الأبحاث في مجلة: Journal of Cheminformatics
-
المحولات لتوقع خصائص الجزيئات: تحسين الأداء بكفاءة من خلال التكيف مع المجال
2026 | المؤلف: Afnan Sultan وآخرون | المجلة: Journal of Cheminformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)في السنوات الأخيرة، أصبحت نماذج المحولات الجزيئية أدوات أساسية في اكتشاف الأدوية، حيث تم تدريبها مسبقًا على مجموعات بيانات واسعة مثل ZINC وChEMBL. تقيّم هذه الدراسة فعالية هذا التدريب المسبق في توقع خصائص الجزيئات وتحدد القيود في المنهجيات الحالية. تكشف النتائج أن زيادة حجم مجموعة بيانات التدريب المسبق إلى ما يتجاوز حوالي 400K-800K جزيء لا…
-
اختيار الخوارزميات المعتمدة على التضمين الجزيئي في ربط البروتين-الليغاند
2026 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Journal of Cheminformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم هذا القسم MolAS، وهو نموذج خفيف الوزن لاختيار الخوارزميات مصمم لتعزيز أداء خوارزميات الربط في علم الأحياء الحاسوبي. يستخدم تمثيلات مسبقة التدريب للبروتينات والليغاندات، ويستخدم تجميع الانتباه ومفكك ارتباط سطحي للتنبؤ بفعالية خوارزميات الربط المختلفة. مع مجموعة بيانات تدريب تتكون من مئات إلى بضعة آلاف من المجمعات المعلّمة، يظهر MolAS تحسينًا كبيرًا في الأداء،…
-
PROTAC-Splitter: إطار تعلم آلي للتعرف التلقائي على الهياكل الفرعية لـ PROTAC
2026 | المؤلف: Stefano Ribes وآخرون | المجلة: Journal of Cheminformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث PROTAC-Splitter، وهو إطار عمل للتعلم الآلي يهدف إلى أتمتة توضيح الشيميرات المستهدفة للبروتينات (PROTACs)، وهي جزيئات معقدة تتكون من ربيطة E3 ليغاز، ووصلة، ورأس حربي. يتم معالجة تحدي تحديد هذه المكونات بدقة من خلال إنشاء مجموعة بيانات صناعية تحتوي على حوالي 1.3 مليون هيكل PROTAC مع هياكل فرعية موضحة، والتي تم جعلها متاحة…
-
دمج الذكاء الاصطناعي والتنظيم اليدوي لتعزيز تعليقات الاختبار الحيوي في ChEMBL
2026 | المؤلف: Ines Šmit وآخرون | المجلة: Journal of Cheminformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تتناول ورقة البحث التقدمات في التعليق وتصنيف الاختبارات الحيوية داخل قاعدة بيانات ChEMBL، مع التأكيد على أهمية توحيد بيانات الاختبار لتعزيز فائدتها في الكيمياء المعلوماتية وتطبيقات التعلم الآلي. يوضح المؤلفون جهودهم لتحسين تعليقات الاختبارات الحيوية من خلال مزيج من الترتيب اليدوي والتقنيات المدفوعة بالذكاء الاصطناعي، بما في ذلك تقديم نموذج “وصف اختبار مثالي”. يستخدمون معالجة…
-
xBitterT5: إطار عمل قابل للتفسير يعتمد على المحولات مع مدخلات متعددة الأنماط لتحديد الببتيدات ذات الطعم المر
2025 | المؤلف: Nguyen Doan Hieu Nguyen وآخرون | المجلة: Journal of Cheminformatics | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)تقدم البحث xBitterT5، وهو إطار عمل متعدد الوسائط مصمم لتحديد الببتيدات المريرة (BPs) المستمدة من تحلل البروتين. يدمج هذا الإطار تمثيلات تحويل مسبقة التدريب من BioT5+ مع كل من تسلسلات الببتيد وتمثيلاتها الجزيئية SELFIES. من خلال الاستفادة من هذا النهج ثنائي الوسائط، يعزز xBitterT5 بشكل كبير دقة تحديد BPs مقارنة بالطرق التقليدية، التي غالبًا ما…