DOI: https://doi.org/10.1038/s41422-026-01233-9
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41748751
تاريخ النشر: 2026-02-26
المؤلف: Youkui Huang وآخرون
الموضوع الرئيسي: الأحماض النووية الدائرية في الأمراض
نقاش
في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في تأثير تسلسلات الحمولة على السلامة الهيكلية وكفاءة الترجمة لـ RNAs الدائرية المهندسة في المختبر (ivcRNAs) باستخدام موقع دخول الريبوسوم الداخلي لفيروس ساليفيروس A (IRES). يظهرون أن التفاعلات المحددة بين IRES SV-A وبعض تسلسلات الحمولة يمكن أن تضر بالسلامة الهيكلية لـ IRES، مما يؤدي إلى تقليل كفاءة الترجمة. من خلال إجراء سلسلة من التجارب، بما في ذلك اختبار الفلورسنت الفلوري (fLuc-nLuc) وتحليل SHAPE-MaP، يحدد المؤلفون أن IRES من النوع V عمومًا تظهر كفاءة ترجمة أفضل مقارنة بأنواع أخرى عبر خطوط خلوية مختلفة. ومن الجدير بالذكر أن IRES SV-A تفوقت على IRES الشائعة الاستخدام لفيروس كوكساكي B3 من حيث كفاءة الترجمة.
تكشف النتائج أن الديناميات الهيكلية بين IRES وتسلسلات الحمولة حاسمة لتحسين تصميم ivcRNA. يقترح المؤلفون أن تعطيل التفاعلات غير المواتية بين IRES والحمولة يمكن أن يستعيد طي IRES ويعزز الترجمة. كما يؤسسون مقاييس مثل نسبة تداخل IRES وثبات هيكل IRES لتقييم السلامة الهيكلية لـ IRES عبر ivcRNAs المختلفة بشكل كمي. تؤكد النتائج على أهمية فهم تفاعلات IRES-الحمولة وتأثيراتها على ترجمة ivcRNA، مما يشير إلى أن تصميمات ivcRNA المستقبلية يجب أن تأخذ في الاعتبار هذه الديناميات لتحسين نتائج التعبير عن البروتينات العلاجية.
DOI: https://doi.org/10.1038/s41422-026-01233-9
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41748751
Publication Date: 2026-02-26
Author(s): Youkui Huang et al.
Primary Topic: Circular RNAs in diseases
Discussion
In this study, the authors investigate the impact of cargo sequences on the structural integrity and translational efficiency of engineered in vitro circularized RNAs (ivcRNAs) utilizing the Salivirus A internal ribosome entry site (IRES). They demonstrate that specific interactions between the SV-A IRES and certain cargo sequences can compromise the IRES’s structural integrity, leading to reduced translation efficiency. By employing a series of experiments, including the fLuc-nLuc reporter assay and SHAPE-MaP analysis, the authors identify that type V IRESs generally exhibit superior translation efficiency compared to other types across various cell lines. Notably, the SV-A IRES outperformed the commonly used Coxsackievirus B3 IRES in terms of translation efficiency.
The findings reveal that the structural dynamics between IRES and cargo sequences are critical for optimizing ivcRNA design. The authors propose that disrupting unfavorable IRES-cargo interactions can restore IRES folding and enhance translation. They further establish metrics such as the IRES Crosstalk Ratio and IRES Structure Consistency to quantitatively assess the structural integrity of IRES across different ivcRNAs. The results underscore the importance of understanding IRES-cargo interactions and their effects on ivcRNA translation, suggesting that future ivcRNA designs should consider these dynamics to improve therapeutic protein expression outcomes.