الأبحاث في مجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)
-
تحسين فائدة بيانات زينيوم في الموقع من خلال تقييم الجودة وتحليل أفضل ممارسات سير العمل
Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows2025 | المؤلف: Sergio Marco Salas وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم قسم ورقة البحث نظرة عامة على منصة Xenium In Situ، وهي تقنية جديدة للتعبير الجيني المكاني تم تطويرها بواسطة 10x Genomics، والتي تمكن من رسم خرائط لمئات الجينات بدقة تحت خلوية. في ضوء العدد المتزايد من تقنيات التعبير الجيني المكاني المتاحة، يؤكد المؤلفون على أهمية اختيار المنصات المناسبة والالتزام بإرشادات التحليل. تدرس الدراسة 25…
-
المناعة الفطرية الذاتية الخلوية بواسطة ببتيدات الدفاع المستمدة من البروتيازوم
Cell-autonomous innate immunity by proteasome-derived defence peptides2025 | المؤلف: Karin Goldberg وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، تم استرجاع تسلسلات الببتيدات المضادة للميكروبات (AMP) بشكل منهجي من أربعة قواعد بيانات متاحة للجمهور: CAMP(R4)، DRAMP، DBAASP، وdbAMP. شملت مجموعة البيانات ليس فقط تسلسلات AMP ولكن أيضًا بيانات وصفية ذات صلة مثل معرف البروتين، التسلسل، مصدر الكائن الحي، والنشاط البيولوجي. لضمان سلامة التحليل، طبق الباحثون معيار تصفية يركز حصريًا على الببتيدات…
-
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية
Large scale investigation of GPCR molecular dynamics data uncovers allosteric sites and lateral gateways2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
-
دمج نماذج لغة البروتين والمصنع الحيوي التلقائي لتعزيز تطور البروتين
Integrating protein language models and automatic biofoundry for enhanced protein evolution2025 | المؤلف: Qiang Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم الدراسة نهجًا جديدًا في هندسة البروتينات يدمج التعلم الآلي وتقنيات البيوفوندري الآلية لتعزيز عملية التطور الموجه التقليدية. من خلال استخدام نموذج لغة البروتين ESM-2، طور الباحثون منصة تطور تلقائية تعمل ضمن نظام حلقة مغلقة، مما يسهل دورة التصميم-البناء-الاختبار-التعلم. تبدأ هذه النظام عملية التطور من خلال إجراء توقعات بدون عينة لـ 96 نوعًا من البروتينات،…
-
الكتّاب والقرّاء وممحيات ميثيلوم N6-ميثيل أدينوسين (m6A) في اللفت الزيتية: التعريف، التطور الجزيئي، وتحليل التعبير
Writers, readers, and erasers of N6-Methyladenosine (m6A) methylomes in oilseed rape: identification, molecular evolution, and expression profiling2025 | المؤلف: Chaofan Shan وآخرون | المجلة: BMC Plant Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث هذه الدراسة في نظام تعديل RNA m6A في Brassica napus، وهو محصول زيت رئيسي، مع تسليط الضوء على أهميته في نمو النبات وتطوره واستجابته للضغوط. تحدد الدراسة 92 جينًا من جينات تنظيم m6A، مصنفة إلى 13 كاتبًا، و29 مزيلًا، و50 قارئًا، والتي يتم تصنيفها أيضًا إلى سلالات تطورية متميزة. يُعزى توسع هذه العائلات الجينية…
-
تكنولوجيا النانو المستوحاة من الطبيعة لنقل RNA إلى الخلايا النخاعية وسلالاتها في نخاع العظام
Nature-inspired platform nanotechnology for RNA delivery to myeloid cells and their bone marrow progenitors2025 | المؤلف: Stijn R. J. Hofstraat وآخرون | المجلة: Nature Nanotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث تطوير منصة متقدمة من الجسيمات النانوية (aNP) مصممة للتوصيل المستهدف للأحماض النووية، وخاصة إلى خلايا المناعة وخلايا الجذع والنواة الدموية (HSPCs) في نخاع العظام. تمثل الجسيمات النانوية (aNPs)، التي تتميز بقطر يبلغ حوالي 91 نانومتر وتوزيع حجم موحد، بنية هيكلية كروية قشرية مشابهة للجسيمات النانوية غير المعلمة. تتيح هذه المنصة الدمج المستقر لمجموعة…
-
نموذج تجميعي معزز بـ XGBoost باستخدام ميزات هجينة تمييزية لتوقع مواقع السومويلات
XGBoost-enhanced ensemble model using discriminative hybrid features for the prediction of sumoylation sites2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BioData Mining | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية التعديلات بعد الترجمة (PTMs)، وخاصة السومويلايشن، في تنظيم وظائف البروتينات وتأثيراتها على الأمراض مثل باركنسون والزهايمر. تقدم الدراسة XGBoost-Sumo، وهو نموذج تنبؤي مصمم لتحديد مواقع السومويلايشن من خلال دمج بيانات هيكل البروتين وتسلسلها. باستخدام آلية انتباه قائمة على المحولات وطريقة PsePSSM-DWT لاستخراج الميزات، يجمع النموذج بين تمثيلات الكلمات مع أوصاف تطورية.…
-
استهداف الموت الخلوي المنظم: الاستماتة، النخر المبرمج، الموت الناري، الموت الحديدي، والموت النحاسي في المناعة المضادة للسرطان
Targeting regulated cell death: Apoptosis, necroptosis, pyroptosis, ferroptosis, and cuproptosis in anticancer immunity2025 | المؤلف: Ziyu Guo وآخرون | المجلة: Journal of Translational Internal Medicine | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تتناول المراجعة أهمية مسارات موت الخلايا المنظم (RCD) في تعزيز المناعة المضادة للأورام، مع التركيز على دورها في تعديل البيئة الدقيقة للورم (TME) لقمع تقدم السرطان. تفحص أشكال مختلفة من RCD، بما في ذلك الاستماتة، والنخر المبرمج، والاحتراق، والحديد، والنحاس، وتفاعلاتها. يبرز المؤلفون كيف تنشط هذه العمليات خلايا تقديم المستضدات وتعزز تنشيط خلايا T من…
-
نهج محسّن كمي للكشف عن سرطان الثدي باستخدام SqueezeNet-SVM
A quantum-optimized approach for breast cancer detection using SqueezeNet-SVM2025 | المؤلف: Anas Bilal وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نهج هجين جديد، يسمى Q-BGWO-SQSVM، لتصنيف سرطان الثدي الذي يدمج بين مُحسّن الذئب الرمادي الثنائي المستوحى من الكم (Q-BGWO) مع SqueezeNet وآلات الدعم المتجهة (SVM). يعالج هذا الأسلوب قيود أنظمة التشخيص بمساعدة الكمبيوتر الحالية (CAD)، مثل الإفراط في التكيف والاعتماد على مجموعات بيانات موسومة كبيرة، من خلال تعزيز دقة معالجة وتفسير صور الماموجرام.…
-
خريطة المشهد البيوكيميائي للروبيسكو
A map of the rubisco biochemical landscape2025 | المؤلف: Noam Prywes وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)روبيسكو، الإنزيم الأساسي لثاني أكسيد الكربون في الغلاف الحيوي، يظهر حركيات بطيئة ويقدم تحديات لتحسينات الهندسة بسبب معاييره البيوكيميائية المعقدة. تقدم هذه الدراسة اختبارًا متوازيًا ضخمًا باستخدام سلالة مهندسة من *Escherichia coli* لاستكشاف منهجي لمشهد التسلسل-الوظيفة للروبيسكو من *Rhodospirillum rubrum*. من خلال تقييم أكثر من 99% من الطفرات أحادية الأحماض الأمينية تحت تركيزات مختلفة من…