الأبحاث في مجلة: Genome biology
-
المراقبة الجينومية لمياه الصرف الصحي لفيروس SARS-CoV-2: الأساليب والتحديات والفرص
2026 | المؤلف: Viorel Munteanu وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: الأمراض المعدية (Infectious Diseases)لقد ظهرت المراقبة الجينومية المستندة إلى مياه الصرف الصحي (WWGS) كأداة قيمة لمراقبة SARS-CoV-2 وغيرها من مسببات الأمراض الفيروسية في المجتمعات، مما يسهل التعرف السريع على الطفرات المعروفة والجديدة، بالإضافة إلى تقديم رؤى حول السلالات الفيروسية المتداولة. ومع ذلك، فإن تنفيذ WWGS يواجه تحديات تتعلق بمعالجة العينات والتحليل الحسابي، لا سيما في تمييز السلالات المرتبطة…
-
تقييم القوة التمثيلية لنماذج اللغة المعتمدة على الحمض النووي المدربة مسبقًا في علم الجينوم التنظيمي
2025 | المؤلف: Ziqi Tang وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم ظهور نماذج اللغة الجينومية (gLMs) طريقة جديدة وغير خاضعة للإشراف لتعلم الأنماط التنظيمية الجينية في الجينوم غير المشفر، متجاوزًا الحاجة إلى تسميات النشاط الوظيفي من البيانات التجريبية. على الرغم من الدراسات السابقة التي تشير إلى أن نماذج gLM المدربة مسبقًا يمكن أن تعزز الأداء التنبؤي في علم الجينوم التنظيمي، فإن هذا البحث يقيم قدرتها…
-
تعديلات الملقحات الميكروبية للميكروبيوم الجذري، وتخفيف استجابات الإجهاد النباتي، وتعزيز نمو الذرة على نطاق الحقل
2025 | المؤلف: Davide Francioli وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علوم النبات (Plant Science)تبحث الدراسة في تأثير مجموعة من الميكروبات المفيدة (BMc) على نمو الذرة (Zea mays cv. Benedictio) تحت ممارسات زراعية وظروف بيئية متغيرة، مع التركيز بشكل خاص على إجهاد الجفاف. تكشف الدراسة، التي أجريت ضمن تجربة حقلية طويلة الأمد، أن تلقيح BMc يعزز بشكل كبير نمو النبات وملاءمته من خلال تحسين امتصاص الحديد، وهو أمر أساسي…
-
علم النسخ الزمني المكاني يكشف عن تنظيم الجينات الرئيسية لعائد الحبوب وجودتها في القمح
2025 | المؤلف: Xiaohui Li وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علوم النبات (Plant Science)تقدم هذه الورقة البحثية دراسة عن النسخ الجزيئي المكاني تركز على المراحل المبكرة من تطوير حبة القمح، تحديدًا من 4 إلى 12 يومًا بعد التلقيح. يصنف المؤلفون الحبة إلى عشرة أنواع خلايا متميزة ويحددون 192 جينًا علامة مرتبطة بهذه الأنواع. من خلال تحليل شبكة التعبير الجيني الموزون (WGCNA)، يكشفون أن الجينات ذات مستويات التعبير العالية…
-
تصفية الخلايا ذات المحتوى الميتوكوندري العالي تستنفد تجمعات الخلايا الخبيثة المتغيرة الأيضية القابلة للحياة في دراسات الخلايا المفردة للسرطان
2025 | المؤلف: Josephine Yates وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث ورقة البحث في تداعيات ممارسات التصفية في تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq) للخلايا الخبيثة، مع التركيز بشكل خاص على نسبة عدد RNA الميتوكوندريا (pctMT). قد تستبعد عتبات التصفية التقليدية، التي تم تحديدها من دراسات على الأنسجة الصحية، عن غير قصد الخلايا الخبيثة التي تظهر نسبة أعلى من pctMT الأساسية بسبب خصائصها البيولوجية الفطرية. من…
-
catGRANULE 2.0: توقعات دقيقة لبروتينات فصل الطور السائل-السائل بدقة الأحماض الأمينية الفردية
2025 | المؤلف: Michele Monti وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث cat-GRANULE 2.0 ROBOT، وهو خوارزمية متقدمة مصممة للتنبؤ بفصل الطور السائل-السائل (LLPS) بدقة على مستوى الأحماض الأمينية الفردية من خلال دمج الخصائص الفيزيائية الكيميائية مع الميزات الهيكلية المستمدة من AlphaFold. تُظهر هذه الطريقة دقة عالية في تقييم تأثير الطفرات المحددة على ميل LLPS، مما يعزز فهمنا للآليات الكامنة وراء LLPS وآثارها في التنظيم…
-
إطار تفاعل جديد بين المحلل والمستغل لتحلل بقايا النباتات بواسطة الميكروبات
2025 | المؤلف: Youzhi Miao وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: التلوث (Pollution)تبحث الدراسة في التحلل الميكروبي لمخلفات النباتات، وهي عملية حيوية في دورة الكربون العضوي في التربة، مع التركيز على أدوار الفطريات والبكتيريا. تكشف الدراسة أنه مع زيادة تعقيد مخلفات النباتات، تظهر الفطريات قدرة أكبر على التكيف، بينما تنخفض ثراء البكتيريا. يتأثر هذا التطور التفاضلي بتعقيد المخلفات، حيث تتطور الفطريات لتعزيز عمليات التحلل وتعمل كمحللات رئيسية،…
-
MaveDB 2024: قاعدة بيانات مجتمعية مُنسقة تحتوي على أكثر من سبعة ملايين تأثير متغير من اختبارات وظيفية متعددة.
2025 | المؤلف: Alan F. Rubin وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الوراثة (Genetics)تحديث 2024 لـ MaveDB، وهو مورد محوري للاختبارات المتعددة لتأثير المتغيرات (MAVEs)، يقدم تحسينات كبيرة تهدف إلى تحسين الوصول إلى بيانات المتغيرات الجينية واستخدامها. تشمل التطورات الرئيسية دمج أكثر من 7 ملايين قياس لتأثير المتغيرات، ونموذج بيانات مطور يستوعب أنواع الاختبارات المختلفة مثل تحرير الجينوم المشبع، وتقديم أدوات جديدة للاستكشاف والتصور. بالإضافة إلى ذلك، تم…
-
حلقة تغذية راجعة مدفوعة بتعديل H3K9 اللاكتيل وHDAC2 في الخلايا البطانية تنظم تكوين الأوعية الدموية المستحث بواسطة VEGF
2024 | المؤلف: Wei Fan وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول هذا القسم من ورقة البحث دور عامل نمو البطانة الوعائية (VEGF) في تعزيز تكوين الأوعية الدموية من خلال آلية تغذية راجعة تتضمن اللاكتيل H3K9 (H3K9la) وإزالة الأسيتيل الهيستون 2 (HDAC2) في خلايا البطانة. تكشف الدراسة أن تحفيز VEGF يؤدي إلى زيادة مستويات H3K9la، والتي ترتبط بزيادة النشاط الجليكولي والتراكم اللاكتاتي. أظهر تثبيط الجليكوليز باستخدام…
