الأبحاث ضمن الموضوع : هيكل البروتين والديناميات
-
أوفو، نظام بيئي مفتوح المصدر لتصميم البروتينات من الصفر
2026 | المؤلف: David Příhoda وآخرون | المجلة: Communications Biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)مجال تصميم البروتينات يشهد تقدمًا سريعًا، يتميز بظهور نماذج جديدة وخطوط أنابيب تهدف إلى إنشاء بروتينات جديدة بخصائص ووظائف محددة لا توجد في الطبيعة. ومع ذلك، فإن المشهد الحالي للأدوات مجزأ، مما يقدم تحديات مثل صعوبة التثبيت والنشر، والحاجة إلى خبرة حسابية كبيرة لدمج هذه الأدوات في سير العمل القابلة للتوسع. عقبة كبيرة هي إدارة…
-
إسقاطات RMSD ثنائية الأبعاد لتصور مسار التفاعل والتحقق منه
2026 | المؤلف: Rohit Goswami | المجلة: MethodsX | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث طريقة جديدة لتصور حالة الانتقال ومسارات تحسين الطاقة الدنيا في الكيمياء الحاسوبية. تعتمد طرق التحليل التقليدية غالبًا على ملفات الطاقة أحادية البعد، مما يمكن أن يحجب إعادة ترتيب هيكلية مهمة ويعيق المقارنات عبر تقنيات تحسين مختلفة. تستخدم الطريقة المقترحة إسقاطًا ثنائي الأبعاد يعتمد على انحراف الجذر التربيعي المتوسط المصحح بالتبديل (RMSD) من تكوينات…
-
إعادة تشكيل ألوستيري وطاقة لمجال PDZ بواسطة امتدادات مجالات البروتين
2026 | المؤلف: Cristina Hidalgo-Carcedo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يبحث المؤلفون في دور المجالات الهيكلية في البروتينات، مع التركيز على كيفية تأثير الإضافات لهذه المجالات على تنظيمها وقابليتها للتطور. من خلال تحليل أكثر من 190,000 نوع بروتين، يقيسون التغيرات في الطاقة الحرة المرتبطة بالطفرات في مجال PDZ ويفحصون حوالي 7,000 ارتباطات طاقية بين هذه الطفرات وإضافتين محددتين للمجال. تكشف النتائج أن…
-
تأثيرات الازدحام الجزيئي على استقرار البروتين في بروتينات بكتيرية
2026 | المؤلف: Kate McKeever وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة مفهوم الازدحام الجزيئي، والذي يشير إلى المساحة المحدودة المتاحة لحركة الجزيئات في المحاليل بسبب وجود جزيئات كبيرة أخرى. يؤثر هذا الظاهرة بشكل كبير على عمليات بيولوجية متنوعة، بما في ذلك استقرار البروتين، والطيات، والانتشار، وحركيات الإنزيم، والتفاعلات الجزيئية، والانفصال الطوري. تسلط الدراسة الضوء على النقاش المستمر بشأن المساهمات النسبية للعوامل الانتروبية (الحجم…
-
تحقيق التوازن بين السرعة والدقة في طي البروتينات: مقارنة بين AlphaFold2 وESMFold وOmegaFold
2026 | المؤلف: Anna Hyskova وآخرون | المجلة: Frontiers in Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تتطلب التقدم السريع في أدوات توقع بنية البروتين تقييمات أداء منهجية للمساعدة في اختيار الطريقة، خاصةً بالنظر إلى التوازن بين سرعة الحساب ودقة التوقع. في هذه الدراسة، قمنا بتقييم ثلاثة أدوات بارزة—AlphaFold2 وESMFold وOmegaFold—باستخدام مجموعة بيانات تتكون من 1,337 سلسلة بروتين من بنك بيانات البروتين، مع ضمان عدم وجود تداخل مع بيانات التدريب. قمنا بتقييم…
-
هيكلة موقع النشاط الإنزيمي على مستوى الذرة باستخدام RFdiffusion2
2025 | المؤلف: Woody Ahern وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة التقدم في تصميم الإنزيمات، وخاصة من خلال إدخال النموذج التوليدي العميق، RoseTTAFold diffusion 2 (RFdiffusion2). تتضمن الطرق التقليدية لتصميم الإنزيمات ترتيب مجموعات الوظائف الحفازة حول حالة انتقال التفاعل وتتطلب تحديد مواقع بقايا مسبقة، مما يحد من المرونة. بالمقابل، يسمح RFdiffusion2 بتصميم الإنزيمات مباشرة من هندسة مجموعات الوظائف دون الحاجة إلى تحديد ترتيب…
-
التحقيق فيما إذا كانت نماذج التعلم العميق للتجميع المشترك تتعلم فيزياء تفاعلات البروتين-الليغاند
2025 | المؤلف: Matthew R. Masters وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدمات الأخيرة في توقع هيكل البروتينات والليغاندات المعتمدة على التعلم العميق، مع تسليط الضوء بشكل خاص على نماذج الطي المشترك مثل AlphaFold 3 (AF3) وRoseTTAFold All-Atom (RFAA). لقد أظهرت هذه النماذج تحسينات كبيرة في توقع هياكل البروتينات التي تتفاعل مع مختلف الجزيئات الحيوية، محققة دقة عالية من خلال الاستفادة…
-
الوراثة، الطاقة، والتماثل في البروتينات ذات النوى والأسطح العشوائية
2025 | المؤلف: Albert Escobedo وآخرون | المجلة: Science | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تبحث الدراسة في الديناميات التطورية لنوى البروتينات من خلال توصيف البروتينات ذات التسلسلات العشوائية تجريبيًا. تركز الدراسة على ثلاثة بروتينات صغيرة: مجال SH3 من كيناز التيروزين البشري FYN (FYN-SH3)، مثبط سوبتيليسين-كيموتريسين الشعير-2A (CI-2A)، وبروتين الصدمة الباردة E. coli CspA. من خلال عشوائية سبعة بقايا أساسية إلى خمسة أحماض أمينية كارهة للماء (F، I، L، M،…
-
تنبؤ هيكل البروتين في مجال واحد ومتعدد المجالات باستخدام D-I-TASSER المعتمد على التعلم العميق
2025 | المؤلف: Wei Zheng وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم القسم نظرة عامة على نهج هجين جديد لتوقع بنية البروتين يسمى تحسين تجميع الخيوط التكراري القائم على التعلم العميق (D-I-TASSER). يجمع هذه الطريقة بين إمكانيات التعلم العميق متعددة المصادر مع محاكاة تجميع شظايا الخيوط التكرارية لتوليد نماذج على مستوى الذرة، وخاصة للبروتينات متعددة المجالات الكبيرة. يستخدم D-I-TASSER بروتوكول تقسيم وتجميع المجالات، مما يعزز بشكل…
-
إعادة النظر في مجال القوة FoldX، نسخة محسّنة
2025 | المؤلف: Javier Delgado وآخرون | المجلة: Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون تطوير نسخة محسنة من مجال القوة FoldX، مدفوعين بالحاجة إلى تحسين الدقة في التنبؤ بطفرات استقرار البروتين. قاموا بتجميع قاعدة بيانات شاملة، وهي مجموعة بيانات استقرار FoldX (FSD)، تتكون من 5556 طفرات، تم تحديد 2484 منها على أنها طفرات ذات ثقة عالية بناءً على هياكل الأشعة السينية غير المتكررة بدقة…