الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: ميتاجينوميات
-
يمكن أن تؤدي الجينومات البشرية المرجعية غير المكتملة إلى تحيزات جنسية خاطئة وكشف معلومات تعريف المرضى في بيانات الميتاجينوم
2025 | المؤلف: Caitlin Guccione وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)في هذا القسم، قام المؤلفون بتقييم فعالية ثلاث طرق لتصفية المضيف على عينات مختلفة من الكتلة الحيوية الميكروبية، بما في ذلك بيانات الإكسوم البشري وعينات الميتاجينوم من الأنسجة والجلد والبراز. قاموا بتحليل 30 عينة من تسلسل الإكسوم البشري من مورد عينات الجينوم الدولي (IGSR) ووجدوا أن الطريقة 2 كانت الأكثر فعالية، حيث تركت أقل عدد…
-
زراعة الميكروبات المستهدفة الموجهة بواسطة الميتاجينوم
2025 | المؤلف: Jeremy Armetta وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على أنواع مختلفة مصنفة تحت ترتيب Clostridiales، وبشكل خاص تلك التي تم تحديدها على أنها “أنواع غير مؤكدة”، مما يشير إلى عدم اليقين في تصنيفها الضريبي. تسرد عدة إدخالات مع بيانات وصفية مرتبطة، بما في ذلك الإشارات إلى سلالات أو أنواع محددة، مثل “mO TU v25 125 16” و “mO…
-
تطور مسببات الأمراض ESKAPE بسرعة مقاومة ضد المضادات الحيوية قيد التطوير في المختبر
2025 | المؤلف: Lejla Daruka وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: الطب الجزيئي (Molecular Medicine)تدرس الدراسة التطور السريع لمقاومة المضادات الحيوية بين مسببات الأمراض ESKAPE—تحديدًا، *Escherichia coli*، *Klebsiella pneumoniae*، *Acinetobacter baumannii*، و *Pseudomonas aeruginosa*—استجابةً لـ 13 مضاد حيوي تم تقديمه حديثًا أو قيد التطوير. تشير النتائج إلى أن المقاومة يمكن أن تظهر في غضون 60 يومًا من التعرض، مع وجود طفرات مقاومة موجودة مسبقًا في تجمعات البكتيريا الطبيعية. كشفت…
-
نمو الميكروبات في أنماط الحياة التنافسية يعزز زيادة الجينات المقاومة للمضادات الحيوية في ميكروبات التربة: رؤى مستندة إلى الصفات الجينية
2025 | المؤلف: Zishu Liu وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: التلوث (Pollution)تبحث الدراسة في ديناميات جينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) داخل المجتمعات الميكروبية في التربة تحت تركيزات متغيرة من المضاد الحيوي أوكسي تتراسيكلين (OTC). باستخدام زراعة الميكروكوزم وعلم الجينوميات الميتاجينية، تكشف الدراسة أن وفرة وغنى ARGs تظهر علاقة غير أحادية مع تركيز المضاد الحيوي، حيث تصل إلى ذروتها عند مستويات متوسطة (0.1 و 0.5 ملغ/ل). ومن…
-
تدفق جينات مقاومة المضادات الحيوية الإقليمية بين قطاعات الصحة الواحدة في الصين
2025 | المؤلف: Yuqing Feng وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: التلوث (Pollution)تبحث هذه الدراسة في انتقال جينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) عبر القطاعات البشرية والغذائية والبيئية في دينغفنج، مقاطعة خنان، الصين، باستخدام تسلسل الميتاجينوم واسع النطاق جنبًا إلى جنب مع زراعة عزلات بكتيرية مقاومة من 592 عينة. تم تحديد ما مجموعه 40 نوعًا من ARG و743 نوعًا فرعيًا، مع انتشار ملحوظ لجينات المقاومة المتعددة. تشير النتائج…
-
آثار تحويل البيانات واختيار النموذج على أهمية الميزات في بيانات تصنيف الميكروبيوم
2025 | المؤلف: Zuzanna Karwowska وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يناقش المؤلفون أهمية تصنيف الأنماط الظاهرة للمضيف بدقة من بيانات الميكروبيوم لتعزيز العلاجات المعتمدة على الميكروبيوم، مع تسليط الضوء على التحديات التي تطرحها تعقيدات الميكروبيوم المعوي، وندرة البيانات، والتركيب، والخصوصية السكانية. يؤكدون أنه بينما يمكن أن تخفف تحولات بيانات الميكروبيوم من بعض هذه التحديات، فإن تطبيقها في مهام التعلم الآلي لا يزال…
-
التنوع والبيوجغرافيا للميكروبيوم البكتيري في الجداول المغذية من الأنهار الجليدية
2025 | المؤلف: Leïla Ezzat وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم البيئة (Ecology)تشير النتائج من تحليل تقسيم التباين لميكروبيوم GFS إلى أن النموذج قد غطى 54.9% من إجمالي التباين في تركيب الميكروبيوم. تم هيكلة هذا التباين مكانيًا عبر مقاييس مختلفة، مع مساهمات محددة من التدرجات الخطية (15.9%، $F_{3,134}=9.8$، $p=0.001$)، بين سلاسل الجبال (20.8%، $F_{9,131}=5.97$، $p=0.001$)، وداخل سلاسل الجبال (16.4%، $F_{60,122}=1.7$، $p=0.001$). من الجدير بالذكر أن العمليات المكانية…
-
تطبيق تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي في تشخيص الأمراض المعدية
2024 | المؤلف: Yu Zhao وآخرون | المجلة: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology | المجال: الكيمياء الحيوية السريرية (Clinical Biochemistry)تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي (mNGS) يحدث ثورة في تشخيص الأمراض المعدية من خلال تمكين الكشف غير المتحيز عن وتوصيف الجينومات الميكروبية مباشرة من العينات السريرية. تستعرض هذه المراجعة المبادئ الأساسية، وسير العمل في التسلسل، والمنصات المرتبطة بـ mNGS، مع التأكيد على منهجية التسلسل العشوائي التي تسمح بالتعرف المتزامن على البكتيريا والفيروسات والفطريات والطفيليات دون معرفة…
-
أداء اختبار تسلسل الجيل التالي الميتاجينومي السريري على مدى سبع سنوات لتشخيص التهابات الجهاز العصبي المركزي
2024 | المؤلف: Patrick Benoit وآخرون | المجلة: Nature Medicine | المجال: علم الأوبئة (Epidemiology)قسم “الطرق” يوضح تصميم التجارب والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث تم استخدام التحليلات الإحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج المعنية. تم جمع البيانات باستخدام أدوات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية. علاوة على ذلك، شملت التحليلات…
-
تحليل مجمع لملفات الميكروبيوم الفموي يحدد توقيعات قوية مرتبطة بالتهاب اللثة
2024 | المؤلف: Assem Soueidan وآخرون | المجلة: mSystems | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)يتناول قسم ورقة البحث العلاقة بين اختلال الميكروبات الفموية والتهاب اللثة، مع تسليط الضوء على قيود تسلسل جين 16S rRNA في تحديد الأنواع البكتيرية بدقة. لمعالجة ذلك، قام المؤلفون بإجراء تسلسل ميتاجينومي عميق للغاية على عينات من 24 مريضًا يعانون من التهاب اللثة وقارنوها ببيانات من 214 فردًا صحيًا، ليصل إجمالي العينات إلى 262. سمح…
