الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: تعبير الجين
-
توصيف النسخ الجيني المكاني عالي الدقة لجموع خلايا المناعة في سرطان القولون والمستقيم
High-definition spatial transcriptomic profiling of immune cell populations in colorectal cancerفي هذه الدراسة، تم الحصول على عينات بيولوجية بشرية من Discovery Life Sciences، مع بروتوكولات بحث معتمدة من قبل مجالس المراجعة المؤسسية ذات الصلة (DLS-BB044-v.1 و SB-GP_v1). قدم جميع المرضى المشاركين موافقة خطية مستنيرة لاستخدام عيناتهم البيولوجية. شمل التصميم التجريبي عينات من خمسة مرضى تم تشخيصهم بسرطان الغدد الكولونية، يتكونون من ذكرين وثلاث إناث تتراوح…
-
TRAPT: إطار عمل عميق متعدد المراحل للتعلم المدمج لتوقع المنظمات النسخية استنادًا إلى بيانات الإبيجينوم الواسعة النطاق
TRAPT: a multi-stage fused deep learning framework for predicting transcriptional regulators based on large-scale epigenomic dataإن تحديد المنظمين النسخيين التنظيميين (TRs) أمر حاسم لفهم التعبير الجيني في سياق ظهور الأمراض وتقدمها. تقدم هذه الدراسة أداة توقع نشاط المنظم النسخي (TRAPT)، وهي إطار تعلم عميق متعدد الوسائط مصمم لاستنتاج نشاط TR من خلال دمج الإمكانيات التنظيمية لعناصر التنظيم الجيني المستهدفة ومواقع الربط على مستوى الجينوم. تظهر النتائج التجريبية من 570 مجموعة…
-
تحليل النسخ الجيني المقارن يكشف عن اختلافات في الاستجابات المناعية لأيونات النحاس في Sepia esculenta تحت ظروف درجات الحرارة العالية
Comparative transcriptome analysis reveals differences in immune responses to copper ions in Sepia esculenta under high-temperature conditionsتدرس الدراسة الاستجابات المناعية ليرقات *Sepia esculenta* لتعرضها للنحاس (Cu) تحت ظروف درجات حرارة متغيرة، باستخدام تقنيات النسخ الجيني. تشير النتائج إلى أن اليرقات المعرضة لكل من النحاس ودرجات الحرارة المرتفعة (مجموعة CuT) أظهرت زيادة ملحوظة في إثراء جينات عائلة ناقلات المحاليل (SLC) والجينات المرتبطة بتكرار الحمض النووي والتلف مقارنة بتلك المعرضة للنحاس فقط. سلط…
-
تحليل الخلايا الفردية يحدد Ifi27l2a كمنظم جيني للالتهاب الميكروغلي في سياق الشيخوخة والسكتة الدماغية في الفئران
Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke in miceتبحث الدراسة في دور الالتهاب في علم أمراض السكتة الدماغية الإقفارية، مع التركيز على تنظيم البروتين 27 الشبيه بالإنترفيرون ألفا (Ifi27l2a) في الميكروغليا من أدمغة الفئران المسنّة. باستخدام تسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq)، تكشف الدراسة أن Ifi27l2a، المرتبط عادةً بالدفاع الفيروسي والآليات المؤيدة للالتهاب، يتم تحفيزه بشكل كبير استجابةً للشيخوخة والسكتة الدماغية الإقفارية والمحرضات المؤيدة…
-
الكتّاب والقرّاء وممحيات ميثيلوم N6-ميثيل أدينوسين (m6A) في اللفت الزيتية: التعريف، التطور الجزيئي، وتحليل التعبير
Writers, readers, and erasers of N6-Methyladenosine (m6A) methylomes in oilseed rape: identification, molecular evolution, and expression profilingتبحث هذه الدراسة في نظام تعديل RNA m6A في Brassica napus، وهو محصول زيت رئيسي، مع تسليط الضوء على أهميته في نمو النبات وتطوره واستجابته للضغوط. تحدد الدراسة 92 جينًا من جينات تنظيم m6A، مصنفة إلى 13 كاتبًا، و29 مزيلًا، و50 قارئًا، والتي يتم تصنيفها أيضًا إلى سلالات تطورية متميزة. يُعزى توسع هذه العائلات الجينية…
-
حالة خلوية نادرة من PRIMER في مناعة النبات
A rare PRIMER cell state in plant immunityفي هذا القسم، يصف المؤلفون إنشاء أطلس متعدد النوى ذو زمن محدد (snMultiome) لأوراق *Arabidopsis thaliana* التي تعرضت للإصابة بالعوامل الممرضة DC3000 وAvrRpt2 وAvrRpm1. تم إدخال العوامل الممرضة بجرعة تطعيم منخفضة، تحديدًا كثافة ضوئية عند 600 نانومتر (OD600) تبلغ 0.001، والتي تم اختيارها لضمان أن عددًا محدودًا فقط من خلايا النبات سيتأثر خلال المراحل الأولية…
-
بانوراما مناعية شاملة للالتهاب الرئوي البكتيري تكشفها خريطة تعبير الجينات على مستوى الخلية الواحدة على نطاق واسع
A pan-immune panorama of bacterial pneumonia revealed by a large-scale single-cell transcriptome atlasتدرس الدراسة الاستجابة المناعية في الالتهاب الرئوي البكتيري، وهي حالة مرتبطة بتحديات كبيرة في الصحة العامة. باستخدام تسلسل RNA أحادي الخلية على 444,146 خلية من سائل غسل القصبات الهوائية من 74 فردًا—تتكون من 58 مريضًا بدرجات متفاوتة من شدة المرض و16 ضابطًا صحيًا—تكشف الأبحاث عن ملفات مناعية مميزة تتوافق مع شدة المرض. يتميز الالتهاب الرئوي…
-
تظهر النسخ الجزيئية متعددة الأنماط مسارات الشيخوخة العصبية والالتهابات الإقليمية المرتبطة بالعمر في التلافيف المسننة
Multimodal transcriptomics reveal neurogenic aging trajectories and age-related regional inflammation in the dentate gyrusفي هذه الدراسة، تم إجراء جميع التجارب الحيوانية وفقًا للإرشادات الأخلاقية المعتمدة من قبل اللجنة الكانتونية لتجارب الحيوانات في زيورخ ولجنة الأخلاقيات الحيوانية في شمال ستوكهولم. تم استخدام فئران C57BL/6JRj من الجنسين في أعمار مختلفة (3 أشهر، 9-11 أشهر، و16-21 أشهر) لتسلسل RNA أحادي الخلية (scRNA-seq) والترانسكريبتوميات المكانية (ST)، مصنفة على أنها ‘شباب’، ‘متوسطة العمر’،…
-
تجمع الميتابولوميات مع الفسيولوجيا والترنسكريبتوميات للكشف عن تنظيم المسارات الأيضية الرئيسية للنيتروجين في البرسيم من خلال الرش الورقي مع نانو-سيلينيوم
Metabolomics combined with physiology and transcriptomics reveal the regulation of key nitrogen metabolic pathways in alfalfa by foliar spraying with nano-seleniumتدرس هذه الدراسة آثار النانو سيلينيوم على استقلاب النيتروجين والجودة الغذائية في البرسيم، باستخدام طريقة وسم 15N جنبًا إلى جنب مع تحليل متعدد الأوميات. تشير النتائج إلى أن النانو سيلينيوم يعزز استقلاب النيتروجين في النباتات والتمثيل الضوئي من خلال تحسين التقاط الطاقة الضوئية وزيادة نشاط إنزيمات استقلاب النيتروجين الرئيسية، وخاصة مختزل النترات (NR)، مختزل النيتريت…