيب يستخدم الانتباه المحوري…
-
الحفاظ على العناصر التنظيمية ذات التسلسلات المتباينة بشكل كبير عبر مسافات تطورية كبيرة
2025 | المؤلف: Mai H.Q. Phan وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحفاظ على العناصر التنظيمية cis (CREs) خلال التطور الجنيني، مع التركيز على قلوب الفئران والدجاج. على الرغم من الحفاظ الملحوظ على تعبير الجينات النمائية، وجد الباحثون أن معظم CREs تفتقر إلى الحفاظ على التسلسل، خاصة على مسافات تطورية أكبر. لمعالجة ذلك، طوروا خوارزمية تعتمد على التماثل تسمى إسقاط النقاط بين الأنواع، والتي تحدد…
-
NuFold: نهج شامل لتوقع الهيكل الثلاثي RNA مع تمثيل مرن لمركز القاعدة النووية
2025 | المؤلف: Yuki Kagaya وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة الدور المحوري لـ RNA في العمليات البيولوجية، مع التأكيد على وظائفه كـ RNA رسول (mRNA) و RNAs غير المشفرة (ncRNAs). على الرغم من أهمية فهم الهياكل الثلاثية لـ RNA لتوضيح آلياتها الوظيفية، فإن التحديد التجريبي لهذه الهياكل محدود ويتطلب موارد كبيرة، مما يؤدي إلى فجوة كبيرة في البيانات الهيكلية المتاحة. لمعالجة هذه…
-
توقع توزيع التشكيلات البروتينية عالي الإنتاجية باستخدام AlphaFold2 مع أخذ عينات فرعية
2024 | المؤلف: Gabriel Monteiro da Silva وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح الأساليب التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. يوضح معايير اختيار المشاركين، وتصميم التجارب، والتقنيات الإحصائية المستخدمة في تحليل البيانات. استخدم الباحثون مجموعة من الأساليب الكمية والنوعية لضمان فهم شامل للظواهر قيد البحث. شملت جمع البيانات أدوات وبروتوكولات موحدة للحفاظ على الاتساق والموثوقية. شمل التحليل نماذج إحصائية متقدمة، مثل تحليل الانحدار وANOVA، لتقييم دلالة…
-
تحسين توقعات بنية البروتينات الأحادية والمعقدة باستخدام DeepMSA2 مع بيانات الميتاجينوم الضخمة
2024 | المؤلف: Wei Zheng وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تم تقديم خط أنابيب DeepMSA2 كنهج جديد لبناء محاذاة متعددة التسلسلات الموحدة (MSAs) للبروتينات أحادية ومتعددة السلاسل، باستخدام بحث محاذاة تكراري عبر قواعد البيانات الجينومية والميتا جينومية. تشير الاختبارات الشاملة إلى أن MSAs التي تم إنشاؤها بواسطة DeepMSA2 تعزز بشكل كبير دقة توقعات الهيكل الثلاثي والرباعي للبروتين مقارنة بالطرق الحالية المتطورة. ومن الجدير بالذكر أنه…