الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: إنزيمات
-
هيكلة موقع النشاط الإنزيمي على مستوى الذرة باستخدام RFdiffusion2
2025 | المؤلف: Woody Ahern وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة التقدم في تصميم الإنزيمات، وخاصة من خلال إدخال النموذج التوليدي العميق، RoseTTAFold diffusion 2 (RFdiffusion2). تتضمن الطرق التقليدية لتصميم الإنزيمات ترتيب مجموعات الوظائف الحفازة حول حالة انتقال التفاعل وتتطلب تحديد مواقع بقايا مسبقة، مما يحد من المرونة. بالمقابل، يسمح RFdiffusion2 بتصميم الإنزيمات مباشرة من هندسة مجموعات الوظائف دون الحاجة إلى تحديد ترتيب…
-
دوران الروابط C–C الموجهة المستقلة المدعومة بتفاعلات الأكسدة والاختزال تحت سيطرة الإنزيمات
2025 | المؤلف: Jordan Berreur وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)في هذا القسم، يناقش المؤلفون تطوير ومبادئ التشغيل لمحرك جزيئي دوار جديد مدفوع بتفاعل الأكسدة والاختزال، مع التركيز بشكل خاص على المركب ثنائي الفينيل 3a. يعمل المحرك من خلال شبكة تفاعل أكسدة واختزال دورية تسهل الدوران المستمر في اتجاه معين حول رابطة C-C أحادية. يستفيد التصميم من عمليات الأكسدة الانتقائية وعمليات الاختزال غير الانتقائية، حيث…
-
التصميم الحسابي الكامل لإنزيمات إزالة كيمب عالية الكفاءة
2025 | المؤلف: Dina Listov وآخرون | المجلة: Nature | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم البحث سير عمل حسابي جديد لتصميم إنزيمات فعالة، تستهدف بشكل خاص طيات TIM-barrel، التي واجهت تقليديًا تحديات في تحقيق معدلات تحفيزية مقارنة بالإنزيمات الطبيعية. كانت التصاميم الحسابية السابقة تتطلب تحسينات تجريبية واسعة، مما أدى إلى كفاءات تحفيزية منخفضة. يُبلغ المؤلفون عن التصميم الناجح لثلاثة إنزيمات كيمب مع كفاءات تتجاوز 2,000 M\(^{-1}\)s\(^{-1}\)، حيث أظهر المتغير…
-
اكتشاف الإنزيمات القوية والهندسة باستخدام التعلم العميق مع CataPro
2025 | المؤلف: Zechen Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تسلط الأبحاث الضوء على أهمية التنبؤ بدقة بمعلمات الحركية الإنزيمية لاستكشاف الإنزيمات وتعديلها، مع معالجة القيود التي تعاني منها النماذج الحالية التي غالبًا ما تعاني من انخفاض الدقة أو الإفراط في التخصيص. يقدم المؤلفون نموذج تعلم عميق جديد، CataPro، الذي يستخدم نماذج مدربة مسبقًا وبصمات جزيئية للتنبؤ بالمعلمات الرئيسية مثل عدد الدوران ($k_{cat}$)، وثابت ميكاليز…
-
تخصيص الإنزيمات الصناعية لاستقرار الحرارة وتطور النشاط من خلال استراتيجية iCASE المعتمدة على التعلم الآلي
2025 | المؤلف: Nan Zheng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يتم تقديم الأهمية الإحصائية لمختلف الطفرات من خلال قيم p الخاصة بها، مما يشير إلى احتمال ملاحظة النتائج تحت فرضية العدم. ومن الجدير بالذكر أن الطفرات مثل H47L و M49E و M49L تظهر قيم p ذات دلالة إحصائية عالية (على سبيل المثال، $p < 0.001$)، مما يشير إلى ارتباط قوي مع النمط…