أدى الطلب المتزايد من المستخدمين على خدمة تحليل البيانات سهلة الوصول، التي تم نشرها على بنية تحتية حاسوبية قادرة على تلبية احتياجات الحوسبة المعقدة في البحث، إلى دعم مشروع جالاكسي، في عامه التاسع عشر من التشغيل المستمر، لزيادة سريعة في الإنتاجية على مستوى العالم. توفر Galaxy أدوات تحليلية يمكن استخدامها بشكل فردي أو ربطها في سير عمل معقد مع مخرجات بيانات وسيطة قادرة على تفعيل شروط منطقية داخل سير العمل. تسمح التحسينات الأخيرة للباحثين بتشغيل سير العمل على بيانات ذات جودة متغيرة، وأن يكون سير العمل مخزنًا لاستكشاف التباين التجريبي بشكل منهجي.https://gxy.io/GTN:T00164). البحث على نطاق واسع يتطلب بالضرورة التعاون، وقدرة جالاكسي على مشاركة ونشر البيانات وتدفقات العمل بشكل آمن تدعم التعاون الفعال، والتدريب، وإعادة استخدام البيانات. التغييرات الأخيرة في جالاكسي
واجهة المستخدم التي تم مناقشتها أدناه جعلت المشاركة أكثر وضوحًا.

مجتمعة، لقد جمعت خدمات usegalaxy.* في الولايات المتحدة وأستراليا وأوروبا المستخدمون المسجلون، ويدعم المستخدمين الأفراد الذين يقومون بتشغيل وظائف في المتوسط كل شهر من عام 2023. إحصائيات خدمة Usegalaxy.* متاحة للجمهور على https://status.galaxyproject.org/، مع بيانات تشغيلية مفصلة لأستراليا وأوروبا فيhttps://stats.usegalaxy.org.au/ و https://stats.galaxyproject.eu/على التوالي. يتمتع المستخدمون بالوصول إلى أدوات علمية، داعمة أنواع مختلفة من بيانات الإدخال، مما يتيح مجموعة واسعة من التحليلات في كل من علوم الحياة والعلوم الفيزيائية، بما في ذلك علم الفلك، وعلم الجينوم، وعلم البروتينات، وعلم الأيض، وعلوم المواد، والتصوير، وعلم الخلايا. يمكن إنشاء خطوط تحليلية معقدة فعالة وقابلة للتكرار من خلال دمج الأدوات من أي مجال مع

‘النودلز’ على لوحة سير العمل. يمكن استكشاف مخرجات التحليل باستخدام أكثر من 50 نوعًا من التصورات المدمجة، ويمكن مشاركة عنوان URL بسيط مع المتعاونين، والذي يتضمن جميع البيانات وإعدادات التحليل وإصدارات الأدوات وسير العمل اللازمة للتكرار.

تجعل Galaxy الآلاف من حزم التحليل مفتوحة المصدر من الطرف الثالث سهلة الاستخدام، وقابلة للتشغيل المتبادل دون الحاجة إلى أي كود يقدمه المستخدم. لكي تصبح أي حزمة تحليل جديدة أداة، يقوم المطور بإعداد غلاف Galaxy مرة واحدة، ويقوم بتحميله إلى متجر أدوات Galaxy العالمي القابل للمشاركة المعروف باسم Galaxy Toolshed.https://toolshed.g2.bx.psu.edu/“). تدعم كل خدمة من خدمات جالاكسي مجموعة أدوات أساسية مشتركة، وتقدم مجموعة واسعة من الأدوات الأخرى، يتم تحديد التركيبة الدقيقة لها بناءً على طلب المستخدم. ثم يتم تصنيف الأدوات حسب الاستخدام العلمي و/أو أنواع البيانات المعنية. علاوة على ذلك، فإن خيار استضافة الأدوات على جالاكسي مشروط بالاحتياجات الحاسوبية للأدوات (مثل GPGPUs، الذاكرة العالية)، وشروط ترخيص استخدام الأدوات، والقدرة على أن يتم تغليفها كأداة قياسية أو تفاعلية، وقد تم تحسين كل ذلك في آخر تحديثات جالاكسي (https://docs.galaxyproject.org/en/master/الإصدارات/index.html).

تستضيف أدوات جالاكسي الآن أكثر من 9500 حزمة برمجية متميزة وقابلة للتعديل، أي أدوات، متاحة لمشرفي جالاكسي لتسهيل التثبيت على أي خدمة جالاكسي. يمكن أن تضيف مجموعة الخيارات التحليلية المتاحة كأدوات مثبتة قيمة للمستخدمين النهائيين، لكنها قد تكون أيضًا مربكة. لقد حددت ملاحظات المستخدمين، سواء من خلال الوثائق الرسمية لتجربة المستخدم النشطة أو من خلال الملاحظات التي يبدأها المستخدمون بشكل غير نشط، أن حتى جزءًا صغيرًا من الأدوات المستضافة على خدمة جالاكسي يمكن أن يربك عملية العثور على أي أداة محددة. على سبيل المثال، يتعين على المستخدم الذي يبحث عن أداة واحدة على خوادم usegalaxy.* التنقل عبر مجموعات من 1770 أداة (جالاكسي الولايات المتحدة)، 3320 أداة (جالاكسي الاتحاد الأوروبي) و1730 أداة (جالاكسي أستراليا). يمكن أن يكون هذا مرهقًا، حتى عند الأخذ في الاعتبار المساعدة المقدمة من خلال تصنيف الأدوات وتسميات علم الأنساق EDAM.

قدمت جالاكسي أوروبا أولاً حلاً لتمكين الباحثين الذين لديهم اهتمامات مشتركة أو الذين يقومون بمجموعة من الأنشطة بشكل متكرر. تركز المجالات الفرعية على مجال بحث معين أو نمط تكنولوجي (الشكل 1). المحتوى والأدوات والموارد المتاحة ‘مخصصة’ لكل مجال – أي التأكد من أن الموارد تناسب الممارسات البحثية الروتينية في العالم الحقيقي. كما أن جالاكسي أستراليا تستخدم الآن هذا الخيار، مسمّية عرضها جالاكسي لابز (الشكل 1). تقدم هذه المختبرات تركيزًا على الأدوات، وسير العمل، والموارد مما يسمح للممارسين الجدد والمنتظمين في هذا المجال بالوصول السريع إلى الخيارات الأكثر شيوعًا التي يحتاجونها، مع الاستمرار في تقديم جميع ميزات جالاكسي الأخرى التي يمكنهم استخدامها. من المهم أن يكون لدى المستخدم الذي قام بتسجيل الدخول في عرض جالاكسي للمختبرات/المجالات الفرعية وصول كامل إلى بياناته (التواريخ)، وسير العمل، والبيانات المشتركة، عبر جميع المختبرات وصفحة الخدمة الرئيسية. كما تتماشى جالاكسي لابز مع المبادرة الاستراتيجية لمشروع جالاكسي لدعم التحالفات البحثية العالمية، مثل مشروع جينوم الفقاريات (VGP) (4) ومشروع الأرض البيوجينوم (EBP) (5). تشمل الأمثلة الإقليمية المهمة اعتماد جالاكسي ضمن الشراكة الأوروبية لتقييم المخاطر الناتجة عن المواد الكيميائية (EU-

بارك؛https://www.eu-parc.eu/“) (6)، WP4 المهمة 4.3.1.d، كمنصة مفضلة لمعالجة مجموعات بيانات مطيافية الكتلة للجزيئات الصغيرة، وبشكل منفصل لمعالجة مجموعات بيانات مطيافية الكتلة التي تم إنشاؤها عبر العقدة التشيكية (المنسق) للبنية التحتية للبحث في تقييم التعرض البيئي الأوروبي (EIRENE-CZ؛https://www.eireneri.eu/). في أستراليا، تستخدم مبادرة الأنواع المهددة خدمة جالاكسي أستراليا كخدمة التحليل الجينومي الرئيسية لها (https://threatenedspeciesinitiative.com/genome-assembly/).

تظهر زيادة تعقيد الأدوات وسعتها في Galaxy من خلال العروض الجديدة للأدوات التي تستخدم بنية GPGPU التحتية. إن موارد بيئة تنفيذ الأدوات ليست اعتبارًا لمستخدمي Galaxy ولكن يمكن تكوينها بسهولة من قبل مزودي بنية Galaxy التحتية. الأدوات المعتمدة على GPGPU (AlphaFold2.0/multimer (7)، ChatGPT (8) والأدوات المعتمدة على الذكاء الاصطناعي التي تعمل في JupyterLab (7)) مطلوبة بشدة ويتم تقديمها من خلال الوصول المحلي إلى GPGPU أو من خلال توفير سحابي تجاري، عبر خدمات usegalaxy.*. في حالة Galaxy أستراليا، تطلب هذا العمل نشر Pulsar على النسخة الأسترالية من Microsoft Azure. لقد تفرعت الطلبات على AlphaFold2.0/multimer في أستراليا إلى استخدام وحدات معالجة الرسوميات NVIDIA ومؤخراً تم تعديل الكود ليعمل أيضًا على وحدات معالجة الرسوميات AMD، لفصل استخدام الأداة عن مجموعة محددة من متطلبات الأجهزة والسماح بنشر الأداة على مجموعة أكبر من تكوينات عقد العمل. داخل الولايات المتحدة، تستفيد Galaxy من GPGPU وموارد الحوسبة الأخرى عبر شبكة ACCESS-CI المدعومة من NSF، وتدعم الآن خوارزميات AlphaFold/CollabFold المستخدمة على نطاق واسع (9)، وأدوات معالجة الإشارات المعتمدة على GPU لبيانات تسلسل ONT (10)، وغيرها من الأدوات المعتمدة على GPU المطلوبة بشدة. دعمًا لاتحادات تجميع الجينوم العالمية، تم نشر أداة GPGPU Helixer على خدمات usegalaxy.* ومن المتوقع أن تعزز استخدام GPGPU لدعم برامج مثل خريطة الجينوم المرجعية الأوروبية (ERGA،https://www.ergabiodiversity.eu/) ومشروع جالاكسي المستقبلي. من المتوقع أن تستخدم تحديثات مشروع جالاكسي المستقبلية بشكل متزايد أدوات تعتمد على GPGPU ووحدات معالجة التنسور (TPU).

كان أحد المحركات الرئيسية لنجاح Galaxy هو تأسيسه على مبادئ تطوير البرمجيات مفتوحة المصدر. ومع ذلك، فقد قيد ذلك تنفيذ الأدوات لـ Galaxy التي لديها ترتيبات ترخيص غير مفتوحة المصدر. في بعض الحالات، يكون تطوير معادل مفتوح المصدر بعد توفر الحلول التجارية بفترة زمنية قصيرة؛ MaxQuant (11) كأداة شاملة للبروتيوميات هو أحد هذه الأمثلة. في حالات نادرة حيث لا يمكن لتطوير البرمجيات مفتوحة المصدر مواكبة الحلول التجارية أو مطالب المستخدمين، اتجهت Galaxy بشكل متزايد إلى تقديم خيارات مرخصة، على سبيل المثال: CellRanger و FGeneSH++. . يعمل هذا في مصلحة المستخدمين، حيث يوفر حلاً، وهو الهدف الأساسي. يتضمن عبئًا إداريًا محليًا في التحكم في الوصول واتفاقيات الترخيص. تأمل مجتمع جالاكسي أن تكون الأدلة الكافية على الفائدة سببًا مقنعًا للبائعين لإعادة النظر في اتفاقيات الترخيص الخاصة بهم لزيادة التعرض لأدواتهم (وعلامتهم التجارية) من خلال استخدام جالاكسي الذي يعترف بمساهمتهم.

أي أداة فردية أو سير عمل تكون مفيدة فقط إذا كان يمكن اكتشافها في المقام الأول، ويمتد هذا الاكتشاف إلى الوظائف الأساسية للبرمجيات. في الواقع، يجب أن يكون الباحث قادرًا على اكتشاف حل تحليلي باستخدام إما اسم البرمجيات المحددة والبيانات الوصفية المرتبطة بها، أو بناءً على أنهم يبحثون عن وظيفة معينة. في كلتا الحالتين، أصبح اكتشاف بيانات الأداة وسير العمل أكثر أهمية بشكل متزايد لكل من المستخدمين والمسؤولين عن Galaxy. ستزيد القدرة الحالية على مشاركة هذه البيانات الوصفية عبر مجالات علوم الحياة التي تستخدم Galaxy بشكل كبير من التأثير العلمي لهذه التحسينات. تم تطوير حل للأدوات الفردية مؤخرًا، مع تركيز أولي على علم الأحياء الدقيقة، وهو فيhttps://galaxyproject.org/community/sig/microbial/#tools. هذه الجدول التفاعلي القابل للبحث يجمع البيانات الوصفية المستمدة من أغلفة أدوات Galaxy (عبر Planemo)، وواجهات برمجة تطبيقات مثيلات Galaxy (مضافةً إليها توفر الأدوات)، وELIXIR bio.tools (https://bio.tools/) (إضافة مصطلحات بيانات وطرق EMBRACE (EDAM) (3)، BioConda (14) (التحقق مما إذا كانت الأدوات محدثة)، وورقة عمل تم تنسيقها من قبل المجتمع (الإشارة إلى الأدوات التي يجب استبعادها). تدعم Galaxy بالفعل النسخ من خلال محرر سير العمل (أي اللوحة). ومع ذلك، فإن الحاجة إلى مشاركة سير العمل بشكل تعاوني باستخدام معرفات دائمة، والتوافق مع مبادئ FAIR لبرامج البحث (15)، قد أدت إلى التكامل مع سجلات سير العمل مثل WorkflowHub (https://workflowhub.eu/) و Dockstore
(16). من WorkflowHub، يمكن للباحثين اختيار ‘تشغيل علىusegalaxy.euالذي يُفعّل استيراد سير العمل إلى جالاكسي أوروبا؛ من دوكستور، يمكن استيراد سير عمل جالاكسي إلى أي من الخوادم الثلاثة الرئيسية usegalaxy.*. داخل جالاكسي، يمكن للمستخدم البحث إما في WorkflowHub أو Dockstore باستخدام تنفيذات خدمة تسجيل أدوات GA4GH (TRS) (17)، إلى جانب الخيارات الحالية لاستيراد سير العمل من الملفات المحلية وعناوين URL العامة.

تعتبر القدرة على تقديم تدريب سهل الوصول ومريح وقابل للتكرار بشكل كبير، في برامج مدعومة من المدربين المجدولة، أو كتعلم نشط موجه ذاتيًا، ميزة أساسية وطويلة الأمد في جالاكسي. شبكة تدريب جالاكسي (GTN؛http://training.galaxyproject.org) (18) هي الخدمة التكميلية التي تستضيف الدروس الإرشادية والأدلة والبنية التحتية للتعليقات/التحسينات على المحتوى. تقدم GTN أكثر من 400 درس إرشادي عبر 25 موضوعًا علميًا و6 مواضيع تقنية، كتبها المساهمون.

يسعى GTN للحفاظ على الدروس التعليمية، مع الحفاظ على تزامنها مع التغييرات في ممارسات البحث، وتحديث 366 درسًا تعليمياً. في العام الماضي فقط. تم إضافة تسعة مواضيع جديدة بما في ذلك تحليل الخلية المفردة، SARS-CoV-2، واحد

الصحة، التطور، علوم المواد، والبيولوجيا الاصطناعية. لقد توسع التركيز الموضوعي من مواضيع علمية بحتة ليشمل مواضيع أوسع مثل موضوع ‘تحليل البيانات FAIR’ الجديد، الذي يهدف إلى توجيه المتعلمين لجعل بياناتهم وعملياتهم أكثر توافقًا مع مبادئ FAIR من خلال دروس عملية. بالإضافة إلى ذلك، تم إضافة موضوع ‘علوم البيانات’ الذي يغطي أساسيات بايثون، R، SQL وsnakemake (19) باستخدام دفاتر تفاعلية يمكن تشغيلها داخل Galaxy كأدوات تفاعلية، أو بشكل مستقل عن Galaxy. وقد تم دعم هذا العمل من خلال إضافة أكثر من 70 مساهمًا جديدًا إلى GTN في العامين الماضيين، مما ساهم مع مجتمع المساهمين الحالي في إضافة ما مجموعه 133 درسًا إلى Galaxy منذ أبريل 2022. أخيرًا، تم التعاون الاستكشافي مع AI4Life (https://ai4life.eurobioimaging.eu/لقد أنتجت ) عدة مجموعات شرائح تقدم للمتعلمين نموذج BioimageModelZoo. تستضيف GTN هذه المواد التدريبية على صفحات مخصصة تحمل علامة تجارية لتوفير وسيلة للتجمعات العلمية لاستضافة موادها التدريبية مع الحد الأدنى من عبء الصيانة، على الرغم من عدم وجود اتصال مباشر مع Galaxy.

بالإضافة إلى الزيادة المستمرة في عدد الدروس، يتم أيضًا تحسين الإطار نفسه باستمرار. يتم تطوير ميزات جديدة لدعم فائدة الشبكة التعليمية العالمية لكل من المتعلمين والمعلمين. وتشمل هذه:

بالإضافة إلى الفعاليات التدريبية المتكررة التي تنظمها مجتمع جالاكسي الأوسع، تم تكرار حدث التدريب العالمي الكبير جالاكسي سمورغاسبورد، الذي بدأ في عام 2021، في العامين الماضيين، حيث جذب 3082 تسجيلًا في عام 2022 و2965 تسجيلًا في عام 2023. قدمت هذه الفعاليات تعلمًا عن بُعد بالكامل، ومرنًا للغاية، وغير متزامن، قائمًا على الفيديو مع دعم من مجتمع جالاكسي على سلاك. كان بإمكان المتعلمين تصميم برنامجهم الخاص بناءً على تجربتهم واهتماماتهم، وتحديد جداولهم الزمنية بناءً على قيود الوقت الخاصة بهم.

دعماً لفعاليات التدريب المعتمدة على GTN وGalaxy من حيث موارد الحوسبة، قمنا بتطوير وإصدار بنية تحتية للتدريب كخدمة (TIaaS) (20). تتيح TIaaS لمشرفي Galaxy حجز موارد الحوسبة لفعاليات التدريب، لتقليل أوقات الانتظار للمشاركين. كما يحصل المعلمون على الوصول إلى لوحة تحكم تعرض نظرة عامة على حالة تشغيل أدوات المشاركين، مما يسمح لهم بمشاهدة التقدم بسهولة وتحديد المشكلات، حتى في بيئة التعليم عن بُعد. على مدار السبعين شهراً الماضية، استخدمت أكثر من 500 فعالية تدريبية مع أكثر من 24000 متعلم TIaaS لتدريب Galaxy.

تمت مضاهاة العروض المتزايدة التعقيد ضمن Galaxy مع التحسينات على قابلية استخدام Galaxy، من خلال تطبيق تصميم مدفوع بالمستخدم (UXD). بدءًا من GTN واعترافًا بهدف Galaxy في تلبية احتياجات جميع الباحثين من جميع مناطق العالم ومع جميع أنواع احتياجات الوصول، قامت Galaxy بنشر العديد من الميزات لتعزيز الوصول. تشمل هذه الميزات:

تتراوح تحديثات Galaxy من تغييرات واجهة المستخدم إلى تجديدات أساسية في قاعدة الشيفرة واعتماد أفضل الممارسات. هنا يتم وصف الميزات التي تم نشرها لتمكين جميع التحسينات في فائدة Galaxy الموصوفة أعلاه.

تمت إضافة مجموعة من الميزات الجديدة إلى Galaxy دعمًا مباشرًا لجعل واجهة مستخدم Galaxy أكثر بديهية وأكثر صلة بالمعلومات المعروضة. تشمل هذه:

يمكّن الأدوات وسير العمل من الحصول على قدرات تسجيل دخول موحد لتجربة مستخدم سلسة. يمكن لمؤلفي الأدوات الاستفادة من هذه القدرات لتقليل الاحتكاك للمستخدمين حيث كان من الممكن أن يتطلب الأمر سابقًا تكرار المطالبة ببيانات اعتماد المستخدم.

يخزن Galaxy كل من بيانات المستخدم وبيانات المرجع نيابة عن الباحثين. من المهم توفير فهم واضح للمستخدمين حول ملف تخزينهم على خدمة Galaxy في إدارة التزامات الخدمة لتخزين البيانات. لتوفير إدارة بيانات أكثر إبلاغًا، تم توفير هذه الميزات الجديدة

للمشغلين الخدمة وللمستخدمين لتمكين اتخاذ القرار بشأن تخزين البيانات.

كأرشيفات مضغوطة، أو ككائنات RO-Crate (21)، وهو تنسيق أرشفة FAIR للأشياء البحثية بناءً على schema.orgو Bioschemas (الشكل 4). يمكن تصدير استدعاءات سير العمل (أو التشغيلات) إلى عدة تنسيقات، بما في ذلك RO-Crate، بالإضافة إلى BioComputeObjects، وهو معيار (IEEE 2791-2020) لتتبع معلومات الأصل لسلاسل البيانات الحيوية الخاصة بالتسلسل عالي الإنتاجية والتي تحتوي على بيانات وصفية إضافية تتعلق بتنفيذ سير العمل (الشكل 4). تم توسيع بنية تصدير سير العمل لدعم معايير تنسيق جديدة، من خلال إضافة جديدة سهلة للملحقات إلى الميزة. مثال بارز هو الملحق الجديد InvenioRDM. يتيح هذا الملحق للمستخدمين تصدير/استيراد مجموعات بيانات فردية أو تواريخ إلى أي مثيل InvenioRDM (الشكل 4). InvenioRDM هو حل مستودع لإدارة بيانات البحث (RDM) جاهز تم تطويره بواسطة CERN. إنه النظام الأساسي الأساسي المستخدم من قبل Zenodo، الذي بدوره يسمح باستيراد/تصدير البيانات بسهولة من Galaxy إلى Zenodo.

مشروع جالاكسي مدعوم من قبل مئات المساهمين النشطين في الشيفرة والأدوات وسير العمل والتدريب. يتيح هذا الانخراط لمجتمع المستخدمين أن يلعب دورًا رسميًا مهمًا في تخطيط الاتجاهات المستقبلية لمشروع جالاكسي. تشمل أدلة هذا الانخراط الاعتراف بجالاكسي في الوثائق العامة، مع الأوراق التي تذكر جالاكسي بين عامي 2022 و2024. المتابعون على خدمات المدونات الصغيرة هم مقياس آخر. وصل مشروع جالاكسي إلى أكثر من 14000 متابع على X (المعروف سابقًا بتويتر)، قبل أن تؤدي القواعد والسياسات المتغيرة في X إلى عدم توافقها مع قيم المشاركين، مما أدى إلى تخلي مشروع جالاكسي عن الاعتماد على X للتواصل. اعتبارًا من عام 2024، تم اعتماد نهج متعدد الخدمات، مع ماستودون (https://mstdn.science/@galaxyproject), مصفوفة (https://app. element.io/#/room/#galaxyproject_Lobby:gitter.imبلو سكاىhttps://bsky.app/profile/galaxyproject.bsky.social) ولينكد إن (https://www.linkedin.com/company/galaxyproject/جميع الوجهات لرسائل مشاريع جالاكسي.

يأتي الانخراط أيضًا من التواصل الواضح والمفتوح داخل مشروع جالاكسي. تم مراجعة الحوكمة ومجموعات العمل ومجموعات الاهتمام الخاصة (SIGs) لتوفير رعاية مناسبة لمشروع جالاكسي في المستقبل.

يتم إدارة مشروع المجرة من خلال الحكم الذاتي التشاركي. تشمل الهياكل الحكومية الرسمية مجلس إدارة المجرة التنفيذي (GEB) ومجلس مجتمع المجرة (GCB) ومجلس التقنية للمجرة (GTB) ومكتب إدارة المشروع (PMO).https://galaxyproject.org/community/تهدف GEB إلى تعزيز تمثيلها الدولي من خلال استقبال باحثين رئيسيين جدد وذوي خبرة من خلفيات متنوعة. يُنظر إلى هذا التوسع على أنه أمر حيوي لتعزيز مجتمع بحثي أوسع وأكثر شمولاً مع نمو Galaxy من مشاريع محلية إلى مبادرة عالمية.

تعتبر SIGs مجموعات من المتخصصين، يتعاونون ويتفاعلون ويساهمون في Galaxy، من خلال تطوير ومشاركة الموارد المتخصصة، ومن خلال توضيح والمساهمة في احتياجاتهم على المدى الطويل في تخطيط المشروع.//galaxyproject.org/community/sig/مدفوعة بالكامل من قبل مجتمعات المستخدمين، تم إعادة تنظيم المجموعات الخاصة (SIGs) بشكل كبير مؤخرًا لاستيعاب النمو، ناشئة من مجموعات المجتمع، التي تحدد نفسها حسب اللغة أو المناطق الجغرافية (مثل GTÑEspañol)، المشاريع العلمية (مثل الاستجابات لـ COVID-19)، ومجتمعات الممارسات البحثية المشتركة، مثل طرق تحليل الخلايا المفردة.

لقد نظمت هذه المجموعات الخاصة (SIGs) نفسها في مجموعة GCB، من أجل وضع أفضل الممارسات، وتطوير البنية التحتية والإرشادات لأنفسهم، وبناء تمثيل للمستخدمين. الهدف هو تبسيط جهود المجتمع وتوفير صوت موحد كجزء من حوكمة Galaxy. في الواقع، ومع الاعتراف بالفجوة المتزايدة بين المستخدمين والمطورين داخل مجتمع Galaxy المتوسع، أنشأت فريق واجهة المستخدم/تجربة المستخدم (UI/UX) اتصالًا قويًا مع هذه المجموعات الخاصة، من خلال إجراء مقابلات مع المستخدمين، وتأسيس معايير تجربة المستخدم على المنصة واختبار التدخلات. يتم توجيه الرؤى التي تم جمعها من أحداث التدريب – التي غالبًا ما تُدار جزئيًا من قبل المجموعات الخاصة – مرة أخرى إلى فريق UI/UX من خلال المقابلات والعروض التقديمية في الاجتماعات، مما يعزز دورة تحسين مستمرة.

تشمل بعض الأمثلة الحديثة لمخرجات SIG ما يلي:

كموفر خدمة مسؤول لمجتمع عالمي كثيف الموارد، يساعد مشروع جالاكسي في توضيح الأثر البيئي لإجراء الأبحاث، من خلال عرض الإنتاج المقدر لـ لكل وظيفة تم تنفيذها (الشكل 5).

تواصل جالاكسي التقدم في تقنيات البرمجيات الجديدة، وأنواع البيانات العلمية الجديدة والتطبيقات، ونماذج جديدة للبحث التعاوني. يشمل ذلك؛ خوادم بلسار المشتركة، واستخدام تخزين مؤقت، وتوسيع دعم مجالات البحث. في النهاية، يتم دفع ذلك بقيم أساسية لدعم البحث القابل للوصول، القابل للتكرار، والشفاف المدفوع من قبل المستخدمين. يشمل ذلك ضمان أن جالاكسي يمكن أن يتكامل مع مصادر البيانات الخارجية، والبنية التحتية الحاسوبية، وأدوات التحليل من الأطراف الثالثة، وبناء مجتمع قوي ومرحب وتعاوني من المستخدمين والمطورين وأصحاب المصلحة الذين يساهمون في التحسين المستمر لمنصة جالاكسي ونظامها البيئي. يعتمد مشروع جالاكسي بشكل كبير على مجتمع المستخدمين النشط لدينا، ونحن نراقب باستمرار، ونتكيف ونتطور لتلبية الاحتياجات المتغيرة لمجتمع البحث العلمي المفتوح.

جالاكسي متاح مجانًا علىhttps://galaxyproject.org.

إن نمو مشروع جالاكسي أصبح ممكنًا بفضل مجتمع متزايد من المستخدمين والمطورين ومديري الأنظمة والمعلمين من جميع أنحاء العالم. يعترف المجتمع بالخسارة المؤسفة الأخيرة للراحل سايمون غلادمان، المطور الرئيسي النشيط والشغوف لجالاكسي أستراليا من 2012 حتى نوفمبر 2022، والراحل جيمس جونسون، عضو طويل الأمد في مجتمع جالاكسي وقائد جالاكسي-بي ستار، واللذان سيفتقدان بشدة لمساهماتهما. يتم تذكرهما جنبًا إلى جنب مع جيمس تايلور (26) (https://github.com/usegalaxy-au/infrastructure/pull/1092) وستستمر أعمالهم في المجرة.

نحن ممتنون للغاية لمركز ACCESS-CI ومركز تكساس للحوسبة المتقدمة (TACC) لاستضافتهم https://usegalaxy.orgde.NBI-Cloud (البنية التحتية الوطنية الألمانية للبحث في المعلوماتية الحيوية) وUFR-RZ للاستضافةhttps://usegalaxy.eu، و BioCommons الأسترالية والشركاء (AARNet، QCIF، جامعة ملبورن، باوزي وNCI) لاستضافتهمhttps://usegalaxy.org.au.

NIH [U41 HG006620، U24 HG010263، U24 CA231877، U01 CA253481]؛ مؤسسة العلوم الوطنية الأمريكية [1661497، 1758800، 2216612]؛ الموارد الحاسوبية مقدمة من نظام تنسيق البنية التحتية المتقدمة (ACCESS-CI)، مركز تكساس للحوسبة المتقدمة، وسحابة JetStream2 العلمية. تمويل رسوم الوصول المفتوح: NIH.

ELIXIR هو ومنح السفر؛ برنامج الاتحاد الأوروبي هورايزون أوروبا [HORIZON-INFRA-2021-EOSC-01-04، 101057388]؛ برنامج الاتحاد الأوروبي هورايزون أوروبا تحت برنامج التنوع البيولوجي والاقتصاد الدائري والبيئة (REA.B.3، BGE 101059492)؛ وزارة التعليم والبحث الفيدرالية الألمانية، BMBF [031

A538A de.NBI-RBC]; وزارة العلوم والبحث والفنون بادن-فورتمبيرغ (MWK) في إطار LIBIS/de.NBI فرايبورغ.

تدعم جالاكسي أستراليا الأسترالية بيوكومونز، الذي يتم تمويله من خلال استثمارات الحكومة الأسترالية في NCRIS من بيوبلاتفورمز أستراليا والأسترالية للبيانات البحثية، بالإضافة إلى استثمار من برنامج RICF التابع لحكومة كوينزلاند.

دي.با.، د.ب.، ج.س.، ن.س.، ج.ج.، أ.ج. و أ.ن. لديهم مصلحة مالية كبيرة في GalaxyWorks، وهي شركة قد تكون لها مصلحة تجارية في نتائج هذا البحث والتكنولوجيا.

المؤلف المراسل: غاريث برايسg.price@uq.edu.auالمؤلفون المشاركون: أنطون نيكروتينكوanton@nekrut.org), بيورن أ. غرينينغ (بجو-
ern.gruening@gmail.com), مايكل سي. شاتز (mschatz@cs.jhu.edu)

المساهمون (بالترتيب الأبجدي)
لينيل آن ل أبوغ إنيس أفغان أوليفييه ألار أحمد ح عوان ويندي أ. باكون دانون بيكر مادلين باسيتّي بيرينيس باتو ماتياس بيرنت دانيال بلانكنبرغ أوريليانو بومبارلي أنتوني بريتودو كاثرين ج. برومهيد ميليسا إل بيرك باتريك ك كابون مارتن تشيك ماريا تشافيرو-دييز جون م. تشيلتون تايلر ج. كولينز فريدريك كوبينس نات كوراور جيانماورو كوكورو فابيو كومبو جون ديفيس بول ف دي جيست ويليم دي كونينغ مارتن ديمكو أسونتا دي سانتو خوسيه مانويل دومينغيز بيخينس ماريا أ. دويل بيرت دروزبيك أنيكا إيركسليبن-إيجنهوفر ميلاني سي فول جوليو فورمنتي آن فويليو رنداني غانغازه تانغي جينتون جيريمي غوكز أليخاندرا ن غونزاليس بيلتران نيوان أ. غوناسيكيرا ناديا غوي تيموثي ج. غريفين بيورن أ. غرينينغ أيسام غويرلر سفينونغ غوندرسن أوفي يوهان راغنار غوستافسون كريستينا هول توماس و. هاروب هيلغ هيشت عليرضا حيدري تيلمان هايسنر فلوريان هايل ساسكيا هيلتيمان هانس-رودولف هوتز كاميرون ج. هايد براتيك دي جاجتاب جوليا جاكيلا جيمس إي جونسون جاياديف جوشي ماري جوزيه خالد جمعة ماتوش كلاش كاتارزينا كامينيتسكا تونك كايكجي أوغلو ماركوس كونكول ليونيد كوستريكين ناتالي كوتشر أنوب كومار ميرا كونتس دلفين لارييفير روس لازاروس إيفان لو برا جيلداس لو كورغي جاستن لي سيمون ليو لياندرو ليبوري روماني ليبوان ديفيد لوبيز تابيرنيرو لوسيل لوبيز-ديليسل ليلى إس لوس ألكسندرو محمود إيغور ماكونين بيير مارين سبينا ميهتا ويني موك بابلو أ. مورينو فرانسوا مورييه-جينود ستيفن موشر تيريزا مولر إنجي نصر أنتون نيكروتينكو تيفاني م. نيلسون أسيما جي أوبا ألكسندر أوستروفسكي بولينا ف. بولونينا كريستوف بوتيرلوفيتش إليوت جي برايس غاريث ر. برايس هيلينا راش براين راوبينولت كولين رويال لوك سارجنت ميشيل تي سافاج فولوديمير سافشينكو دينيس سافشينكو مايكل سي شاتز بولين سيغينو بياتريس سيرانو-سولانو نيكولا سورانزو سانجاي كومار سريكولام كيث سوديرمان آنا إي سايم ماركو أنطونيو تانغارو جوناثان أ تيدز محمد تكمان واي تشينغ (مايك) ثانغ أنيل إس ثانكي مايكل أول ماريوس فان دن بيك ديبتي فارشني جين فيسيو بافانكومار فيدم غريغ فون كوستر غريغوري ر. واتسون ناتالي ويتاكر-ألين أوفي وينتر مارتن وولستنكروفت فيديريكو زامبيلي بول زيريب راندا زعبي

الانتماءات

User demand for an easily accessible data analytics service, deployed on computing infrastructure capable of meeting the needs of complex computing in research, has resulted in the Galaxy Project supporting, in its 19th year of ongoing operation, a rapid increase in throughput globally . Galaxy provides analytical tools that can be used individually or linked into complex workflows with intermediate data outputs capable of triggering logic conditionals within the workflow. Recent enhancements allow researchers to run workflows on data of variable quality, and have the workflow buffered to systematically explore experimental variability (https://gxy.io/GTN:T00164). Large scale research is necessarily collaborative, and Galaxy’s capacity to both securely share and publish data and workflows supports efficient collaboration, training, and data reuse. Recent changes to the Galaxy
user interface discussed below have made sharing more visible.

Collectively, the usegalaxy.* services in the United States, Australia, and Europe have amassed registered users, and supports individual users running jobs on average each month of 2023. Usegalaxy.* service statistics are publicly available at https: //status.galaxyproject.org/, with detailed operational data for Australia and Europe at https://stats.usegalaxy.org.au/ and https://stats.galaxyproject.eu/, respectively. Users have access to scientific tools, supporting different types of input data, enabling a wide variety of analyses in both the life and physical sciences, including astronomy, genomics, proteomics, metabolomics, materials science, imaging, and cytometry. Efficient, reproducible complex analytical pipelines can be created by joining tools from any domain with

‘noodles’ on the workflow canvas. Analysis outputs can be explored with >50 types of inbuilt visualizations, and a simple URL can be shared with collaborators, which encapsulates all the data, analyses settings, tool versions, and workflows needed for replication.

Galaxy makes thousands of third-party open-source analysis packages easy to use, and interoperable without any user supplied code. For any new analysis package to become a tool, a developer prepares a Galaxy wrapper once, and uploads it to the sharable Galaxy global tool ‘appstore’ called the Galaxy Toolshed (https://toolshed.g2.bx.psu.edu/). Each Galaxy service supports a core common tool set, and offers a wide range of other tools, the exact combination of which is driven by user demand. The tools are then categorized by scientific use and/or datatypes involved. Further, the option to host tools on Galaxy is conditional on the tools’ computational needs (e.g. GPGPUs, high-memory), licence stipulations of tool use, and the ability for it to be wrapped as a standard or interactive tool, all of which have been improved in the latest Galaxy updates (https://docs.galaxyproject.org/en/master/ releases/index.html).

The Galaxy Toolshed now hosts over 9500 distinct and modular software packages, i.e. tools, available to Galaxy Administrators for easy installation on any Galaxy service. The breadth of analytical options available as installed tools can add value for end users but can also be overwhelming. User feedback, both active formal UX documentation and passive user-initiated feedback, have identified that even a fraction of the tools hosted on a Galaxy service can confuse the process of finding any specific tool. For example, a user looking for a singular tool on the usegalaxy.* servers have to navigate through sets of 1770 (Galaxy US), 3320 (Galaxy EU) and 1730 (Galaxy AU) tools. This can be daunting, even when considering the help provided through tool categorisation and EDAM ontology labels (3).

Galaxy Europe first provided a solution to empower researchers with a common interest or who undertake a set of activities frequently. The subdomains focus on a particular research domain or technology modality (Figure 1). The content, tools and resources available are ‘tailored’ to each domain – i.e. making sure that the resources are a good fit for routine real-world research practice. Galaxy Australia also now makes use of this option, naming its offering Galaxy Labs (Figure 1). These labs offer a concentration of tools, workflows, and resources allowing new and regular practitioners of that field ready access to the most common options they need, whilst still offering all the other Galaxy features they could use. Importantly, a user logged in on a Galaxy offering labs/subdomains has full access to their data (histories), workflows, shared data, across all labs and the main service page. Galaxy Labs also align with Galaxy Project’s strategic initiative to support global research consortia, such as the Vertebrate Genome Project (VGP) (4) and Earth BioGenome Project (EBP) (5). Important regional examples include the adoption of Galaxy within the European Partnership for the Assessment of Risks from Chemicals (EU-

PARC; https://www.eu-parc.eu/) (6), WP4 Task 4.3.1.d, as a platform of choice for processing small molecule mass spectrometry datasets, and separately for processing of mass spectrometry datasets generated via the Czech node (coordinator) of the European Environmental Exposure Assessment Research Infrastructure (EIRENE-CZ; https://www.eireneri.eu/). In Australia, the Threatened Species Initiative uses Galaxy Australia as its primary genomics analytical service (https://threatenedspeciesinitiative.com/genome-assembly/).

Increased tool complexity and capacity is evident in Galaxy through recent tool offerings utilising GPGPU infrastructure. Tool execution environment resourcing is not a consideration for Galaxy users but is easily configured by Galaxy infrastructure providers. GPGPU-based tools (AlphaFold2.0/multimer (7), ChatGPT (8) and AI-based tools run in JupyterLab (7)) are highly requested and are delivered through local access to GPGPU or through commercial cloud provision, across the usegalaxy.* services. In the case of Galaxy Australia, this work necessitated the deployment of a Pulsar on the Australian instance of Microsoft Azure. The demand for AlphaFold2.0/multimer in Australia has branched into utilization of NVIDIA GPUs and more recently the code has been adapted to also work on AMD GPUs, to decouple the tool use from a specific set of hardware requirements and to allow the tool to be deployed on a greater range of worker node configurations. Within the US, Galaxy leverages GPGPU and other compute resources via the NSFsponsored ACCESS-CI network, and now supports the widely used AlphaFold/CollabFold algorithms (9), GPU-based signal processing tools for ONT sequencing data (10), and other highly requested GPU tools. In support of global genome assembly consortiums, the GPGPU tool Helixer has been deployed onto usegalaxy.* services and is expected to drive GPGPU utilisation in support of programs such as the European Reference Genome Atlas (ERGA, https://www.ergabiodiversity.eu/) and VGP. Future Galaxy Project updates are predicted to increasingly utilize GPGPU and tensor processing unit (TPU)-dependent tools.

A primary driver for Galaxy’s success has been its foundation in the principles of open-source development. However, this has limited the implementation of tools for Galaxy that have a non-open-source licensing arrangement. In some cases, development of an open-source equivalent has minimal delay after commercial solutions become available; MaxQuant (11) as a pan-proteomics tool is one such example. In rare cases where open-source development cannot keep pace with commercial solutions or user demands, Galaxy has increasingly turned to offering licenced options, for example: CellRanger and FGeneSH++ . Working in the interest of users, this provides a solution, which is the primary goal. It involves a local administrative burden in controlling access and licence agreements. The Galaxy community hopes that sufficient evidence of utility will make a compelling case for vendors to reconsider their licensing agreements to increase exposure to their tools (and brand) through Galaxy usage that acknowledges their contribution.

Any individual tool or workflow is only useful if it can be discovered in the first place, and this discoverability extends to the core functions of the software. In effect, a researcher should be able to discover an analytical solution using either the specific software name and associated metadata, or on the basis that they are seeking a particular functionality. In either case, the discovery of tool and workflow metadata has become increasingly important for both users and administrators of Galaxy. Existing capacity to share this metadata across life science domains that make use of Galaxy will greatly increase the scientific impact of these improvements. A solution for individual tools recently developed, with an initial focus on microbiology, is at https://galaxyproject.org/ community/sig/microbial/#tools. This interactive searchable table combines metadata sourced from Galaxy tool wrappers (via Planemo), Galaxy instance APIs (adding tool availability), ELIXIR bio.tools (https://bio.tools/) (adding EMBRACE Data And Methods’ (EDAM terms (3)), BioConda (14) (checking if tools are current), and a community-curated worksheet (flagging tools to be excluded). Galaxy already supports versioning through the Workflow editor (i.e. the canvas). However, the need to share workflows collaboratively using persistent identifiers, and to align with the FAIR principles for research software (15), has led to integration with workflow registries like WorkflowHub (https://workflowhub.eu/) and Dockstore
(16). From WorkflowHub, researchers can select a ‘Run on usegalaxy.eu‘, which triggers workflow import to Galaxy Europe; from Dockstore, a Galaxy workflow can be imported into any of the three major usegalaxy.* servers. Within Galaxy, a user can search either WorkflowHub or Dockstore using their GA4GH Tool Registry Service (TRS) implementations (17), alongside existing options for workflow import from local files and public URLs.

A long-standing and core feature of Galaxy is its ability to deliver accessible, convenient and highly reproducible training, in scheduled trainer-supported programs, or as selfdirected active learning. The Galaxy Training Network (GTN; http://training.galaxyproject.org) (18) is the complementary service that hosts tutorials, guides, and infrastructure for feedback/improvements on content. The GTN offers >400 tutorials across 25 scientific and 6 technical topics, written by contributors.

The GTN strives to maintain tutorials, keeping them synchronized with changes in research practice, updating 366 tutorials ( ) in the past year alone. Nine new topics have been added including Single Cell Analysis, SARS-CoV-2, One

Health, Evolution, Materials Science, and Synthetic Biology. The topic focus has expanded from purely scientific topics to include broader topics such as the new ‘FAIR data analysis’ topic, which aims to guide learners to make their data and workflows FAIRer via hands-on tutorials. Additionally, a ‘Data science’ topic has been added covering basics of Python, R, SQL and snakemake (19) using interactive notebooks which can be run inside Galaxy as interactive tools, or independently of Galaxy. This work has been supported by the addition of over 70 new contributors to the GTN in the past 2 years, which alongside the existing contributor community have added a total of 133 tutorials to Galaxy since April 2022. Finally, an exploratory collaboration with AI4Life (https://ai4life.eurobioimaging.eu/) has produced several slide decks introducing learners to the BioimageModelZoo. The GTN hosts these training materials on custom-branded pages to provide scientific consortia with a way to host their training materials with minimal maintenance burden, even though they have no direct connection with Galaxy.

Alongside the steady increase in tutorial numbers, the framework itself is also continually improved. New features are developed, to support the utility of the GTN for both learners and educators. These include:

In addition to the frequent training events organized by the broader Galaxy community, the large-scale global Galaxy Smörgåsbord training event, started in 2021, has been repeated in the past two years, attracting 3082 (2022) and 2965 (2023) registrations. These events offered fully remote, highly flexible, asynchronous, video-based learning with support from the Galaxy community on Slack. Learners could design their own program based on their own experience and interests, and determine their own schedules based on their own time constraints.

In support of GTN and Galaxy-based training events in terms of compute resources, we have developed and released Training-Infrastructure-as-a-Server (TIaaS) (20). TIaaS allows Galaxy administrators to reserve compute resources for training events, to minimise queue times for participants. Educators additionally get access to a dashboard that shows an overview of the status of participant’s tool runs, allowing them to easily view progress and identify problems, even in a remote teaching setting. In the past 70 months, over 500 training events with over 24000 learners have used TIaaS for Galaxy training.

The increasingly complex offerings within Galaxy have been matched by the improvements to the usability of Galaxy, through the application of user-driven design (UXD). Beginning in the GTN and in recognition of Galaxy’s aim to cater to all researchers from all regions of the global and with all manner of accessibility needs, Galaxy has deployed several features to enhance accessibility. These include:

Galaxy updates range from user interface changes to fundamental code base refreshes and best practice adoption. Herein are described the features deployed to enable all the improvements in the utility of Galaxy described above.

A suite of new features have been added to Galaxy in direct support of making the Galaxy UI more intuitive and more relevant in the information displayed. These include:

enables tools and workflows to have single-sign-on capabilities for a seamless user experience. Tool authors are able to utilise these capabilities to reduce friction for users where previously, repeated prompting for user credentials may have been required.

Galaxy stores both user data and reference data on behalf of researchers. Providing users with a clear understanding of their storage profile on a Galaxy service is important in managing the service obligations for storing data. To provide more informed data management these new features have

been made available to service operators and to users to empower decision making on data storage .

as compressed archives, or as RO-Crate objects (21), a FAIR archiving format of Research Objects based on schema.org and Bioschemas (Figure 4). Workflow invocations (or runs) can be exported to multiple formats, including RO-Crate, as well as BioComputeObjects, a standard (IEEE 2791-2020) for tracking provenance information of bioinformatics pipelines for highthroughput sequencing containing additional metadata pertaining to the workflow execution (Figure 4). Workflow export infrastructure has been extended to support new format standards, through the easy addition of new plugins to the feature. A significant example is the new InvenioRDM plugin. This plugin allows users to export/import single datasets or histories to any InvenioRDM instance (Figure 4). InvenioRDM is a turn-key research data management (RDM) repository solution developed by CERN. It is the underlying platform used by Zenodo, which in turn allows for easy import/export data from Galaxy to Zenodo.

The Galaxy Project is supported by hundreds of active contributors to the code, tools, workflows, and training. This engagement allows the user community to play an important formal role in planning the future directions of Galaxy Project. Evidence of this engagement includes acknowledgment of Galaxy in public documentation, with papers citing Galaxy between 2022 and 2024. Followers on microblogging services are another metric. Galaxy Project reached over 14000 followers on X (formerly Twitter), before changed rules and policies at X ceased to align with the values of participants, leading to Galaxy Project abandoning reliance on X for communication. From 2024, a multi-service approach has been adopted, with Mastodon (https://mstdn.science/@galaxyproject), Matrix (https://app. element.io/#/room/#galaxyproject_Lobby:gitter.im), BlueSky (https://bsky.app/profile/galaxyproject.bsky.social) and LinkedIn (https://www.linkedin.com/company/galaxyproject/) all destinations for Galaxy Projects messaging.

Engagement also comes from clear and open communication within Galaxy Project. The governance, working group and special interest groups (SIGs) have been revised to provide appropriate custodianship of Galaxy into the future.

The Galaxy Project is managed by participatory selfgovernance. Formal governance structures include the Galaxy Executive Board (GEB), Galaxy Community Board (GCB), Galaxy Technical Board (GTB) and the Project Management Office (PMO) (https://galaxyproject.org/community/ governance/). The GEB aims to enhance its international representation by welcoming new and experienced principal investigators from diverse backgrounds. This expansion is viewed as crucial for fostering a broader and more inclusive research community with the growth of Galaxy from local projects to a global initiative.

SIGs are groups of specialists, collaborating, engaging with and contributing to Galaxy, through development and sharing of specialized resources, and by clarifying and contributing their longer term needs to Project planning (https: //galaxyproject.org/community/sig/). Entirely driven by user communities, SIGs have recently been reorganized extensively to accommodate growth, emerging from community groups, self-identified by language or geographic regions (e.g. GTÑEspañol), scientific projects (e.g. responses to COVID-19), and communities of shared research practice, such as single-cell analyses methods.

These SIGs have self-organized into the GCB, to establish best practices, develop infrastructure and guidelines for themselves, and build user representation. The goal is to streamline community efforts and provide a unified voice as part of the Galaxy governance. Indeed, recognizing the growing gap between users and developers within the expanding Galaxy community, the User Interface/User Experience (UI/UX) team has established a strong connection with these SIGs, interviewing users, establishing platform user experience benchmarking and testing interventions. Insights gathered from training events-often, if not always run in part by SIGs-are then channelled back to the UI/UX team through interviews and presentations at meetings, fostering a continuous improvement cycle.

A few recent examples of SIG outputs include:

As a responsible service provider to a resource intensive global community, the Galaxy Project helps clarify the environmental impact of conducting research, by showing the estimated production of for every job executed (Figure 5).

Galaxy continues to advance on new software technologies, new scientific datatypes and applications, and new paradigms for collaborative research. This includes; shared Pulsar servers, utilization of scratch storage and broadening research domain support. Ultimately this is driven by the core values to support accessible, reproducible, and transparent user-driven research. This includes ensuring that Galaxy can integrate with external data sources, computational infrastructure and third party analysis tools, and building a strong, welcoming, collaborative community of users, developers, and stakeholders who contribute to the ongoing improvement of the Galaxy platform and ecosystem. The Galaxy Project relies extensively on our vibrant user community, and we continuously monitor, adapt and evolve to meet the changing needs of the open science research community.

Galaxy is freely available at https://galaxyproject.org.

The growth of the Galaxy project is made possible by a growing community of world-wide users, developers, system administrators, and educators. The community acknowledges the recent sad loss of the late Simon Gladman, energetic and passionate lead developer of Galaxy Australia from 2012 to November 2022, and the late James Johnson, long standing member of the Galaxy Community and leader of Galaxy-P Star, both of whom will be sorely missed for their contributions. They are remembered alongside James Taylor (26) (https://github.com/usegalaxy-au/infrastructure/pull/ 1092) and their work will live on in Galaxy.

We are extremely grateful to the ACCESS-CI, Texas Advanced Computing Center (TACC) for hosting https: //usegalaxy.org, de.NBI-Cloud (German National Bioinformatic Research Infrastructure) and the UFR-RZ for hosting https://usegalaxy.eu, and the Australian BioCommons and partners (AARNet, QCIF, University of Melbourne, Pawsey and NCI) for hosting https://usegalaxy.org.au.

NIH [U41 HG006620, U24 HG010263, U24 CA231877, U01 CA253481]; US National Science Foundation [1661497, 1758800, 2216612]; computational resources are provided by the Advanced Cyberinfrastructure Coordination Ecosystem (ACCESS-CI), Texas Advanced Computing Center, and the JetStream2 scientific cloud. Funding for open access charge: NIH.

ELIXIR IS and Travel grants; EU Horizon Europe [HORIZON-INFRA-2021-EOSC-01-04, 101057388]; EU Horizon Europe under the Biodiversity, Circular Economy and Environment program (REA.B.3, BGE 101059492); German Federal Ministry of Education and Research, BMBF [031

A538A de.NBI-RBC]; Ministry of Science, Research and the Arts Baden-Württemberg (MWK) within the framework of LIBIS/de.NBI Freiburg.

Galaxy Australia is supported by the Australian BioCommons which is funded through Australian Government NCRIS investments from Bioplatforms Australia and the Australian Research Data Commons, as well as investment from the Queensland Government RICF program.

D.Ba., D.Bl., J.C., N.C., J.G., A.G. and A.N. have a significant financial interest in GalaxyWorks, a company that may have a commercial interest in the results of this research and technology.

Corresponding author: Gareth Price (g.price@uq.edu.au) Co-corresponding authors: Anton Nekrutenko (anton@nekrut.org), Björn A. Grüning (bjo-
ern.gruening@gmail.com), Michael C. Schatz (mschatz@cs.jhu.edu)

Contributors (alphabetical)
Linelle Ann L Abueg , Enis Afgan , Olivier Allart , Ahmed H Awan , Wendi A Bacon , Dannon Baker , Madeline Bassetti , Bérénice Batut , Matthias Bernt , Daniel Blankenberg , Aureliano Bombarely , Anthony Bretaudeau , Catherine J Bromhead , Melissa L Burke , Patrick K Capon , Martin Čech , María Chavero-Díez , John M Chilton , Tyler J Collins , Frederik Coppens , Nate Coraor , Gianmauro Cuccuru , Fabio Cumbo , John Davis , Paul F De Geest , Willem de Koning , Martin Demko , Assunta DeSanto , José Manuel Domínguez Begines , Maria A Doyle , Bert Droesbeke , Anika Erxleben-Eggenhofer , Melanie C Föll , Giulio Formenti , Anne Fouilloux , Rendani Gangazhe , Tanguy Genthon , Jeremy Goecks , Alejandra N Gonzalez Beltran , Nuwan A Goonasekera , Nadia Goué , Timothy J Griffin , Björn A Grüning Aysam Guerler , Sveinung Gundersen , Ove Johan Ragnar Gustafsson , Christina Hall , Thomas W Harrop , Helge Hecht , Alireza Heidari , Tillman Heisner , Florian Heyl , Saskia Hiltemann , Hans-Rudolf Hotz , Cameron J Hyde , Pratik D Jagtap , Julia Jakiela , James E Johnson , Jayadev Joshi , Marie Jossée , Khaled Jum’ah , Matúš Kalaš , Katarzyna Kamieniecka , Tunc Kayikcioglu , Markus Konkol , Leonid Kostrykin , Natalie Kucher , Anup Kumar , Mira Kuntz , Delphine Lariviere , Ross Lazarus , Yvan Le Bras , Gildas Le Corguillé , Justin Lee , Simone Leo , Leandro Liborio , Romane Libouban , David López Tabernero , Lucille Lopez-Delisle , Laila S Los , Alexandru Mahmoud , Igor Makunin , Pierre Marin , Subina Mehta , Winnie Mok , Pablo A Moreno , François Morier-Genoud , Stephen Mosher , Teresa Müller , Engy Nasr , Anton Nekrutenko , Tiffanie M Nelson , Asime J Oba , Alexander Ostrovsky , Polina V Polunina , Krzysztof Poterlowicz , Elliott J Price , Gareth R Price , Helena Rasche , Bryan Raubenolt , Coline Royaux , Luke Sargent , Michelle T Savage , Volodymyr Savchenko , Denys Savchenko , Michael C Schatz , Pauline Seguineau , Beatriz Serrano-Solano , Nicola Soranzo , Sanjay Kumar Srikakulam , Keith Suderman , Anna E Syme , Marco Antonio Tangaro , Jonathan A Tedds , Mehmet Tekman , Wai Cheng (Mike) Thang , Anil S Thanki , Michael Uhl , Marius van den Beek , Deepti Varshney , Jenn Vessio , Pavankumar Videm , Greg Von Kuster , Gregory R Watson , Natalie Whitaker-Allen , Uwe Winter , Martin Wolstencroft , Federico Zambelli , Paul Zierep , Rand Zoabi

Affiliations