الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: قواعد البيانات، بروتين
-
DPFunc: التنبؤ بدقة بوظيفة البروتين عبر التعلم العميق مع معلومات الهيكل الموجهة بالمجال
2025 | المؤلف: Wenkang Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم هذا القسم نظرة عامة على نهج جديد قائم على التعلم العميق، DPFunc، مصمم لتوقع وظائف البروتينات مع معالجة قضايا القابلية للتفسير الموجودة في الطرق الحسابية الحالية. تكمن أهمية التنبؤ بدقة بوظائف البروتينات في إمكانيته لتعزيز فهمنا للآليات البيولوجية والمساعدة في علاج الأمراض المعقدة. يستفيد DPFunc من معلومات الهيكل الموجهة من المجال لتحديد المناطق الحرجة…
-
π-PrimeNovo: نموذج تعلم عميق غير تكراري دقيق وفعال لتسلسل الببتيدات من جديد
2025 | المؤلف: Xiang Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه القسم التقدم في تسلسل الببتيدات من خلال مطيافية الكتلة المتسلسلة (MS/MS)، مع التأكيد على قيود طرق البحث التقليدية في قواعد البيانات في علم البروتينات. يبرز إدخال نموذج π-PrimeNovo، وهو نموذج قائم على Transformer غير تكراري مصمم لتسلسل الببتيدات من جديد. يعالج هذا النموذج تحديات تراكم الأخطاء وسرعات الاستدلال البطيئة المرتبطة بالنماذج التكرارية. لا…
-
BFVD – مستودع كبير لهياكل البروتينات الفيروسية المتوقعة
2024 | المؤلف: Rachel Seongeun Kim وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم البيئة (Ecology)قاعدة بيانات هيكل البروتين AlphaFold (AFDB) هي مستودع شامل لهياكل البروتين المتوقعة، لكنها تفتقر إلى تغطية التسلسلات الفيروسية، مما يحد من البحث في علم الفيروسات. لسد هذه الفجوة، طور الباحثون قاعدة بيانات الفيروسات الكبيرة الرائعة (BFVD)، التي تحتوي على 351,242 هيكل بروتين تم التنبؤ به باستخدام ColabFold على ممثلي التسلسلات الفيروسية من مجموعات UniRef30. من…
-
كوانتيمز: خط أنابيب قائم على السحابة للبروتيوميات الكمية يمكّن من إعادة تحليل بيانات البروتيوميات العامة
2024 | المؤلف: Chengxin Dai وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)إن الزيادة في حجم بيانات البروتيوميات العامة تقدم تحديات حسابية كبيرة لإعادة التحليل على نطاق واسع. لمعالجة ذلك، يقدم المؤلفون quantms، وهو خط أنابيب مفتوح المصدر قائم على السحابة مصمم لتحليل بيانات البروتيوميات بشكل متوازي بشكل كبير. باستخدام quantms، أعادوا تحليل 83 مجموعة بيانات عامة من ProteomeXchange، تشمل 29,354 ملف أداة من 13,132 عينة بشرية،…
-
تحسين تحليل التعبير التفاضلي لبيانات البروتيوميات من خلال قواعد عالية الأداء واستنتاج جماعي
2024 | المؤلف: Hui Peng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تستعرض هذه القسم دراسة شاملة تهدف إلى تحسين سير العمل لتحديد البروتينات المعبر عنها بشكل مختلف في علم البروتيوميات. يتكون سير العمل من خمس خطوات أساسية: قياس البيانات الخام، بناء مصفوفة التعبير، تطبيع المصفوفة، تقدير القيم المفقودة (MVI)، وتحليل التعبير التفاضلي (DEA). نظرًا للعدد الكبير من الطرق المتاحة في كل خطوة، فإن تحديد سير العمل…
-
التحليل الشامل والمدهش وسرعة جهاز تحليل الكتلة الأستري للعينات المعقدة للغاية هو قفزة نوعية في التحليل الوظيفي للميكروبيومات
2024 | المؤلف: Thibaut Dumas وآخرون | المجلة: Microbiome | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)في هذا القسم، يناقش المؤلفون التقدم في الميتابروتيوميات، وهو مجال يركز على تحليل البروتينات لفهم المجتمعات الميكروبية ووظائفها داخل الأنظمة البيولوجية. يقدمون استراتيجية جديدة لتحديد هياكل المجتمعات الميكروبية بسرعة وإنشاء قواعد بيانات تسلسل البروتينات المخصصة التي تعزز تحليل بيانات مطياف الكتلة المتسلسل. تستخدم هذه الطريقة قدرات مطياف الكتلة من الجيل الأول Quadrupole Orbitrap المزود بمحلل…