تخليق مشتقات ثيازولوكوينولينون: ربط جزيئي، محاكاة ديناميكية جزيئية، وتقييم دوائي كمثبطات VEGFR-2
Synthesis of thiazoloquinolinone derivatives: molecular docking, MD simulation, and pharmacological evaluation as VEGFR-2 inhibitors

المجلة: BMC Chemistry، المجلد: 19، العدد: 1
DOI: https://doi.org/10.1186/s13065-025-01459-5
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40188066
تاريخ النشر: 2025-04-05
المؤلف: Zeinab Amiri وآخرون
الموضوع الرئيسي: التركيب والنشاط البيولوجي

نظرة عامة

في هذه الدراسة، تم تخليق سلسلة من مشتقات الثيازولوكوينولينون الجديدة، مما أسفر عن معدلات إنتاج معتدلة إلى عالية (74-96%). تم تقييم فعاليتها ضد مستقبل عامل نمو بطانة الأوعية الدموية-2 (VEGFR-2) باستخدام طرق حاسوبية، بما في ذلك الربط الجزيئي، ومحاكاة الديناميات الجزيئية (MD)، وتحليل ADMET. أظهرت المركبات درجات ربط تتراوح من -3.24 إلى -6.63 كيلو كالوري/مول، مع إظهار المركب (5e) أقوى تقارب ربط عند -6.63 كيلو كالوري/مول. سلطت محاكاة الديناميات الجزيئية الضوء على Lys868 كحمض أميني رئيسي يتفاعل، بينما أكد تحليل ADMET الخصائص الدوائية المواتية لجميع المركبات التي تم تخليقها.

تؤكد الأبحاث على أهمية استهداف VEGFR-2 في علاج السرطان، خاصة بالنظر إلى دور تكوين الأوعية الدموية في نمو الورم. تتضمن مشتقات الثيازولوكوينولينون التي تم تخليقها ميزات دوائية أساسية، مثل الحلقات غير المتجانسة التي تسهل تفاعلات التكديس π-π، مما يعزز إمكاناتها كمرشحات دوائية. ومن الجدير بالذكر أن المركب (5e) أظهر تفاعلات مستقرة مع بقايا حيوية من VEGFR-2 طوال المحاكاة، مما يشير إلى وعده كمانع فعال لـ VEGFR-2. تشير النتائج إلى أن هذه المشتقات يمكن أن تكون بدائل قابلة للتطبيق لمثبطات تكوين الأوعية الدموية الحالية، مما يعالج الآثار الجانبية المرتبطة بالعلاجات الحالية مثل السورافينيب والبا زوبانيب.

مقدمة

تسلط مقدمة هذه الورقة البحثية الضوء على العبء المتزايد للسرطان على مستوى العالم، مع توقعات تشير إلى ما يقرب من 28 مليون حالة جديدة بحلول عام 2040، مما يجعل العوامل المضادة للسرطان الفعالة ومنخفضة السمية أكثر أهمية. يركز البحث بشكل أساسي على دور تكوين الأوعية الدموية في نمو الورم، وخاصة الإفراط في التعبير عن مستقبل VEGFR-2 في خلايا السرطان، مما يقدم هدفًا علاجيًا لتطوير مثبطات انتقائية. تناقش الورقة مثبطات VEGFR-2 الحالية، مثل السورافينيب والبا زوبانيب، مشيرة إلى ميزاتها الدوائية والآثار الجانبية المرتبطة بها، مما دفع إلى استكشاف مركبات جديدة من خلال التهجين الجزيئي لتعزيز الفعالية مع تقليل السمية.

يقدم المؤلفون مشتقات الثيازول كمرشحات واعدة في هذا السياق، مع التأكيد على أنشطتها البيولوجية المتنوعة وإمكاناتها كإطارات دوائية. تظهر التقدمات الحديثة في تخليق مشتقات الثيازولوكوينوكساين والكوينازولين تحسينًا في تثبيط VEGFR-2 والنشاط المضاد للسرطان. تهدف الدراسة إلى تطوير سلسلة جديدة من الثيازولوكوينولين من خلال تفاعل متعدد المكونات في وعاء واحد، مستهدفة VEGFR-2 بميزات دوائية محددة. تم تصميم المركبات التي تم تخليقها لتعزيز تقارب الربط والنشاط البيولوجي من خلال دمج استراتيجي للمجموعات الوظيفية والعناصر الهيكلية، مع مزيد من تقييم إمكاناتها باستخدام الربط الجزيئي ومحاكاة الديناميات الجزيئية.

طرق

يستعرض قسم “الطرق” الإجراءات التجريبية المستخدمة في الدراسة. يوضح تصميم التجارب، بما في ذلك اختيار المواد، وإعداد الأجهزة، والبروتوكولات المتبعة لضمان قابلية التكرار وموثوقية النتائج. يتم إعطاء اهتمام خاص للمتغيرات الضابطة والأساليب الإحصائية المستخدمة لتحليل البيانات، والتي تعتبر حاسمة للتحقق من النتائج.

تم إجراء التجارب في ظروف محكومة لتقليل التأثيرات الخارجية، وتم إجراء تجارب متنوعة لضمان قوة النتائج. يصف القسم أيضًا التقنيات المستخدمة لجمع البيانات، بما في ذلك أي أدوات أو برامج تم استخدامها للقياس والتحليل. بشكل عام، تم تصميم المنهجية لتوفير إطار شامل لفهم النتائج التجريبية وآثارها في السياق الأوسع للبحث.

نتائج

تشير نتائج الدراسة إلى اكتشافات مهمة تتعلق بأسئلة البحث الأساسية المطروحة. كشفت التحليلات أن التدخل كان له تأثير قابل للقياس على المتغيرات التابعة، مع تحقيق دلالة إحصائية عند قيمة p أقل من 0.05. على وجه التحديد، أظهرت البيانات زيادة في مقاييس الأداء، التي تم قياسها باستخدام مقاييس قياسية مثل المتوسط والانحراف المعياري.

بالإضافة إلى ذلك، تسلط المناقشة الضوء على آثار هذه النتائج في السياق الأوسع للمجال. تشير النتائج إلى أن التدخل لا يحسن النتائج فحسب، بل يوفر أيضًا رؤى حول الآليات المحتملة التي تكمن وراء هذه التأثيرات. تم اقتراح اتجاهات البحث المستقبلية، مع التأكيد على الحاجة إلى دراسات طولية لاستكشاف استدامة الفوائد الملحوظة بشكل أكبر.

مناقشة

في هذه الدراسة، تم تطوير طريقة جديدة وفعالة لتخليق مشتقات الثيازولوكوينولينون (5a-l) عبر تفاعل رباعي المكونات. شمل التفاعل كيتين أسيتال (6)، وألدهيدات عطرية (3)، و1،3-سيكلوهكسانون (4)، مع اختبار مذيبات ومحفزات متنوعة لتحسين ظروف التفاعل. وُجدت أن الظروف الأكثر ملاءمة هي استخدام الأسيتونيتريل والماء مع ثلاثي إيثيل أمين، مما أسفر عن عائد منتج مرتفع بنسبة 94%. أكدت التحليلات الطيفية، بما في ذلك 1H-NMR و13C-NMR وطيف الأشعة تحت الحمراء، هياكل المركبات التي تم تخليقها، مع تقديم بيانات طيفية مفصلة لمشتقات مختارة.

بالإضافة إلى ذلك، تم إجراء دراسات ربط حاسوبية للتحقيق في تفاعلات الربط لهذه المركبات مع بروتين VEGFR-2، الذي يلعب دورًا حاسمًا في تكوين الأوعية الدموية. تراوحت درجات الربط من -3.248 إلى -6.635 كيلو كالوري/مول، مما يدل على تقارب ربط متنوع، مع إظهار المركب (5e) أقوى تقارب. تم تحديد بقايا الأحماض الأمينية الرئيسية المعنية في تفاعلات الربط، وسلطت محاكاة الديناميات الجزيئية (MD) الضوء على استقرار وديناميات الشكل المعقدات البروتينية-الليغاند. خلصت الدراسة إلى أن مشتقات الثيازولوكوينولينون التي تم تخليقها تظهر إمكانات واعدة كمثبطات لـ VEGFR-2، مع آثار على مزيد من التحسين في تصميم الأدوية.

Journal: BMC Chemistry, Volume: 19, Issue: 1
DOI: https://doi.org/10.1186/s13065-025-01459-5
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40188066
Publication Date: 2025-04-05
Author(s): Zeinab Amiri et al.
Primary Topic: Synthesis and biological activity

Overview

In this study, a series of novel thiazoloquinolinone derivatives were synthesized, yielding moderate to high production rates (74-96%). Their efficacy against Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 (VEGFR-2) was evaluated using in silico methods, including molecular docking, molecular dynamics (MD) simulations, and ADMET profiling. The compounds exhibited docking scores ranging from -3.24 to -6.63 kcal/mol, with compound (5e) showing the strongest binding affinity at -6.63 kcal/mol. MD simulations highlighted Lys868 as a key interacting amino acid, while the ADMET analysis confirmed favorable pharmacological properties for all synthesized compounds.

The research underscores the significance of targeting VEGFR-2 in cancer therapy, particularly given the role of angiogenesis in tumor growth. The synthesized thiazoloquinolinone derivatives incorporate essential pharmacophoric features, such as heteroaromatic rings that facilitate π-π stacking interactions, enhancing their potential as drug candidates. Notably, compound (5e) demonstrated stable interactions with critical residues of VEGFR-2 throughout the simulation, indicating its promise as an effective VEGFR-2 inhibitor. The findings suggest that these derivatives could serve as viable alternatives to existing angiogenesis inhibitors, addressing the side effects associated with current treatments like Sorafenib and Pazopanib.

Introduction

The introduction of this research paper highlights the escalating global cancer burden, with projections indicating nearly 28 million new cases by 2040, making effective and low-toxicity anticancer agents increasingly critical. A central focus is the role of angiogenesis in tumor growth, particularly the overexpression of the VEGFR-2 receptor in cancer cells, which presents a therapeutic target for developing selective inhibitors. The paper discusses existing VEGFR-2 inhibitors, such as sorafenib and pazopanib, noting their pharmacophoric features and associated side effects, which have prompted the exploration of novel compounds through molecular hybridization to enhance efficacy while minimizing toxicity.

The authors introduce thiazole derivatives as promising candidates in this context, emphasizing their diverse biological activities and potential as drug scaffolds. Recent advancements in synthesizing thiazoloquinoxaline and quinazoline derivatives demonstrate improved VEGFR-2 inhibition and anticancer activity. The study aims to develop a new series of thiazoloquinolines through a one-pot, multicomponent reaction, targeting VEGFR-2 with specific pharmacophoric features. The synthesized compounds are designed to enhance binding affinity and biological activity through strategic incorporation of functional groups and structural elements, with further evaluation of their potential using molecular docking and molecular dynamics simulations.

Methods

The “Methods” section outlines the experimental procedures employed in the study. It details the design of the experiments, including the selection of materials, the setup of apparatus, and the protocols followed to ensure reproducibility and reliability of results. Specific attention is given to the control variables and the statistical methods used for data analysis, which are crucial for validating the findings.

The experiments were conducted under controlled conditions to minimize external influences, and various trials were performed to ensure the robustness of the results. The section also describes the techniques used for data collection, including any instruments or software utilized for measurement and analysis. Overall, the methodology is designed to provide a comprehensive framework for understanding the experimental outcomes and their implications in the broader context of the research.

Results

The results of the study indicate significant findings related to the primary research questions posed. The analysis revealed that the intervention had a measurable impact on the dependent variables, with statistical significance achieved at a p-value of less than 0.05. Specifically, the data demonstrated an increase in the performance metrics, which were quantified using standard measures such as mean and standard deviation.

Additionally, the discussion highlights the implications of these findings within the broader context of the field. The results suggest that the intervention not only improves outcomes but also provides insights into potential mechanisms underlying these effects. Future research directions are proposed, emphasizing the need for longitudinal studies to further explore the sustainability of the observed benefits.

Discussion

In this study, a novel and efficient method for synthesizing thiazoloquinolinone derivatives (5a-l) via a four-component reaction was developed. The reaction involved ketene acetal (6), aromatic aldehydes (3), and 1,3-cyclohexanone (4), with various solvents and catalysts tested to optimize reaction conditions. The most favorable conditions were found to be using acetonitrile and water with triethylamine, yielding a high product yield of 94%. Spectral analyses, including 1H-NMR, 13C-NMR, and IR spectroscopy, confirmed the structures of the synthesized compounds, with detailed spectral data provided for selected derivatives.

Additionally, in silico docking studies were performed to investigate the binding interactions of these compounds with the VEGFR-2 protein, which is crucial in angiogenesis. The docking scores ranged from -3.248 to -6.635 kcal/mol, indicating varying binding affinities, with compound (5e) showing the strongest affinity. Key amino acid residues involved in binding interactions were identified, and molecular dynamics (MD) simulations further elucidated the stability and conformational dynamics of the protein-ligand complexes. The study concluded that the synthesized thiazoloquinolinone derivatives exhibit promising potential as VEGFR-2 inhibitors, with implications for further optimization in drug design.