تخطى إلى المحتوى
العالِم العربي
  • الصفحة الرئيسية
  • مجالات الأبحاث
  • أحدث الأبحاث
  • عن الموقع
  • تواصل معنا
  1. الرئيسية
  2. قائمة الكلمات المفتاحية
  3. قواعد البيانات، بروتين

الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: قواعد البيانات، بروتين




  • بصمات جزيئية هي نماذج قوية لتوقع وظيفة الببتيد

    2026 | المؤلف: Jakub Adamczyk وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)

    تبحث الدراسة في فعالية استخدام بصمات جزيئية بسيطة ومحددة المجال لتوقع خصائص الببتيدات، متchallenging الافتراض بأن نمذجة التفاعلات الجزيئية بعيدة المدى ضرورية. تستخدم الدراسة بصمات تعتمد على العد مثل بصمات الاتصال الموسعة (ECFP) والتواء الطوبولوجيا وبصمات RDKit بالتزامن مع LightGBM عبر 132 مجموعة بيانات، بما في ذلك LRGB وخمسة معايير إضافية للببتيدات. تكشف النتائج أن…


  • تجميع عالم البروتينات للحياة باستخدام DIAMOND DeepClust

    2026 | المؤلف: Benjamin Buchfink وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    في هذا القسم، يصف المؤلفون دراستهم التجريبية باستخدام DIAMOND v.2 و DIAMOND DeepClust لمعالجة التحديات الحسابية المرتبطة بعمليات البحث عن تسلسلات البروتين عبر تنوع واسع من الأنواع، وخاصة في سياق مشروع Earth BioGenome. جمعوا حوالي 22 مليار تسلسل بروتين لمحاكاة التنوع المتوقع الذي يبلغ حوالي 27 مليار تسلسل بروتين حقيقي النواة المتوقع من المشروع. من…


  • إطار التعلم العميق مع اختيار ميزات قابل للتفسير لتنبؤ دقيق بمواقع SUMOylation

    2026 | المؤلف: Aasem N. Alyahya وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    تقدم ورقة البحث Hybrid-Sumo، وهو نموذج تعلم عميق مصمم للتنبؤ بمواقع SUMOylation، والتي تعتبر حاسمة لعمليات بيولوجية مختلفة وتنظيم الخلايا. SUMOylation، وهو تعديل ما بعد الترجمة القابل للعكس والذي يتضمن ارتباط معدلات صغيرة تشبه اليوبكويتين (SUMOs) بمخلفات الليسين، ضروري لتنظيم الجينات واستقرار البروتين. يدمج نموذج Hybrid-Sumo ثلاث تقنيات متقدمة لاستخراج الميزات: تعرض نصف الكرة (HSE)،…


  • تقييم ومعايير المجتمع لاكتشاف الميكرو بروتينات غير المعلّمة بواسطة البروتيوميات المعتمدة على مطيافية الكتلة

    2026 | المؤلف: Aaron Wacholder وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)

    يتناول هذا القسم من ورقة البحث تحديد إطارات القراءة المفتوحة القصيرة (sORFs) والميكروبروتينات المشفرة لها من خلال تقنيات البروتيوميات المعتمدة على مطيافية الكتلة (MS). يبرز المؤلفون التباين الكبير في عدد البروتينات البشرية غير الموصوفة المبلغ عنها عبر دراسات مختلفة، مع اختلافات تمتد عبر ثلاثة أوامر من الحجم. من بين ما يقرب من 10,000 ببتيد مشفر…


  • فتح العقد القادم من البروتيوميات مع بيانات وصفية موحدة ومنظمة

    2026 | المؤلف: Tim Van Den Bossche وآخرون | المجلة: Journal of Proteome Research | المجال: نظم المعلومات (Information Systems)

    لقد حققت مجتمع البروتيوميات تقدمًا كبيرًا في مشاركة البيانات؛ ومع ذلك، فإن توفير البيانات الوصفية المتعلقة بالعينات البيولوجية وتصميم التجارب لا يزال غير كافٍ. هذه النقص يحد من إمكانية إعادة استخدام البيانات على نطاق واسع، حيث إن البيانات الوصفية الشاملة ضرورية لإعادة تفسير مجموعات البيانات بثقة وبشكل تلقائي. على الرغم من وجود معايير مثل تنسيق…


  • البحث عن التشابه المعزز باستخدام وحدات معالجة الرسوميات مع MMseqs2

    2025 | المؤلف: Felix Kallenborn وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    تناقش قسم ورقة البحث أداء وكفاءة أدوات البحث عن تجانس البروتين المختلفة، مع التركيز على مقارنة MMseqs2-GPU بأساليب أخرى مثل AlphaFold2 وJackHMMER. تسلط الدراسة الضوء على أن خطوط أنابيب ColabFold، التي تستخدم MMseqs2، فعالة بشكل خاص في عمليات البحث الميتاجينومية على نطاق واسع، حيث تحقق تحسينات كبيرة في السرعة—أسرع بمقدار 1.65 مرة من MMseqs2-CPU و31.8…


  • ESM-Ezy: استراتيجية تعلم عميق لاكتشاف أكسيدات متعددة النحاس جديدة ذات خصائص متفوقة

    2025 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)

    في هذه الدراسة، كانت جميع المواد الكيميائية المستخدمة من الدرجة التحليلية أو أعلى، مما يضمن موثوقية النتائج التجريبية. تم تصنيع البلازميدات للتعبير عن مختلف الأكسيدات متعددة النحاس (MCOs) بواسطة SynbioB في تيانجين، الصين. تضمنت المواد الكيميائية الرئيسية مسحوق مرق LB، إيزوبروبيل β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG)، وكاناميسين، المأخوذة من Sangon Biotech في شنغهاي. بالإضافة إلى ذلك، تم الحصول…


  • Deep-ProBind: التنبؤ بالبروتينات المرتبطة باستخدام نموذج التعلم العميق القائم على المحولات

    2025 | المؤلف: Salman Khan وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    تناقش هذه القسم أهمية البروتينات المرتبطة في الأنظمة البيولوجية، مع التركيز على تفاعلاتها الانتقائية مع جزيئات مثل الحمض النووي، RNA، والببتيدات، والتي تعتبر حاسمة لمختلف الوظائف الخلوية. غالبًا ما تكون الطرق التقليدية لتحديد الببتيدات المرتبطة بالبروتينات غير فعالة وتفتقر إلى الدقة بسبب تركيزها على ميزات التسلسل القريبة دون النظر في البيانات الهيكلية. لمعالجة هذه التحديات،…


  • إعادة النظر في مجال القوة FoldX، نسخة محسّنة

    2025 | المؤلف: Javier Delgado وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    في هذا القسم، يصف المؤلفون تطوير نسخة محسنة من مجال القوة FoldX، مدفوعين بالحاجة إلى تحسين الدقة في التنبؤ بطفرات استقرار البروتين. قاموا بتجميع قاعدة بيانات شاملة، وهي مجموعة بيانات استقرار FoldX (FSD)، تتكون من 5556 طفرات، تم تحديد 2484 منها على أنها طفرات ذات ثقة عالية بناءً على هياكل الأشعة السينية غير المتكررة بدقة…


  • مسح شامل لوظائف التقييم لنماذج ربط البروتين

    2025 | المؤلف: Azam Shirali وآخرون | المجلة: BMC Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)

    في هذا القسم، يبرز المؤلفون أهمية وظائف التقييم في ربط البروتينات، وهو أمر أساسي لفهم تفاعلات البروتين. يؤكدون على أن فعالية أدوات الربط تعتمد بشكل كبير على القدرة على التمييز بدقة بين المجمعات المرتبطة الأصلية وغير الأصلية. على الرغم من اقتراح العديد من وظائف التقييم المبتكرة، لا تزال طريقة تقييم فعالة عالمياً بعيدة المنال. يقترح…


1 2
التالي→

حقوق النشر © 2026 العالِم العربي. جميع الحقوق محفوظة. موقع العالِم العربي غير مسؤول عن محتوى المواقع الخارجية.