تحديد درجات الدوائر الدماغية المخصصة يميز الأنماط البيولوجية السريرية المختلفة في الاكتئاب والقلق Personalized brain circuit scores identify clinically distinct biotypes in depression and anxiety

المجلة: Nature Medicine، المجلد: 30، العدد: 7
DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-024-03057-9
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38886626
تاريخ النشر: 2024-06-17

تحديد درجات الدوائر الدماغية المخصصة يميز الأنماط البيولوجية السريرية المختلفة في الاكتئاب والقلق

تاريخ الاستلام: 22 مايو 2023
تم القبول: 9 مايو 2024
نُشر على الإنترنت: 17 يونيو 2024

ليوناردو توزي © شيوي زانغ © آدم باينز أليسا م. أولمستيد إميلي س. زهاي © إستير ت. أنيني ميغان تشيسنوت¹، بيلي هولت-غوسلين سارة تشانغ باتريك سي. ستيتس كارولينا أ. راميريز لورا م. هاك مايورش س. كورغاونكار © ماكس وينترمارك إيان إتش. غوتليب جون ما وليان م. ويليامز

الملخص

هناك حاجة ملحة لاشتقاق مقاييس كمية تستند إلى خلل عصبي حيوي متماسك أو ‘أنماط حيوية’ لتمكين تصنيف المرضى الذين يعانون من الاكتئاب والقلق. استخدمنا بيانات خالية من المهام وبيانات مستحثة بالمهام من بروتوكول تصوير الرنين المغناطيسي الوظيفي القياسي الذي تم إجراؤه عبر دراسات متعددة في مرضى الاكتئاب والقلق عندما كانوا غير خاضعين للعلاج. ) وبعد التوزيع العشوائي إلى العلاج الدوائي أو العلاج السلوكي ( من هؤلاء المرضى، استخلصنا درجات شخصية وقابلة للتفسير لخلل الدوائر الدماغية مستندة إلى تصنيف نظري. تم تقسيم المشاركين إلى ستة أنواع حيوية محددة من خلال ملفات تعريف مميزة للاتصال الوظيفي الداخلي الخالي من المهام ضمن دوائر الوضع الافتراضي، والأهمية، والانتباه الجبهي الجبهي، وكذلك من خلال النشاط والاتصال ضمن المناطق الجبهية وتحت القشرية التي تم تحفيزها بواسطة المهام العاطفية والمعرفية. أظهرت الأنواع الحيوية الستة اتساقًا مع تصنيفنا النظري وتم تمييزها من خلال الأعراض، والأداء السلوكي في الاختبارات الحاسوبية العامة والعاطفية المعرفية، والاستجابة للعلاج الدوائي بالإضافة إلى العلاج السلوكي. توفر نتائجنا طريقة كمية جديدة مدفوعة بالنظرية، ومصادق عليها سريريًا، وقابلة للتفسير لتفكيك التباين البيولوجي للاكتئاب والقلق. وبالتالي، تمثل نهجًا واعدًا لتعزيز الرعاية السريرية الدقيقة في الطب النفسي.

الاكتئاب واضطرابات القلق المرتبطة به تمثل عبئًا مهمًا على الصحة العامة العالمية ، وقد تم عرقلة علاجها بسبب التباين في الأسباب والظواهر. النظام التشخيصي النفسي الحالي يخصص تسمية واحدة للمتلازمات التي قد تشمل خللًا في عمليات عصبية حيوية متعددة ومتداخلة، والتي من المحتمل أن تتطلب كل منها علاجًا مختلفًا. وهذا يتضح من حقيقة أن أكثر من ثلث المرضى الذين تم تشخيصهم باضطراب الاكتئاب الشديد، وحوالي نصف المرضى الذين تم تشخيصهم باضطراب القلق العام، لا يستجيبون للعلاج الأولي.
علاج على عكس النهج ‘الذي يناسب الجميع’، يتطلب نهج الطب الدقيق للرعاية مقاييس موحدة تكون مخصصة للمرضى الأفراد وقابلة للتفسير من قبل الأطباء. ومع ذلك، فإن وعد هذا النهج محدود حاليًا بسبب نقص المقاييس الشخصية والقابلة للتفسير لقياس الاضطرابات العصبية الحيوية لدى المرضى الذين يعانون من الاكتئاب واضطرابات القلق المرتبطة به. نحن نعتقد أن هذه المقاييس يجب أن تساعد في توضيح الاضطرابات العصبية الحيوية الأساسية ضمن إطار نظري علم الأعصاب، بدلاً من أن تظل صندوقًا أسود خوارزميًا. باستخدام هذه
يمكن تصنيف المرضى بشكل استباقي إلى مجموعات فرعية تشترك في خلل عصبي بيولوجي مشابه، أو ‘أنماط حيوية’، كل منها قد يشير إلى مجموعة مختلفة من أساليب العلاج أو مسار علاج مختلف.
لقد استخدمت الجهود الرامية إلى تصنيف الأنماط الحيوية للمرضى المكتئبين والقلقين الذين يعانون من خلل في الدوائر الدماغية المماثلة عادةً التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي (fMRI) بدون مهام. على سبيل المثال، وجدت دراسة رائدة أنماطًا حيوية تتميز بالاتصال الشاذ في الشبكات الجبهية والستريالية والليمبية التي تستجيب بشكل مختلف للتحفيز المغناطيسي عبر الجمجمة المتكرر (TMS). وجد باحثون آخرون أنواعًا حيوية تتميز بفرط الاتصال ونقص الاتصال في شبكة الوضع الافتراضي. أنماط حيوية تميز القلق المصاحب في سياق الاكتئاب وأنماط حيوية مرتبطة باستجابة أقل فعالية للأدوية المضادة للاكتئاب القياسية .
ومع ذلك، نفتقر إلى الأدلة حول الأنماط البيولوجية في الاكتئاب والقلق التي تستند إلى قياس مستوى المشاركين من التدابير المستمدة من طرق التصوير المستحثة بالمهام. يظهر المرضى الذين يعانون من الاكتئاب والقلق خللاً في نشاط وترابط دوائر الدماغ استجابةً لمؤشرات محددة من الإدراك العام والعاطفي. بعبارة أخرى، في الاكتئاب والقلق، يشارك الدماغ باستمرار ومرونة دوائر مختلفة تحت ظروف مستحثة بالمهام وبدون مهام. لذلك، قد تكون كلا المصدرين من المعلومات مفيدة في تحديد الأنماط البيولوجية والعلاجات الموجهة حسب الأنماط البيولوجية. وهذا يشبه جمع تصوير القلب خلال كل من حالات الراحة والمهام التي يتم فيها استثارة نشاط القلب (على سبيل المثال، اختبارات الإجهاد) لتمكين تشخيصات دقيقة وخطط علاج، وهو أمر ضروري نظرًا لتعقيد هذا العضو ووظائفه. في الواقع، وجدت التجارب السريرية أن القياسات المستمدة من التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي القائم على المهام غالبًا ما تتنبأ بالاستجابة في علاج الاكتئاب (على سبيل المثال، المراجع 9-12) وقد كانت مؤخرًا العلامة الحيوية المفضلة لتطوير العلاجات الدوائية الجديدة (على سبيل المثال، المرجع 13).
لقد استخدمت الدراسات الأساسية التي تعتمد على مؤشرات الاتصال في الدماغ بالكامل، والتي لا تتطلب مهام، غالبًا نهجًا غير خاضع للإشراف يعتمد على آلاف الميزات لتحديد الأنماط البيولوجية. ومع ذلك، نحن نفترض أن الترجمة السريرية تتطلب نهجًا مستندًا إلى نظرية يعتمد على مجموعة محددة جيدًا من المدخلات القابلة للتعامل. كما أن هذا النهج يعالج إمكانية الحصول على نتائج متفائلة بشكل مفرط (التكيف الزائد) عند استخدام آلاف المدخلات بطريقة غير خاضعة للإشراف بالكامل – وهي قضية تم طرحها في هذا المجال. (لكن انظر المرجع 15، الذي يتناول مشكلة الإفراط في التكيف ).
أخيرًا، قامت الدراسات السابقة بتقييم قدرة الأنماط الحيوية على التنبؤ بالاستجابة لعلاج واحد (على سبيل المثال، أو مضادات الاكتئاب بدلاً من مقارنة الاستجابات عبر فئات مختلفة من العلاجات. لتعظيم القيمة الانتقالية للأنماط البيولوجية، يجب في النهاية تحديد العلاج الأمثل لكل نمط بيولوجي من خلال مقارنة كيفية استجابة الأنماط البيولوجية المختلفة عند تلقي نفس العلاج.
في الدراسة الحالية، نعرض نهجًا جديدًا لتوليد أنواع حيوية من الاكتئاب والقلق استنادًا إلى بيانات التصوير المستحث بالمهام وبيانات التصوير الخالية من المهام، والتي تم قياسها على مستوى كل مريض فردي وتقييمها في سياق الأعراض والسلوكيات والنتائج العابرة للتشخيص مع أنواع متعددة من العلاجات. يعتمد نهجنا على نظام موحد لتقدير الدوائر العصبية يمكّننا من حساب عدد قابل للإدارة من مقاييس وظيفة الدائرة المستحثة بالمهام والمقاييس الخالية من المهام على أساس كل مشارك فردي. هذه المقاييس متجذرة بقوة في تركيب نظري لدراسات تصوير الدماغ الوظيفي التي تشير إلى خلل في الدوائر واسعة النطاق في الميزات السريرية للاكتئاب والقلق. . وبالتالي، يوفر نهجنا المدفوع نظريًا رؤى فريدة قد تكون قد فاتت الدراسات السابقة التي اعتمدت فقط على بيانات خالية من المهام أو استخرجت أعدادًا كبيرة من الميزات باستخدام تقنيات تحليل البيانات الاستكشافية. في عيّنتنا المكونة من 801 مشاركًا يعانون من الاكتئاب والقلق ( من بينهم من لم يتلقوا العلاج)، فإن استخدام نفس تسلسلات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي، والأعراض، وقياسات السلوك، مكننا من التحقق سريرياً من الأنماط البيولوجية المستندة إلى النظرية وإظهار أنها تختلف في الأعراض.
الجدول 1 | الخصائص السكانية وميزات التشخيص للعينة المستخدمة في التحليلات
ميزة سريري التحكمات
رقم ٨٠١ ١٣٧
جنس
أنثى (%) 461 (58) 67 (49)
ذكر، (%) ٣٢٩ (٤١) 70 (51)
آخر (%) 11 (1) 0 (0)
العمر (سنوات)، المتوسط (الانحراف المعياري) ٣٤٫٢٤ (١٣٫٤٠) ٣٢.١٠ (١٢.٥٧)
سباق
الأمريكيون الأصليون/السكان الأصليون في ألاسكا (%) ٣ 0 (0%)
آسيوي (%) 181 (23) ٢٩ (٢١)
أسود/أمريكي أفريقي (%) 16 (2) 1 (1)
هاواي/جزيرة المحيط الهادئ (%) 1 (0) 0 (0)
أكثر من عرق واحد، (%) 31 (4) ٤ (٣)
آخر (%) ١٠٣ (١٣) 6 (4)
أبيض (%) 462 (58) 97 (71)
تمت معالجته في البداية، (%) ٤٠ (٥) 0 (0)
ذراع العلاج
إسيتالوبرام (%) ٤٦ (١٢) 0 (0)
سيرترالين (%) ٥٥ (١١) 0 (0)
فينلافاكسين (%) 50 (10) 0 (0)
أنا أهتم، (%) ٤٦ (٩) 0 (0)
يو-كير (%) ٤٠ (٨) 0 (0)
تشخيصات
اضطراب الاكتئاب الرئيسي، (%) 375 (48) 0 (0)
اضطراب القلق العام، (%) 192 (28) 0 (0)
اضطراب الهلع، (%) 75 (10) 0 (0)
اضطراب القلق الاجتماعي، (%) 179 (26) 0 (0)
اضطراب الوسواس القهري، (%) 47 (7) 0 (0)
اضطراب ما بعد الصدمة، (%) 37 (5) 0 (0)
التعايش (تشخيصان أو أكثر) 221 (28) 0 (0)
للحصول على معلومات مفصلة حول مجموعات البيانات الفردية المستخدمة، انظر الجداول التكميلية 1 و 2. الدليل التشخيصي والإحصائي للاضطرابات النفسية، الطبعة الرابعة، مراجعة النص (DSM-IV-TR) (RAD) ، DSM-5 (HCP-DES) أو DSM-IV (iSPOT-D) تم التأكد من معايير اضطراب الاكتئاب الرئيسي، اضطراب القلق، اضطراب ما بعد الصدمة أو اضطراب الوسواس القهري من قبل طبيب نفسي، طبيب عام أو موظفي البحث باستخدام المقابلة المنظمة، المقابلة النفسية الدولية المصغرة (MINI) . في عينة ENGAGE، اعتُبر المرضى مؤهلين إذا حصلوا على في استبيان صحة المريض 9 (PHQ-9)، وهو عتبة مع خصوصية لاضطراب الاكتئاب الرئيسي ، وكان لديهم مؤشر كتلة جسم مؤهل عند فحص الدراسة. تم التأكد من التعايش من السجلات الصحية الإلكترونية.
ملفات تعريف وأداء في اختبارات سلوكية عامة وعاطفية، معرفية، محوسبة. علاوة على ذلك، تم تسجيل جزء كبير من المشاركين في تجارب سريرية عشوائية لمضادات الاكتئاب أو العلاج السلوكي، مما مكننا من إثبات أن أنواعنا البيولوجية تختلف في نتائجها عبر علاجات متعددة.

النتائج

تحدد درجات دوائر الدماغ الشخصية ستة أنواع بيولوجية

بدأنا بتنفيذ إجراء معالجة الصور القياسي الجديد المسمى ‘نظام معالجة الصور ستانفورد إت سير’ الذي قام بت quantifying وظيفة دوائر الدماغ الخالية من المهام والمحفزة بالمهام على مستوى المشاركين الأفراد (الطرق). طبقنا هذا الإجراء على مجموعة بيانات أساسية تتكون من مسح الدماغ الذي تم الحصول عليه من كل من ظروف خالية من المهام وظروف مهام، باستخدام بروتوكولات مسح متطابقة، من 801 مشاركًا يعانون من الاكتئاب واضطرابات القلق ذات الصلة،
بالإضافة إلى 137 ضابطًا صحيًا (الجدول 1 والجدول التكميلية 1). في وقت المسح الأساسي، لم يكن 95% من المشاركين يتلقون أي علاجات مضادة للاكتئاب ولم يتم تشخيص أي من المشاركين باضطراب يعتمد على المواد. استخدمنا نفس إجراء معالجة الصور في مجموعة بيانات العلاج التي تتكون من 250 مشاركًا تم إعادة تقييمهم بعد إكمال تجارب العلاج. خلال هذه التجارب، تم تعيين المشاركين عشوائيًا لتلقي أحد ثلاثة أدوية مضادة للاكتئاب الموصوفة بشكل شائع (إسيتالوبرام، سيرترالين أو فينلافاكسين الممتد الإفراز (XR) ) أو تدخل سلوكي مثبت يدمج حل المشكلات مع التنشيط السلوكي، مقارنة بالعلاج كما هو معتاد (الجداول التكميلية 1 و 2).
باستخدام نظام معالجة الصور لدينا، حصلنا على 41 مقياسًا للتنشيط والاتصال لست دوائر دماغية ذات اهتمام لكل مشارك . لقد أظهرنا سابقًا أن هذه القياسات الدائرية تلبي المعايير النفسية للتحقق من البناء، والاتساق الداخلي، والعمومية . ميزة فريدة من نوعها في نظام معالجة الصور لدينا هي أن قياسات الدوائر الكمية يتم التعبير عنها من حيث وحدات الانحراف المعياري من متوسط عينة مرجعية صحية، وبالتالي فهي قابلة للتفسير لكل فرد. نشير إلى القياسات الناتجة باسم ‘درجات الدوائر الإقليمية’ (الشكل 1 وراجع الطرق التكميلية للحصول على التفاصيل).
لإنشاء أنواع بيولوجية بناءً على درجات الدوائر الإقليمية للمشاركين السريريين، استخدمنا هذه الدرجات كمدخلات لخوارزمية التجميع الهرمي (الشكل 1 والطرق). أنشأنا حلولًا لـ 2-15 مجموعة وقيمناها كما هو موضح في الشكل 2.

تحقق من أنواع البيولوجية

قمنا بالتحقق من أنواعنا البيولوجية باستخدام ستة مصادر متقاربة من الأدلة: طريقة الكوع (الشكل 2أ)؛ إجراءين مقترحين من قبل دينغا وآخرين لتقييم الأدلة على أنواع البيولوجية للاكتئاب والقلق (اختبار دلالة قائم على المحاكاة لمؤشر السيلويت (الشكل 2ب) والاستقرار باستخدام ترك واحد، وترك 20% خارجًا (الشكل 2د، هـ))؛ اختبار دلالة إضافي قائم على التبديل لمؤشر السيلويت (الشكل 2ج)؛ موثوقية نصف الانقسام لملفات تعريف المجموعات (الشكل 2و)؛ ومطابقة الحل لإطار نظري لخلل الدائرة في الاكتئاب والقلق مدعومًا بأبحاث تصوير الدماغ السابقة (الشكل 2ز).
أظهرت طريقة الكوع وجود كوع عند خمس مجموعات وكوع آخر أصغر عند تسع مجموعات، مما يشير إلى أن الحل الأمثل يقع بين هذين القيمتين (الشكل التكميلية 1). أظهر اختبار دلالة قائم على المحاكاة لمؤشر السيلويت أن الحلول التي تحتوي على خمس مجموعات أو أكثر كانت لها مؤشر سيلويت أعلى بشكل ملحوظ من ذلك الذي تم الحصول عليه من تجميع البيانات من توزيع طبيعي متعدد المتغيرات (جميع ؛ الشكل التكميلية 2) وأعلى بشكل ملحوظ من ذلك الذي تم الحصول عليه من تبديل درجات الدوائر عبر المشاركين ( ؛ الشكل التكميلية 3). أظهر تقييم استقرار المجموعة باستخدام التحقق المتقاطع أن جميع الحلول كانت لها استقرار جيد (مؤشر راند المعدل (ARI) > 0.75 لترك واحد و ARI > 0.28 لترك 20% خارجًا) (الشكل التكميلية 4).
الشكل 1| نظرة عامة على معالجة الصور وتحليل مستوى المشاركين. أ، مقاييس التنشيط المستندة إلى المهام والاتصال الوظيفي والاتصال الخالي من المهام المستمدة من المناطق التي تنتمي إلى ست دوائر نعتبرها ذات صلة بالاكتئاب والقلق. (ط) تم اشتقاق دوائر الوضع الافتراضي (D) والاهتمام (S) والانتباه (A) من الفترات الخالية من المهام من التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي. تم تنشيط الدوائر السلبية والإيجابية (P) من خلال مهمة تعبيرات الوجه. على وجه الخصوص، تم تنشيط الدائرة السلبية في ظروف الوعي بالتهديد (NTC)، والتهديد غير الواعي (NTN) والحزن (NS). تم تنشيط دائرة التحكم المعرفي (C) من خلال مهمة Go-NoGo. (ط) قمنا بتعريف المناطق ذات الاهتمام التي تتكون منها كل دائرة من منصة التحليل الميتا-تحليل Neurosynth وقمنا بتنقيحها بناءً على مراقبة الجودة، ومجموعة من المعايير النفسية وما إذا كانت متورطة في الاكتئاب والقلق. (ط) قمنا باستخراج الاتصال الوظيفي بين مناطق الدائرة للدورات الخالية من المهام، والتنشيط والاتصال للمناطق للدورات المنخرطة في المهام (المناطق موضحة ككرة، والاتصال موضح كخطوط). ب، ثم عبرنا
عبر جميع تحليلات التحقق، ظهرت ستة كعدد قابل للتطبيق من المجموعات. كانت اختبارات مؤشر السيلويت التي تقارن البيانات مع بيانات من توزيع طبيعي متعدد المتغيرات ومع تبديل درجات الدوائر عبر المشاركين ذات دلالة لهذا الحل (متوسط السيلويت و ، على التوالي) وأظهر التحقق المتقاطع أنه كان له استقرار جيد (ARI = 0.80 لترك الدراسة خارجًا و ARI = 0.35 لترك 20% خارجًا). أيضًا، في حل الست مجموعات، ظهرت مجموعة تميزت بتقليل التنشيط المحفز بالمهام خلال التحكم المعرفي، والذي افترضناه بشكل خاص .
تميزت الأنواع البيولوجية الست الناتجة بملفات تعريف محددة من النشاط الخالي من المهام والنشاط المحفز بالمهام و/أو الاتصال، بالنسبة لبعضها البعض ولعينة مرجعية صحية لدينا. لتسمية هذه الملفات التعريفية الدائرية المميزة، حددنا أي ميزات دائرة، نشاط أو اتصال تميزت بفارق لا يقل عن . بعيدًا عن عينة المرجع الصحية. يتم توضيح النشاط المتميز وملفات الاتصال لكل نوع بيولوجي باستخدام مخطط دائري ورسم بياني عددي في الشكل 3 مع مزيد من التفاصيل الموضحة في الرسوم البيانية الشريطية في الشكل التكميلي 5. قمنا بتسمية كل نوع بيولوجي وفقًا للدارات وميزات الدائرة التي ميزتهم بشكل خاص عند هذا العتبة بالنسبة لبعضهم البعض ولعينة المرجع الصحية. استخدمنا التسمية التالية (كل دائرة تشير إليها حرف): D، وضع افتراضي؛ S، أهمية؛ A، انتباه؛ NS، دائرة التأثير السلبي الناتجة عن المحفزات الحزينة؛ NTC، دائرة التأثير السلبي الناتجة عن المحفزات المهددة الواعية؛ NTN، دائرة التأثير السلبي الناتجة عن المحفزات المهددة غير الواعية؛ P، دائرة التأثير الإيجابي؛ C، دائرة معرفية. يتم الإشارة إلى ميزة الدائرة المميزة كحرف فرعي: C، الاتصال؛ A، النشاط، ويتم الإشارة إلى اتجاه الخلل بواسطة + أو – . تم تكرار هذه الملفات المميزة أيضًا عند إجراء إجراء التجميع على نصف عشوائي من البيانات وتعيين المشاركين في النصف المستقل الثاني من البيانات إلى كل مجموعة (الشكل التكميلي 6).
النوع البيولوجي تميز بالترابط الذاتي النسبي داخل دائرة الوضع الافتراضي، وكذلك في دوائر البروز والانتباه الخالية من المهام (الشكل 3أ). بالمقابل، النوع البيولوجي تميز بانخفاض نسبي في الاتصال الداخلي المحدد لدائرة الانتباه (الشكل 3ب). نوع البيوت. ( تميزت بزيادة النشاط خلال معالجة المشاعر الواعية، تحديدًا داخل دائرة التأثير السلبي التي أثارتها المحفزات الحزينة وداخل دائرة التأثير الإيجابي التي أثارتها المحفزات السعيدة (الشكل 3ج). نوع البيوت. تميز بشكل خاص بزيادة النشاط داخل دائرة التحكم المعرفي أثناء تثبيط محفزات NoGo (الشكل 3d). نوع البيوت NTC كان هناك تجمع أصغر يتميز بفقدان نسبي في الاتصال الوظيفي داخل دائرة التأثير السلبي خلال المعالجة الواعية لوجوه التهديد، بالإضافة إلى انخفاض (بدلاً من زيادة) النشاط داخل دائرة التحكم المعرفي أثناء تثبيط محفزات NoGo (الشكل 3e). نوع البيوت. لم يكن متميزًا بخلل كبير في الدائرة مقارنة بأنماط الحياة الأخرى أو بالمعيار الصحي؛ وقد أشرنا إلى ذلك باستخدام الحرف السفلي بدلاً من + أو – (الشكل 3f).
تم استخدام هذه التدابير كقيم انحراف معياري مقارنة بالمشاركين الأصحاء للحصول على درجات دائرية إقليمية مخصصة لكل فرد. انظر الجدول التكميلي 18 للحصول على القائمة الكاملة للدرجات. ج، قمنا بحساب المسافة بين كل زوج من الأفراد كـ 1 – معامل الارتباط لدرجاتهم الدائرية الإقليمية. د، نعرض مصفوفة المسافة بين أول 100 مشارك كخريطة حرارية لأغراض توضيحية. هـ، ثم استخدمنا المسافات التي تم الحصول عليها كمدخلات لتحليل التجميع الهرمي. الأفراد الم depicted تم منحهم الإذن ليتم تضمينهم في مجموعات تحفيز العواطف الوجهية المنشورة. . AG، التلم الزاوي؛ aI، القشرة المعزولة الأمامية؛ aIPL، الفص الجداري السفلي الأمامي؛ amPFC، القشرة الجبهية الأمامية الوسطى؛ Amy، اللوزة؛ dACC، القشرة الحزامية الأمامية الظهرية؛ DLPFC، القشرة الجبهية الظهرية الجانبية؛ LPFC، القشرة الجبهية الجانبية؛ msPFC، القشرة الجبهية الوسطى العلوية؛ PCC، القشرة الحزامية الخلفية؛ PCU، القشرة القبلية؛ pgACC، القشرة الحزامية الأمامية قبل الجينية؛ sgACC، القشرة الحزامية الأمامية تحت الجينية؛ vmPFC، القشرة الجبهية البطنية الوسطى.
لم يتم تفسير هذه الملفات البيولوجية المتميزة بواسطة اختلافات في أجهزة المسح، لأننا قمنا بإزالة تأثيرات أجهزة المسح من بياناتنا باستخدام ComBat (الطرق) وتحققنا من أن توزيع الأنماط البيولوجية لم يختلف عبر أجهزة المسح. ذو وجهين ).

تختلف الأنماط البيولوجية في الأعراض والسلوك واستجابة العلاج

لتوصيف الظواهر السريرية المتميزة لكل نوع من أنواع الدوائر البيولوجية، قمنا بتقييم ملفات الأنواع البيولوجية على ثلاثة أنواع مختلفة
مجالات القياسات السريرية ذات المعنى (الشكل 4): شدة الأعراض، الأداء في الاختبارات المعرفية العامة والعاطفية، واستجابة العلاج التفاضلية. نبرز أن الأنماط البيولوجية للدائرة المستمدة من التجميع تم تمييزها باستخدام مدخلات الدائرة فقط التي تم تقييمها بشكل مستقل عن هذه المجالات من المعلومات السريرية بحيث تمثل الأعراض والأداء واستجابة العلاج مقاييس تحقق خارجية.
سألنا أولاً عما إذا كانت الأنماط البيولوجية تميزت بشدة أعراض الاكتئاب والقلق. لمعالجة هذا




مسافة بين المشاركين في الدراسة السريرية
التجميع الهرمي
الشكل 2|نظرة عامة على التحقق من نوع البيوت. أ، اخترنا حلول نوع البيوت المرشحة بناءً على مجموع المسافات داخل الكتلة. ب، قمنا بتقييم مؤشر الظل لحلولنا بالنسبة لتوزيع متعدد طبيعي فارغ مع الحفاظ على التغاير بين الأفراد. .ج، قمنا بمقارنة مؤشر السيلويت للحلول الخاصة بنا بالنسبة لحل يستخدم تسميات المشاركين الم permuted، بحيث تم كسر تطابق المشاركين مع الدماغ. د، هـ، كررنا نهج التجميع لدينا مع ترك مشارك واحد خارجًا، بالإضافة إلى ترك المشاركين، . في كل تكرار، قمنا بعد ذلك بتقييم التداخل بين تعيين نوع البيوت للمشاركين في حلنا الأصلي وكل حل تكراري من خلال حساب ARI.f. قمنا بتقييم قياسات الدائرة المرتبطة بكل نوع بيوتي عبر مجموعة بياناتنا الأصلية وفي نصفين عشوائيين من مجموعة بياناتنا الأصلية بشكل منفصل. كانت قياسات الدائرة التي كانت باستمرار تم اعتبار الانحراف المعياري عن المتوسط عبر هذه العينات الثلاثة مستقراً. نحن أشرنا إلى ملف خلل الدائرة إلى تلك الموجودة في الأدبيات. لتأسيس الصلاحية السريرية لأنماطنا البيولوجية.
قمنا بتقييم الفروقات المحددة حسب المجموعة في الأعراض المبلغ عنها ) والأداء في بطارية معرفية محوسبة (i). بعد تحديد هذه الاختلافات في العينة الكاملة، قمنا بتقييم استقرار هذه الأعراض والملفات السلوكية عبر تقسيمين عشوائيين لنصف بياناتنا، مستخرجين، في كل مرة، أنواعًا حيوية من النصف الأول وتعيين المشاركين في النصف الثاني إلى نوع حيوي مستخرج من الأول. كما اتبعنا نفس الإجراء في إطار ترك الدراسة خارجًا، حيث نترك واحدة من أربع دراسات خارجًا في كل تكرار. ، ثم قمنا بتقييم استقرار الأعراض المحددة بالنمط البيولوجي (ج) والمعرفية ( الفروق بالنسبة للمشاركين خارج نوع البيوت في كل تكرار. اعتبرنا الفرق مستقراً عندما كان ذا دلالة إحصائية في العينة الكاملة وفي كل من نصف التقسيم العشوائي أو في كل من تقسيمات تكرار ترك الدراسة. لتقييم الفائدة السريرية لأنماط التجمع لدينا، اختبرنا شدة الأعراض المختلفة لكل نمط مقابل عدة علاجات للاكتئاب. الرسوم البيانية في هذه الشكل هي فقط لتوضيح خطوات تحليلنا.
سؤال، استخدمنا مان-ويتني -اختبارات لمقارنة شدة الأعراض لكل نوع بيولوجي مع متوسط شدة الأعراض لجميع المشاركين السريريين الذين ليسوا في النوع البيولوجي (الشكل التكميلي 10 والجداول التكميلية 3 و4). بالنسبة للأرق والانتحارية، تم إجراء هذه المقارنات باستخدام اختبارات بدلاً من ذلك (الشكل التكميلي 11 والجدول التكميلي 5). اعتبرنا الاختبارات المهمة التي .
ثم قمنا بتكرار النتائج المهمة في تحليلات تقسيم النصف وتحليل ترك الدراسة (الشكل 2h,j).
ثانيًا، قمنا بتقييم ما إذا كانت الأنماط الحيوية تميزت من خلال الأداء في مجموعة من الاختبارات المعرفية العامة والعاطفية المحوسبة ذات الصلة بالوظائف الاجتماعية والمهنية اليومية. أجرينا هذه التحليلات كما هو موضح أعلاه للأعراض (المكملات
الشكل 12 والجداول التكميلية 6 و 7). ثم قمنا بتكرار النتائج المهمة في تحليلات تقسيم النصف وترك الدراسة خارجًا (الشكل 2i، k).
ثالثًا، قمنا بتقييم ما إذا كانت الأنماط البيولوجية تتنبأ باستجابة علاجية مختلفة لأحد العلاجات الدوائية الثلاثة أو للعلاج السلوكي مقابل الرعاية المعتادة. أجرينا هذه التحليلات كما هو موضح أعلاه للأعراض والسلوك (الشكل 21، الشكل التكميلي 13 والجداول التكملية 8-10).
النوع البيولوجي “، التي تتميز بفرط الاتصال الدائري بدون مهام، قد أبطأت الاستجابات السلوكية في تحديد الوجوه الحزينة (حجم التأثير (ES) فترة الثقة (CI) ، تم تكراره في دراسة الخروج من العطلة)، زيادة الأخطاء في مهمة الوظيفة التنفيذية ( )، أخطاء أقل في العمولة في مهمة التحكم المعرفي ( ، -0.217) تم تكراره في دراسة ترك الدراسة) أبطأ الاستجابات للمحفزات المستهدفة في مهمة الانتباه المستدامة ( ) (انظر الشكل 4أ والأشكال التكميلية 10-12 للتصور التفصيلي والجداول التكميلية لأغراض المقارنة). النوع البيولوجي استجاب بشكل أفضل لـ I-CARE مقارنة بأنواع البيوت الأخرى (ES = -0.612، المستجيبون المُرسِلين ) (الشكل 4أ، الشكل التكميلي 13 والجداول التكميلية 8-10).
النوع البيولوجي ، التي تتميز بانخفاض الاتصال في دوائر الانتباه غير المرتبطة بالمهام، كانت تعاني من توتر أقل حدة نسبياً ( ، CI )، ولكن تم تمييزه أيضًا بانخفاض نسبي في عدم التحكم المعرفي ( ). في الاختبارات المحوسبة، – تميزت باستجابات أسرع لمحفزات Go المستهدفة في مهمة Go-NoGo، ( ، تم تكراره في النصف المقسوم)، المزيد من أخطاء التكليف والإغفال في مهمة الانتباه المستمر ( ); ) واستجابات أسرع للتحفيز بواسطة محفزات التهديد الضمني ( ، 0.112)) (انظر الشكل 4 ب والملاحق الأشكال 10-12 للتصور التفصيلي والملاحق الجداول 3-7 للمقارنات). الـ كان لنمط الحياة استجابة أسوأ مقارنةً بـ I-CARE ، CI المستجيبون المُرسِلين ) (الشكل 4أ، الشكل التكميلي 13 والجداول التكميلية 8-10).
النوع البيولوجي تميزت بفرط النشاط الدائري أثناء معالجة المشاعر الواعية، وتميزت بوجود انعدام أكثر شدة للمتعة.
( ) وتأملات مقلقة ( ، ) (الشكل 4ج؛ انظر الأشكال التكميلية 10-12 للتصور التفصيلي والجداول التكميلية 3-7 للمقارنات).
الشكل 3| تصنيف درجات الدوائر الدماغية الإقليمية يحدد ستة أنواع حيوية من الاكتئاب والقلق. أ-و، صور تخطيطية للدائرة توضح ملف خلل الدائرة الذي يحدد كل نوع حيوي (الأنواع الحيوية موسومة أ-و). يتم تمييز الدوائر بألوان تت correspond إلى مدخلات قياس الدائرة (الشكل 1ج). تمثل الكرات المناطق داخل كل دائرة تحدد النوع الحيوي وحجم الكرات يمثل مقدار انحراف النشاط عن المرجع الصحي (كرات صغيرة، النشاط انحراف معياري أقل من المرجع الصحي؛ كرات كبيرة، تنشيط انحراف معياري أعلى من المرجع الصحي). سمك الخطوط بين الكرات يدل على انحراف في الاتصال (خطوط منقطة، انخفاض في الاتصال انحراف معياري أقل من المرجع الصحي؛ خطوط سميكة، زيادة في الاتصال انحراف معياري أعلى من المرجع الصحي). تعرض الرسوم البيانية العمودية متوسط النشاط عبر المناطق التي تحدد كل دائرة أو متوسط الاتصال بين المناطق التي تحدد كل دائرة. توجد صورة توضيحية لكل درجة دائرة إقليمية حسب النوع البيولوجي في الشكل التكميلية 5. في الرسوم البيانية الشريطية، نبرز الدوائر التي أظهرت فرقًا متوسطًا لا يقل عن 0.50 انحراف معياري أدنى أو أعلى من المرجع الصحي. قمنا بتسمية كل نوع بيولوجي وفقًا للميزات التي ميزته عن المرجع الصحي. يتم الإشارة إلى كل دائرة بحرف، وتُشير الميزة المميزة للدائرة كحرف فرعي، ويتم الإشارة إلى اتجاه الخلل بواسطة + أو – . الحرف الفرعي يشير إلى أن النمط البيولوجي السادس لا يتميز بخلل دائري بارز. بالإضافة إلى هذه التسمية، نقترح وصفًا قصيرًا لكل نمط بيولوجي، يربطها بأنماطنا البيولوجية التي تم تركيبها نظريًا: ، الافتراضي مع فرط الاتصال بالبارز والانتباه ( المشاركين); ترابط منخفض الانتباه ( المشاركين)؛ استثارة المشاعر السلبية الناتجة عن الحزن مع فرط تنشيط المشاعر الإيجابية المشاركين); فرط تنشيط التحكم المعرفي ( المشاركين); انخفاض تنشيط التحكم المعرفي مع انخفاض الاتصال السلبي الناتج عن التهديد الواعي المشاركين)؛ و تفعيل واتصال سليم المشاركين).
النوع البيولوجي تميزت بنشاط متزايد داخل دائرة التحكم المعرفي، كانت تعاني من فقدان المتعة بشكل أكثر حدة من الأنماط البيولوجية الأخرى. ) ، إثارة أكثر قلقًا ( ، )، تحيز سلبي أكبر (ES ، CI ، تم تكراره في النصف المقسم) وزيادة في عدم تنظيم التهديد ( ، تم تكراره في نصف مقسم ودراسة خارجية). سلوكياً، كان لديه المزيد من الأخطاء ووقت الإنجاز في مهمة الوظيفة التنفيذية ، -0.027 ) و المزيد من أخطاء التكليف في مهمة الذهاب-عدم الذهاب 0.035)، تم تكراره في النصف المقسم) والمزيد من أخطاء الإغفال تجاه المحفزات المستهدفة في مهمة الانتباه المستدام ( ، ، تم تكراره في نصفين منفصلين ودراسة خارجية) (الشكل 4c؛ انظر الأشكال التكميلية 10-12 للتصور التفصيلي والجداول التكميلية 3-7 للمقارنات). أظهر هذا النوع البيولوجي استجابة أفضل للفينلافاكسين مقارنةً بالأنواع الأخرى ( ، المستجيبون المُرسِلين ) (الشكل 4ج، الشكل التكميلي 13 والجداول التكملية 8-10).
النوع البيولوجي تميزت بفقدان الاتصال الوظيفي داخل دائرة التأثير السلبي أثناء المعالجة الواعية لوجوه التهديد، بالإضافة إلى انخفاض النشاط داخل دائرة التحكم المعرفي، وكان لديها تأمل مفرط أقل مقارنة بالأنماط البيولوجية الأخرى. )، بالإضافة إلى أوقات رد فعل أسرع تجاه الوجوه الحزينة الضمنية (ES = -0.669، ) (الشكل 4د؛ انظر الأشكال التكميلية 10-12 للتصور التفصيلي والجداول التكميلية لأغراض المقارنة).
النوع البيولوجي لم يكن متميزًا بخلل دائري بارز مقارنة بأنماط الحياة الأخرى أو المعايير الصحية؛ ومع ذلك، فقد تميز بأوقات رد فعل أبطأ تجاه تحفيز التهديد الضمني. ) (الشكل 4e؛ انظر الأشكال التكميلية 10-12 للتصور التفصيلي والجداول التكميلية 3-7 للمقارنات).
أخيرًا، أخذنا في الاعتبار أيضًا العوامل الديموغرافية مثل العمر والجنس البيولوجي. لم تختلف الأنماط البيولوجية في توزيع الجنس. ، ) وفقط الـ – كان نوع البيوتيب، في المتوسط، أكبر سناً قليلاً من الأنواع الأخرى؛ ومع ذلك، كان المشاركون في هذا النوع لا يزالون ضمن نطاق العمر من الشباب إلى منتصف البلوغ (متوسط العمر: 39.69 سنة، الانحراف المعياري. كانت الأنماط الحيوية ممثلة أيضًا بشكل مختلف بين مجموعات البيانات، وهو ما توقعناه نظرًا للاختلافات السريرية بين المشاركين المسجلين في كل دراسة. ) (الجدول التكميلي 11).
كجزء من السياق للتقييم أعلاه حول كيفية تمييز الأنماط الحيوية من خلال الأعراض والأداء واستجابة العلاج، قمنا بتقييم الارتباطات بين درجات الدوائر وهذه القياسات الخارجية في العينة الكاملة عبر المجموعات المجمعة (الأشكال التكميلية 7-9). عند تطبيق تصحيح معدل الاكتشاف الخاطئ على جميع الارتباطات الزوجية، لاحظنا ارتباطات هامة بين درجات الدوائر و21% من قياسات الأعراض، من مقاييس الأداء و31% من مقاييس استجابة العلاج.

الأنماط البيولوجية هي عبر التشخيص

الملفات السريرية والعلاجية المميزة التي تميز الأنماط البيولوجية الستة تشير إلى أن هذه الأنماط المستمدة من الدوائر تقوم بتفكيك
تباين التصنيف التشخيصي التقليدي للاكتئاب. بعد ذلك، تساءلنا عما إذا كانت الأنماط البيولوجية تتجاوز التصنيفات التشخيصية عبر التشخيصات المرتبطة والمصاحبة للاكتئاب. كانت عيّنتنا مكونة من مشاركين استوفوا المعايير التشخيصية التقليدية للاكتئاب الشديد. اضطراب القلق العام ( اضطراب الهلع اضطراب القلق الاجتماعي ( اضطراب الوسواس القهري ( ) واضطراب ما بعد الصدمة ( ). التقى العديد من المشاركين أيضًا بمعايير لأكثر من تشخيص واحد ( ) (الجدول 1).
التشخيص الوحيد الذي يختلف تكراره عبر الأنماط البيولوجية هو اضطراب الاكتئاب الشديد الحالي ذو وجهين ). على وجه الخصوص، الـ كان لنمط الحياة أعلى نسبة من المشاركين الذين يعانون من اضطراب الاكتئاب الشديد الحالي و كان لدى العنقود أدنى نسبة (الشكل 5 والجدول التكميلي 12).

تتفوق درجات الدوائر الدماغية على الميزات الأخرى في تصنيف الأنماط البيولوجية

لمقارنة الأساليب السابقة لتحديد الأنماط الحيوية بأسلوبنا، قمنا بإعادة تحليلنا باستخدام ثلاث مجموعات ميزات بديلة متنافسة، تم استخدامها في ورقة حديثة تفيد بتحديد الأنماط الحيوية للاكتئاب باستخدام تصوير الرنين المغناطيسي الوظيفي في حالة الراحة. ثم قمنا بتقييم النتائج بنفس المعايير التي استخدمناها لميزاتنا الخاصة (الشكل 2). تظهر نتائجنا أن مجموعة الميزات الخاصة بنا هي الوحيدة التي تتفوق على الفرضية الصفرية لعدم وجود تجمعات بناءً على محاكاة البيانات من توزيع متعدد القيم بنفس التغاير مثل البيانات الأصلية. ). في المقارنات الإحصائية المباشرة لأداء التجميع بين مجموعات الميزات المستخدمة كمدخلات، تفوقت مجموعتنا من درجات الدوائر الإقليمية المرتبطة بالمهام والمهام الحرة على الشبكات العصبية الكاملة (فرق السيلويت ) وموصل حالة الراحة لشبكة الوضع الافتراضي (فرق الشكل ، )، ولكن ليس اتصال شبكة مركزها التلافيف الزاوي (فرق الشكل ، ). كما أظهرت مجموعات الميزات الأخرى ارتباطات بين مقاييس مختلفة من الأنماط البيولوجية، والأعراض، وأداء السلوك، واستجابة العلاج (الجداول التكميلية 13 و 14).
لتقييم تأثير تضمين مقاييس fMRI المتعلقة بالمهام بالإضافة إلى درجات دوائر الدماغ الخالية من المهام فقط، قمنا أيضًا بتقييم النتائج التي تم الحصول عليها باستخدام درجات دوائر الدماغ الخالية من المهام كمدخلات بنفس الطريقة. للقيام بذلك، أظهرنا أن تقييد التحليل بدرجات دوائر الدماغ الخالية من المهام أدى إلى نتائج لم تتفوق على الفرضية الصفرية لعدم وجود تجمعات بناءً على محاكاة بيانات من توزيع متعدد القيم بنفس التغاير مثل البيانات الأصلية. كانت درجات دوائر الدماغ المعتمدة على المهام ضرورية أيضًا للحصول على اختلافات في الأعراض تعمم عبر تقسيمات عشوائية نصفية واختلافات سلوكية تعمم عبر تقسيمات ترك الدراسة، اعتمادًا على عدد التجمعات المختارة (الجدول التكميلي 15).

نقاش

لتمكين تشخيص أكثر دقة واختيار أفضل علاج لكل فرد، نحتاج إلى تحليل تباين الاكتئاب والقلق. إن النهج التشخيصي السائد ‘الذي يناسب الجميع’ في الطب النفسي يؤدي إلى تجربة خيارات العلاج من خلال التجربة والخطأ، وهو أمر طويل ومكلف ومحبط، مع من المرضى الذين لم يحققوا الشفاء بعد تجربة علاج واحد .
الشكل 4| نتائج ملخصة للميزات السريرية التي تميز كل نوع بيولوجي عن الأنواع البيولوجية الأخرى. أ-و، يتم تصور الأنواع البيولوجية الدائرية باستخدام مخططات الدوائر على اليسار (الأنواع البيولوجية موسومة أ-و). أولاً، قمنا بمقارنة هذه الأنواع البيولوجية الدائرية بناءً على أعراض الاكتئاب والقلق المرتبط (العمود ‘شدة الأعراض’). بعد ذلك، قمنا بمقارنة الأنواع البيولوجية بناءً على الأداء السلوكي في اختبارات الإدراك العامة والعاطفية ذات الصلة بالوظيفة الاجتماعية والمهنية (العمود ‘الخلل السلوكي’). قمنا بمقارنة الأنواع البيولوجية بناءً على الشدة بعد العلاج بأحد ثلاثة أدوية مضادة للاكتئاب (إسيتالوبرام، سيرترالين أو فينلافاكسين XR)، أو علاج لحل المشكلات السلوكية (I-CARE) أو الرعاية المعتادة (U-CARE) (العمود ‘الشدة بعد العلاج’). لتسهيل المقارنة عبر وحدات التحليل، تم قياس جميع المؤشرات بين 0 و 1.
في الدراسة الحالية، نركز على تصوّر الاكتئاب والقلق كاضطرابات في وظيفة دوائر الدماغ. استخدام التجميع ونظام تصوير جديد للتquantification القياسي لـ
عطل الدائرة على مستوى الفرد، قمنا بتوصيف ستة أنواع حيوية من الاكتئاب والقلق محددة من خلال ملفات محددة من العطل داخل كل من الدوائر الدماغية غير المرتبطة بالمهام وتلك المرتبطة بالمهام.
النوع البيولوجي
أ
اضطراب الاكتئاب الشديد اضطراب القلق العام اضطراب الهلع اضطراب القلق الاجتماعي اضطراب الوسواس القهري اضطراب ما بعد الصدمة
ب
ج
د
e
ف
لا يفي بمعايير التشخيص تفي بمعايير التشخيص
الشكل 5| تكرار التشخيصات عبر الأنماط البيولوجية. نعرض نسبة المشاركين في كل نمط بيولوجي الذين يستوفون معايير التشخيص للاكتئاب الشديد، واضطراب القلق العام، واضطراب الهلع، واضطراب القلق الاجتماعي، واضطراب الوسواس القهري، واضطراب ما بعد الصدمة (تم تصنيف الأنماط البيولوجية) أظهرت الاختبارات أن تكرار الاضطراب الاكتئابي الكبير كان مختلفًا بشكل ملحوظ عبر الأنماط البيولوجية (ذو جانبين ).
استخدمنا نفس تسميات الأنماط البيولوجية كما في السابق. يشير الحرف السُفلي x إلى أن النمط البيولوجي السادس لا يتميز بخلل دائري بارز مقارنةً بالأنماط البيولوجية الأخرى. بالإضافة إلى هذه التسمية، نقترح وصفًا قصيرًا باللغة الإنجليزية البسيطة لكل نمط بيولوجي (بين علامات الاقتباس)، والذي يربطها بأنماطنا البيولوجية التي تم تركيبها نظريًا، كما هو معبر عنه مرة أخرى في توضيح الشكل 3.
تم التحقق من صحة هذه الأنماط البيولوجية باستخدام عدة إجراءات بما في ذلك المحاكاة، والتحقق المتبادل، والتكرار في البيانات المحجوزة. وجدنا أن الأنماط البيولوجية تميزت من خلال الأعراض والأداء السلوكي في الاختبارات المعرفية العامة والعاطفية التي لم تُستخدم كمدخلات في إجراء التجميع. من المهم أن بعض هذه الارتباطات تم تكرارها في إجراءات تقسيم النصف وإجراءات ترك الدراسة. كما أظهرنا أن الأنماط البيولوجية الستة تتجاوز التشخيص.
حدود الاكتئاب والقلق والاضطرابات المصاحبة ذات الصلة. ومن المهم بالنسبة للترجمة السريرية، أن هذه الأنماط البيولوجية تتنبأ بالاستجابة لمختلف التدخلات الدوائية والسلوكية.
نعتقد أن هذه هي المرة الأولى التي يتم فيها تحديد الأنماط البيولوجية المستمدة من الدماغ باستخدام قياس مخصص موحد لكل من خلل الدوائر الدماغية غير المرتبطة بالمهام وتلك المرتبطة بالمهام، وتقييم استجابة الأنماط البيولوجية عبر أنواع مختلفة من العلاج. بدلاً من ذلك
بدلاً من اتباع نهج يعتمد بالكامل على البيانات، قمنا بدمج تحليل التجميع غير المراقب مع إطار نظري مناسب للتفسير (الجدول التكميلي 16). فعلنا ذلك لتقليل احتمال الإفراط في التكيف ولتوليد حلول مناسبة للاختيار المحتمل للمرضى حسب النوع البيولوجي لتجارب الطب النفسي الدقيق المستقبلية. في هذا النهج الهجين، تم تمييز كل نوع بيولوجي من خلال خلل دائري محدد بالنسبة للمعيار الصحي، والذي تم ربطه بظاهرة سريرية فريدة عبر التشخيص.
على الرغم من أن تحديدنا لستة أنواع حيوية هو واحد من العديد من الحلول الممكنة لفك تشابك التباين، إلا أن هذه الأنواع الحيوية تشير إلى أنه قد تكون هناك مسارات عصبية متعددة تؤدي إلى التجلي السريري للاكتئاب والقلق. من خلال دمج بيانات التصوير مع الأعراض السريرية والسلوك، قمنا بتحديد أنماط سريرية تتماشى مع الوظيفة المفترضة للدارات التي تكمن وراء كل نوع حيوي. من المهم أن نلاحظ أنه على الرغم من أن بعض الأنواع الحيوية تم تمييزها حصريًا من خلال التغيرات في الاتصال الداخلي بدون مهام، إلا أن أنواعًا أخرى تم تمييزها من خلال التغيرات في النشاط والاتصال المستحثة بالمهام.
في حالة عدم وجود مهام، تميزت بفرط الاتصال في دائرة الوضع الافتراضي، مقترنة بفرط الاتصال في كل من دوائر الأهمية والانتباه، مما يت correlating سريرياً مع بطء الاستجابات العاطفية والانتباهية، وتم تكرارها في تحليلات نصفية مقسمة. على الرغم من أن الدراسات السابقة قد أبلغت عن تغييرات في الدوائر في كل من هذه الدوائر في الاكتئاب والقلق، تشير نتائجنا إلى أن يظهر النمط البيولوجي مجموعة من هذه التغيرات. وفقًا لتصنيفنا النظري، أظهر النمط البيولوجي انخفاض الاتصال بدلاً من زيادة الاتصال داخل دائرة الانتباه الجبهية الجدارية. وكان هذا النمط يتوافق مع ملف سريري يتضمن فترات من عدم التركيز والاندفاع، وتم تكراره في تحليلات نصفية مقسمة.
تحت ظروف المهمة، الـ أظهر النمط البيولوجي زيادة في النشاط داخل المناطق الدماغية تحت القشرية والقشرية المرتبطة بمعالجة كل من المشاعر الحزينة والإيجابية. سريرياً، أظهر هذا النمط البيولوجي أيضاً فقداناً بارزاً للمتعة. يتوافق هذا الملف مع النتائج السابقة التي تشير إلى زيادة النشاط في القشرة الجبهية الوسطى استجابةً للوجوه السعيدة، والتي تم ربطها بمستويات فقدان المتعة. وهو متسق مع تصنيفنا النظري. زيادة تنشيط اللوزة الدماغية هي ملاحظة شائعة في الاكتئاب استجابةً للعواطف السلبية. نوع البيولوجي يعرض فرط تنشيط متزامن في النواة المتكئة، مما قد يشير إلى تحيز سلبي جنبًا إلى جنب مع فقدان المتعة. .
عرض نوعان إضافيان من البيوتيب وظائف معطلة متناقضة داخل دائرة التحكم المعرفي. نوع البيوتيب أظهرت انخفاضًا في النشاط خلال مهمة التحكم المعرفي وانخفاضًا في الاتصال في معالجة التهديد بوعي. تشير هذه الخصائص إلى ضعف في التحكم المعرفي، وهو أمر حاسم أيضًا لتنظيم المشاعر. على النقيض، أظهر زيادة في تنشيط دائرة التحكم المعرفي. وكان ذلك مرتبطًا بأعراض متعلقة بالتهديد، وتحامل سلبي، وضعف في التحكم المعرفي، بالإضافة إلى أداء الذاكرة العاملة، كما تم تأكيده من خلال تحليلات النصف المقسوم وتحليلات ترك الدراسة. تم تكرار النمط البيولوجي يعزز إدراجها كنوع بيولوجي استكشافي في تصنيفنا النظري. على الرغم من أن الأدلة المبكرة أشارت إلى أن زيادة نشاط التحكم المعرفي قد تكون تعويضية وليست بالضرورة مرتبطة بالعجز السلوكي. تشير نتائجنا إلى أنها مرتبطة بعيوب معرفية وسلوكية محددة. تبرز هذه النتائج أهمية تضمين قياسات fMRI المتعلقة بالمهام في دراسات الطب النفسي الدقيق المستقبلية وقيمة استخدام الأساليب متعددة الوسائط لتحقيق تشخيصات أكثر دقة في الاكتئاب. .
نهجنا مكننا من مقارنة فعالية العلاجات المختلفة لكل نوع بيولوجي من أجل تعزيز الطب النفسي الدقيق المستند إلى المعلومات العصبية. جمع قياسات تصويرية وسريرية متطابقة عبر المرضى والعلاجات مكننا من مقارنة استجابة كل نوع بيولوجي لثلاثة مضادات اكتئاب، وتدخل سلوكي، والعلاج المعتاد. من خلال القيام بذلك، وجدنا أن النوع البيولوجي، الذي يتميز بزيادة الاتصال بين وضع الراحة والدورات الأخرى الخالية من المهام، كان مرتبطًا باستجابة أفضل للسلوكيات
العلاج مقارنة مع الأنماط البيولوجية الأخرى. من ناحية أخرى، يتميز النمط البيولوجي بانخفاض الاتصال في دوائر الانتباه ( )، كان لديه استجابة أسوأ للعلاج السلوكي. أخيرًا، النوع البيولوجي الذي يتميز بفرط تنشيط دائرة التحكم المعرفي، كان لديه استجابة أفضل للفينلافاكسين.
قمنا بتحديد والتحقق من الأنماط البيولوجية باستخدام عدد قليل من الميزات المدفوعة نظريًا. من خلال دمج القياسات المستندة إلى النظرية، والمحفزة بالمهام، والخالية من المهام، توفر تحليلاتنا رؤى فريدة تكمل تلك الدراسات الكبيرة الأساسية التي قامت بتحليل البيانات الخالية من المهام باستخدام تقنيات الدماغ الكامل. ومع ذلك، نظرًا لأن هذه هي أول تجربة، حسب علمنا، لنهج على مستوى المشاركين لتصنيف الأنماط المستمدة من التجمعات باستخدام عدد قليل من الميزات المستحثة من المهام وميزات خالية من المهام، يجب تفسير نتائجنا بحذر. هناك حاجة إلى دراسات مستقبلية للتحقيق في هذه الأنماط في مجموعات بيانات جديدة ولتعيين المشاركين للعلاج بناءً على أنماطهم. كما نعترف بأن الحصول على قياسات fMRI المتعلقة بالمهام يمكن أن يكون أكثر عبئًا من جمع قياسات خالية من المهام فقط. قمنا بمقارنة نتائجنا مع النتائج التي تم الحصول عليها باستخدام بيانات خالية من المهام فقط ووجدنا أن تضمين كل من بيانات المهام وبيانات خالية من المهام قدم أفضل نتائج للتحقق، خاصة في التجميع الذي يتجاوز الصدفة للمواضيع في فضاء الميزات. في المقارنات الإحصائية المباشرة لأداء التجميع، تفوقت مجموعتنا من درجات الدوائر الإقليمية المتعلقة بالمهام والخالية من المهام على الشبكات الكاملة للدماغ، والاتصال الخالي من المهام لشبكة الوضع الافتراضي ودرجات الدوائر الإقليمية الخالية من المهام وحدها، ولكن ليس على الاتصال بشبكة تركز على التلم الزاوي؛ ومع ذلك، لم يوفر النهج الأخير اختلافات قابلة للتعميم في الأعراض بين التجمعات. كما أسفرت مجموعات الميزات البديلة عن العديد من الارتباطات القابلة للتكرار بين التجمعات والأعراض والأداء السلوكي، بما يتماشى مع الأدبيات السابقة. وهذا يوضح أن نهجنا، على الرغم من أنه قد يكون مفيدًا، لا ينفي إمكانية عمليات اختيار الميزات الأخرى لتصنيف أنماط الاكتئاب. يجب أن تأخذ دراسات تصنيف الأنماط المستقبلية التي تستخدم بيانات قائمة على المهام وبيانات خالية من المهام في الاعتبار مقارنة أداء كل منها.
بعض نقاط القوة في عيّنتنا هي أنها تمثل الطيف الكامل لشدة الاكتئاب والقلق، وهي غير معالجة تقريبًا (95%) وتم تجميعها من مجموعة متنوعة من البيئات. كما أن العيّنة تتضمن حالات مشتركة شائعة غالبًا ما تكون معايير استبعاد. ومع ذلك، من خلال تضمين مثل هذه الفئة المتنوعة، قد نقلل من قدرتنا على اكتشاف أنواع بيولوجية إضافية قد تكون أكثر تحديدًا لبعض الإعدادات السريرية. من الممكن أيضًا أن تعكس بعض الأنواع البيولوجية مساهمات من الحالات المشتركة، مما يستدعي التكرار في عينات أكبر عبر التشخيصات. احتمال آخر هو أن الأنواع البيولوجية مدفوعة جزئيًا على الأقل بالاختلافات في التركيبة السكانية بين مجموعات البيانات. لن يكون من المفاجئ، على سبيل المثال، إذا كانت بعض الفئات العمرية تنتمي أكثر إلى أنواع بيولوجية تتميز بخلل وظيفي محدد في الدماغ والعيادات، لأن الأعراض النفسية واستجابة العلاج وبيولوجيا الدماغ جميعها تختلف مع العمر. استخدمنا مقاييس تصوير متطابقة لتقييم الأنواع البيولوجية عبر علاجات متعددة. ومع ذلك، كانت بعض مجموعات العلاج داخل نوع بيولوجي صغيرة وقد تتأثر بشكل غير مبرر بالحالات المشتركة أو عوامل تصميم العلاج؛ لذلك، من المهم اختبار قابلية تعميم نتائجنا من خلال دراسات علاجية كبيرة مستقبلية. كما نعترف بأن مقاييس التصوير لدينا تستخدم مجموعة محددة من مهام التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي التي ليست متاحة على نطاق واسع. ستسهل التكرارات المستقبلية لنهجنا حقيقة أن مهامنا قصيرة نسبيًا وسهلة التنفيذ، كما يتضح من اعتمادها في تجارب سريرية كبيرة مثل iSPOT-D وENGAGE وتجربة حديثة تستخدم التحفيز المغناطيسي عبر الجمجمة في الاكتئاب المقاوم للعلاج. يمكن أن تقيّم الدراسات المستقبلية أيضًا ما إذا كان يمكن اشتقاق مجموعات مماثلة من مهام مختلفة تتناول مجالات مشابهة ومقارنة النتائج مع نتائجنا. سمحت لنا عيّنتنا الكبيرة بتقييم قابلية تعميم الفروق في الأعراض والسلوكيات في تحليلات النصف المقسوم وترك الدراسة خارجًا. ومع ذلك، كان عدد المشاركين في التجارب السريرية صغيرًا جدًا لإجراء مثل هذه التحليلات لاستجابة العلاج. لـ من المقارنات؛ الجدول التكميلي 8). يجب أن تطبق الدراسات المستقبلية نهجنا على بيانات التجارب السريرية للتحقق من هذه النتائج، التي
يجب تفسيرها بحذر حتى يمكن التحقق منها في عينات جديدة. أخيرًا، كانت الفروق في الأعراض بين الأنماط البيولوجية التي اكتشفناها صغيرة في الغالب، مع أحجام تأثير تتراوح من 0.08 إلى 0.90. قد يكون الحجم الصغير لهذه الفروق سببًا في عدم وصول معظم المقارنات إلى دلالة إحصائية عند تقسيم مجموعة البيانات إلى نصفين عشوائيين أو حسب الدراسة وتحليل كل تقسيم بشكل مستقل. أحجام التأثير الصغيرة في العلاقة بين التصوير المتغيرات والأعراض شائعة. مؤكداً على الحاجة إلى تدابير متسقة عبر الدراسات وضرورة وجود مقاييس سريرية أكثر دقة. في الدراسة الحالية، نعرض فائدة دمج أربع دراسات باستخدام مقاييس موحدة. نوصي بتفسير النتائج السريرية التي لم تصمد أمام تحليلات التحقق لدينا بحذر، ولكن الدراسة الحالية تعتبر مع ذلك أساساً لاختبار هذه النتائج بشكل أكبر.
في الختام، استخدمنا درجات خلل إقليمي شخصية مستندة إلى تصنيف نظري لخلل الدماغ في اضطرابات المزاج والقلق لتحديد ستة أنواع حيوية في عينة كبيرة عبر التشخيص من الأفراد غير المعالجين الذين يعانون من الاكتئاب والقلق. كانت هذه الأنواع الحيوية مختلفة بشكل ملحوظ في ملفات الأعراض، والأداء في الاختبارات السلوكية، والاستجابات لعدة علاجات. تؤكد نتائجنا على طريقة جديدة مدفوعة بالنظرية لتصنيف الاكتئاب، فضلاً عن كونها نهجًا واعدًا لتعزيز الرعاية السريرية الدقيقة في الطب النفسي.

المحتوى عبر الإنترنت

أي طرق، مراجع إضافية، ملخصات تقارير Nature Portfolio، بيانات المصدر، بيانات موسعة، معلومات تكميلية، شكر وتقدير، معلومات مراجعة الأقران؛ تفاصيل مساهمات المؤلفين والمصالح المتنافسة؛ وبيانات توفر البيانات والرموز متاحة على https://doi.org/10.1038/s41591-024-03057-9.

References

  1. Friedrich, M. J. Depression is the leading cause of disability around the world. JAMA 317, 1517 (2017).
  2. Ansara, E. D. Management of treatment-resistant generalized anxiety disorder. Ment. Health Clin. 10, 326-334 (2020).
  3. Ruberto, V. L., Jha, M. K. & Murrough, J. W. Pharmacological treatments for patients with treatment-resistant depression. Pharmaceuticals 13, 116 (2020).
  4. Drysdale, A. T. et al. Resting-state connectivity biomarkers define neurophysiological subtypes of depression. Nat. Med 23, 28-38 (2017).
  5. Liang, S. et al. Biotypes of major depressive disorder: neuroimaging evidence from resting-state default mode network patterns. Neuroimage Clin. 28, 102514 (2020).
  6. Price, R. B., Gates, K., Kraynak, T. E., Thase, M. E. & Siegle, G. J. Data-driven subgroups in depression derived from directed functional connectivity paths at rest. Neuropsychopharmacology 42, 2623-2632 (2017).
  7. Tokuda, T. et al. Identification of depression subtypes and relevant brain regions using a data-driven approach. Sci. Rep. 8, 14082 (2018).
  8. Patel, A. R. et al. Stress cardiac magnetic resonance myocardial perfusionimaging: JACC review topic of the week. J. Am. Coll. Cardiol. 78, 1655-1668 (2021).
  9. Goldstein-Piekarski, A. N. et al. Human amygdala engagement moderated by early life stress exposure is a biobehavioral target for predicting recovery on antidepressants. Proc. Natl Acad. Sci. USA 113, 11955-11960 (2016).
  10. Nguyen, K. P. et al. Patterns of pretreatment reward task brain activation predict individual antidepressant response: key results from the EMBARC randomized clinical trial. Biol. Psychiatry 91, 550-560 (2022).
  11. Pilmeyer, J. et al. Functional MRI in major depressive disorder: a review of findings, limitations, and future prospects. J. Neuroimaging 32, 582-595 (2022).
  12. Tozzi, L., Goldstein-Piekarski, A. N., Korgaonkar, M. S. & Williams, L. M. Connectivity of the cognitive control network during response inhibition as a predictive and response biomarker in major depression: evidence from a randomized clinical trial. Biol. Psychiatry 87, 462-472 (2020).
  13. Krystal, A. D. et al. A randomized proof-of-mechanism trial applying the ‘fast-fail’ approach to evaluating k-opioid antagonism as a treatment for anhedonia. Nat. Med. 26, 760-768 (2020).
  14. Dinga, R. et al. Evaluating the evidence for biotypes of depression: methodological replication and extension of Drysdale et al. (2017). Neuroimage Clin. 22, 101796 (2019).
  15. Grosenick, L. et al. Functional and optogenetic approaches to discovering stable subtype-specific circuit mechanisms in depression. Biol. Psychiatry. Cogn. Neurosci. Neuroimaging 4, 554-566 (2019).
  16. Williams, L. M. Defining biotypes for depression and anxiety based on large-scale circuit dysfunction: a theoretical review of the evidence and future directions for clinical translation. Depress. Anxiety 34, 9-24 (2017).
  17. Williams, L. M. Precision psychiatry: a neural circuit taxonomy for depression and anxiety. Lancet Psychiatry 3, 472-480 (2016).
  18. Williams, L. M. et al. International Study to Predict Optimized Treatment for Depression (iSPOT-D), a randomized clinical trial: rationale and protocol. Trials 12, 4 (2011).
  19. Ma, J. et al. Effect of integrated behavioral weight loss treatment and problem-solving therapy on body mass index and depressive symptoms among patients with obesity and depression: the RAINBOW randomized clinical trial. JAMA 321, 869-879 (2019).
  20. Goldstein-Piekarski, A. N. et al. Mapping neural circuit biotypes to symptoms and behavioral dimensions of depression and anxiety. Biol. Psychiatry 91, 561-571 (2022).
  21. Gaynes, B. N. et al. What did STAR*D teach us? Results from a large-scale, practical, clinical trial for patients with depression. Pschiatr. Serv. 60, 1439-1445 (2009).
  22. Scangos, K. W., State, M. W., Miller, A. H., Baker, J. T. & Williams, L. M. New and emerging approaches to treat psychiatric disorders. Nat. Med. 29, 317-333 (2023).
  23. Dichter, G. S., Kozink, R. V., McClernon, F. J. & Smoski, M. J. Remitted major depression is characterized by reward network hyperactivation during reward anticipation and hypoactivation during reward outcomes. J. Affect. Disord. 136, 1126-1134 (2012).
  24. Keedwell, P. A., Andrew, C., Williams, S. C. R., Brammer, M. J. & Phillips, M. L. The neural correlates of anhedonia in major depressive disorder. Biol. Psychiatry 58, 843-853 (2005).
  25. Groenewold, N. A., Opmeer, E. M., de Jonge, P., Aleman, A. & Costafreda, S. G. Emotional valence modulates brain functional abnormalities in depression: evidence from a meta-analysis of fMRI studies. Neurosci. Biobehav. Rev. 37, 152-163 (2013).
  26. Stuhrmann, A., Suslow, T. & Dannlowski, U. Facial emotion processing in major depression: a systematic review of neuroimaging findings. Biol. Mood Anxiety Disord. 1, 10 (2011).
  27. Matsuo, K. et al. Prefrontal hyperactivation during working memory task in untreated individuals with major depressive disorder. Mol. Psychiatry 12, 158-166 (2007).
  28. Cuthbert, B. N. & Kozak, M. J. Constructing constructs for psychopathology: the NIMH research domain criteria. J. Abnorm. Psychol. 122, 928-937 (2013).
  29. Williams, L. M. et al. Identifying response and predictive biomarkers for transcranial magnetic stimulation outcomes: protocol and rationale for a mechanistic study of functional neuroimaging and behavioral biomarkers in veterans with pharmacoresistant depression. BMC Psychiatry 21, 35 (2021).
  30. Feng, C., Thompson, W. K. & Paulus, M. P. Effect sizes of associations between neuroimaging measures and affective symptoms: a meta-analysis. Depress. Anxiety 39, 19-25 (2022).
  31. American Psychiatric Association. DSM-IV-TR: Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders 4th edn (2000).
  32. American Psychiatric Association. DSM-5: Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders 5th edn (2013).
  33. American Psychiatric Association. DSM-IV: Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders 4th edn (1994).
  34. Sheehan, D. V. et al. The Mini-International Neuropsychiatric Interview (M.I.N.I.): the development and validation of a structured diagnostic psychiatric interview for DSM-IV and ICD10. J. Clin. Psychiatry 59, 22-33 (1998).
  35. Kroenke, K., Spitzer, R. L. & Williams, J. B. W. The PHQ-9. J. Gen. Intern. Med 16, 606-613 (2001).
  36. Gur, R. C. et al. A method for obtaining 3-dimensional facial expressions and its standardization for use in neurocognitive studies. J. Neurosci. Methods 115, 137-143 (2002).
  37. Mathersul, D. et al. Explicit identification and implicit recognition of facial emotions: II. Core domains and relationships with general cognition. J. Clin. Exp. Neuropsychol. 31, 278-291 (2009).
Publisher’s note Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.
Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons licence, and indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons licence, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons licence and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a copy of this licence, visit http://creativecommons. org/licenses/by/4.0/.
(c) The Author(s) 2024
Department of Psychiatry and Behavioral Sciences, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA. Sierra-Pacific Mental Illness Research, Education and Clinical Center, Veterans Affairs Palo Alto Health Care System, Palo Alto, CA, USA. Department of Counseling and Clinical Psychology, Teacher’s College, Columbia University, New York, NY, USA. Interdepartmental Neuroscience Graduate Program, Yale University School of Medicine, New Haven, CT, USA. Semel Institute for Neuroscience and Human Behavior, University of California, Los Angeles, CA, USA. Center for Intelligent Imaging, University of California San Francisco, San Francisco, CA, USA. Brain Dynamics Centre, Westmead Institute for Medical Research, University of Sydney, Westmead, New South Wales, Australia. Department of Radiology, Westmead Hospital, Western Sydney Local Health District, Westmead, New South Wales, Australia. Department of Neuroradiology, the University of Texas MD Anderson Center, Houston, TX, USA. Department of Psychology, Stanford University, Stanford, CA, USA. Department of Medicine, College of Medicine, University of Illinois Chicago, Chicago, IL, USA.

طرق

عينات

تم الحصول على البيانات من أربع دراسات: الدراسة الدولية للتنبؤ بالعلاج الأمثل في الاكتئاب (iSPOT-D , https://clinicaltrials. gov/ct2/show/NCT00693849)، دراسة البحث عن القلق والاكتئاب (RAD )، مشروع الاتصال البشري لحالات العاطفة المضطربة (HCP-DES ) واستهداف التنظيم الذاتي لفهم آليات تغيير السلوك وتحسين المزاج ونتائج الوزن (ENGAGE , https://clinicaltrials.gov/ct2/show/ NCT02246413). مثل المشاركون السريريون من هذه الدراسات ( ) الطيف الكامل لشدة الاكتئاب واضطرابات القلق (انظر الجدول 1 والجدول التكميلية 1 لمزيد من التفاصيل). تم استخدام ضوابط صحية (iSPOT-D، ; HCP-DES، ) كمجموعة مرجعية لبناء درجات الدوائر الإقليمية من بيانات التصوير (انظر أدناه). من بين 801 مشاركًا سريريًا، أكمل 250 تجارب عشوائية محكومة إما للعلاج الدوائي بمضادات الاكتئاب للاكتئاب الشديد أو التدخل السلوكي للأعراض الاكتئابية السريرية الكبيرة والسمنة (انظر الجدول التكميلية 2 لمزيد من التفاصيل).
قدم جميع المشاركين موافقة مستنيرة مكتوبة. تمت الموافقة على الإجراءات من قبل مجلس مراجعة المؤسسات بجامعة ستانفورد (IRB، بروتوكول رقم 27937 و41837) أو لجنة أخلاقيات البحث البشري في خدمة الصحة بمنطقة سيدني الغربية.

اكتساب التصوير بالرنين المغناطيسي والمعالجة المسبقة

تفاصيل تسلسلات التصوير بالرنين المغناطيسي، مهام التصوير الوظيفي، قياس بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي ومراقبة الجودة موضحة في الطرق التكميلية.
الاكتساب. خضع المشاركون لبروتوكول نظام معالجة الصور ستانفورد إت سير، الذي يستكشف ستة دوائر دماغية: دائرة الوضع الافتراضي، دائرة البروز، دائرة الانتباه، دائرة التأثير السلبي، دائرة التأثير الإيجابي ودائرة التحكم المعرفي . استكشفت مهام تعبيرات الوجه للعواطف دوائر التأثير الإيجابي والسلبي، واستكشفت مهمة Go-NoGo دائرة التحكم المعرفي. استخلصنا مقاييس لوظيفة خالية من المهام للدائرة الافتراضية، والانتباه ودائرة البروز من بيانات المهام . كانت المقاييس الخالية من المهام مستقلة عن تلك المستخلصة من ظروف المهام (الشكل التكميلية 14).
المعالجة المسبقة. تمت معالجة بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي باستخدام fMRIprep . قمنا بالتخلص من المسحات إذا كانت تحتوي على نتائج عرضية، أو عيوب كبيرة أو انقطاع في الإشارة أو كانت تحتوي على من الأحجام التي تحتوي على إزاحة إطار كبيرة. قام مقيم ذو خبرة (L.T.) أيضًا بفحص كل مسحة بصريًا، مما أدى إلى استبعاد 32 مشاركًا. كانت المسحات التي تمت إزالتها بسبب الحركة المفرطة: مهمة Go-NoGo=38، مهمة تعبيرات الوجه الواعية للعواطف=92، مهمة تعبيرات الوجه غير الواعية للعواطف وخالية من المهام (انظر الجدول التكميلية 17 لعدد المسحات التي اجتازت المعايير).

اشتقاق درجات الدوائر الإقليمية

ملخص لكيفية الحصول على درجات الدوائر الإقليمية موضح في الأقسام التالية (الشكل 1؛ انظر الطرق التكميلية لمزيد من التفاصيل). لقد أظهرنا سابقًا أن هذا النظام ينتج درجات سريرية فردية صالحة ومفيدة سريريًا .
استخراج ميزات التصوير ذات الاهتمام. تم تعريف المناطق ذات الاهتمام ضمن ست دوائر ذات اهتمام من المنصة التحليلية الميتا Neurosynth (انظر الجدول التكميلية 18 لمصطلحات البحث والإحداثيات) وتم تنقيحها عن طريق إزالة المناطق التي لم تجتاز مراقبة الجودة أو المعايير النفسية. من بين المناطق المتبقية، احتفظنا فقط بـ 29 منطقة مرتبطة بتوليفنا النظري للخلل في الاكتئاب والقلق . من هذه المناطق، استخلصنا 41 ميزة من التنشيط، والاتصال القائم على المهام والخالي من المهام للتحليلات اللاحقة (انظر الجدول التكميلية 18 والجدول التكميلية S5A وS5B في المرجع 20 لمزيد من التفاصيل حول المناطق ذات الاهتمام والميزات). يمكن أن يؤدي تركيزنا على المناطق المحددة من النظرية، والتحليلات الميتا و
التشريح إلى قياسات تصوير موثوقة وقابلة للتكرار. على سبيل المثال، فإن التنشيطات داخل المناطق المحددة تشريحيًا ذات الاهتمام لها موثوقية مقبولة إلى عالية داخل المشاركين ، كما أن الاتصال داخل الشبكات الدماغية المعروفة .
استخدمت جميع التحليلات التالية RStudio 2022.07.2، R v.4.1.3. الشيفرة لهذه التحليلات والمناطق ذات الاهتمام لاستخراج ميزات التصوير لدينا متاحة على https://github.com/leotozzi88/cluster_study_2023.
تقدير القيم المفقودة. نتيجة لعدم وجود مسحات ومراقبة الجودة، لم يكن من الممكن حساب بعض درجات الدوائر الإقليمية لبعض المشاركين: بالنسبة لدرجات الوضع الافتراضي، والبروز والانتباه، بالنسبة لدرجات التأثير السلبي الحزين، بالنسبة لدرجات التأثير السلبي التهديد الواعي، بالنسبة لدرجات التأثير السلبي التهديد غير الواعي، بالنسبة لدرجات التحكم المعرفي و بالنسبة لدرجات التأثير الإيجابي. قمنا بتقدير هذه القيم بشكل منفصل لكل ماسح باستخدام تقدير متعدد عن طريق معادلات متسلسلة مع الغابات العشوائية (حزمة R miceRanger)، باستخدام تكرار واحد من نموذج مطابقة المتوسط التنبؤي مع ميزات التصوير كمدخل.
تصحيح تأثيرات الماسح. قمنا بإزالة التأثير المحتمل المربك لتباين بين الماسحات باستخدام ComBat ، وهي طريقة معروفة تستخدم إطار بايزي تجريبي لإزالة تأثيرات الدفعة.
الإشارة إلى معيار صحي. تم التعبير عن جميع ميزات التصوير للمشاركين السريريين بوحدات انحراف معياري بالنسبة للمتوسط والانحراف المعياري للضوابط الصحية. تُعرف هذه القيم فيما بعد باسم ‘درجات الدوائر الإقليمية’ وتمثل مقدار الخلل في كل مكون من كل دائرة. تم إجراء التحليلات اللاحقة على درجات الدوائر الإقليمية للمشاركين السريريين فقط.

قياسات الأعراض

استخدمنا استبيانات ذاتية للإبلاغ عن: القلق الرهيني (استبيان القلق بولاية بنسلفانيا – مختصر المجموع الكلي )؛ التأمل الرهيني (مقياس الاستجابة الرهينية المجموع الكلي )؛ الإثارة القلقة (استبيان المزاج والقلق – مقياس الضيق العام )؛ التحيز السلبي (مقياس الاكتئاب والقلق والتوتر (DASS) مقياس الاكتئاب)؛ عدم تنظيم التهديد (مقياس القلق DASS)؛ فقدان المتعة (مقياس سنايث-هاميلتون للمتعة المجموع الكلي )؛ عدم التحكم المعرفي (مقياس بارّات للاندفاع مقياس الاندفاع الانتباهي )؛ التوتر (مقياس التوتر DASS)؛ الأرق (استبيان الأعراض الاكتئابية – تقرير ذاتي معدل (QIDS-SR) مجموع العناصر 1-3 (المرجع 55))؛ والانتحارية (عنصر QIDS-SR 12). في iSPOT-D، استخدمنا مقياس تقييم الاكتئاب هاملتون (HDRS) المجموع الكلي كمقياس لشدة الاكتئاب وفي ENGAGE، استخدمنا مقياس قائمة الأعراض 20 للاكتئاب (SCL-20) . انظر الجدول التكميلية 19 للمشاركين في كل عينة متاحة لكل مقياس.

التشخيصات السريرية

تم التأكد من معايير DSM-IV-TR (RAD)، DSM-5 (HCP-DES) أو DSM-IV (iSPOT-D) للاكتئاب الشديد، اضطراب القلق، اضطراب ما بعد الصدمة أو اضطراب الوسواس القهري من قبل طبيب نفسي، طبيب عام أو باحث باستخدام الهيكلية . في ENGAGE، اعتُبر المرضى مؤهلين إذا حصلوا على في PHQ-9، وهو عتبة مع خصوصية للاكتئاب الشديد ، وكان لديهم مؤشر كتلة جسم مؤهل (BMI). تم التأكد من الأمراض المصاحبة من السجلات الصحية الإلكترونية.

قياسات الأداء السلوكي

تم تقييم الأداء المعرفي باستخدام WebNeuro . ركزنا على الاختبارات التي أظهرت درجات دوائرنا الإقليمية أنها تتنبأ بالأداء : الانتباه المستمر (أخطاء الإغفال، أخطاء التكليف وأوقات الاستجابة في اختبار الأداء المستمر)؛ الوظيفة التنفيذية (أخطاء ووقت إكمال اختبار المتاهة);
التحكم المعرفي (أخطاء التكليف وأوقات رد الفعل في اختبار Go-NoGo)؛ تحديد المشاعر الصريحة (وقت رد الفعل لتحديد الوجوه السعيدة، الحزينة، الخائفة والغاضبة)؛ والتحيز الضمني بالتنبيه بواسطة المشاعر (الفرق في وقت رد الفعل في مهمة تحديد الوجه عند التنبيه ضمنيًا بواسطة الوجوه السعيدة، الحزينة، الخائفة والغاضبة مقارنة بالوجوه المحايدة). لأغراض التحليل، استخدمنا أداء الاختبار المرجع إلى معيار متطابق في العمر تم إنشاؤه بواسطة WebNeuro ( -scores). انظر الجدول التكميلي 19 لعدد المشاركين في كل عينة متاحة لكل مقياس.

العلاج

في iSPOT-D، تم توزيع المشاركين عشوائيًا على أحد العلاجات الثلاثة: إسكيتالوبرام (مثبط استرداد السيروتونين الانتقائي (SSRI))، سيرترالين (SSRI) أو فينلافاكسين XR (مثبط استرداد السيروتونين والنورإبينفرين الانتقائي (SNRI) . في ENGAGE، تم توزيع المشاركين عشوائيًا إما على تدخل سلوكي يجمع بين حل المشكلات، التنشيط السلوكي وفقدان الوزن (التدريب المتكامل لتحسين المزاج والوزن، I-CARE) أو الرعاية المعتادة (U-CARE) . لم يتم إعطاء أي علاج في HCP-DES وRAD، لذا لم يتم اعتبار هذه الدراسات في تحليلات العلاج.

تحديد أنواع الاكتئاب

لتحديد الأنواع داخل المشاركين السريريين لدينا، استخدمنا التجميع الهرمي لدرجات دوائرهم الإقليمية الـ 41. اخترنا العدد الأمثل من المجموعات باستخدام ستة مصادر متقاربة من الأدلة: طريقة الكوع؛ وإجراءين مقترحين من قبل دينغا وآخرين. لتقييم أنواع الاكتئاب (اختبار دلالة قائم على المحاكاة لمؤشر السيلويت والاستقرار باستخدام التحقق المتبادل)؛ اختبار دلالة قائم على التبديل لمؤشر السيلويت؛ موثوقية نصف الانقسام لملفات المجموعات؛ ومطابقة الحل مع إطار نظري (الشكل 2).
التجميع الهرمي. لكل زوج من المشاركين السريريين، قمنا أولاً بحساب معامل الارتباط لدرجات دوائرهم الإقليمية الـ 41 المستمدة من التصوير (الشكل 1). ثم، قمنا بحساب عدم التشابه بين كل زوج من المشاركين السريريين كـ 1 – هذا الارتباط (انظر المرجع 60 لنهج مشابه). استخدمنا مصفوفة عدم التشابه بين الأفراد كمدخل للتجميع الهرمي باستخدام المتوسط كطريقة تجميع.
طريقة الكوع. كانت أول مصدر من الأدلة الذي استخدمناه لاختيار العدد الأمثل من المجموعات هو طريقة الكوع، بناءً على رسم يوضح مجموع المسافات داخل المجموعة بين المشاركين للحلول بين 2 و 15 مجموعة (الشكل 2a).
اختبار دلالة قائم على المحاكاة لمؤشر السيلويت. اختبرنا احتمال حدوث متوسط مؤشر السيلويت الذي لوحظ لدينا تحت فرضية العدم لعدم وجود مجموعات (أي، أن البيانات تأتي من توزيع متعدد الطبيعي) . بالنسبة للمجموعات بين 2 و 15، أجرينا 10,000 عملية محاكاة، حيث قمنا بسحب 801 مشاركًا من توزيع متعدد الطبيعي كان له نفس المتوسط والتغاير لكل درجة دائرة إقليمية كما في بياناتنا. ثم تم استخدام هؤلاء المشاركين المحاكين كمدخل في التجميع الهرمي، كما هو موضح أعلاه، وتم حساب متوسط مؤشر السيلويت عبر المشاركين. وبالتالي، حصلنا على توزيعات العدم لهذه المؤشرات المتوسطة للسيلويت. أخيرًا، حسبنا نسبة مؤشرات السيلويت المتوسطة التي تم إنشاؤها تحت العدم والتي كانت أكبر من تلك التي حصلنا عليها من بياناتنا ( القيمة). اعتبرنا الحلول ذات الدلالة الإحصائية مع أعداد المجموعات التي (الشكل 2b).
اختبار دلالة قائم على التبديل لمؤشر السيلويت. لكل عدد من المجموعات بين 2 و 15، قمنا بخلط كل درجة دائرة دماغية عبر الموضوعات ، ثم كررنا التجميع الهرمي كما هو موضح أعلاه وحسبنا متوسط مؤشر السيلويت. وبالتالي، حصلنا على توزيعات العدم لهذه المؤشرات المتوسطة للسيلويت.
أخيرًا، حسبنا نسبة مؤشرات السيلويت المتوسطة التي تم إنشاؤها تحت العدم والتي كانت أكبر من تلك التي حصلنا عليها من بياناتنا ( القيمة). اعتبرنا الحلول ذات الدلالة الإحصائية مع أعداد المجموعات التي (الشكل 2c).
تقييم استقرار المجموعات باستخدام التحقق المتبادل. لتقييم ما إذا كان التجميع مستقرًا تحت اضطرابات صغيرة للبيانات ، كررنا إجراء التجميع ، في كل مرة مع ترك مشارك واحد خارجًا. لكل عملية ولكل حل بين 2 و 15 مجموعة، حسبنا تشابه التعيينات الجديدة للمجموعات مع الأصلية باستخدام ARI (الشكل 2d). ثم كررنا هذا الإجراء مع الاحتفاظ بـ من العينة بدلاً من مشارك واحد (الشكل 2e).
مطابقة المجموعات مع إطار نظري. حددنا خلل الدائرة الرئيسي لكل مجموعة من خلال حساب متوسط قيم درجات الدوائر الإقليمية حسب الدائرة والنمط (نشاط قائم على المهمة، اتصال قائم على المهمة، اتصال خالٍ من المهمة) وتحديد المقاييس التي أظهرت .د. الفرق المطلق في المتوسط مقارنة بالمعيار الصحي. ثم قارننا ملف خلل الدائرة لكل مجموعة مع تلك المفترضة في إطار نظري لخلل الدائرة في الاكتئاب والقلق .
نسخ نصف الانقسام لملفات المجموعات. أولاً، قسمنا مجموعة البيانات الخاصة بنا إلى عينتين عشوائيتين متساويتين في الحجم. ثم، قمنا بتشغيل إجراء التجميع الخاص بنا على النصف الأول المنقسم. بعد ذلك، قمنا بتعيين كل مشارك في النصف الثاني إلى واحدة من المجموعات التي تم الحصول عليها في النصف الأول المنقسم. للقيام بذلك، حسبنا متوسط درجات الدائرة عبر جميع المشاركين الذين ينتمون إلى كل مجموعة في النصف الأول المنقسم. ثم، حسبنا معامل ارتباط بيرسون بين درجات دوائر الدماغ لكل مشارك وهذه الدرجات المتوسطة للمجموعات. تم تعيين كل مشارك خارج العينة إلى المجموعة التي كانت فيها هذه العلاقة أعلى. أخيرًا، حددنا الخلل الرئيسي للدائرة لكل مجموعة في كل انقسام كما هو موضح أعلاه ( د. الفرق المطلق في المتوسط مقارنة ببيانات المرجع الصحية) وفحصنا ما إذا كانت قد نسخت ملفات الدائرة الموجودة في العينة الكاملة بصريًا ومن خلال حساب معامل ارتباط بيرسون لملف خلل المتوسط لكل مجموعة بين الانقسامات (الشكل 2f).

التوصيف السريري للأنواع

قمنا بتوصيف حل التجميع النهائي لدينا باستخدام مقاييس سريرية خارجية مستقلة عن مدخلات المجموعة: الأعراض، التشخيصات السريرية، الأداء في الاختبارات السلوكية واستجابة العلاج. من المهم أيضًا أننا نسخنا نتائجنا في تحليلات نصف الانقسام وترك الدراسة خارجًا (الشكل ).
مقارنة الأعراض بين الأنواع. لكل عرض، قمنا بمقارنة شدة الوسيط للمشاركين في كل نوع مع شدة الوسيط للمشاركين الذين لم يكونوا في النوع باستخدام اختبارات ويلكوكسون. نظرًا لأن الأرق والانتحارية تم تقييمهما باستخدام ثلاثة وواحد فقط من عناصر QIDS-SR، على التوالي، استخدمنا اختبارًا لمقارنة نسبة المشاركين في النوع الذين أيدوا أي من العناصر (القيمة الإجمالية ) مقارنة بالمشاركين الذين لم يكونوا في النوع. بالنسبة لاختبارات ويلكوكسون، حسبنا حجم التأثير كـ الإحصائية مقسومة على الجذر التربيعي لحجم العينة واعتبرنا الاختبارات ذات الدلالة الإحصائية التي (الشكل 2h,j).
مقارنة الأداء السلوكي بين الأنواع. لكل من مقاييس الأداء السلوكي لدينا، قمنا بمقارنة الأداء الوسيط للمشاركين في كل نوع مع الأداء الوسيط للمشاركين الذين لم يكونوا في النوع باستخدام اختبارات ويلكوكسون. حسبنا حجم التأثير كـ الإحصائية مقسومة على الجذر التربيعي لحجم العينة واعتبرنا الاختبارات ذات الدلالة الإحصائية التي (الشكل 2i,k).
مقارنة استجابة العلاج بين الأنواع. للحصول على مقياس قابل للمقارنة لشدة الأعراض عبر مجموعات بيانات التجارب السريرية لدينا، قمنا أولاً بتعديل مقاييس درجات HDRS الإجمالية (المجمعة في iSPOT-D) ودرجات SCL-20 (المجمعة في ENGAGE) بين 0 و 1 بناءً على القيم الدنيا والقصوى لكل مقياس. عرفنا الاستجابة على أنها انخفاض بنسبة 50% على الأقل من شدة الأعراض من خط الأساس إلى المتابعة والشفاء كمتابعة HDRS أو SCL-20 . ثم، بالنسبة لكل طريقة علاج ولكل نوع بيولوجي، تم مقارنة شدة الأعراض بعد علاج المشاركين في النوع البيولوجي مع متوسط شدة الأعراض للمشاركين السريريين الذين ليسوا في النوع البيولوجي باستخدام اختبارات ويلكوكسون. بالنسبة لهذه الاختبارات، استبعدنا الأنواع البيولوجية التي تلقى فيها خمسة أو أقل من المشاركين علاجًا. قمنا بحساب حجم التأثير كـ إحصائية مقسومة على الجذر التربيعي لحجم العينة واعتبرنا الاختبارات ذات دلالة إحصائية إذا كانت . (الشكل 21).
تكرار نصف الانقسام للجمعيات السريرية. قمنا بتكرار المقارنات المهمة للسلوك والأعراض بين الأنواع البيولوجية الموجودة في العينة الكاملة عن طريق تقسيم العينة إلى نصفين عشوائيين، وتكرار إجراء التجميع على النصف الأول ثم تعيين المشاركين في النصف الثاني إلى المجموعات التي تم الحصول عليها في النصف الأول، كما هو موضح أعلاه. ثم أجرينا اختبارات ويلكوكسون كما هو موضح أعلاه في كل انقسام واعتبرنا النتيجة قابلة للتكرار إذا كانت ذات دلالة إحصائية في كل من العينة الأصلية وفي كل من عينات نصف الانقسام (بالنسبة للانقسام الثاني، أجرينا اختبارًا تأكيديًا أحادي الجانب).
تكرار ترك الدراسة للجمعيات السريرية. بالنسبة لكل من الدراسات الأربع المدرجة في مجموعة بياناتنا، قمنا بتكرار المقارنات المهمة للسلوك والأعراض بين الأنواع البيولوجية عن طريق تقسيم العينة إلى مجموعتين فرعيتين: واحدة تحتوي على المشاركين الذين لم يكونوا من تلك الدراسة وواحدة تحتوي على المشاركين من تلك الدراسة. ثم، كررنا إجراء التجميع على الانقسام الأول وعينّا المشاركين في المجموعة الفرعية الثانية إلى المجموعات التي تم الحصول عليها في الانقسام الأول، كما هو موضح أعلاه. ثم أجرينا اختبارات ويلكوكسون كما هو موضح أعلاه واعتبرنا النتيجة قابلة للتكرار إذا كانت ذات دلالة إحصائية في كل من الانقسامين عند استبعاد دراسة واحدة على الأقل (بالنسبة للانقسام الثاني، أجرينا اختبارًا تأكيديًا أحادي الجانب).
مقارنة التشخيصات بين الأنواع البيولوجية. لتقييم ما إذا كانت المجموعات تعكس الفئات التشخيصية التقليدية، استخدمنا اختبارات لمقارنة نسبة المشاركين السريريين في كل نوع بيولوجي الذين استوفوا معايير الاضطراب الاكتئابي الكبير، والاضطراب القلق العام، والاضطراب الوسواسي القهري، واضطراب ما بعد الصدمة، واضطراب الهلع أو الرهاب الاجتماعي.
مقارنة المتغيرات غير المهمة بين الأنواع البيولوجية. للتحقق من أن الأنواع البيولوجية لم تكن مدفوعة بتأثيرات الماسح الضوئي، استخدمنا اختبارات لتقييم ما إذا كانت نسبة المشاركين في كل مجموعة مختلفة عبر الماسحات الضوئية. وبالمثل، استخدمنا اختبارات لفحص تأثيرات الجنس ومجموعة البيانات وتحليل التباين أحادي الاتجاه (ANOVA) لاختبار ما إذا كانت الأنواع البيولوجية المختلفة لها توزيعات عمرية مختلفة.
مقارنة درجات دوائر الدماغ مع مدخلات تصنيف أخرى. اخترنا ثلاث مجموعات ميزات بديلة، تم استخدامها في ورقة حديثة تحدد الأنواع البيولوجية للاكتئاب باستخدام fMRI في حالة الراحة (حسب علمنا، لم يتم استخدام أي منشور سابق fMRI في المهام): الاتصال الوظيفي للدماغ بالكامل من أطلس باور ; الاتصال الوظيفي في شبكة الوضع الافتراضي ; و الاتصال الوظيفي للالتواء الزاوي . قمنا بتقييم هذه الميزات باستخدام نفس المعايير التي استخدمناها لخاصتنا: (1) الحل يتفوق على فرضية العدم لعدم وجود مجموعات (بيانات محاكاة)؛ (2) الحل يتفوق على فرضية العدم لعدم وجود مجموعات (بيانات مرتبة)؛ (3) ARI (متوسط ترك العينة)؛ (4) ARI (متوسط ترك 20% من العينة)؛ (5) ملفات تعريف مجموعات قابلة للتعميم عبر نصف الانقسام العشوائي؛ (6) اختلافات الأعراض القابلة للتعميم عبر نصف الانقسام العشوائي؛ (7) اختلافات السلوك القابلة للتعميم
عبر نصف الانقسام العشوائي؛ (8) اختلافات الأعراض القابلة للتعميم عبر ترك الدراسة؛ (9) اختلافات السلوك القابلة للتعميم عبر ترك الدراسة؛ و (10) الأنواع البيولوجية تختلف في استجابة العلاج. بالنسبة لكل من مجموعات الميزات البديلة، قمنا بتقييم عدد المجموعات المبلغ عنها في الورقة الأصلية وست مجموعات (العدد الذي اخترناه في تحليلنا). كما أجرينا اختبارين إحصائيين لمقارنة أداء التجميع باستخدام ميزاتنا مع ميزات أخرى. أولاً، اختبار إعادة أخذ العينات: أخذنا عينة من المشاركين، استخدمنا كل مجموعة من الميزات لتجميع بياناتهم وحسبنا متوسط مؤشر الظل المقابل على مدى 10,000 تكرار. بالنسبة لكل مجموعة من الميزات البديلة، اعتبرنا كـ الكسر من العينات التي كان فيها مؤشر الظل أعلى من ذلك الذي تم الحصول عليه باستخدام ميزاتنا. ثم اختبار التبديل: بعد تجميع كل مجموعة من ميزات التصوير، قمنا بتبديل تعيينات المجموعات بشكل عشوائي وحسبنا درجة الظل لكل منها. هذا زودنا بتوزيعات فارغة لمؤشر الظل لكل مجموعة ميزات. ثم حسبنا الفرق بين توزيع العدم لمؤشر الظل الذي تم الحصول عليه باستخدام ميزاتنا وكل من التوزيعات الفارغة التي تم الحصول عليها من الميزات البديلة. اعتبرنا كـ نسبة التبديلات التي كان فيها الفرق بين توزيعي العدم أكبر من ذلك بين مؤشرات الظل للحلول الحقيقية. اعتبرنا ميزاتنا توفر تجميعًا أفضل عندما و .
أخيرًا، قمنا بمقارنة نتائجنا الأصلية مع النتائج التي تم الحصول عليها باستخدام درجات دوائر الدماغ الخالية من المهام فقط، مختارين كعدد المجموعات ست (العدد الذي اخترناه في تحليلنا باستخدام جميع الميزات) واثنتين (عدد المجموعات مع خلل خالٍ من المهام تم تحديده في تحليلاتنا).

ملخص التقرير

معلومات إضافية حول تصميم البحث متاحة في ملخص تقرير Nature Portfolio المرتبط بهذه المقالة.

توفر البيانات

مجموعات البيانات المستخدمة في هذا التحليل تم جمعها كجزء من دراسات iSPOT-D و RAD و HCP-DES و ENGAGE. هذه المجموعات متاحة عند الطلب من Stanford BrainNet على https://www.stanfordpmhw.com/ مجموعات البيانات. يتوافق مستودع BRAINnet مع متطلبات كونه عامًا ولكنه يتماشى أيضًا مع إجراءات مستودعات عامة وعلمية رسمية أخرى مثل و NDA. هذا الاختيار يتماشى مع إرشادات FAIRness ويحترم متطلبات التمويل الأصلية، مما يسمح بمساهمات ومراجع مناسبة للمصادر. نهجنا مصمم خصيصًا للاستخدام العلمي، والذي يتضمن تقييد الوصول إلى الكيانات الربحية للامتثال لشروط التمويل الأصلية وموافقة المشاركين. لذلك، فإن الوصول المفتوح الكامل ليس ممكنًا. نيتنا هي توفير الوصول العام الذي يتماشى مع اتفاقيات الموافقة ونوايا التمويل الأصلية، مشابهًا للبيانات المشتركة من خلال مستودعات NIH. على Stanford BRAINnet، أنشأنا نموذج طلب وصول إلى البيانات يقوم بفرز المستخدمين، مشابهًا لمستودعات عامة أخرى.

توفر الشيفرة

الشيفرة الخاصة بالتحليلات والمناطق ذات الاهتمام المستخدمة لحساب درجات الدوائر السريرية متاحة على https://github.com/leotozzi88/ cluster_study_2023.

References

  1. Williams, L. M. et al. Developing a clinical translational neuroscience taxonomy for anxiety and mood disorder: protocol for the baseline-follow up Research domain criteria Anxiety and Depression (‘RAD’) project. BMC Psychiatry 16, 68 (2016).
  2. Tozzi, L. et al. The human connectome project for disordered emotional states: protocol and rationale for a research domain criteria study of brain connectivity in young adult anxiety and depression. Neurolmage 214, 116715 (2020).
  3. Williams, L. M. et al. The ENGAGE study: integrating neuroimaging, virtual reality and smartphone sensing to understand self-regulation for managing depression and obesity in a precision medicine model. Behav. Res. Ther. 101, 58-70 (2018).
  4. Elliott, M. L. et al. General functional connectivity: shared features of resting-state and task fMRI drive reliable and heritable individual differences in functional brain networks. Neurolmage 189, 516-532 (2019).
  5. Korgaonkar, M. S., Ram, K., Williams, L. M., Gatt, J. M. & Grieve, S. M. Establishing the resting state default mode network derived from functional magnetic resonance imaging tasks as an endophenotype: a twins study. Hum. Brain Mapp. 35, 3893-3902 (2014).
  6. Esteban, O. et al. fMRIPrep: a robust preprocessing pipeline for functional MRI. Nat. Methods 16, 111-116 (2019).
  7. Yarkoni, T., Poldrack, R. A., Nichols, T. E., Van Essen, D. C. & Wager, T. D. Large-scale automated synthesis of human functional neuroimaging data. Nat. Methods 8, 665-670 (2011).
  8. Holiga, Š. et al. Test-retest reliability of task-based and resting-state blood oxygen level dependence and cerebral blood flow measures. PLoS ONE 13, e0206583 (2018).
  9. Tozzi, L., Fleming, S. L., Taylor, Z., Raterink, C. & Williams, L. M. Test-retest reliability of the human functional connectome over consecutive days: identifying highly reliable portions and assessing the impact of methodological choices. Netw. Neurosci. https://doi.org/10.1162/netn_a_00148 (2020).
  10. Fortin, J.-P. et al. Harmonization of cortical thickness measurements across scanners and sites. Neurolmage 167, 104-120 (2018).
  11. Fortin, J.-P. et al. Harmonization of multi-site diffusion tensor imaging data. Neurolmage 161, 149-170 (2017).
  12. Johnson, W. E., Li, C. & Rabinovic, A. Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods. Biostatistics 8, 118-127 (2007).
  13. DeLapp, R. C., Chapman, L. K. & Williams, M. T. Psychometric properties of a brief version of the Penn State Worry Questionnaire in African Americans and European Americans. Psychol. Assess. 28, 499-508 (2016).
  14. Parola, N. et al. Psychometric properties of the Ruminative Response Scale-short form in a clinical sample of patients with major depressive disorder. Patient Prefer Adherence 11, 929-937 (2017).
  15. Wardenaar, K. J. et al. Development and validation of a 30-item short adaptation of the Mood and Anxiety Symptoms Questionnaire (MASQ). Psychiatry Res. 179, 101-106 (2010).
  16. Snaith, R. P. et al. A scale for the assessment of hedonic tone the Snaith-Hamilton pleasure scale. Br. J. Psychiatry 167, 99-103 (1995).
  17. Patton, J. H., Stanford, M. S. & Barratt, E. S. Factor structure of the Barratt impulsiveness scale. J. Clin. Psychol. 51, 768-774 (1995).
  18. Rush, A. J. et al. The 16 -Item quick inventory of depressive symptomatology (QIDS), clinician rating (QIDS-C), and self-report (QIDS-SR): a psychometric evaluation in patients with chronic major depression. Biol. Psychiatry 54, 573-583 (2003).
  19. Hamilton, M. in Assessment of Depression (eds Sartorius, D. N. & Ban, D. T. A.) 143-152 (Springer, 1986).
  20. Derogatis, L. R., Lipman, R. S. & Covi, L. SCL-90: an outpatient psychiatric rating scale-preliminary report. Psychopharmacol. Bull. 9, 13-28 (1973).
  21. Williams, L. M. et al. Explicit identification and implicit recognition of facial emotions: I. Age effects in males and females across 10 decades. J. Clin. Exp. Neuropsychol. 31, 257-277 (2009).
  22. Williams, L. M. A platform for standardized, online delivered, clinically applicable neurocognitive assessment. Preprint at bioRxiv https://doi.org/10.1101/2023.08.28.553107 (2023).
  23. Urchs, S. G. et al. Functional connectivity subtypes associate robustly with ASD diagnosis. eLife 11, e56257 (2022).

الشكر والتقدير

نشكر M. Schin على مساعدتها في إدخال البيانات. كما نشكر J. Kilner (بيتسبرغ، بنسلفانيا) على خدماته التحريرية. تم دعم هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة (NIH) (أرقام المنح: RO1MH1O1496 (إلى L.M.W.; NCTO2220309)، UH2HL132368 (إلى J.M. و L.M.W.; NCT02246413)، U01MH109985 (إلى L.M.W.) و U01MH136062 (إلى L.M.W. و J.M.)) ومؤسسة غوستافوس ولويز بايفر للأبحاث (إلى L.M.W.). توفير بيانات العلاج، تم رعاية iSPOT-D (NCTOO693849) من قبل Brain Resource Ltd. لم يكن للجهات الممولة أي دور في تصميم الدراسة، جمع البيانات، تحليل البيانات، تفسير البيانات أو كتابة التقرير. كان للمؤلف المقابل وصول كامل إلى جميع البيانات في الدراسة وكان لديه المسؤولية النهائية عن القرار لتقديمها للنشر.

مساهمات المؤلفين

L.T. صاغت الدراسة، وقدمت المنهجية، والبرمجيات، والتحقق، والتحليل الرسمي، وتنظيم البيانات، وكتبت المسودة الأصلية، وراجعت وحررت المخطوطة، وقدمت التصور وإدارة المشروع. X.Z. قدمت البرمجيات وتنظيم البيانات، وراجعت وحررت المخطوطة. A.P. صاغت الدراسة، وراجعت وحررت المخطوطة وقدمت التصور. A.M.O. راجع وحرر المخطوطة. E.S.Z.، E.T.A.، M.C.، B.H.-G. وS.C. قاموا بالتحقيقات، ونظموا البيانات وراجعوا وحرروا المخطوطة. P.C.S. وC.A.R. قدما البرمجيات وراجعا وحررا المخطوطة. L.M.H. راجع وحرر المخطوطة. M.S.K. وJ.M. راجعا وحررا المخطوطة وقدما الموارد. M.W. وI.H.G. راجعا وحررا المخطوطة وحصلا على الأموال. L.M.W. صاغت الدراسة، وقدمت الموارد، وراجعت وحررت المخطوطة، وأشرفت على الدراسة، وأدارت المشروع وحصلت على الأموال.

المصالح المتنافسة

L.M.W. تعلن عن طلب براءة اختراع أمريكية رقم 10/034,645 و15/820,338: ‘أنظمة وطرق لاكتشاف الشبكات المعقدة في بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي’. في السنوات الثلاث الماضية، شاركت L.M.H. في مجلس استشاري لشركة روش. L.T. كانت موظفة في شركة Ceribell Inc. منذ 30 أكتوبر 2023. المؤلفون الآخرون يعلنون عدم وجود مصالح متنافسة.

معلومات إضافية

المعلومات التكميلية النسخة الإلكترونية تحتوي على مواد تكميلية متاحة على https://doi.org/10.1038/s41591-024-03057-9.
يجب توجيه المراسلات وطلبات المواد إلى ليان م. ويليامز.
معلومات مراجعة الأقران تشكر مجلة Nature Medicine المراجعين المجهولين على مساهمتهم في مراجعة الأقران لهذا العمل. المحرر الرئيسي: جيروم ستال، بالتعاون مع فريق مجلة Nature Medicine.
معلومات إعادة الطبع والتصاريح متاحة على www.nature.com/reprints.

natureportfolio

المؤلف (المؤلفون) المراسلون:
آخر تحديث من قبل المؤلفين: 3 مايو 2024

ملخص التقرير

تسعى Nature Portfolio لتحسين قابلية إعادة إنتاج العمل الذي ننشره. يوفر هذا النموذج هيكلًا للاتساق والشفافية في التقرير. لمزيد من المعلومات حول سياسات Nature Portfolio، انظر سياسات التحرير وقائمة مراجعة سياسة التحرير.

الإحصائيات

لجميع التحليلات الإحصائية، تأكد من أن العناصر التالية موجودة في أسطورة الشكل، أو أسطورة الجدول، أو النص الرئيسي، أو قسم الطرق.

تم التأكيد

X حجم العينة الدقيقة ( ) لكل مجموعة/شرط تجريبي، معطاة كرقم منفصل ووحدة قياس
X

X
X


لاختبار الفرضية الصفرية، إحصائية الاختبار (مثل ) مع فترات الثقة، وأحجام التأثير، ودرجات الحرية و القيمة المذكورة أعطِ القيم كقيم دقيقة كلما كان ذلك مناسبًا.
لتحليل بايزي، معلومات حول اختيار الأوليات وإعدادات سلسلة ماركوف مونت كارلو

للتصاميم الهرمية والمعقدة، تحديد المستوى المناسب للاختبارات والتقارير الكاملة للنتائج

تقديرات أحجام التأثير (مثل حجم تأثير كوهين، ، حجم تأثير بيرسون، )، موضحًا كيف تم حسابها
تحتوي مجموعتنا على الويب حول الإحصائيات لعلماء الأحياء على مقالات حول العديد من النقاط المذكورة أعلاه.

البرمجيات والرموز

معلومات السياسة حول توفر كود الكمبيوتر
جمع البيانات لم يتم استخدام أي برمجيات.
تحليل البيانات تم استخدام البرمجيات مفتوحة المصدر التالية: SPM الإصدار 8، FSL الإصدار 6، MATLAB الإصدار 2018b، fMRIprep الإصدار 20.2.1، R الإصدار 4.1.3، R Studio الإصدار 2023.06.2+561، حزمة R miceRanger الإصدار 1.5.0. تم استخدام برمجيات مخصصة أيضًا وهي متاحة على GitHub على https:// github.com/leotozzi88/cluster_study_2023.
للمخطوطات التي تستخدم خوارزميات أو برمجيات مخصصة تكون مركزية للبحث ولكن لم يتم وصفها بعد في الأدبيات المنشورة، يجب أن تكون البرمجيات متاحة للمحررين والمراجعين. نشجع بشدة على إيداع الكود في مستودع مجتمعي (مثل GitHub). انظر إرشادات Nature Portfolio لتقديم الكود والبرمجيات لمزيد من المعلومات.

البيانات

معلومات السياسة حول توفر البيانات

يجب أن تتضمن جميع المخطوطات بيانًا حول توفر البيانات. يجب أن يوفر هذا البيان المعلومات التالية، حيثما كان ذلك مناسبًا:
  • رموز الوصول، معرفات فريدة، أو روابط ويب لمجموعات البيانات المتاحة للجمهور
  • وصف لأي قيود على توفر البيانات
  • بالنسبة لمجموعات البيانات السريرية أو بيانات الطرف الثالث، يرجى التأكد من أن البيان يتماشى مع سياستنا
تم جمع مجموعات البيانات المستخدمة في هذا التحليل كجزء من دراسات iSPOT-D، RAD، HCP-DES وENGAGE. هذه المجموعات متاحة عند الطلب من Stanford BrainNet على https://www.stanfordpmhw.com/datasets. يتوافق مستودع BRAINnet مع متطلبات كونه عامًا ولكنه يتماشى أيضًا مع
إجراءات مستودعات عامة وعلمية رسمية أخرى مثل HCP وABCD وNDA. هذا الاختيار يتماشى مع إرشادات FAIRness، ويحترم متطلبات التمويل الأصلية، مما يسمح بمساهمات ومراجع مناسبة من المصادر. تم تصميم نهجنا خصيصًا للاستخدام العلمي، والذي يتضمن تقييد الوصول للكيانات الربحية للامتثال لمتطلبات التمويل الأصلية وموافقة المشاركين. لذلك، فإن الوصول المفتوح الكامل غير ممكن. نهدف إلى توفير الوصول العام الذي يتماشى مع اتفاقيات الموافقة ونوايا التمويل الأصلية، مشابهًا للبيانات المشتركة من خلال مستودعات NIH. على Stanford BRAINnet، أنشأنا نموذج طلب وصول البيانات الذي يقوم بفرز المستخدمين، مشابهًا لمستودعات عامة أخرى.

البحث الذي يشمل المشاركين البشريين، بياناتهم، أو المواد البيولوجية

معلومات السياسة حول الدراسات التي تشمل المشاركين البشريين أو بيانات بشرية. انظر أيضًا معلومات السياسة حول الجنس، الهوية/العرض، والتوجه الجنسي والعرق، والاثنية والعنصرية.
التقرير عن الجنس والهوية تم جمع الجنس المبلغ عنه ذاتيًا واستخدم في التحليلات.
التقرير عن العرق، الاثنية، أو مجموعات اجتماعية ذات صلة تم جمع العرق والاثنية المبلغ عنه ذاتيًا ولكن لم يتم استخدامه في التحليلات.
خصائص السكان
تم الحصول على البيانات المستخدمة في هذه الورقة من أربع دراسات: “الدراسة الدولية لتوقع العلاج الأمثل في الاكتئاب” (iSPOT-D، (ويليامز وآخرون، 2011))، “دراسة البحث عن القلق والاكتئاب” (RAD، (ويليامز وآخرون، 2016))، “مشروع الاتصال البشري لحالات العاطفة المضطربة” (HCP-DES، (توزي وآخرون، 2020c))، و”استهداف التنظيم الذاتي لفهم آليات تغيير السلوك وتحسين المزاج ونتائج الوزن” (ENGAGE، (ويليامز وآخرون، 2018)).
المشاركون السريريون:
الجنس:
إناث: 461 (58%)
ذكور: 329 (41%)
آخر: 11 (1%) 0 (0%)
متوسط العمر (الانحراف المعياري): 34.24 (13.40)
المراقبون
الجنس:
إناث: 67 (49%)
ذكور: 70 (51%)
آخر: 0 (0%)
متوسط العمر (الانحراف المعياري): 32.10 (12.57)
التجنيد
في iSPOT-D، كان المشاركون من البالغين الخارجيين الذين يعانون من اضطراب اكتئابي كبير غير نفسي تحت 65 عامًا.
في RAD، كان المشاركون مرضى من عيادة تدريب الصحة النفسية المجتمعية، وأفراد من المجتمع المحيط المباشر الذين يبلغون حاليًا عن ضغوط من القلق وأعراض المزاج ذات الصلة.
في HCP-DES، كان المشاركون أفرادًا من المجتمع يعانون من أعراض كبيرة من الاكتئاب والقلق (مشاركون سريريون) أو أفراد لا يعانون من أي أعراض من الضغوط العاطفية (مراقبون أصحاء).
في ENGAGE، كان المشاركون مرضى بالغين يتلقون الرعاية الأولية في مؤسسة بالو ألتو الطبية، الذين كانوا يعانون من الاكتئاب والسمنة المتزامنة.
الإشراف الأخلاقي قدم جميع المشاركين موافقة خطية مستنيرة. تمت الموافقة على الإجراءات من قبل مجلس مراجعة المؤسسات بجامعة ستانفورد (IRB 27937 و41837) أو لجنة أخلاقيات البحث البشري في خدمة الصحة الغربية في سيدني.
لاحظ أنه يجب أيضًا تقديم معلومات كاملة حول الموافقة على بروتوكول الدراسة في المخطوطة.

التقرير الخاص بالمجال

يرجى اختيار الخيار أدناه الذي يناسب بحثك بشكل أفضل. إذا لم تكن متأكدًا، اقرأ الأقسام المناسبة قبل اتخاذ اختيارك.
علوم الحياة العلوم السلوكية والاجتماعية العلوم البيئية والتطورية والإيكولوجية
لنسخة مرجعية من الوثيقة مع جميع الأقسام، انظر nature.com/documents/nr-reporting-summary-flat.pdf

تصميم دراسة علوم الحياة

يجب على جميع الدراسات الإفصاح عن هذه النقاط حتى عندما يكون الإفصاح سلبياً.
حجم العينة البيانات المستخدمة في هذه الورقة تم تجميعها من أربع دراسات مكتملة: “الدراسة الدولية للتنبؤ بالعلاج الأمثل في الاكتئاب” (iSPOT-D، (ويليامز وآخرون، 2011))، “دراسة البحث عن القلق والاكتئاب” (RAD، (ويليامز وآخرون، 2016))، “مشروع الاتصال البشري لحالات العاطفة المضطربة” (HCP-DES، (توزي وآخرون، 2020c))، و”استهداف التنظيم الذاتي لفهم آليات تغيير السلوك وتحسين المزاج ونتائج الوزن” (ENGAGE، (ويليامز وآخرون، 2018)).
كان حجم العينة هو جميع المرضى الذين تلقوا تصوير الرنين المغناطيسي الوظيفي كجزء من تلك الدراسات. لم يتم إجراء حساب لحجم العينة.
تم التخلص من مسحات الدماغ إذا كانت تحتوي على اكتشافات عرضية، أو عيوب كبيرة في الماسح الضوئي، أو انقطاع في الإشارة، أو كانت تحتوي على أكثر من من المجلدات التي تحتوي على إزاحة ملحوظة على مستوى الإطار كما هو محدد بواسطة fMRIprep.

التكرار

تقييم استقرار التجمع باستخدام التحقق المتبادل
قمنا بتكييف الإجراء المقترح من قبل دينغا وآخرين (المرجع 14) لتطبيقنا لتقييم ما إذا كانت تعيينات التجميع مستقرة تحت اضطرابات صغيرة في البيانات. وهذا مكننا من تقييم ما إذا كان تكرار نفس الإجراء باستخدام مجموعة بيانات مشابهة سيحدد مجموعات مشابهة، وما إذا كنا سنعين نفس المشاركين إلى نفس المجموعات. في هذا التحليل، كررنا إجراء التجميع 801 مرة، في كل مرة مع استبعاد مشارك واحد. لكل تشغيل ولكل حل بين 2 و 15 مجموعة، قمنا بحساب تشابه تعيينات المجموعات الجديدة مع تلك من التحليل الأصلي باستخدام مؤشر راند المعدل (ARI)، وهو النسخة المصححة للصدفة من مؤشر راند. يتوافق مع الصدفة، هو تطابق مثالي، هو نتيجة أسوأ من الصدفة) (الشكل 2د). ثم كررنا هذه العملية مع الاحتفاظ بـ من العينة بدلاً من مشارك واحد (الشكل 2e).
تكرار نصف مقسم لملفات الكتل
للتحقق مما إذا كانت حل التجميع النهائي لدينا قويًا، قمنا بإجراء إجراء تقسيم النصف كما يلي. أولاً، قمنا بتقسيم مجموعة البيانات الخاصة بنا إلى عينتين عشوائيتين متساويتين في الحجم. ثم، قمنا بتشغيل إجراء التجميع على النصف الأول من التقسيم. بعد ذلك، قمنا بتعيين كل مشارك في النصف الثاني إلى واحدة من المجموعات التي تم الحصول عليها في النصف الأول من التقسيم. للقيام بذلك، قمنا بحساب متوسط درجات الدوائر عبر جميع المشاركين الذين ينتمون إلى كل مجموعة في النصف الأول من التقسيم. ثم، قمنا بحساب معامل ارتباط بيرسون بين ملف درجات الدوائر الكاملة لكل مشارك وهذه الدرجات المتوسطة للمجموعات. تم تعيين كل مشارك خارج العينة إلى المجموعة التي كانت فيها هذه العلاقة هي الأعلى. أخيرًا، حددنا الاختلالات الرئيسية في الدوائر لكل مجموعة في كل تقسيم كما هو موضح أعلاه. تم حساب الفرق المطلق للانحراف المعياري مقارنةً ببيانات المرجع الصحية، وتم فحص ما إذا كانت هذه النتائج تعيد إنتاج ملفات الدوائر الموجودة في العينة الكاملة بصريًا ومن خلال حساب معامل ارتباط بيرسون لملف الاضطراب المتوسط لكل مجموعة بين الانقسامات (الشكل 2f).
تكرار نصف الانقسام للارتباطات بين الأنماط الحيوية والقياسات السريرية
قمنا بتكرار المقارنات الهامة للسلوك والأعراض بين الأنماط البيولوجية الموجودة في العينة الكاملة من خلال تقسيم العينة إلى نصفين عشوائيين، وتكرار إجراء التجميع على النصف الأول، ثم استخدام ارتباطات ملف الدائرة الموضحة أعلاه لتعيين المشاركين في النصف الثاني إلى المجموعات التي تم الحصول عليها في النصف الأول. ثم أجرينا اختبارات ويلكوكسون كما هو موضح أعلاه في كل تقسيم واعتبرنا النتيجة قابلة للتكرار إذا كانت ذات دلالة إحصائية في كل من العينة الأصلية وفي كل من عينات النصف المقسمة (بالنسبة للتقسيم الثاني، أجرينا اختبارًا تأكيديًا أحادي الجانب). كما قمنا أيضًا بحساب الأهمية السريرية للنتائج في كلا التقسيمين بناءً على حجم التأثير. ، محسوبًا على أنه إحصائية Z مقسومة على الجذر التربيعي لحجم العينة.
تكرار استبعاد الدراسة لارتباطات بين الأنماط البيولوجية والقياسات السريرية. لكل من الدراسات الأربع المدرجة في مجموعة البيانات الأصلية لدينا، قمنا بتكرار المقارنات المهمة للسلوك والأعراض بين الأنماط البيولوجية من خلال تقسيم العينة إلى مجموعتين فرعيتين: واحدة تحتوي على جميع المشاركين الذين لم يكونوا من تلك الدراسة وواحدة تحتوي على جميع المشاركين من تلك الدراسة. ثم، قمنا بتكرار إجراء التجميع على المجموعة الفرعية الأولى ثم قمنا بتعيين المشاركين في المجموعة الفرعية الثانية إلى المجموعات التي تم الحصول عليها في المجموعة الفرعية الأولى باستخدام ارتباطات ملف الدائرة كما هو موضح أعلاه. بعد ذلك، أجرينا اختبارات ويلكوكسون كما هو موضح أعلاه واعتبرنا النتيجة قابلة للتكرار إذا كانت مهمة في كل من المجموعتين الفرعيتين على الأقل لدراسة واحدة مستبعدة. بالنسبة لتكرار استبعاد الدراسة، أجرينا اختبار تأكيدي أحادي الجانب. كما قمنا بحساب الأهمية السريرية للنتائج في كلا الانقسامين بناءً على حجم التأثير. ، محسوب كـ الإحصائية مقسومة على الجذر التربيعي لحجم العينة.

التوزيع العشوائي

في دراسة iSPOT-D، تم تخصيص المشاركين عشوائيًا لتلقي الإسكيتالوبرام أو السيرترالين أو الفينلافاكسين.
في ENGAGE، تم تخصيص المشاركين عشوائيًا لتلقي علاج I-CARE السلوكي أو العلاج المعتاد.
في الدراسة الحالية، لم يتم تخصيص أي مجموعات تجريبية.

عمى

في iSPOT-D، كان الأفراد الذين يقومون بجمع البيانات غير مدركين للتوزيع العشوائي.
في الدراسة الحالية، لم يكن المحلل معزولاً عن التوزيع العشوائي في بيانات التجربة السريرية. لم يكن العزل ذا صلة بهذه الدراسة، حيث كانت التحليل بأثر رجعي وقارن بين المتغيرات السريرية لمجموعات من المرضى تم تعريفها بناءً على خصائص أدمغتهم. لم يكن التحليل يهدف إلى إثبات فعالية علاج.

التقارير عن مواد وأنظمة وطرق محددة

نحتاج إلى معلومات من المؤلفين حول بعض أنواع المواد والأنظمة التجريبية والأساليب المستخدمة في العديد من الدراسات. هنا، يرجى الإشارة إلى ما إذا كانت كل مادة أو نظام أو طريقة مدرجة ذات صلة بدراستك. إذا لم تكن متأكدًا مما إذا كان عنصر القائمة ينطبق على بحثك، يرجى قراءة القسم المناسب قبل اختيار رد.

البيانات السريرية

معلومات السياسة حول الدراسات السريرية

يجب أن تتوافق جميع المخطوطات مع إرشادات ICMJE لنشر الأبحاث السريرية ويجب أن تتضمن جميع التقديمات قائمة مراجعة CONSORT مكتملة.
تسجيل التجارب السريرية
iSPOT-D: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT00693849
ENGAGE: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02246413
بروتوكول الدراسة
iSPOT-D: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3036635/
راد: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26980207/
HCP-DES: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32147367/
ENGAGE: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8109191/
جمع البيانات تم إعادة تحليل البيانات التي تم جمعها سابقًا للدراسة الحالية.
النتائج
بالنسبة لبيانات التجارب السريرية، كانت النتائج هي تلك المحددة في البروتوكولات والتسجيل المذكور أعلاه.
بالنسبة للدراسة الحالية، كانت التحليل استكشافيًا، ولم يتم تحديد أي نتائج أولية أو ثانوية مسبقًا.

النباتات

مخزونات البذور
غير متوفر
أنماط جينية نباتية جديدة
غير متوفر
المصادقة
غير متوفر

التصوير بالرنين المغناطيسي

تصميم تجريبي

نوع التصميم المهمة (المتعلقة بالكتل والأحداث) وحالة الراحة
مواصفات التصميم
مهمة تعبيرات الوجه عن المشاعر
تم تقديم مجموعة موحدة من محفزات تعبير الوجه المستحثة ثلاثية الأبعاد بترتيب عشوائي زائف، مع خمسة كتل متكررة من ثمانية محفزات لكل كتلة للتعبيرات الحزينة، والتهديد الناتج عن الخوف، والتهديد الناتج عن الغضب، والسعادة، مقارنة بالكتل المحايدة؛ كانت مدة المحفز 500 مللي ثانية ومدة الفاصل بين المحفزات 750 مللي ثانية (Korgaonkar et al., 2013). تم توجيه المشاركين للتركيز بنشاط للإجابة على أسئلة ما بعد المسح حول هذه الوجوه، وقمنا بمراقبة اليقظة باستخدام نظام تتبع العين. كما قدمنا نفس المحفزات بشكل غير واعٍ في تصميم قناع عكسي لمنع الوعي؛ تم تقديم محفزات الوجه لمدة 10 مللي ثانية تليها مباشرةً محفز قناع وجه محايد لمدة 150 مللي ثانية، مع تزامن بدء المحفزات بمقدار 1250 مللي ثانية لمطابقة الحالة الواعية (Williams et al., 2006).
مهمة الذهاب-عدم الذهاب
تطلبت تجارب “اذهب” (الكلمة “اضغط” باللون الأخضر) من المشاركين الاستجابة بأسرع ما يمكن، بينما تطلبت تجارب “لا تذهب” (“اضغط” باللون الأحمر) من المشاركين كبح الاستجابات. تم تقديم 180 من محفزات “اذهب” و60 من محفزات “لا تذهب” بترتيب عشوائي زائف؛ كانت مدة كل محفز 500 مللي ثانية مع فترة بين المحفزات تبلغ 750 مللي ثانية (Grieve et al., 2013).
مقاييس الأداء السلوكي لم يتم استخدام ضغطات الأزرار الصحيحة وأوقات الاستجابة في التحليل.
استحواذ
نوع (أنواع) التصوير هيكلي، وظيفي
شدة المجال 3 ت
معلمات التسلسل والتصوير
تم جمع بيانات الرنين المغناطيسي باستخدام جهاز GE Signa HDx بقوة 3.0 تسلا (سيدني)، وجهاز GE MR750 Discovery بقوة 3.0 تسلا (ستانفورد) وجهاز GE UHP بقوة 3.0 تسلا (ستانفورد) (GE Healthcare، ميلووكي، ويسكونسن) باستخدام ملف رأس مكون من 8 قنوات (سيدني) وملف رأس مكون من 32 قناة (ستانفورد). استخدمت جهازي المسح في ستانفورد تسلسلات متطابقة. تم تقييد حركة الرأس باستخدام وسائد من الرغوة وتم مراقبة يقظة المشاركين باستخدام نظام تتبع العين. كما تم تسجيل حركة الرأس، والتي خضعت لاحقًا لمراقبة الجودة وإمكانية استبعاد البيانات بناءً على حركة زائدة.
تسلسلات ستانفورد (RAD، HCP-DES، ENGAGE)
في RAD وENGAGE، تم الحصول على مسح هيكلي بتقنية T1-weighted باستخدام تسلسل صدى تدرج مفسد ثلاثي الأبعاد (SPGR).
التطبيع إلى الفضاء القياسي: TR=0.008؛ TE=0.003؛ حجم الفوكسل= ; عدد الشرائح = 176 ; مجال الرؤية = ; زاوية الانقلاب=11 درجة. في HCP-DES، كانت معلمات T1 TE=3.548 مللي ثانية؛ TR لمخطط MPRAGE=2.84 ثانية؛ FA=8، وقت الاكتساب=8 دقائق و33 ثانية؛ مجال الرؤية ; حجم المصفوفة ثلاثية الأبعاد ; اتجاه الشريحة = sagittal; الزاوية إلى خط ACPC; عرض النطاق الترددي للمستقبل = 31.25 كيلوهرتز; قمع الدهون = لا; تصحيح الحركة = PROMO; حجم الفوكسل متساوي الاتجاه. تم الحصول على صور وظيفية تعتمد على مستوى أكسجة الدم باستخدام تصوير T2* المعتمد على الصدى التخطيطي. كان كل حجم دماغ كامل يتكون من 45 شريحة محورية/مائلة بسمك 3 مم متداخلة. مصفوفة؛ TR ; تي إي ; حجم الفوكسل ; مجال الرؤية ; زاوية الانعكاس كل من المهام الثلاث حصلت على 154 مجلداً خلال 5 دقائق و8 ثوانٍ.
تسلسلات سيدني (iSPOT-D)
تم الحصول على المسح الهيكلي الموزون T1 في المستوى السهمي باستخدام تسلسل صدى تدرج مفسد ثلاثي الأبعاد (SPGR) ; تي إي ; زاوية الانعكاس درجات؛ ; نكس ; الأصول ; مصفوفة ). تم تغطية الدماغ بالكامل بمجموع 180 شريحة متصلة، كل منها بسماكة 1 مم، بدقة في المستوى قدرها تم الحصول على الصور الوظيفية لكل مهمة باستخدام التصوير بالرنين المغناطيسي ذو التخطيط الصدى. ; تي إي ; مصفوفة ; مجال الرؤية سم؛ زاوية الانعكاس درجات). غطت أربعون شريحة، كل منها بسماكة 3.5 مم، الدماغ بالكامل في كل حجم. حصلت كل من المهام الثلاث على 123 حجمًا خلال 5 دقائق و8 ثوانٍ.
الدماغ بالكامل
غير مستخدم
قالب التطبيع
إزالة الضوضاء والعيوب
تصفية الحجم

\section*{برمجيات المعالجة المسبقة}

التطبيع
التطبيع

بالنسبة للصور الوظيفية، تمت إزالة الثلاثة أحجام الأولى للتعويض عن آثار نقل المغنطة قبل المعالجة المسبقة. تم إجراء المعالجة المسبقة باستخدام fMRIPrep 20.2.1 (iSPOTD) و fMRIPrep 20.2.3 (HCP-DES، ENGAGE، RAD) (Esteban et al.، 2019). للتفاصيل، يمكن العثور على مخرجات المنهجية الموحدة من fMRIPrep لكل دراسة في نهاية المواد التكميلية.

معالجة البيانات التشريحية

تم العثور على إجمالي 1 صورة ذات وزن T1 (T1w) ضمن مجموعة بيانات BIDS المدخلة. تم تصحيح صورة T1-weighted (T1w) لعدم تجانس الكثافة (INU) باستخدام N4BiasFieldCorrection (Tustison et al. 2010)، الموزعة مع ANTs 2.3.3 (Avants et al. 2008، RRID:SCR_004757)، واستخدمت كمرجع T1w طوال سير العمل. ثم تم إزالة الجمجمة من المرجع T1w باستخدام تنفيذ Nipype لـantsBrainExtraction.shتم تنفيذ سير العمل (من ANTs)، باستخدام OASIS30ANTs كقالب مستهدف. تم إجراء تقسيم أنسجة الدماغ لسائل الدماغ الشوكي (CSF) والمواد البيضاء (WM) والمواد الرمادية (GM) على صورة T1w المستخرجة من الدماغ باستخدام Fast (FSL 5.0.9، RRID:SCR_002823، Zhang وBrady وSmith 2001). تم إعادة بناء أسطح الدماغ باستخدام recon-all (FreeSurfer 6.0.1، RRID:SCR_001847، Dale وFischl وSereno 1999)، وتم تحسين قناع الدماغ المقدر سابقًا باستخدام تعديل مخصص للطريقة لمصالحة تقسيمات المواد الرمادية القشرية المستمدة من ANTs وFreeSurfer لـ Mindboggle (RRID:SCR_002438، Klein وآخرون 2017). تم إجراء تطبيع مكاني قائم على الحجم إلى مساحتين قياسيتين (MNI152NLin6Asym، MNI152NLin2009cAsym) من خلال التسجيل غير الخطي باستخدام antsRegistration (ANTs 2.3.3)، باستخدام إصدارات مستخرجة من الدماغ لكل من مرجع T1w وقالب T1w. تم اختيار القوالب التالية للتطبيع المكاني: نموذج تسجيل الدماغ الستيريوتاكسي غير الخطي من الجيل السادس MNI ICBM 152 [Evans وآخرون (2012)، RRID:SCR_002823؛ معرف TemplateFlow: MNI152NLin6Asym]، نسخة 2009c من القالب غير الخطي غير المتماثل ICBM 152 [Fonov وآخرون (2009)، RRID:SCR_008796؛ معرف TemplateFlow: MNI152NLin2009cAsym].
معالجة البيانات الوظيفية المسبقة
لكل من عمليات BOLD التي تم العثور عليها لكل موضوع (عبر جميع المهام والجلسات)، تم إجراء المعالجة المسبقة التالية. أولاً، تم إنشاء حجم مرجعي وإصداره المنزوع الجمجمة باستخدام منهجية مخصصة من fMRIPrep. تم استبعاد تصحيح تشوه الحساسية (SDC). ثم تم تسجيل مرجع BOLD مع مرجع T1w باستخدام bbregister (FreeSurfer) الذي ينفذ التسجيل القائم على الحدود (Greve وFischl 2009). تم تكوين التسجيل المشترك مع ست درجات من الحرية. تم تقدير معلمات حركة الرأس بالنسبة لمرجع BOLD (مصفوفات التحويل، وستة معلمات دوران وترجمة متCorresponding) قبل أي تصفية زمانية مكانية باستخدام mcflirt (FSL 5.0.9، Jenkinson وآخرون 2002). تم تصحيح أوقات الشرائح لعمليات BOLD باستخدام 3dTshift من AFNI 20160207 (Cox وHyde 1997، RRID:SCR_005927). تم إعادة عينة سلسلة زمنية BOLD على الأسطح التالية (تسميات إعادة بناء FreeSurfer): fsnative، fsaverage. تم إعادة عينة سلسلة زمنية BOLD (بما في ذلك تصحيح توقيت الشرائح عند تطبيقه) إلى مساحتها الأصلية، الأصلية من خلال تطبيق التحويلات لتصحيح حركة الرأس. ستُشار إلى هذه السلاسل الزمنية المعاد عيّنتها BOLD باسم BOLD المعالجة المسبقة في الفضاء الأصلي، أو ببساطة BOLD المعالجة المسبقة. تم إعادة عينة سلسلة زمنية BOLD إلى الفضاء القياسي، مما أدى إلى إنشاء عملية BOLD معالجة مسبقًا في فضاء MNI152NLin6Asym. أولاً، تم إنشاء حجم مرجعي وإصداره المنزوع الجمجمة باستخدام منهجية مخصصة من fMRIPrep.

MNI152NLin6Asym

في هذا التحليل، تم تطبيق فلتر تمرير عالي بمدة 128 ثانية على البيانات، وتم إضافة ستة معلمات إعادة المحاذاة بالإضافة إلى إشارات المادة البيضاء والسائل الدماغي الشوكي المستمدة من fMRIPrep إلى مصفوفة التصميم كعوامل مزعجة.
لا شيء

النمذجة الإحصائية والاستدلال

نوع النموذج والإعدادات
تم قياس تنشيط المهام باستخدام نموذج خطي عام (GLM) حيث تم دمج أحداث المهام مع دالة استجابة دموية معيارية كما هو مطبق في SPM8. في هذا التحليل، تم تطبيق فلتر تمرير عالي لمدة 128 ثانية على البيانات، وتم إضافة ستة معلمات إعادة المحاذاة بالإضافة إلى إشارات المادة البيضاء والسائل الدماغي الشوكي المستمدة من fMRIPrep إلى مصفوفة التصميم كعوامل مشوشة.
مجال الاستحواذ
تصوير الرنين المغناطيسي الانتشاري مستعمل
لتحديد الاتصال الوظيفي القائم على المهام، قمنا بحساب التفاعلات النفسية الفسيولوجية (PPI) بين أزواج من المناطق التي تنتمي إلى نفس الدائرة. لكل منطقة في كل دائرة (بذور PPI)، قمنا بحساب أول متغير ذاتي لسلسلة الزمن الخاصة بتلك المنطقة وقمنا بتطبيق نموذج GLM من المستوى الأول على الدماغ بالكامل كما هو موضح أعلاه، والذي يتكون من المتغير النفسي (تباين المهام المعني)، والمتغير الفسيولوجي (سير الزمن للمنطقة)، والتفاعل بين المتغيرات النفسية والفسيولوجية (أثر PPI المعني). ثم قمنا بحساب متوسط أثر PPI المعني في مناطق محددة تنتمي إلى نفس الدائرة وفقًا لنموذجنا المفترض لخلل الدائرة (أهداف PPI). لأخذ في الاعتبار حقيقة أن المناطق استخدمت مرة واحدة كأهداف PPI ومرة واحدة كبذور PPI في هذا الحساب، قمنا بمتوسط هذه النتائج، مما أسفر عن قيمة PPI واحدة لكل اتصال.
التأثيرات المختبرة
تم حساب التباينات المحددة ذات الاهتمام لكل مهمة ودائرة كما يلي: 1) دائرة التأثير السلبي: الوجوه الحزينة > الوجوه المحايدة الواعية؛ 2) دائرة التأثير السلبي: التهديد > الوجوه المحايدة الواعية؛ 3) دائرة التأثير السلبي: التهديد > الوجوه المحايدة غير الواعية؛ 4) دائرة التأثير الإيجابي: الوجوه السعيدة > الوجوه المحايدة الواعية؛ 5) دائرة التحكم المعرفي: تجارب NoGo > Go. تم الحصول على مقاييس النشاط لكل منطقة من كل دائرة من خلال استخراج القيمة المتوسطة للتباين ذي الاهتمام.
حدد نوع التحليل: الدماغ بالكامل
مستند إلى ROI كلاهما
تم تعريف المناطق ذات الاهتمام التي تتكون منها كل دائرة من قاعدة البيانات التحليلية الميتا Neurosynth (Yarkoni et al., 2011) ثم تم تنقيحها عن طريق إزالة المناطق التي لم تجتاز مراقبة الجودة
الموقع التشريحي أو للدائرة التي لم تتوافق الكمية مع مجموعة من المعايير النفسية، مثل الصلاحية البنائية، والاتساق الداخلي، والاستقلالية. من بين المناطق المتبقية، احتفظنا فقط بتلك التي كانت مرتبطة أيضًا في تركيبنا النظري للخلل في الاكتئاب والقلق، لمجموعة نهائية من 29 منطقة ذات اهتمام (Goldstein-Piekarski et al., 2021; Williams, 2016b).
نوع الإحصائيات للاستدلال
لا شيء.
(انظر Eklund et al. 2016)
تصحيح
لا شيء.
النماذج والتحليل
n/a متضمن في الدراسة
X الاتصال الوظيفي و/أو الفعال
X تحليل الرسوم البيانية
X النمذجة متعددة المتغيرات أو التحليل التنبؤي
الاتصال الوظيفي و/أو الفعال
لقياس الاتصال الوظيفي القائم على المهمة، قمنا بحساب التفاعلات النفسية الفسيولوجية (PPI) بين أزواج من المناطق التي تنتمي إلى نفس الدائرة. لكل منطقة في كل دائرة (بذور PPI)، قمنا بحساب أول قيمة ذاتية لسلسلة الزمن الخاصة بتلك المنطقة وقمنا بتطبيق نموذج GLM من المستوى الأول للدماغ بالكامل كما هو موضح أعلاه، والذي يتكون من المتغير النفسي (تباين المهمة ذي الاهتمام)، المتغير الفسيولوجي (مسار زمن المنطقة)، والتفاعل بين المتغيرات النفسية والفسيولوجية (أثر PPI ذي الاهتمام). ثم، قمنا بحساب متوسط أثر PPI ذي الاهتمام في مناطق محددة تنتمي إلى نفس الدائرة وفقًا لنموذجنا المفترض لخلل الدائرة (أهداف PPI) (الشكل 1). لأخذ في الاعتبار حقيقة أن المناطق استخدمت مرة واحدة كأهداف PPI ومرة واحدة كبذور PPI في هذا الحساب، قمنا بمتوسط هذه النتائج، مما أسفر عن قيمة PPI واحدة لكل اتصال.

  1. (A) تحقق من التحديثات
  2. حتى يمثل 0 الحد الأدنى من الشدة/الخلل و1 الحد الأقصى من الشدة/الخلل. العمود ‘الشدة بعد العلاج’ يظهر الفروق في شدة الأعراض بعد العلاج (أي أن القيم المنخفضة تتوافق مع استجابة أفضل للعلاج). تم إجراء المقارنات على الشدة بعد العلاج فقط لمجموعات البيوتيب/العلاج التي تحتوي على , لذا يتم عرض تلك فقط. استخدمنا التسمية البيوتيب المستخدمة سابقًا. يشير الحرف الفرعي x إلى أن البيوتيب السادس لا يتم تمييزه من خلال خلل دائري بارز بالنسبة للبيوتيبات الأخرى. بالإضافة إلى هذه التسمية، نقترح وصفًا قصيرًا باللغة الإنجليزية البسيطة لكل بيوتيب (بين علامات الاقتباس)، والذي يربطها مع بيوتيباتنا النظرية المركبة (كما هو موضح في الشكل 3).

Journal: Nature Medicine, Volume: 30, Issue: 7
DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-024-03057-9
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38886626
Publication Date: 2024-06-17

Personalized brain circuit scores identify clinically distinct biotypes in depression and anxiety

Received: 22 May 2023
Accepted: 9 May 2024
Published online: 17 June 2024

Leonardo Tozzi © , Xue Zhang © , Adam Pines , Alisa M. Olmsted , Emily S. Zhai © , Esther T. Anene , Megan Chesnut¹, Bailey Holt-Gosselin , Sarah Chang , Patrick C. Stetz , Carolina A. Ramirez , Laura M. Hack , Mayuresh S. Korgaonkar © , Max Wintermark , Ian H. Gotlib , Jun Ma & Leanne M. Williams

Abstract

There is an urgent need to derive quantitative measures based on coherent neurobiological dysfunctions or ‘biotypes’ to enable stratification of patients with depression and anxiety. We used task-free and task-evoked data from a standardized functional magnetic resonance imaging protocol conducted across multiple studies in patients with depression and anxiety when treatment free ( ) and after randomization to pharmacotherapy or behavioral therapy ( ). From these patients, we derived personalized and interpretable scores of brain circuit dysfunction grounded in a theoretical taxonomy. Participants were subdivided into six biotypes defined by distinct profiles of intrinsic task-free functional connectivity within the default mode, salience and frontoparietal attention circuits, and of activation and connectivity within frontal and subcortical regions elicited by emotional and cognitive tasks. The six biotypes showed consistency with our theoretical taxonomy and were distinguished by symptoms, behavioral performance on general and emotional cognitive computerized tests, and response to pharmacotherapy as well as behavioral therapy. Our results provide a new, theory-driven, clinically validated and interpretable quantitative method to parse the biological heterogeneity of depression and anxiety. Thus, they represent a promising approach to advance precision clinical care in psychiatry.

Depression and associated anxiety disorders are an important global public health burden , the treatment of which has been hindered by etiological and phenotypic heterogeneity. The current psychiatric diagnostic system assigns a single label to syndromes that may involve the dysfunction of multiple and overlapping neurobiological processes which, in turn, would probably each require a different treatment. This is evident from the fact that more than a third of patients diagnosed with major depressive disorder, and approximately half of patients diagnosed with generalized anxiety disorder, do not respond to first-line
treatment . Unlike the ‘one-size-fits-all’ approach, a precision medicine approach to care requires standardized metrics that are personalized for individual patients and are interpretable to clinicians. However, the promise of this approach is currently limited by a lack of personalized and interpretable measures for quantifying neurobiological dysfunctions in patients with depression and associated anxiety disorders. We believe that such measures should help to elucidate the underlying neurobiological dysfunctions within a neuroscientific theoretical framework, rather than remain an algorithmic black box. Using these
measures, patients could be stratified prospectively into subgroups that share similar neurobiological dysfunctions, or ‘biotypes’, each of which would possibly implicate a different set of treatment approaches or a different treatment trajectory.
Efforts to characterize biotypes of depressed and anxious patients with similar brain circuit dysfunctions have typically used task-free functional magnetic resonance imaging (fMRI) . For example, one pioneering study has found biotypes characterized by aberrant connectivity in frontostriatal and limbic networks that respond differently to repetitive transcranial magnetic stimulation(TMS) .Other researchers have found biotypes characterized by hyper- and hypoconnectivity of the default mode network , biotypes that distinguish comorbid anxiety within the context of depression and biotypes that are associated with a poorer response to standard antidepressants .
Nevertheless, we lack evidence about biotypes in depression and anxiety that are based on the participant-level quantification of measures derived from task-evoked imaging modalities. Patients with depression and anxiety exhibit dysfunction in the activity and connectivity of brain circuits in response to specific probes of general and emotional cognition. In other words, in depression and anxiety, the brain continually and flexibly engages different circuits under task-evoked and task-free conditions. Therefore, both sources of information may be useful in delineating biotypes and biotype-guided treatments. This is analogous to cardiac imaging being collected during both rest and task conditions in which the activity of the heart is elicited (for example, stress tests) to enable precise diagnoses and treatment plans, a necessity given the complexity of this organ and its functions . Indeed, clinical trials have found that measures derived from task-based fMRI often predict response in depression treatment (for example, refs. 9-12) and have recently been the biomarker of choice for new pharmacotherapy development (for example, ref. 13).
Foundational studies using whole-brain, task-free connectivity biomarkers have often taken an unsupervised whole-brain approach that uses thousands of features for biotyping. However, we posit that clinical translation requires a theoretically informed approach that relies on a well-defined, tractable set of inputs. Such an approach also addresses the potential for obtaining overly optimistic results (overfitting) when thousands of inputs are used in a fully unsupervised manner-an issue that has been raised in the field (but see ref. 15 , which addresses overfitting ).
Finally, previous studies have assessed the ability of biotypes to predict response to a single treatment (for example, or antidepressants ), rather than comparing responses across different classes of treatments. To maximize the translational value of biotypes, the optimal treatment for each biotype should eventually be determined by comparing how different biotypes respond when receiving the same treatment.
In the present study, we demonstrate a new approach to generating biotypes of depression and anxiety based on task-evoked and task-free imaging data, quantified at the individual patient level and evaluated in the context of transdiagnostic symptoms, behaviors and outcomes with multiple types of treatments. Our approach relies on a standardized circuit quantification system that enables us to compute a manageable number of task-evoked and task-free measures of circuit function on an individual participant basis. These measures are firmly grounded in a theoretical synthesis of functional brain imaging studies that implicate dysfunction across large-scale circuits in the clinical features of depression and anxiety . Thus, our theoretically driven approach provides unique insights that may have been missed by previous studies that either relied only on task-free data or mined large numbers of features using exploratory data analysis techniques. In our sample of 801 participants with depression and anxiety ( of whom were unmedicated), the use of the same fMRI sequences, symptoms and behavioral measures enabled us to clinically validate theory-driven biotypes and demonstrate that they differ in symptom
Table 1 | Demographics and diagnostic features of the sample used in the analyses
Feature Clinical Controls
Number 801 137
Sex
Female, (%) 461 (58) 67 (49)
Male, (%) 329 (41) 70 (51)
Other, (%) 11 (1) 0 (0)
Age (years), mean (s.d.) 34.24 (13.40) 32.10 (12.57)
Race
American Indian/Alaska Native, (%) 3 0 (0%)
Asian, (%) 181 (23) 29 (21)
Black/African American, (%) 16 (2) 1 (1)
Hawaiian/Pacific Islander, (%) 1 (0) 0 (0)
More than one race, (%) 31 (4) 4 (3)
Other, (%) 103 (13) 6 (4)
White, (%) 462 (58) 97 (71)
Treated at baseline, (%) 40 (5) 0 (0)
Treatment arm
Escitalopram, (%) 46 (12) 0 (0)
Sertraline, (%) 55 (11) 0 (0)
Venlafaxine, (%) 50 (10) 0 (0)
I-CARE, (%) 46 (9) 0 (0)
U-CARE, (%) 40 (8) 0 (0)
Diagnoses
Major depressive disorder, (%) 375 (48) 0 (0)
Generalized anxiety disorder, (%) 192 (28) 0 (0)
Panic disorder, (%) 75 (10) 0 (0)
Social anxiety disorder, (%) 179 (26) 0 (0)
Obsessive-compulsive disorder, (%) 47 (7) 0 (0)
Post-traumatic stress disorder, (%) 37 (5) 0 (0)
Comorbidity (2+ diagnoses) 221 (28) 0 (0)
For detailed information on the individual datasets used, see Supplementary Tables 1 and 2. Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, 4th edn, text revision (DSM-IV-TR) (RAD) , DSM-5 (HCP-DES) or DSM-IV (iSPOT-D) criteria for major depressive disorder, anxiety disorder, post-traumatic stress disorder or obsessive-compulsive disorder were ascertained by a psychiatrist, general practitioner or research personnel using the structured interview, the Mini-International Neuropsychiatric Interview (MINI) . In the ENGAGE sample, patients were considered eligible if they scored on the Patient Health Questionnaire 9 (PHQ-9), a threshold with specificity for major depressive disorder , and had a qualifying BMI at study screening. Comorbidities were ascertained from electronic health records.
profiles and performance on general and emotional, cognitive, computerized behavioral tests. Furthermore, a substantial portion of the participants were enrolled into randomized clinical trials of antidepressants or behavioral therapy, which enabled us to demonstrate that our biotypes differ in their outcomes across multiple treatments.

Results

Personalized brain circuit scores define six biotypes

We began by implementing a new standardized image-processing procedure called ‘the Stanford Et Cere Image Processing System’ which quantified task-free and task-evoked brain circuit function at the level of the individual participants (Methods). We applied this procedure to a baseline dataset that consisted of brain scans acquired from both task-free and task conditions, utilizing identical scanning protocols, from 801 participants with depression and related anxiety disorders,
as well as 137 healthy controls (Table 1 and Supplementary Table 1). At the time of baseline scanning, 95% of participants were not receiving any antidepressant treatments and none of the participants was diagnosed with a substance-dependent disorder. We used the same image-processing procedure in a treatment dataset consisting of 250 participants who were reassessed after completing treatment trials. During these trials, the participants were randomly assigned to receive one of three commonly prescribed antidepressant medications (escitalopram, sertraline or venlafaxine extended release(XR) ) or an established behavioral intervention that integrated problem-solving with behavioral activation, compared with treatment as usual (Supplementary Tables 1 and 2).
Using our image-processing system, we obtained 41 measures of activation and connectivity of 6 brain circuits of interest for each participant . We have previously shown that these circuit measures satisfy psychometric criteria for construct validation, internal consistency and generalizability . A unique feature of our image-processing system is that quantified circuit measures are expressed in terms of s.d. units from the mean of a healthy reference sample, and thus are interpretable for each individual. We refer to the resulting measures as ‘regional circuit scores’ (Fig. 1 and see Supplementary Methods for details).
To generate biotypes based on regional circuit scores of clinical participants, we used these scores as inputs for a hierarchical clustering algorithm (Fig. 1 and Methods). We generated solutions for 2-15 clusters and evaluated them as shown in Fig. 2.

Biotype validation

We validated our biotypes using six convergent sources of evidence: the elbow method (Fig. 2a); two procedures proposed by Dinga et al. to evaluate the evidence for biotypes of depression and anxiety (simulation-based significance testing of the silhouette index (Fig. 2b) and stability using leave-one-out, and leave-20%-out crossvalidation (Fig. 2d,e)); an additional permutation-based significance testing of the silhouette index (Fig. 2c); split-half reliability of the cluster profiles (Fig. 2f); and the match of the solution to a theoretical framework of circuit dysfunction in depression and anxiety supported by previous brain imaging research (Fig. 2g).
The elbow method showed an elbow at five clusters and another, smaller elbow, at nine clusters, which suggested that the optimal solution lay between these two values (Supplementary Fig. 1). Simulation-based significance testing of the silhouette index showed that solutions with five or more clusters had a silhouette index that was significantly higher than that obtained by clustering data from a multivariate normal distribution (all ; Supplementary Fig. 2) and significantly higher than that obtained by a permutation of the circuit scores across participants ( ; Supplementary Fig. 3). Assessment of cluster stability using crossvalidation showed that all solutions had good stability (adjusted Rand index (ARI) > 0.75 for leave-one-out and ARI > 0.28 for leave-20%-out) (Supplementary Fig. 4).
Fig. 1| Overview of the participant-level image-processing and analysis pipeline. a, Measures of task-based activation and functional connectivity and task-free connectivity derived from regions belonging to six circuits for which we have established relevance to depression and anxiety. (i) Default mode (D), salience (S) and attention (A) circuits were derived from the task-free periods of the fMRI. The Negative and Positive (P) circuits were engaged by a facial expressions task. In particular, the Negative circuit was engaged in Threat Conscious (NTC), Threat Non-conscious (NTN) and Sad (NS) conditions. The cognitive control circuit (C) was engaged by a Go-NoGo task. (ii) We defined the regions of interest comprising each circuit from the meta-analytic platform Neurosynth and refined them based on quality control, a set of psychometric criteria and whether they were implicated in depression and anxiety. (iii) We extracted functional connectivity between circuit regions for task-free circuits, and activation and connectivity of regions for task-engaged circuits (regions shown as sphere, connectivity shown as lines).b, We then expressed
Across all validation analyses, six emerged as a viable number of clusters. The silhouette index tests comparing the data with data from a multivariate normal distribution and with a permutation of the circuit scores across participants were significant for this solution (mean silhouette and , respectively) and crossvalidation showed that it had good stability (leave-study-out ARI = 0.80 and leave-20%-out ARI = 0.35). Also, in the six-cluster solution, a cluster emerged that was characterized by reduced task-evoked activation during cognitive control, which we had specifically hypothesized .
The six resulting biotypes were distinguished by specific profiles of both task-free and task-evoked activity and/or connectivity, relative both to each other and to our healthy reference sample. To assign a name to these distinctive circuit profiles, we determined which circuit features, activity or connectivity were distinguished by a difference of at least . in magnitude away from the healthy reference sample. The distinct activity and connectivity profiles of each biotype are illustrated using a circuit schematic and numerical plot in Fig. 3 with further details illustrated in bar plots in Supplementary Fig. 5. We named each biotype according to the circuits and circuit features that specifically differentiated them at this threshold relative to each other and to the healthy reference sample. We used the following nomenclature (each circuit is indicated with a letter): D, default mode; S, salience; A, attention; NS, negative affect circuit evoked by sad stimuli; NTC, negative affect circuit evoked by conscious threat stimuli; NTN, negative affect circuit evoked by nonconscious threat stimuli; P , positive affect circuit; C , cognitive circuit. The distinguishing circuit feature is indicated as a subscript: C, connectivity; A, activity, and the direction of dysfunction is indicated by + or – . These distinct profiles were also replicated when conducting the clustering procedure on a random half of the data and assigning participants in the second independent half of the data to each cluster (Supplementary Fig. 6).
Biotype was distinguished by relative intrinsic hyperconnectivity within the default mode circuit, as well as in the task-free salience and attention circuits (Fig. 3a). In contrast, biotype was distinguished by a relative reduction in intrinsic connectivity specific to the attention circuit (Fig. 3b). Biotype ( ) was characterized by heightened activity during conscious emotion processing, specifically within the negative affect circuit evoked by sad stimuli and within the positive affect circuit evoked by happy stimuli (Fig. 3c). Biotype was distinguished specifically by increased activity within the cognitive control circuit during the inhibition of NoGo stimuli (Fig. 3d). Biotype NTC was a smaller cluster differentiated by a relative loss of functional connectivity within the negative affect circuit during the conscious processing of threat faces, as well as by reduced (rather than heightened) activity within the cognitive control circuit during the inhibition of NoGo stimuli (Fig. 3e). Biotype was not differentiated by a substantial circuit dysfunction relative to other biotypes or to the healthy norm; we indicated this by using the subscript instead of + or – (Fig. 3f).
these measures as s.d. values compared with healthy participants to obtain personalized regional circuit scores for each individual. See Supplementary Table 18 for the full list of scores. c, We computed the distance between each pair of individuals as 1 – the correlation of their regional circuit scores. d, We show the distance matrix between the first 100 participants as a heatmap for illustrative purposes. e, We then used the distances obtained as input for a hierarchical clustering analysis. The individuals depicted have given permission to be included in published facial emotion stimulus sets . AG, angular gyrus; aI, anterior insula; aIPL, anterior inferior parietal lobule; amPFC, anterior medial prefrontal cortex; Amy, amygdala; dACC, dorsal anterior cingulate cortex; DLPFC, dorsolateral prefrontal cortex; LPFC, lateral prefrontal cortex; msPFC, medial superior prefrontal cortex; PCC, posterior cingulate cortex; PCU, precuneus; pgACC, pregenual anterior cingulate cortex; sgACC, subgenual anterior cingulate cortex; vmPFC, venteromedial prefrontal cortex.
These distinct biotype circuit profiles were not explained by differences in scanners, because we removed scanner effects from our data using ComBat (Methods) and verified that the distribution of biotypes did not differ across scanners ( , two-sided ).

Biotypes differ on symptoms, behavior and treatment response

To further characterize the clinical phenotypes distinguished by each circuit biotype, we evaluated the biotype profiles on three different
domains of clinically meaningful measures (Fig. 4): severity of symptoms, performance on general and emotional cognitive tests and differential treatment response. We highlight that the circuit biotypes derived from clustering were differentiated using only circuit inputs assessed independently from these domains of clinical information such that symptoms, performance and treatment response represented external validation measures.
We first asked whether the biotypes were distinguished by the severity of symptoms of depression and anxiety. To address this




d Distance between clinical participants
e Hierarchical clustering
Fig. 2|Overview of biotype validation. a, We selected candidate biotype solutions selected based on the sum of within-cluster distances. b, We evaluated the silhouette index of our solutions relative to a null multinormal distribution with conserved covariance between individuals .c, We compared the silhouette index of our solutions relative to a solution using permuted participant labels, such that participant-brain correspondence was broken.d,e, We repeated our clustering approach leaving one participant out, , as well as leaving out of participants, . In each iteration, we subsequently evaluated the overlap between participant biotype assignment in our original solution and each iterative solution by calculating the ARI.f, We evaluated the circuit measurements associated with each biotype across our original dataset and in two random halves of our original dataset separately. Circuit measurements that were consistently s.d. from the mean across all these three samples were considered to be stable.g, We referenced the profile of circuit dysfunction to those found in the literature. h,i, To establish the clinical validity of our biotypes,
we evaluated the cluster-specific differences in reported symptoms ( ) and performances in a computerized cognitive battery (i). After establishing these differences in the full sample, we evaluated the stability of these symptom and behavioral profiles across two random half-splits of our data, deriving, each time, biotypes from the first half and assigning participants in the second half to a biotype derived from the first. We also followed the same procedure in a leave-study-out framework, leaving one of four of our studies out in each iteration. , We subsequently evaluated the stability of biotype-specific symptom (j) and cognitive ( ) differences relative to out-of-biotype participants in each iteration. We considered a difference to be stable when it was statistically significant in the whole sample and in each of the two random half-splits or in each of the two splits of a leave-study-out iteration. I, To evaluate the clinical utility of our cluster biotypes, we tested for differential symptom severity of each biotype to multiple depression treatments. Plots in this figure are only for illustrating the steps of our analysis.
question, we used Mann-Whitney -tests to compare the symptom severity of each biotype to the median symptom severity of all clinical participants not in the biotype (Supplementary Fig. 10 and Supplementary Tables 3 and 4). For insomnia and suicidality, these comparisons were conducted using tests instead (Supplementary Fig. 11 and Supplementary Table 5). We considered significant tests for which .
We then replicated significant findings in split-half and leave-study-out analyses (Fig. 2h,j).
Second, we assessed whether biotypes are distinguished by performance on a computerized battery of general and emotional cognitive tests relevant to daily social and occupational function. We conducted these analyses as described above for symptoms (Supplementary
Fig. 12 and Supplementary Tables 6 and 7). We then replicated significant findings in split-half and leave-study-out analyses (Fig. 2i,k).
Third, we assessed whether the biotypes predicted differential treatment response to one of the three pharmacotherapies or to behavioral therapy versus usual care. We conducted these analyses as described above for symptoms and behavior (Fig. 21, Supplementary Fig. 13 and Supplementary Tables 8-10).
Biotype , characterized by task-free circuit hyperconnectivity, had slowed behavioral responses in identifying sad faces (effect size (ES) , confidence interval (CI) , replicated in leave-study-out), increased errors in an executive function task ( ), fewer commission errors in a cognitive control task ( , -0.217), replicated in leave-study-out) slowed responses to target stimuli in a sustained attention task ( ) (see Fig. 4a and Supplementary Figs. 10-12 for detailed visualization and Supplementary Tables for comparisons). The biotype responded better to I-CARE compared with other biotypes (ES = -0.612, , responders , remitters ) (Fig.4a, Supplementary Fig. 13 and Supplementary Tables 8-10).
Biotype , characterized by task-free attention circuit hypoconnectivity, had relatively less severe tension ( , CI ), but was also differentiated by relatively lower cognitive dyscontrol ( ). In computerized tests, – was distinguished by faster responses to target Go stimuli on the Go-NoGo task, ( , replicated in split-half), more commission and omission errors on the sustained attention task ( ); ) and faster responses to priming by implicit threat stimuli ( , 0.112)) (see Fig. 4 b and Supplementary Figs. 10-12 for detailed visualization and Supplementary Tables 3-7 for comparisons). The biotype had comparatively worse response to I-CARE ( , CI , responders , remitters ) (Fig. 4a, Supplementary Fig. 13 and Supplementary Tables 8-10).
Biotype , distinguished by circuit hyperactivation during conscious emotion processing, was distinguished by more severe anhedonia
( ) and ruminative brooding ( , ) (Fig. 4c; see Supplementary Figs. 10-12 for detailed visualization and Supplementary Tables 3-7 for comparisons).
Fig. 3|Clustering of regional brain circuit scores identifies six biotypes of depression and anxiety. a-f, Schematic circuit images illustrating the profile of circuit dysfunction defining each biotype (biotypes are labeled a-f). Circuits are distinguished by colors that correspond to the circuit measure inputs (Fig. 1c). Spheres represent the regions within each biotype-defining circuit and the size of the spheres represents the magnitude of activation deviation from the healthy reference (small spheres, activation s.d. below the healthy reference; large spheres, activation s.d. above the healthy reference). The thickness of lines between the spheres denotes a connectivity deviation (dashed lines, decreased connectivity s.d. below the healthy reference; thick lines, increased connectivity s.d. above the healthy reference). Column plots display the average activity across regions that define each circuit or the average connectivity between regions that define each circuit. A visualization of each regional circuit score by biotype is in Supplementary Fig. 5. In bar plots, we highlight circuits that showed a mean difference of at least 0.50 s.d. below or above the healthy reference. We named each biotype according to the features that differentiated it from the healthy reference. Each circuit is indicated with a letter, the distinguishing circuit feature is indicated as a subscript and the direction of dysfunction is indicated by + or – . The subscript indicates that the sixth biotype is not differentiated by a prominent circuit dysfunction. Besides this nomenclature, we suggest a short description for each biotype, which connects them with our theoretically synthesized biotypes: , default with salience and attention hyperconnectivity ( participants); , attention hypoconnectivity ( participants); , sad-elicited negative affect with positive affect hyperactivation ( participants); , cognitive control hyperactivation ( participants); , cognitive control hypoactivation with conscious threat-elicited negative affect hypoconnectivity ( participants); and , intact activation and connectivity ( participants).
Biotype , distinguished by heightened activity within the cognitive control circuit, had more severe anhedonia than other biotypes ( ), more anxious arousal ( , ), more negative bias (ES , CI , replicated in split-half) and more threat dysregulation ( , replicated in split-half and leave-study-out). Behaviorally, had more errors and completion time in the executive function task ( , -0.027 ) and , more commission errors in the Go-NoGo task ( , 0.035), replicated in split-half) and more omission errors to target stimuli on the sustained attention task ( , , replicated in split-half and leave-study-out) (Fig. 4c; see Supplementary Figs. 10-12 for detailed visualization and Supplementary Tables 3-7 for comparisons). This biotype showed a better response to venlafaxine compared with the others ( , , responders , remitters ) (Fig. 4c, Supplementary Fig. 13 and Supplementary Tables 8-10).
Biotype , differentiated by loss of functional connectivity within the negative affect circuit during the conscious processing of threat faces, as well as reduced activity within the cognitive control circuit, had less ruminative brooding compared with the other biotypes ( ), as well as faster reaction times to implicit sad faces (ES = -0.669, ) (Fig. 4d; see Supplementary Figs. 10-12 for detailed visualization and Supplementary Tables for comparisons).
Biotype was not differentiated by a prominent circuit dysfunction relative to other biotypes or the healthy norm; however, it was distinguished by slower reaction times to implicit threat priming ( ) (Fig. 4e; see Supplementary Figs. 10-12 for detailed visualization and Supplementary Tables 3-7 for comparisons).
Finally, we also considered the demographic factors of age and biological sex. The biotypes did not differ in sex distribution ( , ) and only the – biotype was, on average, slightly older than the other biotypes; importantly, however, participants in this biotype were still within the young to mid-adult age range (mean age: 39.69 years, s.d. ). Biotypes were also represented differently between datasets, which we expected given the clinical differences between the participants enrolled into each study ( ) (Supplementary Table 11).
As a context for the above evaluation of how biotypes were distinguished by symptoms, performance and treatment response, we evaluated the correlations between circuit scores and these external measures in the full sample across clusters combined (Supplementary Figs. 7-9). When thresholded with the false discovery rate correction for all pairwise correlations, we observed significant associations between circuit scores and 21% of the symptom measures, of the performance measures and 31% of the treatment response measures.

Biotypes are transdiagnostic

The distinct clinical and treatment profiles that distinguish the six biotypes indicate that these circuit-derived biotypes dissect the
heterogeneity of the traditional diagnostic classification of depression. We next asked whether biotypes transcend diagnostic classifications across the diagnoses that are related to and comorbid with depression. Our sample was composed of participants who met traditional diagnostic criteria for major depressive disorder ( ), generalized anxiety disorder ( ), panic disorder ( ), social anxiety disorder ( ), obsessive-compulsive disorder ( ) and post-traumatic stress disorder ( ). Several participants also met criteria for more than one diagnosis ( ) (Table 1).
The only diagnosis with a different frequency across biotypes was current major depressive disorder ( , two-sided ). In particular, the biotype had the highest proportion of participants with current major depressive disorder and the cluster had the lowest proportion (Fig. 5 and Supplementary Table 12).

Brain circuit scores outperform other features for biotyping

To compare prior approaches for biotyping with ours, we repeated our analysis using three competing alternative feature sets, each used in a recent paper reporting the identification of biotypes of depression using resting state fMRI. We then evaluated the results with the same criteria that we used for our own features (Fig. 2). Our findings show that our feature set is the only one that outperforms the null hypothesis of no clusters based on simulating data from a multinormal distribution with the same covariance as the original data ( ). In direct statistical comparisons of clustering performance between feature sets used as inputs, our combination of task and task-free regional circuit scores outperformed whole-brain connectomes (silhouette difference ) and default mode network resting state connectivity (silhouette difference , ), but not connectivity of a network centered on the angular gyrus (silhouette difference , ). The other feature sets also yielded associations among various metrics of biotypes, symptoms, behavioral performance and treatment response (Supplementary Tables 13 and 14).
To assess the impact of including task fMRI measures in addition to task-free brain circuit scores only, we also evaluated, in the same way, the results obtained using only our task-free brain circuit scores as input. To do so we showed that limiting the analysis to task-free brain circuit scores generated results that did not outperform the null hypothesis of no clusters based on simulating data from a multinormal distribution with the same covariance as the original data. Task-based brain circuit scores were also necessary to obtain symptom differences that generalize across random split-halves and behavior differences that generalize across the leave-study-out splits, depending on the number of clusters chosen (Supplementary Table 15).

Discussion

To enable more precise diagnosis and selection of the best treatment for each individual, we need to dissect the heterogeneity of depression and anxiety. The dominant ‘one-size-fits-all’ diagnostic approach in psychiatry leads to cycling through treatment options by trial and error, which is lengthy, expensive and frustrating, with of patients not achieving remission after trying one treatment .
Fig. 4|Summary results of clinical features distinguishing each biotype from the other biotypes. a-f, Circuit biotypes are visualized using circuit schematics on the left (biotypes are labeled a-f). We first compared these circuit biotypes on symptoms of depression and related anxiety (column ‘Symptom severity’). Next, we compared biotypes on behavioral performance on general and emotional cognitive tests relevant to social and occupational function (column ‘Behavioral dysfunction’). We compared biotypes on severity after treatment with one of three antidepressant pharmacotherapies (escitalopram, sertraline or venlafaxine XR), a behavioral problem-solving therapy (I-CARE) or usual care (U-CARE) (column ‘Severity after treatment’). To facilitate comparison across units of analysis, all measures were scaled between 0 and 1
In the present study, we focus on the conceptualization of depression and anxiety as disorders of brain circuit function . Using clustering and a new imaging system for the standardized quantification of
circuit dysfunction at the level of the individual, we characterized six biotypes of depression and anxiety defined by specific profiles of dysfunction within both task-free and task-evoked brain circuits.
Biotype
a
Major depressive disorder Generalized anxiety disorder Panic disorder Social anxiety disorder Obsessivecompulsive disorder Post-traumatic stress disorder
b
c
d
e
f
Doesn’t meet diagnostic criteria Meets diagnostic criteria
Fig. 5| Frequency of diagnoses across biotypes. We show the proportion of participants in each biotype who meet diagnostic criteria for major depressive disorder, generalized anxiety disorder, panic disorder, social anxiety disorder, obsessive-compulsive disorder and post-traumatic stress disorder (biotypes are labeled tests revealed that the frequency of major depressive disorder was significantly different across biotypes (two-sided ).
We used the same biotype nomenclature as previously. The subscript x indicates that the sixth biotype is not differentiated by a prominent circuit dysfunction relative to other biotypes. Besides this nomenclature, we suggest a short plainEnglish description for each biotype (in quotes), which connects them with our theoretically synthesized biotypes, again as expressed in the legend to Fig. 3.
These biotypes were validated using several procedures including simulations, crossvalidation and replication in held-out data. We found that the biotypes were distinguished by symptoms and behavioral performance on general and emotional cognitive tests that were not used as inputs in the clustering procedure. Importantly, some of these associations were replicated in split-half and leave-study-out procedures. We also showed that the six biotypes cut across the diagnostic
boundaries of depression, anxiety and related comorbid disorders. Importantly for clinical translation, these biotypes predict response to different pharmacological and behavioral interventions.
We believe that this is the first identification of brain-derived biotypes that uses standardized personalized quantification of both task-free and task-evoked brain circuit dysfunctions and assesses response of the biotypes across different types of treatment. Rather
than pursuing a fully data-driven approach, we integrated an unsupervised clustering analysis with a theoretical framework suitable for interpretability (Supplementary Table 16). We did this to minimize the possibility of overfitting and to generate solutions suited to the prospective selection of patients by biotype for future precision psychiatry trials. In this hybrid approach, each biotype was typified by a specific circuit dysfunction relative to a healthy norm, which mapped on to a unique transdiagnostic clinical phenotype.
Although our identification of six biotypes is one of many possible solutions to disentangling heterogeneity, these biotypes indicate that there may be multiple neural pathways that result in the clinical manifestation of depression and anxiety. By combining imaging data with clinical symptoms and behavior, we delineated clinical patterns that are consistent with the putative function of the circuits underlying each biotype. Importantly, although some biotypes were characterized exclusively by alterations in task-free intrinsic connectivity, others were characterized by alterations in task-evoked changes in activity and connectivity.
In the task-free state, was distinguished by hyperconnectivity of the default mode circuit, coupled with hyperconnectivity of both salience and attention circuits, correlating clinically with slowed emotional and attentional responses, replicated in split-half analyses. Although previous studies have reported circuit alterations in each of these circuits in depression and anxiety, our findings indicate that the biotype exhibits a combination of these alterations. In line with our theoretical taxonomy, the biotype demonstrated hypoconnectivity rather than hyperconnectivity within the frontoparietal attention circuit. This pattern corresponded to a clinical profile of lapses in concentration and impulsivity, replicated in split-half analyses.
Under task conditions, the biotype displayed heightened activation within subcortical and cortical brain regions associated with processing both sad and positive emotions. Clinically, this biotype also exhibited prominent anhedonia. This profile corresponds with previous findings of heightened activity in the medial prefrontal cortex in response to happy faces, which has been linked to levels of anhedonia and is consistent with our theoretical taxonomy. Increased activation of the amygdala is a common observation in depression in response to negative emotion . Notably, biotype exhibits concurrent hyperactivation of the ventral striatum, which may indicate a negative bias alongside anhedonia .
Two additional biotypes displayed contrasting dysfunctions within the cognitive control circuit. Biotype exhibited reduced activation during a cognitive control task and decreased connectivity in processing threat consciously. These characteristics suggest impaired cognitive control which is also crucial for regulating emotions. In contrast, showed increased activation of the cognitive control circuit. This was associated with threat-related symptoms, negative bias and poorer cognitive control, as well as working memory performance, confirmed by both split-half and leave-study-out analyses. The replication of biotype reinforces its inclusion as an exploratory biotype in our theoretical taxonomy. Although early evidence suggested that heightened cognitive control activity might be compensatory and not necessarily linked to behavioral deficits , our findings indicate that it is associated with specific cognitive-behavioral impairments. These findings highlight the importance of including task fMRI measures in future precision psychiatry studies and the value of using multimodal approaches to achieve more precise diagnoses in depression .
Our approach enabled us to compare the efficacy of different treatments for each biotype to advance neurobiologically informed precision psychiatry. Collecting identical imaging and clinical measures across patients and treatments enabled us to compare the response of each biotype for three antidepressants, a behavioral intervention and treatment as usual. By doing so, we found that the biotype, characterized by hyperconnectivity of the default mode and other task-free circuits, was associated with a better response to behavioral
treatment compared with the other biotypes. On the other hand, the biotype characterized by reduced attention circuit connectivity ( ), had a worse response to behavioral treatment. Finally, biotype , characterized by hyperactivation of the cognitive control circuit, had a better response to venlafaxine.
We delineated and validated biotypes using a small number of theoretically motivated features. By integrating theoretically grounded, task-evoked and task-free measures, our analysis provides unique insights that are complementary to those of foundational large studies that have analyzed task-free data using whole-brain techniques . Nevertheless, as this is the first demonstration, to our knowledge, of a participant-level approach to cluster-derived biotyping using a small number of task-evoked and task-free features, our results should be interpreted with caution. Future studies are needed to investigate these biotypes in new datasets and to prospectively assign participants to treatment based on their biotypes. Also, we acknowledge that obtaining task fMRI measures can be more burdensome than collecting task-free measures only. We compared our results with results obtained using task-free data only and found that including both task and task-free data provided the best validation results, especially in beyond-chance clustering of subjects in feature space. In direct statistical comparisons of clustering performance, our combination of task and task-free regional circuit scores outperformed whole-brain connectomes, default mode network task-free connectivity and task-free regional circuit scores alone, but not connectivity of a network centered on the angular gyrus; however, the last approach did not provide generalizable symptom differences between clusters. Alternative feature sets also yielded several reproducible associations among clusters, symptoms and behavioral performance, consistent with the previous literature. This demonstrates that our approach, although potentially advantageous, does not negate the potential of other feature selection processes for depression biotyping. Future biotyping studies with both task-based and task-free data should consider comparing the performance of each.
Some strengths of our sample are that it represents the entire spectrum of depression and anxiety severity, is almost completely unmedicated (95%) and is recruited from a variety of settings. The sample also features common comorbidities that are often exclusion criteria. However, by including such a diverse population, we potentially reduce our ability to detect additional biotypes that might be more specific to certain clinical settings. It is also possible that some biotypes reflect contributions from comorbidities, which warrants replication in larger transdiagnostic samples. Another possibility is that biotypes are at least partially driven by differences in demographics between datasets. It would not be surprising, for example, if certain age groups belonged more to biotypes characterized by specific brain and clinical dysfunctions, because psychiatric symptoms, treatment response and brain biology all vary with age. We used identical imaging measures to evaluate biotypes across multiple treatments. However, some treatment groups within a biotype were small and could be unduly influenced by comorbidities or treatment design factors; therefore, it is important that the generalizability of our findings be tested by future large treatment studies. We also acknowledge that our imaging measures use a specific set of fMRI tasks that are not widely available. Future replications of our approach will be facilitated by the fact that our tasks are relatively short and easy to implement, as demonstrated by their adoption for large clinical trials such as iSPOT-D, ENGAGE and a recent trial using TMS in treatment-resistant depression . Future studies could also evaluate whether similar clusters can be derived from different tasks that tap into similar domains and compare the results with ours. Our large sample allowed us to evaluate the generalizability of symptom and behavioral differences in split-half and leave-study-out validations. However, the number of participants of clinical trials was too small to perform such analyses for treatment response ( for of comparisons; Supplementary Table 8). Future studies should apply our approach to clinical trial data to verify these findings, which
should be interpreted prudently until they can be validated in new samples. Finally, the symptom differences between biotypes that we detected were mostly small, with effect sizes ranging from 0.08 to 0.90 . The small size of these differences might be a reason why most comparisons did not reach statistical significance when splitting the dataset in two random halves or by study and analyzing each split independently. Small effect sizes in the association between imaging and symptom variables are common , highlighting the need for consistent measures across studies and for finer-grained clinical measures. In the present study, we show the utility of combining four studies using standardized measures. We recommend interpreting the clinical results that did not survive our validation analyses with caution, but the present study is nevertheless a foundation to further test these results.
In conclusion, we leveraged personalized regional dysfunction scores grounded in a theoretical taxonomy of brain dysfunction in mood and anxiety disorders to identify six biotypes in a large transdiagnostic sample of unmedicated individuals with depression and anxiety. These biotypes differed significantly in symptom profiles, performance on behavioral testing and responses to multiple treatments. Our results validate a new theory-driven method for depression biotyping as well as a promising approach to advancing precision clinical care in psychiatry.

Online content

Any methods, additional references, Nature Portfolio reporting summaries, source data, extended data, supplementary information, acknowledgements, peer review information; details of author contributions and competing interests; and statements of data and code availability are available at https://doi.org/10.1038/s41591-024-03057-9.

References

  1. Friedrich, M. J. Depression is the leading cause of disability around the world. JAMA 317, 1517 (2017).
  2. Ansara, E. D. Management of treatment-resistant generalized anxiety disorder. Ment. Health Clin. 10, 326-334 (2020).
  3. Ruberto, V. L., Jha, M. K. & Murrough, J. W. Pharmacological treatments for patients with treatment-resistant depression. Pharmaceuticals 13, 116 (2020).
  4. Drysdale, A. T. et al. Resting-state connectivity biomarkers define neurophysiological subtypes of depression. Nat. Med 23, 28-38 (2017).
  5. Liang, S. et al. Biotypes of major depressive disorder: neuroimaging evidence from resting-state default mode network patterns. Neuroimage Clin. 28, 102514 (2020).
  6. Price, R. B., Gates, K., Kraynak, T. E., Thase, M. E. & Siegle, G. J. Data-driven subgroups in depression derived from directed functional connectivity paths at rest. Neuropsychopharmacology 42, 2623-2632 (2017).
  7. Tokuda, T. et al. Identification of depression subtypes and relevant brain regions using a data-driven approach. Sci. Rep. 8, 14082 (2018).
  8. Patel, A. R. et al. Stress cardiac magnetic resonance myocardial perfusionimaging: JACC review topic of the week. J. Am. Coll. Cardiol. 78, 1655-1668 (2021).
  9. Goldstein-Piekarski, A. N. et al. Human amygdala engagement moderated by early life stress exposure is a biobehavioral target for predicting recovery on antidepressants. Proc. Natl Acad. Sci. USA 113, 11955-11960 (2016).
  10. Nguyen, K. P. et al. Patterns of pretreatment reward task brain activation predict individual antidepressant response: key results from the EMBARC randomized clinical trial. Biol. Psychiatry 91, 550-560 (2022).
  11. Pilmeyer, J. et al. Functional MRI in major depressive disorder: a review of findings, limitations, and future prospects. J. Neuroimaging 32, 582-595 (2022).
  12. Tozzi, L., Goldstein-Piekarski, A. N., Korgaonkar, M. S. & Williams, L. M. Connectivity of the cognitive control network during response inhibition as a predictive and response biomarker in major depression: evidence from a randomized clinical trial. Biol. Psychiatry 87, 462-472 (2020).
  13. Krystal, A. D. et al. A randomized proof-of-mechanism trial applying the ‘fast-fail’ approach to evaluating k-opioid antagonism as a treatment for anhedonia. Nat. Med. 26, 760-768 (2020).
  14. Dinga, R. et al. Evaluating the evidence for biotypes of depression: methodological replication and extension of Drysdale et al. (2017). Neuroimage Clin. 22, 101796 (2019).
  15. Grosenick, L. et al. Functional and optogenetic approaches to discovering stable subtype-specific circuit mechanisms in depression. Biol. Psychiatry. Cogn. Neurosci. Neuroimaging 4, 554-566 (2019).
  16. Williams, L. M. Defining biotypes for depression and anxiety based on large-scale circuit dysfunction: a theoretical review of the evidence and future directions for clinical translation. Depress. Anxiety 34, 9-24 (2017).
  17. Williams, L. M. Precision psychiatry: a neural circuit taxonomy for depression and anxiety. Lancet Psychiatry 3, 472-480 (2016).
  18. Williams, L. M. et al. International Study to Predict Optimized Treatment for Depression (iSPOT-D), a randomized clinical trial: rationale and protocol. Trials 12, 4 (2011).
  19. Ma, J. et al. Effect of integrated behavioral weight loss treatment and problem-solving therapy on body mass index and depressive symptoms among patients with obesity and depression: the RAINBOW randomized clinical trial. JAMA 321, 869-879 (2019).
  20. Goldstein-Piekarski, A. N. et al. Mapping neural circuit biotypes to symptoms and behavioral dimensions of depression and anxiety. Biol. Psychiatry 91, 561-571 (2022).
  21. Gaynes, B. N. et al. What did STAR*D teach us? Results from a large-scale, practical, clinical trial for patients with depression. Pschiatr. Serv. 60, 1439-1445 (2009).
  22. Scangos, K. W., State, M. W., Miller, A. H., Baker, J. T. & Williams, L. M. New and emerging approaches to treat psychiatric disorders. Nat. Med. 29, 317-333 (2023).
  23. Dichter, G. S., Kozink, R. V., McClernon, F. J. & Smoski, M. J. Remitted major depression is characterized by reward network hyperactivation during reward anticipation and hypoactivation during reward outcomes. J. Affect. Disord. 136, 1126-1134 (2012).
  24. Keedwell, P. A., Andrew, C., Williams, S. C. R., Brammer, M. J. & Phillips, M. L. The neural correlates of anhedonia in major depressive disorder. Biol. Psychiatry 58, 843-853 (2005).
  25. Groenewold, N. A., Opmeer, E. M., de Jonge, P., Aleman, A. & Costafreda, S. G. Emotional valence modulates brain functional abnormalities in depression: evidence from a meta-analysis of fMRI studies. Neurosci. Biobehav. Rev. 37, 152-163 (2013).
  26. Stuhrmann, A., Suslow, T. & Dannlowski, U. Facial emotion processing in major depression: a systematic review of neuroimaging findings. Biol. Mood Anxiety Disord. 1, 10 (2011).
  27. Matsuo, K. et al. Prefrontal hyperactivation during working memory task in untreated individuals with major depressive disorder. Mol. Psychiatry 12, 158-166 (2007).
  28. Cuthbert, B. N. & Kozak, M. J. Constructing constructs for psychopathology: the NIMH research domain criteria. J. Abnorm. Psychol. 122, 928-937 (2013).
  29. Williams, L. M. et al. Identifying response and predictive biomarkers for transcranial magnetic stimulation outcomes: protocol and rationale for a mechanistic study of functional neuroimaging and behavioral biomarkers in veterans with pharmacoresistant depression. BMC Psychiatry 21, 35 (2021).
  30. Feng, C., Thompson, W. K. & Paulus, M. P. Effect sizes of associations between neuroimaging measures and affective symptoms: a meta-analysis. Depress. Anxiety 39, 19-25 (2022).
  31. American Psychiatric Association. DSM-IV-TR: Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders 4th edn (2000).
  32. American Psychiatric Association. DSM-5: Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders 5th edn (2013).
  33. American Psychiatric Association. DSM-IV: Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders 4th edn (1994).
  34. Sheehan, D. V. et al. The Mini-International Neuropsychiatric Interview (M.I.N.I.): the development and validation of a structured diagnostic psychiatric interview for DSM-IV and ICD10. J. Clin. Psychiatry 59, 22-33 (1998).
  35. Kroenke, K., Spitzer, R. L. & Williams, J. B. W. The PHQ-9. J. Gen. Intern. Med 16, 606-613 (2001).
  36. Gur, R. C. et al. A method for obtaining 3-dimensional facial expressions and its standardization for use in neurocognitive studies. J. Neurosci. Methods 115, 137-143 (2002).
  37. Mathersul, D. et al. Explicit identification and implicit recognition of facial emotions: II. Core domains and relationships with general cognition. J. Clin. Exp. Neuropsychol. 31, 278-291 (2009).
Publisher’s note Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.
Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons licence, and indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons licence, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons licence and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a copy of this licence, visit http://creativecommons. org/licenses/by/4.0/.
(c) The Author(s) 2024
Department of Psychiatry and Behavioral Sciences, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA. Sierra-Pacific Mental Illness Research, Education and Clinical Center, Veterans Affairs Palo Alto Health Care System, Palo Alto, CA, USA. Department of Counseling and Clinical Psychology, Teacher’s College, Columbia University, New York, NY, USA. Interdepartmental Neuroscience Graduate Program, Yale University School of Medicine, New Haven, CT, USA. Semel Institute for Neuroscience and Human Behavior, University of California, Los Angeles, CA, USA. Center for Intelligent Imaging, University of California San Francisco, San Francisco, CA, USA. Brain Dynamics Centre, Westmead Institute for Medical Research, University of Sydney, Westmead, New South Wales, Australia. Department of Radiology, Westmead Hospital, Western Sydney Local Health District, Westmead, New South Wales, Australia. Department of Neuroradiology, the University of Texas MD Anderson Center, Houston, TX, USA. Department of Psychology, Stanford University, Stanford, CA, USA. Department of Medicine, College of Medicine, University of Illinois Chicago, Chicago, IL, USA.

Methods

Samples

Data were obtained from four studies: International Study to Predict Optimized Treatment in Depression (iSPOT-D , https://clinicaltrials. gov/ct2/show/NCT00693849), Research on Anxiety and Depression study (RAD ), Human Connectome Project for Disordered Emotional States (HCP-DES ) and Engaging self-regulation targets to understand the mechanisms of behavior change and improve mood and weight outcome (ENGAGE , https://clinicaltrials.gov/ct2/show/ NCT02246413). Clinical participants from these studies ( ) represented the full spectrum of severity of depression and anxiety disorders (see Table 1 and Supplementary Table 1 for details). Healthy controls (iSPOT-D, ; HCP-DES, ) were used as a reference group for building regional circuit scores from the imaging data (see below). Of the 801 clinical participants, 250 completed randomized controlled trials of either antidepressant pharmacotherapy for major depressive disorder or behavioral intervention for clinically substantial depressive symptoms and obesity (see Supplementary Table 2 for more details).
All participants provided written informed consent. Procedures were approved by the Stanford University Institutional Review Board (IRB, protocol nos. 27937 and 41837) or the Western Sydney Area Health Service Human Research Ethics Committee.

MRI acquisition and preprocessing

Details of MRI sequences, fMRI tasks, MRI data quantification and quality control are given in Supplementary Methods.
Acquisition. Participants underwent the Stanford Et Cere Image Processing System protocol, which probes six brain circuits: default mode circuit, salience circuit, attention circuit, negative affect circuit, positive affect circuit and cognitive control circuit . The Facial Expressions of Emotion Tasks probed the positive and negative affect circuits and a Go-NoGo task probed the cognitive control circuit. We derived measures of task-free function of the default mode, attention and salience circuits from the task data . Task-free measures were independent of those obtained from the task conditions (Supplementary Fig. 14).
Preprocessing. The MRI data were preprocessed using fMRIprep . We discarded scans if they contained incidental findings, major artifacts or signal dropouts or had of volumes containing significant frame-wise displacement. An experienced rater (L.T.) also visually checked each scan, leading to the exclusion of 32 participants. Scans removed owing to excessive motion were: Go-NoGo task=38, Conscious Facial Expressions of Emotion Task=92, Non-conscious Facial Expressions of Emotion Task and task free (see Supplementary Table 17 for the number of scans passing criteria).

Derivation of regional circuit scores

A summary of how regional circuit scores were obtained is given in the following sections (Fig. 1; see Supplementary Methods for details). We previously demonstrated that this system produces valid and clinically useful individual circuit clinical scores .
Extraction of imaging features of interest. The regions of interest within six circuits of interest were defined from the meta-analytic platform Neurosynth (see Supplementary Table 18 for search terms and coordinates) and refined by removing regions that did not pass quality control or psychometric criteria. Of the remaining regions, we only retained 29 regions implicated in our theoretical synthesis of dysfunctions in depression and anxiety . From these regions, we derived 41 features of activation, task-based and task-free connectivity for subsequent analyses (see Supplementary Table 18 and Supplementary Tables S5A and S5B in ref. 20 for details on the regions of interest and features). Our focus on regions defined from theory, meta-analyses and
anatomy can lead to reliable and reproducible imaging measures. For example, activations within anatomically defined regions of interest have acceptable-to-high within-participant reliability , as does connectivity within established brain networks .
All following analyses used RStudio 2022.07.2, R v.4.1.3. Code for these analyses and the regions of interest to derive our imaging features are at https://github.com/leotozzi88/cluster_study_2023.
Imputation of missing values. As a result of missing scans and quality control, some regional circuit scores could not be computed for some participants: for the default, salience and attention scores, for the negative affect sad scores, for the negative affect threat conscious scores, for the negative affect threat nonconscious scores, for the cognitive control scores and for the positive affect scores. We imputed these values separately for each scanner by using multiple imputation by chained equations with random forests (R package miceRanger), using one iteration of a predictive mean matching model with the imaging features as the input.
Correction for scanner effects. We removed the potential confounding effect of between-scanner variability using ComBat , an established method that uses an empirical Bayesian framework to remove batch effects.
Referencing to a healthy norm. All imaging features of the clinical participants were expressed in s.d. units relative to the mean and s.d. of healthy controls. These values are henceforth referred to as ‘regional circuit scores’ and represent the amount of dysfunction of each component of each circuit. Subsequent analyses were conducted on the regional circuit scores of the clinical participants only.

Symptom measures

We used self-reported questionnaires to operationalize: ruminative worry (Penn State Worry Questionnaire-Abbreviated total ); ruminative brooding (Ruminative Response Scale total ); anxious arousal (Mood and Anxiety Questionnaire general distress subscale ); negative bias (Depression Anxiety and Stress Scale (DASS) depression subscale); threat dysregulation (DASS anxiety subscale); anhedonia (Snaith-Hamilton Pleasure Scale total ); cognitive dyscontrol (Barratt Impulsiveness Scale attentional impulsiveness subscale ); tension (DASS stress subscale); insomnia (Quick Inventory of Depressive Symptomatology-Self-Report Revised (QIDS-SR) sum of items 1-3 (ref. 55)); and suicidality (QIDS-SR item 12). In iSPOT-D, we used the Hamilton Depression Rating Scale (HDRS) total score as a measure of depression severity and, in ENGAGE, we used the Symptom Checklist 20 Depression Scale (SCL-20) . See Supplementary Table 19 for the participants in each sample available for each measure.

Clinical diagnoses

DSM-IV-TR (RAD), DSM-5 (HCP-DES) or DSM-IV (iSPOT-D) criteria for major depressive disorder, anxiety disorder, post-traumatic stress disorder or obsessive-compulsive disorder were ascertained by a psychiatrist, general practitioner or researcher using the structured . In ENGAGE, patients were considered eligible if they scored on the PHQ-9, a threshold with specificity for major depressive disorder , and had a qualifying body mass index (BMI). Comorbidities were ascertained from electronic health records.

Behavioral performance measures

Cognitive performance was assessed using WebNeuro . We focused on the tests for which our regional circuit scores have been shown to predict performance : sustained attention (omission errors, commission errors and reaction times in a continuous performance test); executive function (errors and completion time of a maze test);
cognitive control (commission errors and reaction times in a Go-NoGo test); explicit emotion identification (reaction time to identify happy, sad, fearful and angry faces); and implicit priming bias by emotion (difference in reaction time in a face identification task when primed implicitly by happy, sad, fearful and angry faces compared with neutral faces). For analyses, we used the test performance referenced to an age-matched norm generated by WebNeuro ( -scores). See Supplementary Table 19 for the number of participants in each sample available for each measure.

Treatment

In iSPOT-D, participants were randomized to one of three treatments: escitalopram (selective serotonin reuptake inhibitor (SSRI)), sertraline (SSRI) or venlafaxine XR (selective serotonin-norepinephrine reuptake inhibitor (SNRI) . In ENGAGE, participants were randomized to either a behavioral intervention combining problem-solving, behavioral activation and weight loss (Integrated Coaching for Better Mood and Weight, I-CARE) or usual care (U-CARE) . No treatment was administered in HCP-DES and RAD, so these studies were not considered in the treatment analyses.

Identification of depression biotypes

To identify biotypes within our clinical participants, we used hierarchical clustering of their 41 regional circuit scores. We selected the optimal number of clusters using six convergent sources of evidence: the elbow method; two procedures proposed by Dinga et al. to evaluate biotypes of depression (simulation-based significance testing of the silhouette index and stability using crossvalidation); permutation-based significance testing of the silhouette index;split-half reliability of the cluster profiles; and the match of the solution to a theoretical framework (Fig. 2).
Hierarchical clustering. For each pair of clinical participants, we first computed the correlation coefficient of their 41 imaging-derived regional circuit scores (Fig. 1). Then, we computed the dissimilarity between each pair of clinical participants as 1 – this correlation (see ref. 60 for a similar approach). We used the between-individual dissimilarity matrix as input to hierarchical clustering using the average as agglomeration method.
Elbow method. The first source of evidence that we used to choose the optimal number of clusters was the elbow method, based on a plot showing the within-cluster sum of distances between participants for solutions between 2 and 15 clusters (Fig. 2a).
Simulation-based significance testing of silhouette. We tested the probability of our observed average silhouette index occurring under the null hypothesis of no clusters (that is, of the data coming from a multinormal distribution) . For clusters between 2 and 15, we conducted 10,000 simulation runs, in which we drew 801 participants from a multinormal distribution that had the same mean and covariance for each regional circuit score as our data. These simulated participants were then used as input in hierarchical clustering, as described above, and the average silhouette index across participants was calculated. Thus, we obtained null distributions for these average silhouette indices. Finally, we calculated the proportion of average silhouette indices generated under the null that were greater than the one we obtained from our data ( value). We considered statistically significant solutions with numbers of clusters for which (Fig. 2b).
Permutation-based significance testing of silhouette. For each number of clusters between 2 and 15, we shuffled each brain circuit score across subjects , then repeated the hierarchical clustering as described above and calculated the average silhouette index. Thus, we obtained null distributions for these average silhouette indices.
Finally, we calculated the proportion of average silhouette indices generated under the null that were greater than the one we obtained from our data ( value). We considered statistically significant solutions with numbers of clusters for which (Fig. 2c).
Assessment of cluster stability using crossvalidation. To evaluate whether the clustering was stable under small perturbations to the data , we repeated the clustering procedure , each time with one participant left out. For each run and for each solution between 2 and 15 clusters, we calculated the similarity of the new cluster assignments to the original ones using the ARI (Fig. 2d). We then repeated this procedure while holding out of the sample instead of one participant (Fig. 2e).
Matching of clusters to a theoretical framework. We identified the primary circuit dysfunction of each cluster by averaging the values of regional circuit scores by circuit and modality (task-based activity, task-based connectivity, task-free connectivity) and identifying the measures that showed a .d. absolute mean difference compared with the healthy norm. We then compared the profile of circuit dysfunction of each cluster with those hypothesized in a theoretical framework of circuit dysfunction in depression and anxiety .
Split-half replication of cluster profiles. First, we split our dataset into two random samples of equal size. Then, we ran our clustering procedure on the first half-split. Then, we assigned each participant in the second split to one of the clusters obtained in the first half-split. To do so, we computed the mean circuit scores across all participants belonging to each cluster in the first half-split. Then, we calculated Pearson’s correlation coefficient between each participant’s brain circuit scores and these cluster-averaged scores. Each out-of-sample participant was assigned to the cluster for which this correlation was highest. Finally, we identified the primary circuit dysfunctions of each cluster in each split as described above ( s.d. absolute mean difference compared with the healthy reference data) and examined whether they replicated the circuit profiles found in the whole sample visually and by computing Pearson’s correlation coefficient of the mean profile dysfunction profile of each cluster between splits (Fig. 2f).

Clinical characterization of biotypes

We characterized our final clustering solution by using external clinical measures independent of cluster inputs: symptoms, clinical diagnoses, performance on behavioral tests and treatment response. Importantly, we also replicated our findings in split-half and leave-study-out analyses (Fig. ).
Comparison of symptoms between biotypes. For each symptom, we compared the median severity of participants in each biotype to the median severity of participants who were not in the biotype using Wilcoxon’s tests. As insomnia and suicidality were assessed using only three and one QIDS-SR items, respectively, we used a test to compare the fraction of participants in the biotype who endorsed any of the items (total value ) compared with participants who were not in the biotype. For Wilcoxon’s tests, we calculated the effect size as the statistic divided by the square root of the sample size and we considered significant tests for which (Fig. 2h,j).
Comparison of behavioral performance between biotypes. For each of our behavioral performance measures, we compared the median performance of participants in each biotype with the median performance of participants who were not in the biotype using Wilcoxon’s tests. We calculated the effect size as the statistic divided by the square root of the sample size and we considered significant tests for which (Fig. 2i,k).
Comparison of treatment response between biotypes. To obtain a comparable measure of symptom severity across our clinical trial datasets, we first scaled the measures of total HDRS scores (collected in iSPOT-D) and SCL-20 scores (collected in ENGAGE) between 0 and 1 based on the minimum and maximum values of each scale. We defined response as a decrease of at least 50% of symptom severity from baseline to follow-up and remission as follow-up HDRS or SCL-20 . Then, for each treatment modality and each biotype, the severity of symptoms after treatment of participants in the biotype was compared with the median symptom severity of clinical participants not in the biotype using Wilcoxon’s tests. For these tests, we excluded biotypes in which only five or fewer participants received a treatment. We calculated the effect size as the statistic divided by the square root of the sample size and considered significant tests for which . (Fig. 21).
Split-half replication of clinical associations. We replicated the significant comparisons of behavior and symptoms between biotypes found in the complete sample by splitting the sample into two random halves, repeating the clustering procedure on the first half and then assigning participants in the second half to the clusters obtained in the first half, as described above. We then conducted Wilcoxon’s tests as described above in each split and considered a result replicable if it was significant both in the original sample and in each of the split-half samples (for the second split, we conducted a confirmatory one-sided test).
Leave-study-out replication of clinical associations. For each of the four studies included in our dataset, we replicated the significant comparisons of behavior and symptoms between biotypes by splitting the sample into two subsets: one containing the participants who were not from that study and one containing participants from that study. Then, we repeated the clustering procedure on the first split and assigned participants in the second subset to the clusters obtained in the first split, as described above. We then conducted Wilcoxon’s tests as described above and considered a result replicable if it was significant in each of the two splits when holding out at least one study (for the second split, we conducted a confirmatory one-sided test).
Comparison of diagnoses between biotypes. To evaluate whether the clusters reflected traditional diagnostic categories, we used tests to compare the proportion of clinical participants in each biotype who met criteria for major depressive disorder, generalized anxiety disorder, obsessive-compulsive disorder, post-traumatic stress disorder, panic disorder or social phobia.
Comparison of covariates of no interest between biotypes. To verify that biotypes were not driven by scanner effects, we used tests to evaluate whether the proportion of participants in each cluster was different across scanners. Similarly, we used tests to examine the effects of gender and dataset and a one-way analysis of variance (ANOVA) to test whether different biotypes had different age distributions.
Comparison of brain circuit scores to other biotyping inputs. We selected three alternative feature sets, each used in a recent paper identifying biotypes of depression using resting state fMRI (to our knowledge, no prior publication has used task fMRI): whole-brain functional connectivity from the Power atlas ; functional connectivity in the default mode network ; and a functional connectivity of the angular gyrus . We evaluated these features using the same criteria that we used for our own: (1) solution outperforms null hypothesis of no clusters (simulated data); (2) solution outperforms null hypothesis of no clusters (permuted data); (3) ARI (leave-one-out mean); (4) ARI (leave-20%-out mean); (5) generalizable cluster profiles across random split-half; (6) generalizable symptom differences across random split-half; (7) generalizable behavior differences
across random split-half; (8) generalizable symptom differences across leave-study-out; (9) generalizable behavior differences across leave-study-out; and (10) biotypes differ in treatment response. For each of the alternative sets of features, we evaluated the number of clusters reported in the original paper and six clusters (the number that we chose in our analysis). We also conducted two statistical tests comparing clustering performance using our features with other features. First, a resampling test: we sampled of participants, used each set of features to cluster their data and computed the corresponding average silhouette index over 10,000 iterations. For each set of alternative features, we considered as the fraction of samplings in which the silhouette index was higher than the one obtained with our features. Then a permutation test: after clustering each of the imaging feature sets, we randomly permuted the cluster assignments and computed a silhouette score for each. This provided us with null distributions of the silhouette index for each feature set. We then calculated the difference between the null distribution of the silhouette index obtained using our features and each of the null distributions obtained from alternative features. We considered as the proportion of permutations in which the difference between the two null distributions was greater than that between the silhouette indices of the real solutions. We considered our features to provide a better clustering when and .
Finally, we compared our original results to results obtained using only our task-free brain circuit scores, choosing as the number of clusters six (the number we chose in our analysis using all features) and two (the number of clusters with task-free dysfunction identified in our analyses).

Reporting summary

Further information on research design is available in the Nature Portfolio Reporting Summary linked to this article.

Data availability

The datasets used in this analysis were collected as part of the iSPOT-D, RAD, HCP-DES and ENGAGE studies. These datasets are available upon request from Stanford BrainNet at https://www.stanfordpmhw.com/ datasets. The BRAINnet repository meets the requirements for being public but also aligns with the procedures of other official public and scientific repositories such as and NDA. This choice is in line with the FAIRness guidelines and it respects the original funding requirements, allowing for appropriate source contributions and citations. Our approach is specifically designed for scientific use, which includes limiting access to for-profit entities to comply with the original funding stipulations and participant consent. Therefore, total open access is not feasible. Our intention is to provide public access that is consistent with the consent agreements and the original funding intentions, similar to the data shared through NIH repositories. On Stanford BRAINnet, we established a data access request form that screens users, similar to other public repositories.

Code availability

Code for the analyses and the regions of interest used to calculate the clinical circuit scores is available at https://github.com/leotozzi88/ cluster_study_2023.

References

  1. Williams, L. M. et al. Developing a clinical translational neuroscience taxonomy for anxiety and mood disorder: protocol for the baseline-follow up Research domain criteria Anxiety and Depression (‘RAD’) project. BMC Psychiatry 16, 68 (2016).
  2. Tozzi, L. et al. The human connectome project for disordered emotional states: protocol and rationale for a research domain criteria study of brain connectivity in young adult anxiety and depression. Neurolmage 214, 116715 (2020).
  3. Williams, L. M. et al. The ENGAGE study: integrating neuroimaging, virtual reality and smartphone sensing to understand self-regulation for managing depression and obesity in a precision medicine model. Behav. Res. Ther. 101, 58-70 (2018).
  4. Elliott, M. L. et al. General functional connectivity: shared features of resting-state and task fMRI drive reliable and heritable individual differences in functional brain networks. Neurolmage 189, 516-532 (2019).
  5. Korgaonkar, M. S., Ram, K., Williams, L. M., Gatt, J. M. & Grieve, S. M. Establishing the resting state default mode network derived from functional magnetic resonance imaging tasks as an endophenotype: a twins study. Hum. Brain Mapp. 35, 3893-3902 (2014).
  6. Esteban, O. et al. fMRIPrep: a robust preprocessing pipeline for functional MRI. Nat. Methods 16, 111-116 (2019).
  7. Yarkoni, T., Poldrack, R. A., Nichols, T. E., Van Essen, D. C. & Wager, T. D. Large-scale automated synthesis of human functional neuroimaging data. Nat. Methods 8, 665-670 (2011).
  8. Holiga, Š. et al. Test-retest reliability of task-based and resting-state blood oxygen level dependence and cerebral blood flow measures. PLoS ONE 13, e0206583 (2018).
  9. Tozzi, L., Fleming, S. L., Taylor, Z., Raterink, C. & Williams, L. M. Test-retest reliability of the human functional connectome over consecutive days: identifying highly reliable portions and assessing the impact of methodological choices. Netw. Neurosci. https://doi.org/10.1162/netn_a_00148 (2020).
  10. Fortin, J.-P. et al. Harmonization of cortical thickness measurements across scanners and sites. Neurolmage 167, 104-120 (2018).
  11. Fortin, J.-P. et al. Harmonization of multi-site diffusion tensor imaging data. Neurolmage 161, 149-170 (2017).
  12. Johnson, W. E., Li, C. & Rabinovic, A. Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods. Biostatistics 8, 118-127 (2007).
  13. DeLapp, R. C., Chapman, L. K. & Williams, M. T. Psychometric properties of a brief version of the Penn State Worry Questionnaire in African Americans and European Americans. Psychol. Assess. 28, 499-508 (2016).
  14. Parola, N. et al. Psychometric properties of the Ruminative Response Scale-short form in a clinical sample of patients with major depressive disorder. Patient Prefer Adherence 11, 929-937 (2017).
  15. Wardenaar, K. J. et al. Development and validation of a 30-item short adaptation of the Mood and Anxiety Symptoms Questionnaire (MASQ). Psychiatry Res. 179, 101-106 (2010).
  16. Snaith, R. P. et al. A scale for the assessment of hedonic tone the Snaith-Hamilton pleasure scale. Br. J. Psychiatry 167, 99-103 (1995).
  17. Patton, J. H., Stanford, M. S. & Barratt, E. S. Factor structure of the Barratt impulsiveness scale. J. Clin. Psychol. 51, 768-774 (1995).
  18. Rush, A. J. et al. The 16 -Item quick inventory of depressive symptomatology (QIDS), clinician rating (QIDS-C), and self-report (QIDS-SR): a psychometric evaluation in patients with chronic major depression. Biol. Psychiatry 54, 573-583 (2003).
  19. Hamilton, M. in Assessment of Depression (eds Sartorius, D. N. & Ban, D. T. A.) 143-152 (Springer, 1986).
  20. Derogatis, L. R., Lipman, R. S. & Covi, L. SCL-90: an outpatient psychiatric rating scale-preliminary report. Psychopharmacol. Bull. 9, 13-28 (1973).
  21. Williams, L. M. et al. Explicit identification and implicit recognition of facial emotions: I. Age effects in males and females across 10 decades. J. Clin. Exp. Neuropsychol. 31, 257-277 (2009).
  22. Williams, L. M. A platform for standardized, online delivered, clinically applicable neurocognitive assessment. Preprint at bioRxiv https://doi.org/10.1101/2023.08.28.553107 (2023).
  23. Urchs, S. G. et al. Functional connectivity subtypes associate robustly with ASD diagnosis. eLife 11, e56257 (2022).

Acknowledgements

We thank M. Schin for her help in data entry. We also thank J. Kilner (Pittsburgh, PA) for his editorial services. This work was supported by the National Institutes of Health (NIH) (grant nos. RO1MH1O1496 (to L.M.W.; NCTO2220309), UH2HL132368 (to J.M. and L.M.W.; NCT02246413), U01MH109985 (to L.M.W.) and U01MH136062 (to L.M.W. and J.M.)) and the Gustavus and Louise Pfeiffer Research Foundation (to L.M.W.). Providing treatment data, iSPOT-D (NCTOO693849) was sponsored by Brain Resource Ltd. The funders had no role in study design, data collection, data analysis, data interpretation or writing of the report. The corresponding author had full access to all the data in the study and had final responsibility for the decision to submit for publication.

Author contributions

L.T. conceived the study, provided methodology, software, validation, formal analysis and data curation, wrote the original draft, reviewed and edited the manuscript, and provided visualization and project administration. X.Z. provided software and data curation, and reviewed and edited the manuscript. A.P. conceived the study, reviewed and edited the manuscript and provided visualization. A.M.O. reviewed and edited the manuscript. E.S.Z., E.T.A., M.C., B.H.-G. and S.C. did investigations, curated data and reviewed and edited the manuscript. P.C.S. and C.A.R. provided software and reviewed and edited the manuscript. L.M.H. reviewed and edited the manuscript. M.S.K. and J.M. reviewed and edited the manuscript and provided resources. M.W. and I.H.G. reviewed and edited the manuscript and acquired funds. L.M.W. conceived the study, provided resources, reviewed and edited the manuscript, supervised the study, administered the project and acquired funds.

Competing interests

L.M.W. declares US patent application nos. 10/034,645 and 15/820,338: ‘Systems and methods for detecting complex networks in MRI data’. In the past 3 years L.M.H. participated on a Roche Advisory Board. L.T. has been employed by Ceribell Inc. since 30 October 2023. The remaining authors declare no competing interests.

Additional information

Supplementary information The online version contains supplementary material available at https://doi.org/10.1038/s41591-024-03057-9.
Correspondence and requests for materials should be addressed to Leanne M. Williams.
Peer review information Nature Medicine thanks the anonymous reviewers for their contribution to the peer review of this work. Primary Handling Editor: Jerome Staal, in collaboration with the Nature Medicine team.
Reprints and permissions information is available at www.nature.com/reprints.

natureportfolio

Corresponding author(s):
Last updated by author(s): May 3, 2024

Reporting Summary

Nature Portfolio wishes to improve the reproducibility of the work that we publish. This form provides structure for consistency and transparency in reporting. For further information on Nature Portfolio policies, see our Editorial Policies and the Editorial Policy Checklist.

Statistics

For all statistical analyses, confirm that the following items are present in the figure legend, table legend, main text, or Methods section.

Confirmed

X The exact sample size ( ) for each experimental group/condition, given as a discrete number and unit of measurement
X

X
X


For null hypothesis testing, the test statistic (e.g. ) with confidence intervals, effect sizes, degrees of freedom and value noted Give values as exact values whenever suitable.
For Bayesian analysis, information on the choice of priors and Markov chain Monte Carlo settings

For hierarchical and complex designs, identification of the appropriate level for tests and full reporting of outcomes

Estimates of effect sizes (e.g. Cohen’s , Pearson’s ), indicating how they were calculated
Our web collection on statistics for biologists contains articles on many of the points above.

Software and code

Policy information about availability of computer code
Data collection No software was used.
Data analysis The following open source software was used: SPM version 8, FSL version 6, MATLAB version 2018b, fMRIprep version 20.2.1, R version 4.1.3, R Studio version 2023.06.2+561, R package miceRanger version 1.5.0. Custom software was also used and is available on Github at https:// github.com/leotozzi88/cluster_study_2023.
For manuscripts utilizing custom algorithms or software that are central to the research but not yet described in published literature, software must be made available to editors and reviewers. We strongly encourage code deposition in a community repository (e.g. GitHub). See the Nature Portfolio guidelines for submitting code & software for further information.

Data

Policy information about availability of data

All manuscripts must include a data availability statement. This statement should provide the following information, where applicable:
  • Accession codes, unique identifiers, or web links for publicly available datasets
  • A description of any restrictions on data availability
  • For clinical datasets or third party data, please ensure that the statement adheres to our policy
The datasets used in this analysis were collected as part of the iSPOT-D, RAD, HCP-DES and ENGAGE studies. These datasets are available upon request from Stanford BrainNet at https://www.stanfordpmhw.com/datasets. The BRAINnet repository meets the requirements for being public but also aligns with the
procedures of other official public and scientific repositories like HCP, ABCD, and NDA. This choice is in line with the FAIRness guidelines, and it respects the original funding requirements, allowing for appropriate source contributions and citations. Our approach is specifically designed for scientific use, which includes limiting access to for-profit entities to comply with the original funding stipulations and participant consent. Therefore, total open access is not feasible. Our intention is to provide public access that is consistent with the consent agreements and the original funding intentions, similar to the data shared through NIH repositories. On Stanford BRAINnet, we established a data access request form that screens users, similar to other public repositories.

Research involving human participants, their data, or biological material

Policy information about studies with human participants or human data. See also policy information about sex, gender (identity/presentation), and sexual orientation and race, ethnicity and racism.
Reporting on sex and gender Self-reported gender was collected and used for the analyses.
Reporting on race, ethnicity, or other socially relevant groupings Self-reported race and tehnicity was collected but not used for the analyses.
Population characteristics
The data used in this paper were obtained from four studies: “International Study to Predict Optimized Treatment in Depression” (iSPOT-D, (Williams et al., 2011)), “Research on Anxiety and Depression study” (RAD, (Williams et al., 2016)), “Human Connectome Project for Disordered Emotional States” (HCP-DES, (Tozzi et al., 2020c)), and “Engaging self-regulation targets to understand the mechanisms of behavior change and improve mood and weight outcome” (ENGAGE, (Williams et al., 2018)).
Clinical participants:
Gender:
Female: 461 (58%)
Male: 329 (41%)
Other: 11 (1%) 0 (0%)
Age mean (standard deviation): 34.24 (13.40)
Controls
Gender:
Female: 67 (49%)
Male: 70 (51%)
Other: 0 (0%)
Age mean (standard deviation): 32.10 (12.57)
Recruitment
In iSPOT-D, participants were adult outpatients with nonpsychotic major depressive disorder under 65 years of age.
In RAD, participants were patients from a community mental health training clinic, and individuals from the immediate surrounding community currently reporting distress from anxiety and related mood symptoms.
In HCP-DES, participants were individuals from the community experiencing significant symptoms of depression and anxiety (clinical participants) or individuals not experiencing any symptoms of emotional distress (healthy controls).
In ENGAGE, participants were adult patients receiving primary care at Palo Alto Medical Foundation, who had comorbid depression and obesity.
Ethics oversight All participants provided written informed consent. Procedures were approved by the Stanford University Institutional Review Board (IRB 27937 and 41837) or the Western Sydney Area Health Service Human Research Ethics Committee.
Note that full information on the approval of the study protocol must also be provided in the manuscript.

Field-specific reporting

Please select the one below that is the best fit for your research. If you are not sure, read the appropriate sections before making your selection.
Life sciences Behavioural & social sciences Ecological, evolutionary & environmental sciences
For a reference copy of the document with all sections, see nature.com/documents/nr-reporting-summary-flat.pdf

Life sciences study design

All studies must disclose on these points even when the disclosure is negative.
Sample size The data used in this paper were aggregated from four completed studies: “International Study to Predict Optimized Treatment in Depression” (iSPOT-D, (Williams et al., 2011)), “Research on Anxiety and Depression study” (RAD, (Williams et al., 2016)), “Human Connectome Project for Disordered Emotional States” (HCP-DES, (Tozzi et al., 2020c)), and “Engaging self-regulation targets to understand the mechanisms of behavior change and improve mood and weight outcome” (ENGAGE, (Williams et al., 2018)).
The sample size was all the patients who had received fMRI as part of those studies. No sample size calculation was performed.
Brain scans were discarded if they contained incidental findings, major scanner artifacts, signal dropouts, or had more than of volumes containing significant frame-wise displacement as defined by fMRIprep.

Replication

Assessment of cluster stability using cross-validation
We adapted the procedure proposed by Dinga et al. (ref. 14) to our application to evaluate whether the clustering assignment was stable under small perturbations to the data. This enabled us to assess whether repeating the same procedure using a similar dataset would identify similar clusters, and whether we would we assign the same participants to the same clusters. In this analysis, we repeated the clustering procedure 801 times, each time with one participant left out. For each run and for each solution between 2 and 15 clusters, we calculated the similarity of the new cluster assignments to those from the original analysis using the adjusted Rand index (ARI), which is the corrected-forchance version of the Rand index ( corresponds to chance, is a perfect match, is a result worse than chance) (Figure 2d). We then repeated this procedure while holding out of the sample instead of one participant (Figure 2e).
Split-half replication of cluster profiles
To verify if our final clustering solution was robust, we performed a split-half procedure as follows. First, we split our dataset into two random samples of equal size. Then, we ran our clustering procedure on the first half-split. Then, we assigned each participant in the second split to one of the clusters obtained in the first half-split. To do so, we computed the mean circuit scores across all participants belonging to each cluster in the first half-split. Then, we calculated the Pearson correlation coefficient between each participant’s entire brain circuit score profile and these cluster-averaged scores. Each out-of-sample participant was assigned to the cluster for which this correlation was highest. Finally, we identified the primary circuit dysfunctions of each cluster in each split as described above ( SD absolute mean difference compared to the healthy reference data) and examined whether they replicated the circuit profiles found in the whole sample visually and by computing the Pearson correlation coefficient of the mean profile dysfunction profile of each cluster between splits (Figure 2f).
Split-half replication of associations between biotypes and clinical measures
We replicated the significant comparisons of behavior and symptoms between biotypes found in the complete sample by splitting the sample into two random halves, repeating the clustering procedure on the first half, and then using the circuit profile correlations described above to assign participants in the second half to the clusters obtained in the first half. We then conducted Wilcoxon tests as described above in each split and considered a result replicable if it was significant both in the original sample and in each of the split-half samples (for the second split we conducted a confirmatory one-sided test). We also calculated the clinical meaningfulness of results in both splits based on the effect size , calculated as the Z statistic divided by square root of the sample size.
Leave-study-out replication of associations between biotypes and clinical measures For each of the four studies included in our original dataset, we replicated the significant comparisons of behavior and symptoms between biotypes by splitting the sample into two subsets: one containing all the participants who were not from that study and one containing all participants from that study. Then, we repeated the clustering procedure on the first subset and then assigned participants in the second subset to the clusters obtained in the first subset using circuit profile correlations as described above. We then conducted Wilcoxon tests as described above and considered a result replicable if it was significant in each of the subsets for at least one held out study. For the leave-study-out replication, we conducted a confirmatory one-sided test. We also calculated the clinical meaningfulness of results in both splits based on the effect size , calculated as the statistic divided by square root of the sample size.

Randomization

In iSPOT-D, participants were randomly allocated to receive escitalopram, sertraline or venlafaxine.
In ENGAGE, participants were randomly allocated to receive I-CARE behavioral treatment or treatment as usual.
In the current study, no allocation into experimental groups was performed.

Blinding

In iSPOT-D, the personnel doing the data acquisition was blind to the randomization.
In the current study, the analyst was not blinded to the randomization in the clinical trial data. Blinding was not relevant for this study, since the analysis was retrospective and compared clinical variables of groups of patients defined based on their brain characteristics. The analysis was not aimed at demonstrating the efficacy of a treatment.

Reporting for specific materials, systems and methods

We require information from authors about some types of materials, experimental systems and methods used in many studies. Here, indicate whether each material, system or method listed is relevant to your study. If you are not sure if a list item applies to your research, read the appropriate section before selecting a response.

Clinical data

Policy information about clinical studies

All manuscripts should comply with the ICMJE guidelines for publication of clinical research and a completed CONSORT checklist must be included with all submissions.
Clinical trial registration
iSPOT-D: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT00693849
ENGAGE: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02246413
Study protocol
iSPOT-D: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3036635/
RAD: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26980207/
HCP-DES: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32147367/
ENGAGE: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8109191/
Data collection Data previously collected was re-analyzed for the current study.
Outcomes
For clinical trial data, the outcomes were the ones defined in the protocols and the registration specified above.
For the current study, the analysis was exploratory, no primary or secondary outcomes were pre-defined.

Plants

Seed stocks
n/a
Novel plant genotypes
n/a
Authentication
n/a

Magnetic resonance imaging

Experimental design

Design type Task (block and event related) and resting state
Design specifications
Facial Expressions of Emotion Task
A standardized set of 3D-evoked facial expression stimuli were presented in pseudorandom order, with five repeated blocks of eight stimuli per block for sad, threat evoked by fear, threat evoked by anger, and happy, relative to neutral blocks; duration of stimulus was 500 ms and the interstimulus interval was 750 ms (Korgaonkar et al., 2013). Participants were instructed to actively attend in order to answer post-scan questions about these faces, and we monitored alertness using an eye tracking system. We also presented the same stimuli nonconsciously in a backward-masking design to prevent awareness; face stimuli were presented for 10 ms followed immediately by a neutral face mask stimulus for 150 ms , and with a stimulus onset asynchrony of 1250 ms to match that of the conscious condition (Williams et al., 2006).
Go-NoGo Task
‘Go’ trials (the word “press” in GREEN) required participants to respond as quickly as possible, while the ‘NoGo’ trials (“press” in RED) required participants to withhold responses. 180 Go and 60 NoGo stimuli were presented in pseudorandom order; stimulus duration was 500 ms each with an interstimulus interval of 750 ms (Grieve et al., 2013).
Behavioral performance measures Correct button presses and response times were not used in the analysis.
Acquisition
Imaging type(s) Structural, functional
Field strength 3 T
Sequence & imaging parameters
MRI data was collected using a 3.0 Tesla GE Signa HDx (Sydney), a 3.0 Tesla GE MR750 Discovery (Stanford) and a 3.0 Tesla GE UHP (Stanford) (GE Healthcare, Milwaukee, Wisconsin) using an 8-channel head coil (Sydney) and 32-channel head coil (Stanford). The two Stanford scanners used identical sequences. Head motion was restricted with foam pads and participant alertness was monitored using an eye-tracking system. Head motion was also recorded, which was later subject to quality control and potential data exclusion on the premise of excess motion.
Stanford Sequences (RAD, HCP-DES, ENGAGE)
In RAD and ENGAGE, a T1-weighted structural scan was acquired using a 3D spoiled gradient echo (SPGR) sequence
normalization into standard space: TR=0.008; TE=0.003; voxel size= ; number of slices= 176 ; FOV= ; flip angle=11o. In HCP-DES, the T1 parameters were TE=3.548 ms; MPRAGE TR=2.84s; FA=8, acquisition time=8 min and 33 sec ; field of view ; 3D matrix size ; slice orientation = sagittal; angulation to ACPC line; receiver bandwidth = 31.25 kHz ; fat suppression= no; motion correction= PROMO ; voxel size isotropic. Blood oxygenation level-dependent contrast functional images were acquired using echo-planar T2*-weighted imaging. Each whole brain volume consisted of 45 interleaved 3 mm thick axial/oblique slices ( matrix; TR ; TE ; voxel size ; FOV ; flip angle ). Each of the three tasks acquired 154 volumes over 5 minutes and 8 seconds.
Sydney Sequences (iSPOT-D)
The T1-weighted structural scan was acquired in the sagittal plane using a 3D spoiled gradient echo (SPGR) sequence ( ; TE ; flip angle degrees; ; NEX ; ASSSET ; matrix ). A total of 180 contiguous slices, each 1 mm thick, covered the whole brain with an in-plane resolution of . The functional images for each task were acquired using echo planar imaging ( ; TE ; matrix ; FOV cm ; flip angle degrees). Forty slices, each 3.5 mm thick, covered the whole brain in each volume. Each of the three tasks acquired 123 volumes over 5 minutes and 8 seconds.
Whole brain
Not used
Normalization template
Noise and artifact removal
Volume censoring

section*{Preprocessing software}

Normalization
Normalization

For functional images, the first three volumes were removed to account for magnetization transfer artifacts before preprocessing. Pre-processing was performed using fMRIPrep 20.2.1 (iSPOTD) and fMRIPrep 20.2.3 (HCP-DES, ENGAGE, RAD) (Esteban et al., 2019). For details, the standardized methodology outputs from fMRIPrep for each study can be found at the end of the Supplementary Material.

Anatomical data preprocessing

A total of 1 T 1 -weighted ( T 1 w ) images were found within the input BIDS dataset.The T1-weighted (T1w) image was corrected for intensity non-uniformity (INU) with N4BiasFieldCorrection (Tustison et al. 2010), distributed with ANTs 2.3.3 (Avants et al. 2008, RRID:SCR_004757), and used as T1w-reference throughout the workflow. The T1w-reference was then skull-stripped with a Nipype implementation of the antsBrainExtraction.sh workflow (from ANTs), using OASIS30ANTs as target template. Brain tissue segmentation of cerebrospinal fluid (CSF), white-matter (WM) and gray-matter (GM) was performed on the brain-extracted T1w using fast (FSL 5.0.9, RRID:SCR_002823, Zhang, Brady, and Smith 2001). Brain surfaces were reconstructed using recon-all (FreeSurfer 6.0.1, RRID:SCR_001847, Dale, Fischl, and Sereno 1999), and the brain mask estimated previously was refined with a custom variation of the method to reconcile ANTs-derived and FreeSurfer-derived segmentations of the cortical gray-matter of Mindboggle (RRID:SCR_002438, Klein et al. 2017). Volume-based spatial normalization to two standard spaces (MNI152NLin6Asym, MNI152NLin2009cAsym) was performed through nonlinear registration with antsRegistration (ANTs 2.3.3), using brain-extracted versions of both T1w reference and the T1w template. The following templates were selected for spatial normalization: FSL’s MNI ICBM 152 non-linear 6th Generation Asymmetric Average Brain Stereotaxic Registration Model [Evans et al. (2012), RRID:SCR_002823; TemplateFlow ID: MNI152NLin6Asym], ICBM 152 Nonlinear Asymmetrical template version 2009c [Fonov et al. (2009), RRID:SCR_008796; TemplateFlow ID: MNI152NLin2009cAsym],
Functional data preprocessing
For each of the BOLD runs found per subject (across all tasks and sessions), the following preprocessing was performed. First, a reference volume and its skull-stripped version were generated using a custom methodology of fMRIPrep . Susceptibility distortion correction (SDC) was omitted. The BOLD reference was then co-registered to the T1w reference using bbregister (FreeSurfer) which implements boundary-based registration (Greve and Fischl 2009). Co-registration was configured with six degrees of freedom. Head-motion parameters with respect to the BOLD reference (transformation matrices, and six corresponding rotation and translation parameters) are estimated before any spatiotemporal filtering using mcflirt (FSL 5.0.9, Jenkinson et al. 2002). BOLD runs were slice-time corrected using 3dTshift from AFNI 20160207 (Cox and Hyde 1997, RRID:SCR_005927). The BOLD time-series were resampled onto the following surfaces (FreeSurfer reconstruction nomenclature): fsnative, fsaverage. The BOLD time-series (including slice-timing correction when applied) were resampled onto their original, native space by applying the transforms to correct for head-motion. These resampled BOLD time-series will be referred to as preprocessed BOLD in original space, or just preprocessed BOLD. The BOLD time-series were resampled into standard space, generating a preprocessed BOLD run in MNI152NLin6Asym space. First, a reference volume and its skullstripped version were generated using a custom methodology of fMRIPrep .

MNI152NLin6Asym

In this analysis, a 128 s high pass filter was applied to the data, and six realignment parameters as well as white matter and cerebrospinal fluid signals derived by fMRIPrep were added to the design matrix as confounds.
None

Statistical modeling & inference

Model type and settings
Task-evoked activation was quantified using a generalized linear model (GLM) in which task events were convolved with a canonical hemodynamic response function as implemented in SPM8. In this analysis, a 128 s high pass filter was applied to the data, and six realignment parameters as well as white matter and cerebrospinal fluid signals derived by fMRIPrep were added to the design matrix as confounds.
Area of acquisition
Diffusion MRI Used
To quantify task-based functional connectivity, we computed psychophysiological interactions (PPI) between pairs of regions belonging to the same circuit. For each region in each circuit (PPI seed), we calculated the first eigenvariate of that region’s time series and fit a whole-brain first-level GLM as described above, which consisted of the psychological variable (task contrast of interest), physiological variable (region time course), and the interaction between psychological and physiological variables (PPI effect of interest). Then, we computed the average PPI effect of interest in specific regions belonging to the same circuit in accordance with our hypothesized model of circuit dysfunction (PPI targets). To account for the fact that regions were used once as PPI targets and once as PPI seeds in this calculation, we averaged these results, yielding a single PPI value for each connection.
Effect(s) tested
Specific contrasts of interest were computed for each task and circuit as follows: 1) negative affect circuit: sad > neutral conscious faces; 2) negative affect circuit: threat > neutral conscious faces; 3) negative affect circuit: threat > neutral nonconscious faces; 4) positive affect circuit: happy > neutral conscious faces; 5) cognitive control circuit: NoGo > Go trials. Measures of activation for each region of each circuit were obtained by extracting the average value of the contrast of interest.
Specify type of analysis: Whole brain
ROI-based Both
The regions of interest that comprise each circuit were defined from the meta-analytic database Neurosynth (Yarkoni et al., 2011) and then refined by removing regions that did not pass quality control
Anatomical location(s) or for which circuit quantification did not meet a set of psychometric criteria, such as construct validity, internal consistency, and independence. Of the remaining regions, we only retained those which were also implicated in our theoretical synthesis of dysfunctions in depression and anxiety, for a final set of 29 regions of interest (Goldstein-Piekarski et al., 2021; Williams, 2016b).
Statistic type for inference
None.
(See Eklund et al. 2016)
Correction
None.
Models & analysis
n/a Involved in the study
X Functional and/or effective connectivity
X Graph analysis
X Multivariate modeling or predictive analysis
Functional and/or effective connectivity
To quantify task-based functional connectivity, we computed psychophysiological interactions (PPI) between pairs of regions belonging to the same circuit. For each region in each circuit (PPI seed), we calculated the first eigenvariate of that region’s time series and fit a whole-brain first-level GLM as described above, which consisted of the psychological variable (task contrast of interest), physiological variable (region time course), and the interaction between psychological and physiological variables (PPI effect of interest). Then, we computed the average PPI effect of interest in specific regions belonging to the same circuit in accordance with our hypothesized model of circuit dysfunction (PPI targets) (Figure 1). To account for the fact that regions were used once as PPI targets and once as PPI seeds in this calculation, we averaged these results, yielding a single PPI value for each connection.

  1. (A) Check for updates
  2. so that 0 would represent minimum severity/dysfunction and 1 maximum severity/dysfunction. The column ‘Severity after treatment’ shows differences in symptom severity posttreatment (that is, lower values correspond to better treatment response). Comparisons on severity after treatment were conducted only for biotype/treatment combinations having , so only those are shown. We used the biotype nomenclature used previously. The subscript x indicates that the sixth biotype is not differentiated by a prominent circuit dysfunction relative to other biotypes. Besides this nomenclature, we suggest a short plainEnglish description for each biotype (in quotes), which connects them with our theoretically synthesized biotypes (as shown in Fig. 3).