الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تحليل التسلسل، بروتين
-
الوراثة، الطاقة، والتماثل في البروتينات ذات النوى والأسطح العشوائية
2025 | المؤلف: Albert Escobedo وآخرون | المجلة: Science | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث الدراسة في الديناميات التطورية لنوى البروتينات من خلال توصيف البروتينات ذات التسلسلات العشوائية تجريبيًا. تركز الدراسة على ثلاثة بروتينات صغيرة: مجال SH3 من كيناز التيروزين البشري FYN (FYN-SH3)، مثبط سوبتيليسين-كيموتريسين الشعير-2A (CI-2A)، وبروتين الصدمة الباردة E. coli CspA. من خلال عشوائية سبعة بقايا أساسية إلى خمسة أحماض أمينية كارهة للماء (F، I، L، M،…
-
Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات
2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…
-
π-PrimeNovo: نموذج تعلم عميق غير تكراري دقيق وفعال لتسلسل الببتيدات من جديد
2025 | المؤلف: Xiang Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم التقدم في تسلسل الببتيدات من خلال مطيافية الكتلة المتسلسلة (MS/MS)، مع التأكيد على قيود طرق البحث التقليدية في قواعد البيانات في علم البروتينات. يبرز إدخال نموذج π-PrimeNovo، وهو نموذج قائم على Transformer غير تكراري مصمم لتسلسل الببتيدات من جديد. يعالج هذا النموذج تحديات تراكم الأخطاء وسرعات الاستدلال البطيئة المرتبطة بالنماذج التكرارية. لا…
-
قراءة متعددة الممرات لجزيء واحد عبر المسام النانوية لسلاسل البروتين الطويلة
2024 | المؤلف: Keisuke Motone وآخرون | المجلة: Nature | المجال: الهندسة الطبية الحيوية (Biomedical Engineering)تقدم هذه الدراسة طريقة جديدة لتسلسل جزيئات البروتين الفردية في شكلها الأصلي الكامل باستخدام مجموعة حساسات نانوية تجارية. تعتمد الطريقة على ClpX unfoldase لنقل البروتينات عبر مسام CsgG، مما يكشف أن ClpX ينقل الركائز بخطوات من اثنين من الأحماض الأمينية. يسمح هذا الآلية بالكشف عن أحماض أمينية فردية في خيوط بروتين اصطناعية يمكن أن تكون…