الأبحاث في مجلة: BMC Genomics
-
GenVarLoader: محمل بيانات معجل لتطبيق التعلم العميق على الجينوميات الشخصية
2026 | المؤلف: David Laub وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على قيود نماذج تسلسل التعلم العميق (DL) في الجينوميات الشخصية، لا سيما فيما يتعلق بالمتطلبات الحاسوبية لإدارة مجموعات البيانات الكبيرة لتوقع تأثير المتغيرات. للتغلب على هذه التحديات، يقدم المؤلفون GenVarLoader، وهو تنسيق تخزين بيانات جديد يعتمد على الذاكرة، يعزز من محلية البيانات، مما يؤدي إلى زيادة سرعة الإنتاجية بأكثر من 1,000 مرة…
-
أنماط التواجد المشترك على مستوى الجينوم تربط العناصر الجينية المتنقلة ومقاومة المضادات الحيوية وأنظمة الدفاع في بكتيريا الزائفة الزنجارية
2026 | المؤلف: Samara T. Choudhury وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث الدراسة في العوامل الجينية التي تسهم في النجاح الممرض لـ *Pseudomonas aeruginosa*، وهو مصدر قلق كبير للصحة العامة بسبب سلالاته المقاومة المتعددة للأدوية واستمراريته في البيئات الطبية. من خلال تحليل مجموعة بيانات تضم 1,045 جينومًا كاملاً، تحدد الدراسة مجموعة متنوعة من العناصر الجينية المتنقلة (MGEs)، بما في ذلك 173 بلازميد، 745 عنصر تكاملي وتزاوج…
-
تكشف الميتوجينوميات المقارنة عن المحركات التطورية للديدان الخيطية من نوع Strongyloidea التي تعيش في الجهاز الهضمي
2025 | المؤلف: Junyan Li وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تبحث الدراسة في الجينوم الميتوكوندري للسوبر عائلة سترونجيلايد، وهي مجموعة هامة من الطفيليات المعوية التي تؤثر على المجترات والماشية. هذه الدراسة هي الأولى من نوعها التي تعيد بناء النشوء والتطور للسترونجيلايد وتفحص ديناميات الاختيار الخاصة بالموائل عبر موائل معوية مختلفة، وهي الكرش، الأمعاء الدقيقة، والأمعاء الغليظة. تكشف النتائج عن تجمعات نشوء قوية بين الأنواع، تتميز…
-
تحليل RNA-seq يحدد الجينات الرئيسية التي تعزز قوة الحافر لتحمل السباقات بدون حوافر في الخيول من سلالة ستاندردبريد
2025 | المؤلف: Doreen Schwochow وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: فرسي (Equine)تبحث الدراسة في الأساس الجيني لقوة الحافر في الخيول من نوع ستاندردبريد القادرة على السباق بدون حوافر، وهي ممارسة شائعة في صناعة سباقات الحبال السويدية. يعتمد المدربون غالبًا على الخبرة بدلاً من القياسات الموضوعية لتحديد ملاءمة الحصان للسباق بدون حوافر، مما قد يؤدي إلى مخاوف تتعلق بالرفاهية بسبب تآكل الحافر المفرط. لتقديم تقييم موضوعي، استخدمت…
-
تقييم نماذج خلايا الأساس لتوقع RNA-seq بعد الاضطراب
2025 | المؤلف: Gerold Csendes وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يؤكد المؤلفون على الحاجة الملحة للتنبؤات الدقيقة للاستجابات الخلوية للت perturbations لتعزيز فهمنا لسلوك الخلايا في حالات مختلفة. يشيرون إلى ندرة بيانات الاضطراب مقارنة ببيانات الخلايا الأساسية، مما أدى إلى تطوير نماذج خلوية أساسية تستخدم بيانات التعبير الجيني على مستوى الخلية الواحدة على نطاق واسع. هذه النماذج، بما في ذلك scGPT و…
-
scAMZI: مشفر تلقائي عميق قائم على الانتباه مع طبقة مضخمة للصفر لتجميع بيانات scRNA-seq
2025 | المؤلف: Lin Yuan وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نموذج تعلم عميق جديد، scAMZI، مصمم لتجميع بيانات تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq). يدمج هذا النموذج وحدة انتباه بسيطة (SimAM)، ومشفّر تلقائي، ونموذج سالب ثنائي متضخم بالصفر (ZINB)، بالإضافة إلى طبقة متضخمة بالصفر (ZI) للتعامل بفعالية مع التحديات المرتبطة ببيانات scRNA-seq، مثل أحداث التسرب والحاجة إلى دمج مرن للميزات الخلوية والعلاقات بين الخلايا.…
-
تحليل النسخ الجيني المقارن يكشف عن اختلافات في الاستجابات المناعية لأيونات النحاس في Sepia esculenta تحت ظروف درجات الحرارة العالية
2025 | المؤلف: Yancheng Zhao وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)تدرس الدراسة الاستجابات المناعية ليرقات *Sepia esculenta* لتعرضها للنحاس (Cu) تحت ظروف درجات حرارة متغيرة، باستخدام تقنيات النسخ الجيني. تشير النتائج إلى أن اليرقات المعرضة لكل من النحاس ودرجات الحرارة المرتفعة (مجموعة CuT) أظهرت زيادة ملحوظة في إثراء جينات عائلة ناقلات المحاليل (SLC) والجينات المرتبطة بتكرار الحمض النووي والتلف مقارنة بتلك المعرضة للنحاس فقط. سلط…
-
تحليلات GWAS ونسخ الجينوم تكشف أن ZmGRAS15 ينظم تحمل الجفاف وإطالة الجذور في الذرة
2025 | المؤلف: Dongmei Wang وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علوم النبات (Plant Science)تبحث هذه الدراسة في الآليات الجزيئية لتحمل الجفاف في الذرة، وهو عامل حاسم لنموها وتطورها تحت الضغط غير الحيوي. تستخدم الدراسة نموذجًا خطيًا مختلطًا (MLM) على 362 خطًا من الذرة، حيث تم تحديد 40 موضعًا مرتبطًا و150 جينًا مرشحًا مرتبطًا بمعدلات البقاء تحت ظروف الجفاف. بالإضافة إلى ذلك، كشفت تحليل النسخ الجيني لخطوط تحمل الجفاف…
-
الآليات التي تفسر تكيف الطحالب الكبيرة (Saccharina japonica) مع درجات حرارة مياه البحر المرتفعة نسبيًا
2025 | المؤلف: Li Guo وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: علم المحيطات (Oceanography)تظهر الأبحاث حول *Saccharina japonica*، وهي نوع من الطحالب البحرية المزروعة في الصين منذ ما يقرب من قرن، تكيّفات كبيرة مع ارتفاع درجات حرارة مياه البحر، التي زادت بمقدار 14 درجة مئوية و8 درجات مئوية في المناطق الشمالية والجنوبية على التوالي. للتحقيق في الآليات الأساسية لهذا التكيف، قامت الدراسة بتسلسل الجينومات لكل من الأمشاج الأنثوية…
-
استراتيجيات جينومية لتسهيل التربية لزيادة محتوى β-غلوكان في الشوفان (Avena sativa L.)
2025 | المؤلف: Sumandeep K. Bazzer وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)تبحث الدراسة في السيطرة الجينية على محتوى β-glucan في الشوفان سداسي الصبغيات (Avena sativa L.)، وهو محصول حبوب معروف بفوائده الصحية، خاصة في الوقاية من الأمراض القلبية الوعائية. باستخدام دراسة ارتباط على مستوى الجينوم (GWAS) على 1,230 خط تربية من برنامج تربية الشوفان في جامعة ولاية داكوتا الجنوبية، حددت الدراسة مواقع جينية مهمة مرتبطة بمحتوى…