الأبحاث في مجلة: PLoS Computational Biology
-
تكشف الرسوم البيانية للتدهور عن نشاط بروتيني مخفي في الببتيدومات Degradation graphs reveal hidden proteolytic activity in peptidomes
2026 | المؤلف: Erik Hartman وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تقدم البحث إطارًا جديدًا يسمى رسوم بيانية للتدهور لتعزيز تحليل تدهور البروتين، وهو أمر حاسم لفهم ديناميات البروتينات وتوليد الببتيدات النشطة حيويًا. غالبًا ما تعالج طرق تحليل البيانات التقليدية الببتيدات ككيانات معزولة، متجاهلة دورها كوسائط في عمليات القطع المتسلسلة. ي conceptualizes إطار رسوم بيانية للتدهور التحلل البروتيني كشبكة موجهة غير دورية من أحداث القطع، مما…
-
نظرية للحالات المتوازنة المستدامة ذاتيًا في غياب التيارات الخارجية القوية A theory for self-sustained balanced states in absence of strong external currents
2026 | المؤلف: David Angulo‐García وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأعصاب الإدراكي (Cognitive Neuroscience)في هذه الدراسة، يستكشف المؤلفون آلية جديدة لتحقيق التوازن بين الإثارة وال inhibition في الشبكات العصبية المتكررة، مع التركيز على دور الاكتئاب المشبكي قصير المدى (STD) على المشابك المثيرة. على عكس آليات التوازن الكلاسيكية التي تعتمد على المدخلات الخارجية القوية للحفاظ على معدلات إطلاق محدودة، تتيح الآلية المقترحة توازنًا ديناميكيًا لنشاط الشبكة دون الحاجة إلى…
-
إطار عمل للدمج عبر الأنماط قائم على نموذج لغة مدرب مسبقًا لتوقع ارتباطات مقاومة وحساسية الأدوية للـ miRNA A pre-trained language model-based cross-modal fusion framework for predicting miRNA-drug resistance and sensitivity associations
2026 | المؤلف: NAN SHENG وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تلعب الميكرو RNA (miRNAs) دورًا حاسمًا في تعديل مقاومة الأدوية وحساسيتها في خلايا السرطان، حيث تعمل إما كمثبطات للأورام أو كأورام خبيثة. غالبًا ما تكون الطرق التجريبية التقليدية لتحديد استجابات الأدوية التي تتوسطها الميكرو RNA كثيفة الموارد، مما يدفع لاستكشاف الأساليب الحسابية. تقدم هذه الدراسة PLMF-MDA، وهو نموذج لغة مدرب مسبقًا (PLM) يعتمد على نموذج…
-
تعلم آثار الاضطراب الجيني باستخدام الاستدلال السببي المتغير Learning genetic perturbation effects with variational causal inference
2026 | المؤلف: Emily Liu وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة التقدم في تقنيات التسلسل، مع تسليط الضوء بشكل خاص على دور Perturb-seq في تعزيز فهم تنظيم الجينات من خلال تحليل النسخ الجيني عالي الدقة على مستوى الخلية الفردية. لهذا التقدم تداعيات كبيرة على الجينوم الوظيفي وتحديد الأهداف العلاجية. بينما تم تطوير نماذج حسابية مختلفة للتنبؤ بتأثيرات الاضطرابات الجينية، غالبًا ما تكافح نماذج…
-
التقاط التباين الفردي في تخطيط الدماغ للأطفال خلال نوم NREM Capturing individual variation in children’s electroencephalograms during nREM sleep
2026 | المؤلف: Verna Heikkinen وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأعصاب الإدراكي (Cognitive Neuroscience)تبحث الدراسة في تفرد واستقرار بصمات الدماغ العصبية المستمدة من طيف الطاقة لتخطيط الدماغ الكهربائي (EEG) خلال مراحل النوم غير السريع (N1 و N2) في مجموعة من 782 طفلًا يتطورون بشكل طبيعي تتراوح أعمارهم بين 6 أسابيع إلى 19 عامًا. باستخدام الانحدار البايزي منخفض الرتبة (BRRR)، نجحت الدراسة في استخراج تمثيلات منخفضة الأبعاد لبيانات EEG…
-
تذبذبات متعددة الاستقرار في الشبكات القشرية مع فئتين من التثبيط Multi-stable oscillations in cortical networks with two classes of inhibition
2026 | المؤلف: Arnab Dey Sarkar وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأعصاب الإدراكي (Cognitive Neuroscience)في هذا البحث، يتحدى المؤلفون المنظور الكلاسيكي حول الإيقاعات القشرية، الذي ينسب بشكل أساسي توليد تذبذبات غاما وبيتا إلى التفاعلات بين الخلايا الهرمية المثيرة (E) والخلايا العصبية المثبطة التي تعبر عن بارفالبومين (I). يؤكدون على أهمية أنواع مختلفة من الخلايا العصبية المثبطة، وخاصة الخلايا العصبية التي تعبر عن السوماتوستاتين (S)، التي لا تتلقى فقط مدخلات…
-
يشير الشكل السكاني إلى مخطط تطويري مشترك لكاشفات الحركة في ذبابة الفاكهة Population morphology implies a common developmental blueprint for Drosophila motion detectors
2026 | المؤلف: Nikolas Drummond وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأعصاب الخلوي والجزيئي (Cellular and Molecular Neuroscience)في هذا القسم، يركز البحث على خلايا T4 و T5 العصبية، والتي تعتبر أول خلايا عصبية مختارة حسب الاتجاه في المسار البصري لدماغ الذبابة. هذه الخلايا وفيرة، حيث يوجد حوالي 6000 منها في كل فص بصري، وتظهر أشجارًا شجرية متراصة تغطي كامل المجال البصري. تصنف خلايا T4 و T5 إلى أربعة أنواع فرعية (أ، ب،…
-
كاسبول: أداة حسابية لدراسة تكثيفات البوليمر الفاصل اللاصق CASPULE: A computational tool to study sticker spacer polymer condensates
2026 | المؤلف: Aniruddha Chattaraj وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم هذا القسم نظرة عامة على CASPULE (تحليل المكثفات لبوليمرات الفاصل اللاصق باستخدام محرك LAMMPS)، وهو خط أنابيب حسابي مصمم لمحاكاة وتحليل المكثفات البيولوجية التي تتشكل بواسطة بوليمرات الفاصل اللاصق. يدمج هذا الأداة مجال قوة جديد يدمج بين الديناميات التقليدية لانجفين وآلية لتكوين الروابط أحادية القيمة، مما يمكّن من استكشاف سلوكيات بيولوجية معقدة ناتجة عن…
-
نموذج حقل متوسط للشبكات العصبية مع خلايا عصبية PV وSOM يكشف عن آليات قائمة على الاتصال للاهتزازات الجاما A mean-field model of neural networks with PV and SOM interneurons reveals connectivity-based mechanisms of gamma oscillations
2026 | المؤلف: Farzin Tahvili وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأعصاب الإدراكي (Cognitive Neuroscience)تقدم هذه القسم نموذجًا جديدًا للحقل المتوسط لدائرة مكونة من ثلاث مجموعات سكانية تضم خلايا عصبية مثيرة (E) وخلايا عصبية بارفالبومين (PV) وخلايا عصبية سوماتوستاتين (SOM)، مع معالجة القيود التي تواجه النماذج التقليدية التي تركز بشكل أساسي على التفاعلات المثيرة-المثبطة (E-I). يلتقط النموذج الأدوار المميزة لفئات خلايا PV وSOM الداخلية في تنظيم التذبذبات القشرية، كاشفًا…
-
إعادة بناء سريعة للسكان المتدهورين لنماذج الخلايا العصبية المعتمدة على التوصيل من أوقات النبض Fast reconstruction of degenerate populations of conductance-based neuron models from spike times
2026 | المؤلف: Julien Brandoit وآخرون | المجلة: PLoS Computational Biology | المجال: علم الأعصاب الإدراكي (Cognitive Neuroscience)تناقش هذه الفقرة التحديات المتعلقة باستنتاج المعلمات الفيزيائية الحيوية لنماذج تعتمد على التوصيل (CBMs) من بيانات توقيت النبضات في علم الأعصاب الحاسوبي. بينما تُعتبر أوقات النبضات البيانات الأكثر سهولة في الوصول إليها، إلا أنها توفر رؤى محدودة حول التركيبات المحددة لتوصيلات قنوات الأيونات المسؤولة عن النشاط العصبي الملحوظ. تتفاقم هذه المشكلة بسبب الانحلال العصبي، حيث…