الأبحاث ضمن الموضوع : هيكل البروتين والديناميات
-
أوفو، نظام بيئي مفتوح المصدر لتصميم البروتينات من الصفر
2026 | المؤلف: David Příhoda وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)مجال تصميم البروتينات يشهد تقدمًا سريعًا، يتميز بظهور نماذج جديدة وخطوط أنابيب تهدف إلى إنشاء بروتينات جديدة بخصائص ووظائف محددة لا توجد في الطبيعة. ومع ذلك، فإن المشهد الحالي للأدوات مجزأ، مما يقدم تحديات مثل صعوبة التثبيت والنشر، والحاجة إلى خبرة حسابية كبيرة لدمج هذه الأدوات في سير العمل القابلة للتوسع. عقبة كبيرة هي إدارة…
-
تقلبات الحلقة العطرية تكشف عن إعادة تشكيل ديناميات البروتين في البلورات والمجمعات
2026 | المؤلف: Lea Marie Becker وآخرون | المجلة: Nature Chemistry | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة تأثير بلورة البروتين على المناظر الطاقية التوافقية، مشددة على أن كل من التفاعلات الجزيئية الداخلية والعوامل البيئية تشكل هذه المناظر. بشكل محدد، تبحث الدراسة في كيفية تأثير الاتصالات الجزيئية في بلورات البروتين والمجمعات، مثل بروتين GB1 في مجمعه مع IgG، على ديناميات البروتين. باستخدام تقنيات وسم النظائر المتقدمة وطرق NMR الكمية، يكشف…
-
المجالات المطوية تفرض تباينًا هيكليًا وديناميات مخففة في المكثفات البيولوجية
2026 | المؤلف: Liguo Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تستكشف هذه الدراسة الهيكل الداخلي للتركيزات البيومولكولية التي تتكون من بروتينات متعددة المجالات (MDPs) مقارنة بتلك التي تتكون فقط من المناطق غير المنضبطة بشكل جوهري (IDRs) أو المجالات ذات التعقيد المنخفض (LCDs). باستخدام محاكاة الديناميكا الجزيئية، يكشف المؤلفون أنه بينما تظهر التركيزات التي تحتوي على IDR فقط أشكالًا موسعة بشكل موحد على مدى عشرات الميكروثواني،…
-
التأثير التحويلي لنظام AlphaFold 3 المدعوم بالذكاء الاصطناعي: التطور، الوضع الحالي، وآفاق المستقبل في علم الأحياء الهيكلي
2026 | المؤلف: Chiranjib Chakraborty وآخرون | المجلة: Frontiers in Artificial Intelligence | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)لقد حولت مبادرة AlphaFold علم الأحياء الهيكلي بشكل كبير، culminating في منح جائزة نوبل لعام 2024 لمساهميها الرئيسيين، ديميس هاسابيس وجون جمبر. لقد مكنت التقدم من AlphaFold 1 (AF1) إلى AlphaFold 2 (AF2) ومن ثم إلى AlphaFold 3 (AF3) من تحقيق دقة قريبة من التجريبية في توقع هياكل البروتينات ذات السلسلة الواحدة وتوسيع القدرات لتشمل…
-
إعادة توجيه الذكاء الاصطناعي لتفاعلات البروتينات والديناميات: الفرص والقيود والدروس
2026 | المؤلف: E. Sıla Özdemir وآخرون | المجلة: Frontiers in Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تتناول هذه المراجعة الصغيرة دور الذكاء الاصطناعي (AI) في فهم تفاعلات البروتينات والديناميات، وهو أمر حاسم لاكتشاف الأدوية. تسلط الضوء على قابلية تكيف خوارزميات الذكاء الاصطناعي الحالية للتطبيقات الهيكلية والبيولوجية، مع التأكيد على كيفية تأثير تصميمها الأصلي على فعاليتها في سياقات جديدة. يقوم المؤلفون بتحليل النجاحات والإخفاقات لنماذج الذكاء الاصطناعي في المهام المتعلقة بالبروتين، مع…
-
إسقاطات RMSD ثنائية الأبعاد لتصور مسار التفاعل والتحقق منه
2026 | المؤلف: Rohit Goswami | المجلة: MethodsX | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث طريقة جديدة لتصور حالة الانتقال ومسارات تحسين الطاقة الدنيا في الكيمياء الحاسوبية. تعتمد طرق التحليل التقليدية غالبًا على ملفات الطاقة أحادية البعد، مما يمكن أن يحجب إعادة ترتيب هيكلية مهمة ويعيق المقارنات عبر تقنيات تحسين مختلفة. تستخدم الطريقة المقترحة إسقاطًا ثنائي الأبعاد يعتمد على انحراف الجذر التربيعي المتوسط المصحح بالتبديل (RMSD) من تكوينات…
-
إعادة تشكيل ألوستيري وطاقة لمجال PDZ بواسطة امتدادات مجالات البروتين
2026 | المؤلف: Cristina Hidalgo-Carcedo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يبحث المؤلفون في دور المجالات الهيكلية في البروتينات، مع التركيز على كيفية تأثير الإضافات لهذه المجالات على تنظيمها وقابليتها للتطور. من خلال تحليل أكثر من 190,000 نوع بروتين، يقيسون التغيرات في الطاقة الحرة المرتبطة بالطفرات في مجال PDZ ويفحصون حوالي 7,000 ارتباطات طاقية بين هذه الطفرات وإضافتين محددتين للمجال. تكشف النتائج أن…
-
تأثيرات الازدحام الجزيئي على استقرار البروتين في بروتينات بكتيرية
2026 | المؤلف: Kate McKeever وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة مفهوم الازدحام الجزيئي، والذي يشير إلى المساحة المحدودة المتاحة لحركة الجزيئات في المحاليل بسبب وجود جزيئات كبيرة أخرى. يؤثر هذا الظاهرة بشكل كبير على عمليات بيولوجية متنوعة، بما في ذلك استقرار البروتين، والطيات، والانتشار، وحركيات الإنزيم، والتفاعلات الجزيئية، والانفصال الطوري. تسلط الدراسة الضوء على النقاش المستمر بشأن المساهمات النسبية للعوامل الانتروبية (الحجم…
-
تحقيق التوازن بين السرعة والدقة في طي البروتينات: مقارنة بين AlphaFold2 وESMFold وOmegaFold
2026 | المؤلف: Anna Hyskova وآخرون | المجلة: Frontiers in Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تتطلب التقدم السريع في أدوات توقع بنية البروتين تقييمات أداء منهجية للمساعدة في اختيار الطريقة، خاصةً بالنظر إلى التوازن بين سرعة الحساب ودقة التوقع. في هذه الدراسة، قمنا بتقييم ثلاثة أدوات بارزة—AlphaFold2 وESMFold وOmegaFold—باستخدام مجموعة بيانات تتكون من 1,337 سلسلة بروتين من بنك بيانات البروتين، مع ضمان عدم وجود تداخل مع بيانات التدريب. قمنا بتقييم…
-
هيكلة موقع النشاط الإنزيمي على مستوى الذرة باستخدام RFdiffusion2
2025 | المؤلف: Woody Ahern وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة التقدم في تصميم الإنزيمات، وخاصة من خلال إدخال النموذج التوليدي العميق، RoseTTAFold diffusion 2 (RFdiffusion2). تتضمن الطرق التقليدية لتصميم الإنزيمات ترتيب مجموعات الوظائف الحفازة حول حالة انتقال التفاعل وتتطلب تحديد مواقع بقايا مسبقة، مما يحد من المرونة. بالمقابل، يسمح RFdiffusion2 بتصميم الإنزيمات مباشرة من هندسة مجموعات الوظائف دون الحاجة إلى تحديد ترتيب…