الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم الأحياء الحاسوبي
-
البكتيريا المنقولة عبر البذور تحفز تجميع الميكروبيوم الجذري للقمح من خلال تقسيم الفضاء البيئي والتيسير
2025 | المؤلف: Daniel Garrido‐Sanz وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علوم النبات (Plant Science)في هذه الدراسة، شمل التصميم التجريبي استخدام تربة ضخمة من مرج سويسري مجاور لحقل قمح لإنشاء ميكروكوزم للتحقيق في المجتمعات الميكروبية. حصل الباحثون على غسيل التربة، الذي احتوى على تعليق ميكروبي، واستخراج تربة معقم ومصفى لتوفير المغذيات الدقيقة القابلة للذوبان والجزيئات العضوية. تم إدخال هذه المكونات في أنابيب زجاجية معقمة مليئة بمصفوفة التربة (0.5-4 مم…
-
تحقق متعدد المراكز مستقبلي من منصة للتوصيف الجزيئي السريع لأورام الجهاز العصبي المركزي
2025 | المؤلف: Areeba Patel وآخرون | المجلة: Nature Medicine | المجال: علم الوراثة (Genetics)تقدم ورقة البحث تحققًا متعدد المراكز لـ Rapid-CNS 2، وهو سير عمل مبتكر لتسلسل النانو المسامي مصمم للتوصيف الجزيئي السريع لأورام الجهاز العصبي المركزي (CNS). تواجه الفحوصات التشخيصية التقليدية تحديات مثل التكاليف العالية، التعقيد الفني، وأوقات الاستجابة المطولة. بالمقابل، يمكّن Rapid-CNS 2 من تصنيف الميثيل في الوقت الحقيقي وتحليل عدد نسخ الحمض النووي ضمن نافذة…
-
محاكاة الديناميات الجزيئية للبروتين-الليغاند (PL-MDS)، وتحليلات ADMET، ودراسات النشاط الحيوي للمواد الكيميائية النباتية من الألوة فيرا: جهد اكتشاف أدوية جديدة مضادة للسكري باستخدام الحاسوب
2025 | المؤلف: Babatunde Temitope Ogunyemi وآخرون | المجلة: Discover Chemistry. | المجال: علوم النبات (Plant Science)تتناول الأبحاث القضية الصحية العالمية الملحة لمرض السكري، مع تسليط الضوء على الزيادة المتزايدة في الانتشار والقيود المفروضة على العلاجات الحالية. لتحديد عوامل مضادة للسكري جديدة، تستخدم الدراسة نهج تصميم الأدوية المعتمد على الكمبيوتر (CADD)، وتحديداً ربط الجزيئات، لتقييم القدرة المثبطة لـ 103 مركب نباتي معزول من الألوة فيرا ضد مستقبل الألفا-أميلاز (PDB ID: 3BAJ).…
-
تقييم شامل لقدرات المصانع الخلوية الميكروبية
2025 | المؤلف: Gi Bae Kim وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول هذا القسم دور هندسة التمثيل الغذائي للنظم في تطوير مصانع الخلايا الميكروبية الفعالة لإنتاج المواد الكيميائية والمواد المستندة إلى البيولوجيا. يسلط الضوء على التحديات المتعلقة باختيار سلالات المضيف المناسبة واستراتيجيات هندسة التمثيل الغذائي، والتي تتطلب استثمارًا كبيرًا في الوقت والجهد والموارد. يقوم المؤلفون بتقييم القدرات الأيضية لخمس ميكروبات صناعية لإنتاج 235 مادة كيميائية مختلفة…
-
Martini3-IDP: تحسين مجال القوة Martini 3 للبروتينات غير النظامية
2025 | المؤلف: Liguo Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الخلوي (Cell Biology)تناقش ورقة البحث أهمية البروتينات متعددة المجالات (MDPs) في الخلايا حقيقية النواة، والتي تشكل حوالي 50% من البروتينات الخلوية. تظهر MDPs تنوعًا فريدًا بسبب مزيجها من المناطق غير المنظمة بشكل جوهري (IDRs) والمجالات المنظمة، مما يسهل كل من التعرف الجزيئي المرن والتفاعلات المحددة. يتم تسليط الضوء على التفاعل بين IDRs والمجالات المطوية، مع أمثلة توضح…
-
هيدروجيل DNAzyme يمنع بشكل محدد مسار NLRP3 لمنع إصابة الجلد الناتجة عن الإشعاع في الفئران
2025 | المؤلف: Daijun Zhou وآخرون | المجلة: Journal of Nanobiotechnology | المجال: علم المناعة (Immunology)تركز الأبحاث على معالجة إصابة الجلد الناتجة عن الإشعاع (RISI)، وهي مضاعفة شائعة للعلاج الإشعاعي، من خلال تطوير هيدروجيل DNAzyme (DZ) تهدف إلى تثبيط الإفراط في التعبير عن NLRP3، الذي يُفترض أنه يلعب دورًا كبيرًا في RISI. شملت الدراسة تصميم واختبار NLRP3-DZ الأمثل باستخدام المعلوماتية الحيوية، الديناميات الجزيئية، والرحلان الكهربائي للهلام، تلاها احتواء داخل ZIF-8…
-
Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات
2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…
-
ديكوي-PROTAC للتحلل المحدد لعامل النسخ “غير القابل للعلاج” STAT3
2025 | المؤلف: Shiqing Li وآخرون | المجلة: Cell Death and Disease | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على إمكانيات ناقل الإشارة ومُنشط النسخ 3 (STAT3) كهدف علاجي في علاج السرطان، نظرًا لدوره المحوري في تكوين الأورام. تواجه مثبطات STAT3 التقليدية تحديات مثل ضعف الفعالية وتأثيرات غير مستهدفة بسبب الصعوبات في تحديد مواقع الربط المناسبة لتثبيط الجزيئات الصغيرة. لمعالجة هذه القيود، يقدم المؤلفون نهجًا جديدًا باستخدام تقنية استهداف التحلل البروتيني…
-
RNAmigos2: الفحص الافتراضي المعتمد على الهيكل المتسارع للـ RNA باستخدام التعلم العميق للرسوم البيانية
2025 | المؤلف: Juan G. Carvajal-Patiño وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “طرق” في ورقة البحث يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من المشاركين. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، واستطلاعات، ودراسات رصدية، مما يضمن تقييمًا شاملاً للمتغيرات ذات الاهتمام. تم تحليل البيانات باستخدام برامج إحصائية مناسبة، مع تحديد مستويات الدلالة…
-
تكامل الميتابولوميات على مستوى الخلية الواحدة والتوصيف الظاهري يكشف عن تباين استقلابي في الأكسدة الخلوية والشيخوخة
2025 | المؤلف: Ziyi Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على الفهم الناشئ للتنوع في التغيرات الظاهرية والنسخية على مستوى الخلية الواحدة استجابةً للإجهاد التأكسدي والشيخوخة. على الرغم من الأهمية المعترف بها لعملية الأيض الخلوي، إلا أن هناك نقصًا في الاستكشاف الشامل لتنوع الميتابولوم وعلاقته بالحالات التأكسدية والشيخوخة. يقدم المؤلفون تقنية جديدة، وهي التصوير الحي للخلية الواحدة مع مطياف الكتلة (SCLIMS)، والتي…