الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم البلورات، الأشعة السينية

تصميم مثبط تساهمي يمنح نشاطًا ضد كل من الأشكال المرتبطة بـ GDP و GTP من KRAS G12C

2026 | المؤلف: Matthew L. Condakes وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

تسلط الأبحاث الضوء على تطوير مثبطات مزدوجة تستهدف كل من الحالات غير النشطة والنشطة من KRAS G12C، وهو محرك سرطاني بارز. ترتبط هذه المثبطات بموقع Switch II (SWII) الألستيري وتستخدم رأس حربي كيميائي متميز لتعديل KRAS G12C بشكل تساهمي في كلا الحالتين. تشير تحليلات الهيكل البلوري المشترك إلى أن هذه المثبطات المزدوجة تعطل شبكة روابط…
تحسين تصميم روابط البروتين باستخدام RFdiffusion المستهدف بالتزاوج β

2026 | المؤلف: Isaac Sappington وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الأشعة والطب النووي والتصوير الطبي (Radiology, Nuclear Medicine and Imaging)

تقدم البحث نهجًا جديدًا لتصميم هياكل البروتين التي ترتبط بفعالية بمواقع البروتين المستهدفة المحبة للماء، مع التركيز بشكل خاص على حواف خيوط البيتا. من خلال تكييف RFdiffusion، نجح المؤلفون في توليد تصميمات تشكل صفائح بيتا ممتدة متطابقة هندسيًا، حيث تكمل المجموعات القطبية على البروتينات المستهدفة مجموعات الروابط الهيدروجينية على الروابط المصممة. تم تطبيق هذه الطريقة…
تصميم دقيق من جديد لدورات ماكرو ذات ارتباط بروتيني عالي باستخدام التعلم العميق

2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Chemical Biology | المجال: علم الأورام (Oncology)

توضح ال المنهجية للتعبير غير المتجانس وتنقية مجال β-هيليكس من RbtA (بقايا A20-I459) في *E. coli*. تم تضخيم الجين الذي يشفر هذا المجال ودمجه مع علامة SNAC عند الطرف C، تلاه إدخاله في متجه pET-22b(+) باستخدام تجميع جيبسون. تم تأكيد التركيب من خلال التسلسل وتم تحويله إلى خلايا *E. coli* Rosetta (DE3). تم زراعة الخلايا،…
توقع وتصميم هيكل الببتيدات الدائرية باستخدام AlphaFold2

2025 | المؤلف: Stephen Rettie وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

قسم “الطرق” يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث تم استخدام التحليلات الإحصائية لتقييم البيانات التي تم جمعها من تجارب مختلفة. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شملت جمع البيانات إجراءات موحدة لضمان الموثوقية والصلاحية، مع تطبيق…
تثبيط إنزيمات الببتيديل أرجينين ديميناز (PAD1-4) من خلال استهداف موقع ارتباط ألوستيري يعتمد على Ca2+

2025 | المؤلف: Leslie Dakin وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)

إن إنزيمات دياميناز الأرجينين الببتيدية (PAD1-4) هي إنزيمات تعتمد على الكالسيوم تسهل تحويل بقايا الأرجينين إلى سيترولين من خلال عملية تعرف باسم السيترولين، والتي ترتبط بمختلف الأمراض، بما في ذلك التهاب المفاصل الروماتويدي والاضطرابات التنكسية العصبية. بينما تم تطوير مثبطات انتقائية لـ PAD4، لا تزال المثبطات الأوسع لعائلة PAD بأكملها نادرة، ومحدودة أساسًا على نظائر…
فك الآلية الجزيئية لإنزيمات البولي سكاريد لتفكيك الألجينات بكفاءة

2025 | المؤلف: José Pablo Rivas-Fernández وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: العلوم المائية (Aquatic Science)

قسم “طرق” يوضح تصميم التجربة والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون نهجًا كميًا، حيث نفذوا تجارب محكومة لجمع البيانات حول المتغيرات المحددة. تم إجراء التحليلات الإحصائية باستخدام أدوات البرمجيات لضمان موثوقية وصلاحية النتائج، مع تحديد مستويات الدلالة عند p < 0.05. شملت جمع البيانات طريقة أخذ عينات منهجية، مما يضمن عينة تمثيلية من السكان…
تغير فعالية الربط مجموعة التكوين لمستقبل نووي بين حالات نشطة نسخياً وكابحة

2025 | المؤلف: Brian S. MacTavish وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

تعتبر المستقبلات النووية (NRs) عوامل نسخ تقوم بتعديل التعبير الجيني استجابةً لارتباط الليغاند، حيث تنتقل بين حالات نشطة وكابحة. تركز هذه الدراسة على مستقبل البيروكسيسوم المنشط لمستقبلات الجاما (PPARγ) وتقدم سلسلة من الليغاندات التي تمتد من العكسية (الكبح) إلى الفعالية (التفعيل). من الجدير بالذكر أن التعديلات الهيكلية الطفيفة في هذه المركبات يمكن أن تغير نشاطها…
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية

2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
هياكل TGF-β مع بيتاجلايكان ومستقبلات الإشارة تكشف آليات التجميع المعقد والإشارة

2025 | المؤلف: Łukasz Wieteska وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

في هذا القسم، يستكشف المؤلفون التفاعلات الهيكلية بين TGF-β و BG ZP-C، كاشفين عن مواقع الربط الحرجة وطبيعة هذه التفاعلات. تشير البنية البلورية لمركب mmTGF-β2:BG ZP-C إلى أن مجال BG ZP-C يرتبط بالسطح الداخلي لأصابع TGF-β2، مع مشاركة بقايا محفوظة مثل I92 و K97 و E99، والتي تعتبر ضرورية للربط. ومن الجدير بالذكر أن التفاعلات…
رؤى هيكلية حول إزالة الميثيل من S-lignin عبر فئة نادرة من إنزيمات الهيم بيروكسيداز

2025 | المؤلف: Alix C. Harlington وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)

إن إزالة الميثيل من الأروماتيات اللجنينية هي خطوة حاسمة في تحويلها إلى مركبات ذات قيمة أعلى، حيث تم تحديد إنزيم السيتوكروم P450 SyoA كلاعب رئيسي في هذه العملية. تقدم هذه الدراسة هياكل بلورية عالية الدقة لكل من SyoA الخالي من الركيزة وSyoA المرتبط بالركيزة، مما يكشف أنه يستخدم حصريًا مسار الشنت البيروكسي لإزالة الميثيل من…