الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: التسلسل العميق
-
تحليل مقارن لتعبير الميكرو RNA في المصل والبلازما في المرضى الذين تم فحصهم بحثًا عن طفرات BRCA1 أو BRCA2
2026 | المؤلف: Urszula Smyczyńska وآخرون | المجلة: Biomarker Research | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)تدرس هذه الدراسة تأثير نوع المادة البيولوجية (البلازما مقابل المصل) وطرق التكميم (تسلسل miRNA مقابل RT-qPCR) على مستويات microRNA (miRNA)، والتي تعتبر علامات حيوية محتملة في علم الأورام الدقيق. تم جمع العينات من 202 امرأة، بما في ذلك 154 حاملة لنسخ BRCA1/2 الضارة، عبر ثلاثة مراكز. أظهر التحليل أن الفروق في مستويات miRNA الفردية بين…
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
TIRTL-seq: تسلسل مجموعة TCR المقترنة العميقة والكمية والميسورة التكلفة
2025 | المؤلف: Mikhail V. Pogorelyy وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم المناعة (Immunology)تناقش هذه الفقرة تطوير منهجية جديدة لتسلسل مجموعة مستقبلات الخلايا التائية (TCR) المزدوجة، والتي تُسمى تسلسل مكتبة TCR السريع الكثيف الإنتاج (TIRTL-seq). تجمع هذه الطريقة بين مزايا تسلسل TCR الجماعي، الذي يعد فعالاً من حيث التكلفة ولكنه يفتقر إلى معلومات اقتران السلاسل، مع تسلسل الخلايا المفردة، الذي يوفر بيانات مزدوجة ولكنه محدود في الإنتاجية ومكلف.…
-
تحسين إعادة بناء الإمكانات التنموية للخلايا الفردية باستخدام CytoTRACE 2
2025 | المؤلف: Minji Kang وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يوضح المؤلفون المنهجيات المستخدمة لمقارنة CytoTRACE 2 مع مجموعة متنوعة من أساليب التعلم الآلي المراقب لتوقع نوع الخلية واستنتاج الإمكانات التنموية. قاموا بتقييم CytoTRACE 2 جنبًا إلى جنب مع ثلاث طرق متخصصة في توضيح الخلايا المفردة (scPred وSingleCellNet وscmap) وخمسة مصنفات عامة. شمل التقييم التدريب والاختبار عبر أربع طيات، بما في ذلك…
-
تصميم دي نوفو للببتيدات المضادة للميكروبات بواسطة DLFea4AMPGen من خلال دمج الميزات المستفادة من نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يحدد تصميم التجارب والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في أسئلة البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، يتضمن تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من المشاركين. تضمنت المنهجيات المحددة تجارب محكومة، واستطلاعات، ودراسات ملاحظة، مما يضمن فهمًا شاملاً للظواهر قيد التحقيق. تم تحليل البيانات باستخدام برامج إحصائية مناسبة، مع تحديد مستويات الدلالة عند p…
-
تحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا متعدد الوسائط للكشف عن إشارات سرطان محددة
2025 | المؤلف: Dimitris Vavoulis وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: أبحاث السرطان (Cancer Research)في هذا القسم، يوضح المؤلفون الطرق المستخدمة للتحقق من صحة خط أنابيبهم لتمييز عينات البلازما السرطانية وغير السرطانية. قاموا بتوليد بيانات في السليكو من خلال محاكاة عينات البلازما مع نسب متغيرة من الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA)، باستخدام عينات بلازما فعلية كقوالب. بالنسبة لعينات غير السرطان، تم نمذجة إشارة التغطية الإجمالية للذراع الكروموسومي \( k…