الأبحاث في مجلة: Nucleic Acids Research
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
منصة جالاكسي للتحليلات البيانية القابلة للوصول، القابلة للتكرار، والتعاونية: تحديث 2024
2024 | المؤلف: Linelle Ann L Abueg وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: نظم المعلومات والإدارة (Information Systems and Management)يسهل مشروع جالاكسي، المتاح عالميًا من خلال خدمات مجانية الاستخدام، البحث المدفوع من قبل المستخدمين من خلال توفير منصة مستقرة مع أدوات ومجموعات بيانات متنوعة، بالإضافة إلى التدريب والدعم لتحليل البيانات المعقدة. لقد حسنت التحسينات الأخيرة، التي تم توجيهها بواسطة مبادئ تصميم تجربة المستخدم (UXD)، من إمكانية الوصول واكتشاف الأدوات، لا سيما من خلال نطاقات…
-
RING 4.0: شبكات تفاعل بقايا أسرع مع أنواع تفاعل جديدة عبر أكثر من 35,000 هيكل كيميائي مختلف
2024 | المؤلف: Alessio Del Conte وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول القسم التقدم في إطار شبكة تفاعل البقايا (RIN)، مع التركيز بشكل خاص على إصدار RING 4.0، وهو خادم ويب مصمم لتحليل التفاعلات غير التساهمية والتساهمية في هياكل البروتين. يقدم RING 4.0 تحسينات كبيرة، بما في ذلك تحديد سبعة أنواع من التفاعلات، مثل الروابط الهيدروجينية π، وروابط الهالوجين، ومواقع تنسيق أيونات المعادن. يستخدم البرنامج الآن…