الأبحاث في مجلة: Bioinformatics




  • بصمات جزيئية هي نماذج قوية لتوقع وظيفة الببتيد

    2026 | المؤلف: Jakub Adamczyk وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)

    تبحث الدراسة في فعالية استخدام بصمات جزيئية بسيطة ومحددة المجال لتوقع خصائص الببتيدات، متchallenging الافتراض بأن نمذجة التفاعلات الجزيئية بعيدة المدى ضرورية. تستخدم الدراسة بصمات تعتمد على العد مثل بصمات الاتصال الموسعة (ECFP) والتواء الطوبولوجيا وبصمات RDKit بالتزامن مع LightGBM عبر 132 مجموعة بيانات، بما في ذلك LRGB وخمسة معايير إضافية للببتيدات. تكشف النتائج أن…

  • SERAPHIM 2.0: صندوق أدوات موسع لدراسة الحركات المستندة إلى المعلومات النشوءية

    2026 | المؤلف: Simon Dellicour وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: علم الوراثة (Genetics)

    تم تقديم النسخة الثانية من حزمة R “seraphim” كأداة شاملة لمعالجة وتحليل المخرجات من إعادة بناء الفيلوجرافيا المكانية، وهي طريقة تُستخدم بشكل متكرر في علم الأوبئة الجزيئية لتتبع تاريخ انتشار وعوامل الزمن والمكان للفيروسات سريعة التطور. تتضمن هذه الحزمة المحدثة مجموعة متنوعة من الميزات مثل (i) أدوات التصور للاستنتاجات الفيلوجرافية، (ii) مقاييس لتقدير انتشار السلالات،…

  • إعادة النظر في مجال القوة FoldX، نسخة محسّنة

    2025 | المؤلف: Javier Delgado وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    في هذا القسم، يصف المؤلفون تطوير نسخة محسنة من مجال القوة FoldX، مدفوعين بالحاجة إلى تحسين الدقة في التنبؤ بطفرات استقرار البروتين. قاموا بتجميع قاعدة بيانات شاملة، وهي مجموعة بيانات استقرار FoldX (FSD)، تتكون من 5556 طفرات، تم تحديد 2484 منها على أنها طفرات ذات ثقة عالية بناءً على هياكل الأشعة السينية غير المتكررة بدقة…