الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: رسم تفاعل البروتين
-
تفاعلات البروتينات هي مصدر رئيسي للتأثيرات الجينية في شبكات التفاعل الجيني Protein-protein interactions are a major source of epistasis in genetic interaction networks
2026 | المؤلف: Xavier Castellanos-Girouard وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يستكشف هذا القسم من ورقة البحث العلاقة بين شبكات التفاعل الجيني وشبكات التفاعل بين البروتينات، مع تسليط الضوء على أهميتها في استنتاج وظيفة الجين وفهم علاقات النمط الجيني والنمط الظاهري. يقدم المؤلفون أدلة على أن قوة التفاعلات الجينية الإيبيستاتية بين أزواج الجينات مرتبطة ارتباطًا وثيقًا بالطاقة الحرة للارتباط للبروتينات المقابلة لها، وهو ما ينطبق على…
-
نموذج متعدد الأوضاع قائم على الرسم البياني والسطح واللغة لتوقع تفاعل البروتينات Multimodal graph, surface, and language-based model for protein protein interaction prediction
2026 | المؤلف: David Arteaga وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث GSMFormer-PPI، وهو إطار عمل مبتكر متعدد الوسائط مصمم لتعزيز توقع تفاعلات البروتين-بروتين (PPIs) من خلال دمج ميزات سطح الجزيئات البروتينية، الرسوم البيانية الهيكلية ثلاثية الأبعاد، وتضمينات تسلسل مستوى البقايا. غالبًا ما تتجاهل الطرق التقليدية المعلومات السطحية الحيوية وتستخدم تقنيات دمج ميزات بسيطة، مما يمكن أن يعيق الأداء التنبؤي. بالمقابل، يستخدم GSMFormer-PPI التعلم العميق…
-
شاشة ربط القرب تحدد SNAT2 كهدف جديد لإنزيم MARCH1 E3 يوبكويتين ليغاز A proximity ligation screen identifies SNAT2 as a novel target of the MARCH1 E3 ubiquitin ligase
2026 | المؤلف: Renaud Balthazard وآخرون | المجلة: Biology Open | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تعتبر إنزيمات E3 اليوبكويتين، بما في ذلك عائلة MARCH، من المنظمين الأساسيين لاستقرار البروتينات، وموقعها، ووظيفتها داخل الخلايا. تتكون عائلة MARCH من 11 عضوًا، حيث تشترك MARCH1 وMARCH8 في أهداف مشابهة ولكن تظهر نشاطًا في أنواع خلايا مختلفة، مما يؤثر بشكل أساسي على مكونات خلايا المناعة مثل جزيئات MHC من الفئة الثانية وCD86. هدف هذه…
-
PLM-interact: توسيع نماذج لغة البروتين للتنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين PLM-interact: extending protein language models to predict protein-protein interactions
2026 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول قسم ورقة البحث التقدم في التنبؤات الحسابية لتفاعلات البروتين-بروتين (PPIs) باستخدام نماذج لغة البروتين (PLMs). بينما حققت نماذج PLMs دقة عالية في التنبؤ بهياكل البروتين من تسلسلات الأحماض الأمينية، لا يزال التنبؤ بتفاعلات PPIs يمثل تحديًا. يقدم المؤلفون نموذجًا جديدًا، PLM-interact، الذي يعزز من التنبؤ بتفاعلات PPIs من خلال ترميز أزواج البروتينات بشكل مشترك،…
-
تحليل تفاعلات الهيكل بين الفيروس والخلية المضيفة في الخلايا المصابة السليمة Structural host-virus interactome profiling of intact infected cells
2026 | المؤلف: Boris Bogdanow وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)قسم “الطرق” يوضح الإجراءات التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون مجموعة من الأساليب الكمية والنوعية لجمع البيانات، مما يضمن تحليلًا شاملاً لسؤال البحث. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، واستطلاعات، وتحليلات إحصائية، تم تصميمها لاختبار الفرضيات التي تم صياغتها في بداية الدراسة. شمل جمع البيانات استخدام أدوات موحدة لقياس المتغيرات ذات الاهتمام، تلاها اختبار إحصائي…
-
أساليب قائمة على الهيكل لتوقع تفاعلات البروتين-بروتين باستخدام التعلم الآلي والتعلم العميق Structure-Based Approaches for Protein–Protein Interaction Prediction Using Machine Learning and Deep Learning
2026 | المؤلف: Despoina P. Kiouri وآخرون | المجلة: Biomolecules | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة شاملة على التقدم في توقع تفاعلات البروتين-بروتين (PPI)، مع التأكيد على تفوق الطرق المعتمدة على الهيكل مقارنة بالطرق التقليدية المعتمدة على التسلسل. من خلال الاستفادة من المعلومات الهيكلية ثلاثية الأبعاد، تعزز هذه الطرق دقة التوقعات وتساعد في تحديد المواقع الوظيفية، مثل بقايا الربط والتحفيز. على الرغم من مزاياها، لا تزال هناك…
-
نموذج لغة تسلسلي مزدوج لتصميم تفاعلات البروتين-بروتين
2026 | المؤلف: Jun Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم هذا القسم نهجًا جديدًا لفهم تفاعلات البروتين-بروتين (PPIs) من خلال تقديم نموذج لغة ثنائي البروتين (PPLM). على عكس النماذج التقليدية التي تركز على سلاسل البروتين الفردية، يقوم PPLM بترميز التسلسلات المزدوجة بشكل مشترك، مما يسمح بالتعلم المباشر للتمثيلات المدركة للتفاعل. هذه التطورات ضرورية لتعزيز دقة توقعات PPI واكتشاف العلاجات. يعمل المؤلفون أيضًا على تطوير…
-
XL-MSDigger: حل متعدد الاستخدامات قائم على التعلم العميق لقياس الطيف الكتلي المتقاطع
2026 | المؤلف: Moran Chen وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم المحرز في تكنولوجيا قياس الطيف الكتلي المرتبط بالروابط المتقاطعة (XL-MS)، مع التركيز بشكل خاص على قيودها في معالجة البيانات وتحليلها. يقدم المؤلفون XL-MSDigger، وهي منصة تعتمد على التعلم العميق مصممة لتعزيز قدرات XL-MS. في قلب هذه المنصة يوجد Deep4D-XL، وهو أداة تنبؤية تستخدم التعلم العميق للتنبؤ بدقة بالمعلمات…