الأبحاث في مجلة: Nucleic Acids Research
-
مجرة لتحليل البيانات بشكل متاح وقابل للتكرار وتعاوني: تحديث 2026
2026 | المؤلف: The Galaxy Community وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: نظم المعلومات والإدارة (Information Systems and Management)تعتبر منصة جالاكسي، التي دخلت الآن عقدها الثالث، مصدرًا عالميًا يمكن الوصول إليه وموجهًا من قبل المجتمع لتحليل البيانات القابل للتكرار والتعاوني. مع قاعدة مستخدمين تتجاوز 650,000 وخوادم عامة رئيسية تدير حوالي 2 مليون وظيفة تحليل شهريًا من حوالي 20,000 مستخدم، شهدت جالاكسي تحديثات كبيرة لتعزيز قابلية الاستخدام وقابلية التوسع. تشمل التحديثات الرئيسية واجهة تاريخ…
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
إصدار GTDB 10: تصنيف كامل ومنهجي لـ 715,230 جينوم بكتيري و17,245 جينوم أثري
2025 | المؤلف: Donovan H. Parks وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات تصنيف الجينوم (GTDB) تقدم تصنيفًا متسقًا من الناحية النشوء والتطور ومعدلًا موحدًا للجينومات بدائية النواة، باستخدام بيانات من قاعدة بيانات تجميع NCBI. اعتبارًا من الإصدار 10 (R10-RS226)، تشمل GTDB 715,230 جينومًا بكتيريًا و17,245 جينومًا أثريًا، منظمة في 136,646 مجموعة من الأنواع البكتيرية و6,968 مجموعة من الأنواع الأثرية. تشير النتائج إلى انخفاض معدل اكتشاف…
-
PGxDB: منصة ويب تفاعلية لأبحاث علم الوراثة الدوائية
2024 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على علم الأدوية الجيني، مع التركيز على دوره في الطب الشخصي من خلال دراسة كيفية تأثير التركيب الجيني على استجابة الأدوية. يبرز الحاجة المتزايدة لأدوات فعالة لتحليل البيانات الجينية المتعلقة باستجابات الأدوية، مما أدى إلى تطوير PGxDB، وهي منصة تفاعلية قائمة على الويب مصممة لأبحاث علم الأدوية الجيني الشاملة. يسهل…
-
BFVD – مستودع كبير لهياكل البروتينات الفيروسية المتوقعة
2024 | المؤلف: Rachel Seongeun Kim وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم البيئة (Ecology)قاعدة بيانات هيكل البروتين AlphaFold (AFDB) هي مستودع شامل لهياكل البروتين المتوقعة، لكنها تفتقر إلى تغطية التسلسلات الفيروسية، مما يحد من البحث في علم الفيروسات. لسد هذه الفجوة، طور الباحثون قاعدة بيانات الفيروسات الكبيرة الرائعة (BFVD)، التي تحتوي على 351,242 هيكل بروتين تم التنبؤ به باستخدام ColabFold على ممثلي التسلسلات الفيروسية من مجموعات UniRef30. من…
-
منصة جالاكسي للتحليلات البيانية القابلة للوصول، القابلة للتكرار، والتعاونية: تحديث 2024
2024 | المؤلف: Linelle Ann L Abueg وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: نظم المعلومات والإدارة (Information Systems and Management)يسهل مشروع جالاكسي، المتاح عالميًا من خلال خدمات مجانية الاستخدام، البحث المدفوع من قبل المستخدمين من خلال توفير منصة مستقرة مع أدوات ومجموعات بيانات متنوعة، بالإضافة إلى التدريب والدعم لتحليل البيانات المعقدة. لقد حسنت التحسينات الأخيرة، التي تم توجيهها بواسطة مبادئ تصميم تجربة المستخدم (UXD)، من إمكانية الوصول واكتشاف الأدوات، لا سيما من خلال نطاقات…
-
RING 4.0: شبكات تفاعل بقايا أسرع مع أنواع تفاعل جديدة عبر أكثر من 35,000 هيكل كيميائي مختلف
2024 | المؤلف: Alessio Del Conte وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول القسم التقدم في إطار شبكة تفاعل البقايا (RIN)، مع التركيز بشكل خاص على إصدار RING 4.0، وهو خادم ويب مصمم لتحليل التفاعلات غير التساهمية والتساهمية في هياكل البروتين. يقدم RING 4.0 تحسينات كبيرة، بما في ذلك تحديد سبعة أنواع من التفاعلات، مثل الروابط الهيدروجينية π، وروابط الهالوجين، ومواقع تنسيق أيونات المعادن. يستخدم البرنامج الآن…