الأبحاث ضمن الموضوع : علم الجينوم وديناميات الكروماتين
-
نوافير البثق هي سمات تنظيم الكروموسومات التي تظهر عند تنشيط الجينوم الزيجوتي
2026 | المؤلف: Aleksandra Galitsyna وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة عملية تنشيط الجينوم الزيغوتي (ZGA) في أجنة سمك الزرد، مع تسليط الضوء على التغيرات الكبيرة في تنظيم الكروموسومات خلال التطور المبكر. باستخدام تقنية Hi-C، حدد الباحثون تشكيل “النافورات”، وهي ميزة هيكلية جديدة لتنظيم الكروموسومات تظهر بشكل رئيسي في مناطق المعززات. تتميز هذه النافورات بتراكم أولي للكوهيزين، الذي يعيد توزيعه لاحقًا إلى مواقع…
-
القواعد التنظيمية في المحفزات البشرية التي تم الكشف عنها بواسطة التعلم العميق القائم على MPRA
2026 | المؤلف: Lucía Barbadilla-Martínez وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. استخدم الباحثون مزيجًا من الأساليب الكمية والنوعية لجمع البيانات، مما يضمن تحليلًا شاملاً لسؤال البحث. على وجه التحديد، قاموا بتنفيذ طرق إحصائية لتقييم أهمية نتائجهم، مستخدمين اختبارات مثل اختبارات t وANOVA حيثما كان ذلك مناسبًا. شمل جمع البيانات عملية أخذ عينات منهجية، مما يضمن أن…
-
تمييز التكرارات الحميدة عن الضارة التي تشمل المحسنات المجاورة لـ GPR101 و VGLL1 في الإعداد السريري باستخدام أداة المعلوماتية الحيوية POSTRE
2026 | المؤلف: Giampaolo Trivellin وآخرون | المجلة: npj Genomic Medicine | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث الدراسة في دور المتغيرات الهيكلية (SVs) في تعطيل المجالات المرتبطة طوبولوجيًا، مما يمكن أن يؤدي إلى الأمراض عن طريق تغيير تفاعلات المحفزات المعززة. تركز الدراسة بشكل خاص على التكرارات التي تشمل جين GPR101، المعروف بأنه يسبب العملاقية المرتبطة بالكروموسوم X (X-LAG). ومع ذلك، ليست جميع تكرارات GPR101 مرضية، مما يعقد التشخيص قبل الولادة. لمعالجة…
-
JASPAR 2026: توسيع ملفات ارتباط عوامل النسخ ودمج نماذج التعلم العميق
2025 | المؤلف: Damla Ovek وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قاعدة بيانات JASPAR، وهي مورد مفتوح الوصول لملفات ارتباط الحمض النووي لعوامل النسخ (TFs)، قد شهدت تحديثات كبيرة في إصدارها الحادي عشر. تم توسيع مجموعة CORE بنسبة 12%، مع إضافة 306 مصفوفات تكرار موضع جديدة أو محدثة (PFMs)، بينما شهدت مجموعة UNVALIDATED زيادة بنسبة 60% مع 433 ملفًا جديدًا. يتضمن هذا التحديث دمج برنامج inMOTIFin…
-
تقييم القوة التمثيلية لنماذج اللغة المعتمدة على الحمض النووي المدربة مسبقًا في علم الجينوم التنظيمي
2025 | المؤلف: Ziqi Tang وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم ظهور نماذج اللغة الجينومية (gLMs) طريقة جديدة وغير خاضعة للإشراف لتعلم الأنماط التنظيمية الجينية في الجينوم غير المشفر، متجاوزًا الحاجة إلى تسميات النشاط الوظيفي من البيانات التجريبية. على الرغم من الدراسات السابقة التي تشير إلى أن نماذج gLM المدربة مسبقًا يمكن أن تعزز الأداء التنبؤي في علم الجينوم التنظيمي، فإن هذا البحث يقيم قدرتها…
-
الحفاظ على العناصر التنظيمية ذات التسلسلات المتباينة بشكل كبير عبر مسافات تطورية كبيرة
2025 | المؤلف: Mai H.Q. Phan وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحفاظ على العناصر التنظيمية cis (CREs) خلال التطور الجنيني، مع التركيز على قلوب الفئران والدجاج. على الرغم من الحفاظ الملحوظ على تعبير الجينات النمائية، وجد الباحثون أن معظم CREs تفتقر إلى الحفاظ على التسلسل، خاصة على مسافات تطورية أكبر. لمعالجة ذلك، طوروا خوارزمية تعتمد على التماثل تسمى إسقاط النقاط بين الأنواع، والتي تحدد…
-
TRAPT: إطار عمل عميق متعدد المراحل للتعلم المدمج لتوقع المنظمات النسخية استنادًا إلى بيانات الإبيجينوم الواسعة النطاق
2025 | المؤلف: Guorui Zhang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)إن تحديد المنظمين النسخيين التنظيميين (TRs) أمر حاسم لفهم التعبير الجيني في سياق ظهور الأمراض وتقدمها. تقدم هذه الدراسة أداة توقع نشاط المنظم النسخي (TRAPT)، وهي إطار تعلم عميق متعدد الوسائط مصمم لاستنتاج نشاط TR من خلال دمج الإمكانيات التنظيمية لعناصر التنظيم الجيني المستهدفة ومواقع الربط على مستوى الجينوم. تظهر النتائج التجريبية من 570 مجموعة…
-
تفاعلات عوامل النسخ الموجهة بواسطة الحمض النووي توسع الشيفرة التنظيمية للجينات البشرية
2025 | المؤلف: Zhiyuan Xie وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في ال، يبرز البحث أن مجموعة صغيرة فقط من عوامل النسخ البشرية (TFs) تمتلك مجالات تنشيط نسخي قوية، حيث أن 16 فقط من عوامل النسخ المختبرة تظهر هذه الخاصية. ومن الجدير بالذكر أن العديد من هذه العوامل، مثل TCF4 و ATOH1، تتفاعل مع عوامل نسخ أخرى، مما يشير إلى أن عوامل النسخ التي تفتقر إلى…
