الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تعبير الجين
-
خرائط البروتيوميات البصرية العميقة لتحديد السمية البروتينية في مرض الكبد الوراثي
2025 | المؤلف: Florian A. Rosenberger وآخرون | المجلة: Nature | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)يتناول قسم ورقة البحث التحديات التي تطرحها أمراض طي البروتين غير الصحيح، وخاصة نقص α1-أنتي تريبسين (AATD)، ويقدم نهجًا جديدًا باستخدام البروتيوميات المكانية مع التعلم الآلي للتحقيق في هذه الحالات في أنسجة الكبد البشرية. من خلال استخدام البروتيوميات البصرية العميقة (DVP) جنبًا إلى جنب مع تحليل الخلايا الفردية، نجح البحث في رسم خرائط الأحداث الجزيئية…
-
scPRINT: التدريب المسبق على 50 مليون خلية يسمح بتوقعات قوية لشبكات الجينات
2025 | المؤلف: Jérémie Kalfon وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الفيزياء الحيوية (Biophysics)في هذا القسم، يقدم المؤلفون scPRINT، وهو نموذج أساسي مصمم خصيصًا لاستنتاج الشبكات الجينية (GNI). يتضمن scPRINT تحيزات استقرائية مبتكرة واستراتيجيات تدريب مسبق تعزز ملاءمته لـ GNI، مع معالجة القيود الملحوظة في النماذج الحالية. النموذج قادر على إنتاج شبكات جينية واسعة النطاق خاصة بنوع الخلية ويمكنه أيضًا إجراء توقعات لمهام ذات صلة متنوعة، بما في…
-
علم النسخ الزمني المكاني يكشف عن تنظيم الجينات الرئيسية لعائد الحبوب وجودتها في القمح
2025 | المؤلف: Xiaohui Li وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علوم النبات (Plant Science)تقدم هذه الورقة البحثية دراسة عن النسخ الجزيئي المكاني تركز على المراحل المبكرة من تطوير حبة القمح، تحديدًا من 4 إلى 12 يومًا بعد التلقيح. يصنف المؤلفون الحبة إلى عشرة أنواع خلايا متميزة ويحددون 192 جينًا علامة مرتبطة بهذه الأنواع. من خلال تحليل شبكة التعبير الجيني الموزون (WGCNA)، يكشفون أن الجينات ذات مستويات التعبير العالية…
-
تفاعلات عوامل النسخ الموجهة بواسطة الحمض النووي توسع الشيفرة التنظيمية للجينات البشرية
2025 | المؤلف: Zhiyuan Xie وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في ال، يبرز البحث أن مجموعة صغيرة فقط من عوامل النسخ البشرية (TFs) تمتلك مجالات تنشيط نسخي قوية، حيث أن 16 فقط من عوامل النسخ المختبرة تظهر هذه الخاصية. ومن الجدير بالذكر أن العديد من هذه العوامل، مثل TCF4 و ATOH1، تتفاعل مع عوامل نسخ أخرى، مما يشير إلى أن عوامل النسخ التي تفتقر إلى…
-
تصفية الخلايا ذات المحتوى الميتوكوندري العالي تستنفد تجمعات الخلايا الخبيثة المتغيرة الأيضية القابلة للحياة في دراسات الخلايا المفردة للسرطان
2025 | المؤلف: Josephine Yates وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث ورقة البحث في تداعيات ممارسات التصفية في تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq) للخلايا الخبيثة، مع التركيز بشكل خاص على نسبة عدد RNA الميتوكوندريا (pctMT). قد تستبعد عتبات التصفية التقليدية، التي تم تحديدها من دراسات على الأنسجة الصحية، عن غير قصد الخلايا الخبيثة التي تظهر نسبة أعلى من pctMT الأساسية بسبب خصائصها البيولوجية الفطرية. من…
-
النمذجة الأيضية تكشف عن تراجع التفاعلات الأيضية المرتبطة بالشيخوخة بين المضيف والميكروبيوم في الفئران
2025 | المؤلف: Lena Best وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث الدراسة في التفاعل بين الشيخوخة والميكروبيوم المعوي، باستخدام الميتاجينوميات، والترانسكريبتوميات، والميتابولوميات من الفئران المسنّة جنبًا إلى جنب مع النمذجة الأيضية. تعيد الدراسة بناء نماذج أيضية متكاملة للميكروبات المضيفة والمعوية، كاشفة عن اعتماد معقد لعملية الأيض المضيف على كل من التفاعلات الميكروبية المعروفة والجديدة. من الجدير بالذكر أن الميكروبيوم المتقدم في السن يظهر انخفاضًا كبيرًا…
-
ذاكرة وراثية مستمرة للقاح mRNA لـ SARS-CoV-2 في البلعميات المشتقة من وحيدات النوى
2025 | المؤلف: Alexander Simonis وآخرون | المجلة: Molecular Systems Biology | المجال: علم المناعة (Immunology)تبحث هذه الدراسة في دور لقاحات mRNA في إنشاء ذاكرة مناعية من خلال تعديلات فوق جينية في خلايا المناعة الفطرية، وتحديداً البلعميات المشتقة من أحادية النواة البشرية. وجد الباحثون أن تطعيم mRNA ضد SARS-CoV-2 يزيد بشكل كبير من أسيتيل الهيستون H3 ليسين 27 (H3K27ac) في مناطق المحفز، مما يشير إلى تشكيل ذاكرة فوق جينية. ومن…
-
Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات
2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…
-
تحليل متعدد الأوميك يكشف عن التخليق الحيوي والتراكم المحدد للأنسجة للقلويدات ثنائية التيربين في Aconitum japonicum
2025 | المؤلف: Megha Rai وآخرون | المجلة: Journal of Natural Medicines | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تتركز الأبحاث حول *Aconitum japonicum*، وهي نبات معمر سام من اليابان، على توضيح المسارات الحيوية لتخليق القلويات الديتيربينية، وهي مركبات نشطة بيولوجيًا ذات إمكانات صيدلانية كبيرة. من خلال استخدام تحليلات الميتابولوم والترانسكريبتوم عالية الإنتاجية عبر أربعة أنسجة متميزة—الورقة، الجذر الأم، الجذر الابن، والجذر الصغير—تدمج الدراسة هذه البيانات للكشف عن أنماط التعبير الجيني وملفات الميتابوليت المرتبطة…