الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تنظيم التعبير الجيني

TRAPT: إطار عمل عميق متعدد المراحل للتعلم المدمج لتوقع المنظمات النسخية استنادًا إلى بيانات الإبيجينوم الواسعة النطاق
TRAPT: a multi-stage fused deep learning framework for predicting transcriptional regulators based on large-scale epigenomic data

إن تحديد المنظمين النسخيين التنظيميين (TRs) أمر حاسم لفهم التعبير الجيني في سياق ظهور الأمراض وتقدمها. تقدم هذه الدراسة أداة توقع نشاط المنظم النسخي (TRAPT)، وهي إطار تعلم عميق متعدد الوسائط مصمم لاستنتاج نشاط TR من خلال دمج الإمكانيات التنظيمية لعناصر التنظيم الجيني المستهدفة ومواقع الربط على مستوى الجينوم. تظهر النتائج التجريبية من 570 مجموعة…
تعتبر المستقلبات قصيرة السلسلة من الأحماض الدهنية، البروبيونات والبيوتيرات، عناصر تنظيمية جينية فريدة تربط بين النظام الغذائي، الأيض وتعبير الجينات.
Short-chain fatty acid metabolites propionate and butyrate are unique epigenetic regulatory elements linking diet, metabolism and gene expression

تستكشف هذه القسم من ورقة البحث دور الأحماض الدهنية قصيرة السلسلة (SCFAs)، وبالتحديد البروبيونات والبيوتيرات، في التنظيم الجيني من خلال تعديلات الهيستون. باستخدام تقنيات ترسيب الكروماتين متبوعًا بالتسلسل، قام المؤلفون برسم المواقع الجينومية لأربعة علامات هيستون من الأسيلي ليسين—H3K18pr، H3K18bu، H4K12pr، وH4K12bu—في كل من سرطان القولون والمستقيم (CRC) والخلايا الطبيعية، وكذلك في أمعاء الفئران. تكشف…