DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-026-39686-y
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41663524
تاريخ النشر: 2026-02-10
المؤلف: Michal Alexovič وآخرون
الموضوع الرئيسي: تقنيات البروتيوميات المتقدمة وتطبيقاتها
نظرة عامة
تبحث الدراسة في ملفات البروتينات في كريات الدم المحيطية CD14+ وحيدة النواة في أنواع مختلفة من سرطان الثدي اللمعي (Lum BC) مقارنةً بالضوابط الصحية (HCs) والحالات الحميدة. باستخدام مطيافية الكتلة، تحدد الدراسة البروتينات المعبر عنها بشكل مختلف (DEPs) مثل SRSF1 و CSTB و KRT2 و KRT5 و HEL-S-11 و APOB و APOE و ITGA2B، والتي تظهر تغييرات ملحوظة عبر جميع أنواع Lum BC (تغيير مضاعف ≥ 1.4 أو ≤ 0.7، قيمة P المعدلة ≤ 0.05). من الجدير بالذكر أن بروتينات مثل APOB و APOE تظهر إمكانات كفئات مع منطقة تحت المنحنى (AUC) ≥ 0.6. تكشف تحليل مجموعة الجينات (GSEA) عن تغييرات ملحوظة في المسارات، بما في ذلك انخفاض تنظيم مسارات هرمون إطلاق الغونادوتروبين وإشارات الكالسيوم في LumA، بينما يظهر LumB-HER2- زيادة تنظيم مسار الريبوسوم.
تعترف الدراسة بالقيود، بما في ذلك حجم العينة الصغير وغير المتوازن، مما قد يؤثر على قوة النتائج. تشير التحليلات إلى أنه بينما قد لا تكون توقيعات البروتين الفردية كافية للتفريق بين أنواع BC بشكل قاطع، فإن لوحات العلامات البيولوجية المعتمدة يمكن أن تعزز دقة التشخيص. الطبيعة الأولية للنتائج تتطلب التحقق في مجموعات أكبر ومستقلة لتأكيد إمكانات العلامات البيولوجية المحددة في عكس الاستجابات المناعية المتعلقة بسرطان الثدي والمساعدة في تصنيف المرض.
طرق
تحدد قسم “المواد والطرق” في ورقة البحث التصميم التجريبي والإجراءات المستخدمة للتحقيق في سؤال البحث. يوضح المواد المحددة المستخدمة، بما في ذلك أي مواد كيميائية ومعدات وعينات بيولوجية، مما يضمن إمكانية تكرار الدراسة. تشمل المنهجية إعداد التجربة، بما في ذلك الضوابط والمتغيرات، بالإضافة إلى التحليلات الإحصائية المطبقة لتفسير البيانات.
بالإضافة إلى ذلك، قد يصف القسم البروتوكولات المتبعة لجمع البيانات، مثل تقنيات أخذ العينات، وطرق القياس، وأي أدوات حسابية مستخدمة للتحليل. يضمن هذا النهج الشامل أن تكون النتائج قوية ويمكن التحقق منها من خلال الأبحاث المستقبلية. بشكل عام، فإن الوضوح والدقة في هذا القسم أمران حاسمان لسلامة ومصداقية نتائج البحث.
نتائج
استخدمت نتائج هذه الدراسة بروتينات الشوتغن، والكروماتوغرافيا السائلة عالية الأداء للغاية المرتبطة بمطيافية الكتلة المت tandem (UHPLC-MS/MS)، والقياس بدون علامات (LFQ) لتحليل ومقارنة البروتينات في أنواع مختلفة من سرطان الثدي، بما في ذلك Luminal A (LumA، n = 7)، Luminal B-like HER2- (LumB-like HER2-، n = 15)، Luminal B-like HER2+ (LumB-like HER2+، n = 4)، الحالات الحميدة (n = 8)، والضوابط الصحية (HCs، n = 10).
تم جعل بيانات البروتينات الناتجة عن هذا التحليل متاحة للجمهور من خلال اتحاد ProteomeXchange، تحديدًا في مستودع شريك PRIDE، تحت معرف مجموعة البيانات PXD068744. يسهل ذلك المزيد من الأبحاث والتحقق من النتائج المقدمة في هذه الدراسة.
مناقشة
في هذا القسم المناقشة، يستكشف المؤلفون التعبير المختلف للبروتينات في كريات الدم المحيطية CD14+ وحيدة النواة بين أنواع سرطان الثدي اللمعي (BC) المختلفة مقارنةً بالضوابط الصحية. يؤكدون على أهمية التمييز بين الأنواع Luminal A (LumA) و Luminal B (LumB) بسبب اختلاف توقعاتهم واستجاباتهم للعلاج. تحدد الدراسة العديد من البروتينات المعبر عنها بشكل مختلف (DEPs)، بما في ذلك SRSF1، الذي يتم تنظيمه بشكل زائد عبر جميع أنواع BC اللمعية ويُعتبر مرتبطًا بالتقطيع البديل وتقدم السرطان. بالمقابل، يتم تنظيم CSTB بشكل منخفض في جميع الأنواع اللمعية، مما يشير إلى ارتباط محتمل بتمايز وحيدة النواة إلى البلعميات وتفاعلات بيئة الورم.
كما يبرز المؤلفون أدوار الكيراتينات (KRT2 و KRT5) وبروتينات أخرى مثل HEL-S-11 و APOB و ITGA2B، المرتبطة بالاستجابات المناعية وتقدم الورم. على سبيل المثال، يُلاحظ أن APOB له دور في نقل الدهون وروابط محتملة لتطور الورم، بينما يُقترح أن ITGA2B يسهل هجرة وحيدة النواة خلال الاستجابات الالتهابية. تؤكد النتائج على تعقيد تفاعلات خلايا المناعة في BC وإمكانية أن تكون هذه البروتينات بمثابة علامات حيوية لتقدم المرض وأهداف علاجية. بشكل عام، تدعو الدراسة إلى مزيد من التحقيق في ملفات البروتينات لوحيدات النواة لتعزيز فهم أنواع BC وتحسين النتائج السريرية.
DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-026-39686-y
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41663524
Publication Date: 2026-02-10
Author(s): Michal Alexovič et al.
Primary Topic: Advanced Proteomics Techniques and Applications
Overview
The research investigates the proteomic profiles of peripheral blood CD14+ monocytes in various subtypes of luminal breast carcinomas (Lum BC) compared to healthy controls (HCs) and benign cases. Utilizing mass spectrometry, the study identifies differentially expressed proteins (DEPs) such as SRSF1, CSTB, KRT2, KRT5, HEL-S-11, APOB, APOE, and ITGA2B, which exhibit significant changes across all Lum BC subtypes (fold change ≥ 1.4 or ≤ 0.7, adjusted P-value ≤ 0.05). Notably, proteins like APOB and APOE demonstrate potential as classifiers with an area under the curve (AUC) ≥ 0.6. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) reveals significant pathway alterations, including downregulation of the KEGG Gonadotropin release hormone and Calcium signaling pathways in LumA, while LumB-HER2- shows upregulation of the Ribosome pathway.
The study acknowledges limitations, including a small and unbalanced sample size, which may affect the robustness of the findings. The analysis suggests that while single protein signatures may not suffice for definitive BC subtype differentiation, established biomarker panels could enhance diagnostic accuracy. The preliminary nature of the findings necessitates validation in larger, independent cohorts to confirm the potential of identified biomarkers in reflecting breast cancer-related immune responses and aiding in disease subcategorization.
Methods
The “Materials and Methods” section of the research paper outlines the experimental design and procedures employed to investigate the research question. It details the specific materials used, including any reagents, equipment, and biological samples, ensuring reproducibility of the study. The methodology encompasses the experimental setup, including controls and variables, as well as the statistical analyses applied to interpret the data.
Additionally, the section may describe the protocols followed for data collection, such as sampling techniques, measurement methods, and any computational tools utilized for analysis. This comprehensive approach ensures that the findings are robust and can be validated by future research. Overall, the clarity and precision in this section are crucial for the integrity and credibility of the research outcomes.
Results
The results of this study utilized shotgun proteomics, ultra-high-performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (UHPLC-MS/MS), and label-free quantitation (LFQ) to analyze and compare the proteomes of various breast cancer subtypes, including Luminal A (LumA, n = 7), Luminal B-like HER2- (LumB-like HER2-, n = 15), Luminal B-like HER2+ (LumB-like HER2+, n = 4), benign cases (n = 8), and healthy controls (HCs, n = 10).
The proteomic data generated from this analysis have been made publicly available through the ProteomeXchange Consortium, specifically in the PRIDE partner repository, under the dataset identifier PXD068744. This facilitates further research and validation of the findings presented in this study.
Discussion
In this discussion section, the authors explore the differential expression of proteins in peripheral blood CD14+ monocytes among various luminal breast cancer (BC) subtypes compared to healthy controls. They emphasize the importance of distinguishing between Luminal A (LumA) and Luminal B (LumB) subtypes due to their differing prognoses and treatment responses. The study identifies several differentially expressed proteins (DEPs), including SRSF1, which is upregulated across all luminal BC subtypes and is implicated in alternative splicing and cancer progression. Conversely, CSTB is downregulated in all luminal subtypes, suggesting a potential link to monocyte-to-macrophage differentiation and tumor microenvironment interactions.
The authors also highlight the roles of keratins (KRT2 and KRT5) and other proteins such as HEL-S-11, APOB, and ITGA2B, which are associated with immune responses and tumor progression. For instance, APOB is noted for its role in lipid transport and potential links to tumor development, while ITGA2B is suggested to facilitate monocyte migration during inflammatory responses. The findings underscore the complexity of immune cell interactions in BC and the potential for these proteins to serve as biomarkers for disease progression and therapeutic targets. Overall, the study advocates for further investigation into the proteomic profiles of monocytes to enhance understanding of BC subtypes and improve clinical outcomes.