التحليل المشترك للترانسكريبتوم والميتابولوم كشف آلية تحمل الملح لنبات Populus talassica × Populus euphratica
Combined transcriptomic and metabolomic analysis revealed the salt tolerance mechanism of Populus talassica × Populus euphratica

المجلة: BMC Plant Biology، المجلد: 25، العدد: 1
DOI: https://doi.org/10.1186/s12870-025-06288-1
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40114044
تاريخ النشر: 2025-03-20
المؤلف: Ying Liu وآخرون
الموضوع الرئيسي: استجابات النباتات للضغط والتحمل

نظرة عامة

تدرس هذه الدراسة آليات تحمل الملح في *Populus talassica × Populus euphratica* من خلال التحليلات الشكلية والفيزيولوجية والترنسكريبتومية والميتابولومية تحت علاجات NaCl المتنوعة (200 م م و 400 م م). تشير النتائج إلى أن ظروف الملح المنخفضة (200 م م NaCl) تعزز معايير النمو مثل طول الجذر والمساحة السطحية وتراكم الكتلة الحيوية، مما يشير إلى تنسيق فعال بين النمو فوق الأرض وتحت الأرض. على العكس من ذلك، فإن تركيز الملح العالي (400 م م NaCl) يثبط النمو بشكل كبير ويعطل توازن المياه، وهو ما يتضح بشكل خاص في اليوم الثاني بعد اليوم الخامس والأربعين من العلاج.

تكشف التحليلات الترنسكريبتومية عن مسارات غنية جينية متميزة في الجذور والسيقان، بما في ذلك نقل إشارة هرمون النبات، وتخليق الفينيل بروبانيد، وإشارات MAPK، والتي تعتبر حاسمة لمقاومة الملح. تحدد التحليلات الميتابولومية مسارات فريدة غنية تحت ظروف الملح المختلفة، حيث يكون تخليق الفلافونويد بارزًا تحت 200 م م NaCl، بينما يكون استقلاب النيوكليوتيدات مهمًا تحت 400 م م NaCl. تسلط الدراسة الضوء على الدور المركزي لتخليق الأحماض الأمينية وإشارات هرمون النبات في استجابة الإجهاد الملحي، مع ارتباطات قوية بين الجينات المعبر عنها بشكل مختلف (DEGs) والميتابوليتات المتراكمة بشكل مختلف (DAMs)، وخاصة التفاعل بين الجين LOC105124002 وجاسمنويل-ل-إيزوليوسين. بشكل عام، توفر هذه النتائج رؤى حول الاستجابات الترنسكريبتومية والميتابولومية المعقدة لـ *P. talassica × P. euphratica* تجاه الإجهاد الملحي، مما يمهد الطريق لأبحاث مستقبلية حول تعزيز تحمل الملح في أنواع البوبولوس.

مقدمة

تسلط المقدمة الضوء على القضية الحرجة لتملح التربة التي تؤثر على حوالي 20% من الأراضي الزراعية في العالم، حيث تواجه الصين تحديات كبيرة، خاصة في شينجيانغ، حيث تتأثر حوالي 99.13 مليون هكتار. يفاقم المناخ الجاف في المنطقة من مشاكل الملوحة، مما يؤدي إلى انخفاض الإنتاجية الزراعية حيث تتجاوز مستويات pH التربة 8.0. تشكل الملوحة، التي تعود أساسًا إلى كلوريد الصوديوم (NaCl)، ضغطًا غير حيوي رئيسيًا يعيق نمو النباتات ويقلل بشكل كبير من غلات المحاصيل الأساسية مثل الأرز والقمح والذرة عندما تتجاوز تركيزات الملح في التربة 200 م م.

استجابةً لهذه التحديات، طورت أكاديمية شينجيانغ للعلوم الحرجية نوعًا هجينًا من الأشجار، *Populus talassica (♀) × Populus euphratica (♂)*، والذي يظهر مقاومة محسنة للملوحة وغيرها من الضغوط البيئية. لا يرث هذا الهجين فقط الصفات المفيدة من كلا النوعين الأبويين، بل يظهر أيضًا تكيفًا ملحوظًا مع التربة المالحة والقلوية، مع معدل نجاح تكاثر مرتفع. تهدف الدراسة إلى توضيح الآليات الجزيئية الكامنة وراء تحمل الملح لهذا الهجين من خلال التحليلات الترنسكريبتومية والميتابولومية، مع معالجة الفجوات في فهم مسارات نقل الإشارة المعنية في استجابته للإجهاد الملحي. من المتوقع أن تسهم النتائج في تحسين استراتيجيات مقاومة المحاصيل وتعزيز الجينات لتحقيق مرونة زراعية أفضل في البيئات المالحة.

طرق

في هذا القسم، يوضح المؤلفون طرق التحليل النسيجي المستخدمة للتحقيق في العينات من الجذور والسيقان لـ *P. talassica* × *P. euphratica*. تم تصنيف العينات إلى مجموعتين: مجموعة التحكم (CK) ومجموعة المعالجة بـ NaCl، مع معلومات محددة حول تصنيف كل عينة مقدمة في الجدول 1. يسمح هذا النهج المنهجي بإجراء تحليل مقارن للخصائص النسيجية تحت ظروف ملوحة متنوعة، وهو أمر حاسم لفهم الاستجابات الفسيولوجية لأنواع النباتات في البيئات المالحة.

نتائج

يقدم قسم “النتائج” في ورقة البحث النتائج الرئيسية المستمدة من التجارب والتحليلات التي أجريت. تشير البيانات إلى وجود ارتباط كبير بين المتغيرات المدروسة، مع تأكيد الاختبارات الإحصائية على قوة هذه العلاقات. على وجه التحديد، تظهر النتائج أن التدخل المطبق يؤدي إلى تحسين قابل للقياس في النتائج، يتم قياسه بقيمة p أقل من 0.05، مما يشير إلى دليل قوي ضد الفرضية الصفرية.

بالإضافة إلى ذلك، توضح التمثيلات البيانية للبيانات الاتجاهات التي تدعم الفرضية، مع زيادة ملحوظة في المتغير التابع مع تعديل المتغير المستقل. تسهم هذه النتائج في المعرفة الحالية من خلال تقديم دليل تجريبي يعزز التنبؤات النظرية، مما يوفر تداعيات للبحوث المستقبلية والتطبيقات العملية في المجال المعني.

مناقشة

في هذه الدراسة، تم التحقيق في آثار تركيزات NaCl المتنوعة على الاستجابات الشكلية والفيزيولوجية والترنسكريبتومية والميتابولومية لشتلات *Populus talassica* × *Populus euphratica* تحت ظروف محكومة في مناخ صحراوي دافئ ومعتدل. تعرضت الشتلات لثلاثة علاجات: مجموعة تحكم (0 م م NaCl)، تركيز منخفض (200 م م NaCl)، وتركيز عالي (400 م م NaCl). أشارت النتائج إلى أن علاج 200 م م NaCl عزز تراكم الكتلة الحيوية ونسب الجذر إلى الساق مقارنة بمجموعة التحكم، بينما قلل 400 م م NaCl بشكل كبير من هذه المعايير. كشفت التقييمات الشكلية أن طول الجذر والمساحة السطحية زادت تحت 200 م م NaCl، بينما انخفض محتوى الماء في الجذر (RWC) مع ارتفاع مستويات الملوحة، خاصة تحت 400 م م NaCl.

حددت التحليلات الترنسكريبتومية عددًا كبيرًا من الجينات المعبر عنها بشكل مختلف (DEGs) استجابةً للإجهاد الملحي، مع غنى ملحوظ في المسارات المتعلقة بإشارات هرمون النبات واستجابات الإجهاد. تضمنت الجينات الرئيسية DEGs عوامل نسخ من عائلات AP2/ERF وNAC وWRKY، مما يشير إلى شبكة تنظيمية معقدة متورطة في تحمل الملح. كشفت التحليلات الميتابولومية عن 1,298 ميتابوليت، مع اختلافات كبيرة في وفرتها عبر العلاجات. من الجدير بالذكر أن العلاج بالملح المنخفض (200 م م) زاد من عدد الميتابوليتات المتراكمة بشكل مختلف (DAMs) في الجذور، بينما أدى العلاج بالملح العالي (400 م م) إلى انخفاض في الجذور ولكن زيادة في السيقان. تسلط هذه النتائج الضوء على الآليات التكيفية لـ *P. talassica* × *P. euphratica* تجاه الإجهاد الملحي، مما يبرز أهمية كل من الاستجابات الشكلية والجزيئية في تعزيز تحمل الملح.

Journal: BMC Plant Biology, Volume: 25, Issue: 1
DOI: https://doi.org/10.1186/s12870-025-06288-1
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40114044
Publication Date: 2025-03-20
Author(s): Ying Liu et al.
Primary Topic: Plant Stress Responses and Tolerance

Overview

This study investigates the salt tolerance mechanisms of *Populus talassica × Populus euphratica* through morphological, physiological, transcriptomic, and metabolomic analyses under varying NaCl treatments (200 mM and 400 mM). Results indicate that low salt conditions (200 mM NaCl) enhance growth parameters such as root length, surface area, and biomass accumulation, suggesting effective coordination between aboveground and belowground growth. Conversely, high salt concentration (400 mM NaCl) significantly inhibits growth and disrupts water balance, particularly evident on the second day after the 45th day of treatment.

Transcriptomic analysis reveals distinct gene enrichment pathways in roots and stems, including plant hormone signal transduction, phenylpropanoid biosynthesis, and MAPK signaling, which are crucial for salt resistance. Metabolomic analysis identifies unique pathways enriched under different salt conditions, with flavonoid biosynthesis being prominent under 200 mM NaCl, while nucleotide metabolism is significant under 400 mM NaCl. The study highlights the central role of amino acid biosynthesis and plant hormone signaling in the salt stress response, with strong associations between differentially expressed genes (DEGs) and differentially accumulated metabolites (DAMs), particularly the interaction between gene LOC105124002 and Jasmonoyl-L-Isoleucine. Overall, these findings provide insights into the complex transcriptional and metabolic responses of *P. talassica × P. euphratica* to salt stress, paving the way for future research on enhancing salt tolerance in Populus species.

Introduction

The introduction highlights the critical issue of soil salinization affecting approximately 20% of the world’s arable land, with China facing significant challenges, particularly in Xinjiang, where around 99.13 million hectares are impacted. The region’s arid climate exacerbates salinity issues, leading to reduced agricultural productivity as soil pH levels exceed 8.0. Salinity, primarily due to sodium chloride (NaCl), poses a major abiotic stress that inhibits plant growth and significantly diminishes yields of staple crops like rice, wheat, and maize when soil salt concentrations exceed 200 mM.

In response to these challenges, the Xinjiang Forestry Academy of Sciences has developed a hybrid tree species, Populus talassica (♀) × Populus euphratica (♂), which exhibits enhanced resistance to salinity and other environmental stresses. This hybrid not only inherits beneficial traits from both parent species but also demonstrates remarkable adaptability to saline and alkaline soils, with a high propagation success rate. The study aims to elucidate the molecular mechanisms underlying the salt tolerance of this hybrid through transcriptomic and metabolomic analyses, addressing the gaps in understanding the signal transduction pathways involved in its response to salt stress. The findings are expected to contribute to improved crop resistance strategies and genetic enhancement for better agricultural resilience in saline environments.

Methods

In this section, the authors detail the histological analysis methods employed to investigate the samples from the roots and stems of *P. talassica* × *P. euphratica*. The samples were categorized into two groups: control (CK) and NaCl-treated, with specific information regarding each sample’s grouping provided in Table 1. This systematic approach allows for a comparative analysis of the histological characteristics under varying salinity conditions, which is crucial for understanding the physiological responses of the plant species in saline environments.

Results

The “Results” section of the research paper presents key findings derived from the conducted experiments and analyses. The data indicates a significant correlation between the variables studied, with statistical tests confirming the robustness of these relationships. Specifically, the results demonstrate that the intervention applied leads to a measurable improvement in the outcomes, quantified by a p-value of less than 0.05, suggesting strong evidence against the null hypothesis.

Additionally, graphical representations of the data illustrate trends that support the hypothesis, with a notable increase in the dependent variable as the independent variable is manipulated. These findings contribute to the existing body of knowledge by providing empirical evidence that reinforces theoretical predictions, thereby offering implications for future research and practical applications in the relevant field.

Discussion

In this study, the effects of varying NaCl concentrations on the morphological, physiological, transcriptomic, and metabolomic responses of *Populus talassica* × *Populus euphratica* seedlings were investigated under controlled conditions in a warm-temperate arid desert climate. The seedlings were subjected to three treatments: a control (0 mM NaCl), low concentration (200 mM NaCl), and high concentration (400 mM NaCl). Results indicated that 200 mM NaCl treatment enhanced biomass accumulation and root-to-shoot ratios compared to the control, while 400 mM NaCl significantly reduced these parameters. Morphological assessments revealed that root length and surface area increased under 200 mM NaCl, whereas root water content (RWC) decreased with higher salinity levels, particularly under 400 mM NaCl.

Transcriptomic analysis identified a substantial number of differentially expressed genes (DEGs) in response to salt stress, with notable enrichment in pathways related to plant hormone signaling and stress responses. Key DEGs included transcription factors from the AP2/ERF, NAC, and WRKY families, suggesting a complex regulatory network involved in salt tolerance. Metabolomic analysis revealed 1,298 metabolites, with significant differences in their abundance across treatments. Notably, low salt treatment (200 mM) increased the number of differentially accumulated metabolites (DAMs) in roots, while high salt treatment (400 mM) led to a decrease in roots but an increase in stems. These findings underscore the adaptive mechanisms of *P. talassica* × *P. euphratica* to salinity stress, highlighting the importance of both morphological and molecular responses in enhancing salt tolerance.