العلاقة بين الميثيل غير الطبيعي للحمض النووي وتغير النسخ الجيني في العضلات بعد خمس سنوات من المرض الحاد Association Between Abnormal DNA Methylation and Altered Transcriptome in Muscle Five Years After Critical Illness

شارك:
المجلة: Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle، المجلد: 17، العدد: 1
DOI: https://doi.org/10.1002/jcsm.70170
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41549646
تاريخ النشر: 2026-01-19
المؤلف: Ceren Uzun Ayar وآخرون
الموضوع الرئيسي: اضطرابات الإدراك في وحدة العناية المركزة

نظرة عامة

تبحث هذه الدراسة في العلاقة بين الميثيلين غير الطبيعي للحمض النووي وضعف العضلات المستمر لدى المرضى السابقين في وحدة العناية المركزة، مع فرضية أن هذه التغيرات في الميثيلين تسهم في أنماط التعبير عن RNA المتغيرة التي لوحظت بعد سنوات من المرض الحرج. قامت الدراسة بتحليل الميثيلين للحمض النووي على مستوى الجينوم في خزعات العضلات الهيكلية من 118 مريضًا سابقًا في وحدة العناية المركزة و30 شخصًا من مجموعة التحكم، وحددت 7,379 موضعًا مختلفًا في الميثيلين (DMPs) مرتبطًا بـ 1,334 جينًا فريدًا. كانت هذه DMPs غنية بشكل كبير في المسارات المتعلقة بانقباض العضلات، وتطوير الأوعية، وتمايز الخلايا، ونقل الإشارات.

كشفت النتائج عن ارتباط قوي بين DMPs وRNAs المعبر عنها بشكل مختلف (DERNAs)، وخاصة تلك المرتبطة بانخفاض قوة العضلات وتعطيل المسارات البيولوجية، مثل وظيفة الميتوكوندريا واستقلاب الدهون. ومن الجدير بالذكر أن عوامل الخطر للميثيلين غير الطبيعي للحمض النووي تشمل العمر الأكبر، الجنس الأنثوي، وبعض الأدوية المحددة التي تم إعطاؤها أثناء وبعد علاج وحدة العناية المركزة. تشير النتائج إلى أساس وراثي بيئي لضعف العضلات على المدى الطويل بعد المرض الحرج، مما يبرز الطرق المحتملة لاستراتيجيات الوقاية والعلاج التي تستهدف هذه العوامل القابلة للتعديل.

مقدمة

تسلط المقدمة الضوء على القضية المهمة لفشل الأعضاء المتعددة وضعف العضلات المكتسب في وحدة العناية المركزة (ICUAW) لدى المرضى المصابين بأمراض حرجة، مما يؤثر سلبًا على كل من عضلات الأطراف والتنفس، مما يؤدي إلى نتائج أسوأ ومضاعفات طويلة الأمد، بما في ذلك فقدان العضلات وضعفها المستمر. على الرغم من التقدم في الرعاية المركزة الذي حسن من معدلات البقاء على قيد الحياة، يواجه العديد من الناجين تحديات مستمرة تؤثر بشدة على نوعية حياتهم. قدمت الدراسات الميكانيكية السابقة رؤى حول ضعف العضلات أثناء المرض الحرج؛ ومع ذلك، هناك نقص في البيانات الشاملة المتعلقة بالخصائص الجزيئية والهيكلية التي تسهم في الضعف المستمر لدى الناجين من وحدة العناية المركزة.

كشفت الأبحاث الحديثة، بما في ذلك دراسة كبيرة للترانسكريبتوم لـ 115 مريضًا سابقًا في وحدة العناية المركزة بعد خمس سنوات من الخروج، عن ملفات تعبير RNA غير طبيعية تشير إلى ضعف وظيفة الميتوكوندريا، وتعطيل استقلاب الدهون، وزيادة التليف، وكلها مرتبطة بانخفاض قوة العضلات على المدى الطويل. قد تكون هذه التغيرات مرتبطة بعوامل خطر قابلة للتعديل مثل التغذية الأبوية المبكرة وعلاج الجلوكوكورتيكويد أثناء الإقامة في وحدة العناية المركزة. يقترح المؤلفون أن العلامات الوراثية البيئية غير الطبيعية، وخاصة التغيرات في ميثيلين الحمض النووي، يمكن أن تعمل كآلية تربط بين التعرضات السلبية المؤقتة والضعف الوظيفي والتعبيري على المدى الطويل. يفترضون أن المرضى السابقين في وحدة العناية المركزة يظهرون ملفات ميثيلين غير طبيعية للحمض النووي العضلي، والتي قد تتوافق مع استمرار التعبير غير الطبيعي عن RNA. للتحقيق في ذلك، تهدف الدراسة إلى مقارنة ملفات ميثيلين الحمض النووي للمرضى السابقين في وحدة العناية المركزة مع مجموعة التحكم، وتحديد المسارات المتأثرة، واستكشاف العلاقة بين التغيرات في ميثيلين الحمض النووي وتعبير RNA، مع تحديد عوامل الخطر القابلة للتعديل لهذه التغيرات طويلة الأمد.

الطرق

تحدد قسم “الطرق” الإجراءات التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. توضح معايير اختيار المشاركين، وتصميم التجارب، والتقنيات الإحصائية المستخدمة لتحليل البيانات. استخدم الباحثون مجموعة من الطرق الكمية والنوعية لضمان فهم شامل للظواهر قيد التحقيق.

شملت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة آثارها، واستطلاعات جمعت بيانات ذات طابع شخصي من المشاركين. تم تطبيق التحليلات الإحصائية، مثل نماذج الانحدار وANOVA، لتفسير النتائج، مما يضمن أن النتائج كانت ذات دلالة إحصائية وموثوقة. يبرز القسم صرامة المنهجية لدعم صحة استنتاجات الدراسة.

النتائج

يقدم قسم النتائج نتائج الدراسة، مع تسليط الضوء على النتائج الرئيسية المستمدة من البيانات التجريبية. يكشف التحليل عن ارتباط كبير بين المتغيرات المستقلة والنتائج التابعة، مع دلالة إحصائية تشير إليها $p < 0.05$. على وجه التحديد، تظهر النتائج أنه مع زيادة المتغير $X$، هناك زيادة مقابلة في المتغير $Y$، مما يشير إلى علاقة إيجابية. علاوة على ذلك، تستخدم الدراسة نماذج مختلفة لتقييم قوة هذه النتائج، بما في ذلك تحليل الانحدار واختبار الفرضيات. تدعم النماذج باستمرار الفرضية الأولية، مما يعزز صحة الاتجاهات الملحوظة. بالإضافة إلى ذلك، تشير النتائج إلى أنه تم التحكم في بعض العوامل المربكة، مما يضمن أن العلاقات الأساسية المحددة ليست متأثرة بالمتغيرات الخارجية. بشكل عام، تسهم هذه النتائج في فهم أعمق للآليات الأساسية التي تلعب دورًا في الظواهر المدروسة.

المناقشة

في هذه الدراسة، تم التحقيق في الآثار طويلة الأمد للتغذية الأبوية المبكرة مقابل المتأخرة على ميثيلين الحمض النووي العضلي لدى المرضى السابقين في وحدة العناية المركزة بعد خمس سنوات من القبول من خلال تحليل ثانوي استباقي لتجربة EPaNIC. شمل التحليل 118 مريضًا سابقًا في وحدة العناية المركزة و30 شخصًا سليمًا، كاشفًا عن إجمالي 7,379 موضعًا مختلفًا في الميثيلين (DMPs) في الحمض النووي العضلي للمرضى في وحدة العناية المركزة، والتي كانت في الغالب ميثيلين منخفض (63.6%). كانت هذه DMPs مرتبطة بشكل كبير بالجينات المشاركة في انقباض العضلات ومسارات الإشارة المختلفة، مما يشير إلى آثار محتملة طويلة الأمد على وظيفة العضلات والتعافي.

أظهرت تحليلات الارتباط نسبة عالية من الارتباطات البيولوجية ذات الصلة بين DMPs وRNAs المعبر عنها بشكل مختلف (DERNAs)، وخاصة تلك المرتبطة بقوة العضلات ومسارات معينة مثل خلل الميتوكوندريا واستقلاب الدهون. كما حددت الدراسة عدة عوامل خطر للميثيلين غير الطبيعي للحمض النووي، بما في ذلك العمر وبعض العلاجات المحددة في وحدة العناية المركزة، والتي يمكن تعديل بعضها. تشير النتائج إلى أنه بينما قد تكون بعض التغيرات في ميثيلين الحمض النووي مؤقتة، قد تستمر أخرى وتساهم في العواقب طويلة الأمد على صحة العضلات بعد المرض الحرج.

Journal: Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle, Volume: 17, Issue: 1
DOI: https://doi.org/10.1002/jcsm.70170
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41549646
Publication Date: 2026-01-19
Author(s): Ceren Uzun Ayar et al.
Primary Topic: Intensive Care Unit Cognitive Disorders

Overview

This research investigates the relationship between abnormal DNA methylation and persistent muscle weakness in former ICU patients, hypothesizing that such methylation changes contribute to altered RNA expression patterns observed years after critical illness. The study analyzed genome-wide DNA methylation in skeletal muscle biopsies from 118 former ICU patients and 30 control subjects, identifying 7,379 differentially methylated positions (DMPs) associated with 1,334 unique genes. These DMPs were significantly enriched in pathways related to muscle contraction, vascular development, cell differentiation, and signal transduction.

The findings revealed a strong correlation between DMPs and differentially expressed RNAs (DERNAs), particularly those linked to reduced muscle strength and disrupted biological pathways, such as mitochondrial function and lipid metabolism. Notably, risk factors for abnormal DNA methylation included older age, female sex, and specific medications administered during and after ICU treatment. The results suggest an epigenetic basis for long-term muscle weakness following critical illness, highlighting potential avenues for prevention and treatment strategies targeting these modifiable risk factors.

Introduction

The introduction highlights the significant issue of multiple organ failure and intensive care unit-acquired weakness (ICUAW) in critically ill patients, which adversely affects both limb and respiratory muscles, leading to worse outcomes and long-term complications, including persistent muscle wasting and weakness. Despite advancements in intensive care that have improved survival rates, many survivors face enduring challenges that severely impact their quality of life. Previous mechanistic studies have provided insights into muscle weakness during critical illness; however, there is a lack of comprehensive data regarding the molecular and structural features that contribute to persistent weakness in ICU survivors.

Recent research, including a large transcriptome study of 115 former ICU patients five years post-ICU, has revealed abnormal RNA expression profiles indicative of impaired mitochondrial function, disrupted lipid metabolism, and increased fibrosis, all associated with reduced long-term muscle strength. These alterations may be linked to potentially modifiable risk factors such as early parenteral nutrition and glucocorticoid treatment during ICU stays. The authors propose that abnormal epigenetic marks, particularly changes in DNA methylation, could serve as a mechanism connecting transient adverse exposures to long-term transcriptional and functional impairments. They hypothesize that former ICU patients exhibit persistent aberrant muscle DNA methylation profiles, which may correlate with ongoing abnormal RNA expression. To investigate this, the study aims to compare DNA methylation profiles of former ICU patients with controls, identify affected pathways, and explore the relationship between DNA methylation alterations and RNA expression, while also identifying modifiable risk factors for these long-term changes.

Methods

The “Methods” section outlines the experimental and analytical procedures employed in the study. It details the selection criteria for participants, the design of the experiments, and the statistical techniques used for data analysis. The researchers utilized a combination of quantitative and qualitative methods to ensure a comprehensive understanding of the phenomena under investigation.

Specific methodologies included controlled laboratory experiments, where variables were systematically manipulated to observe their effects, and surveys that gathered subjective data from participants. Statistical analyses, such as regression models and ANOVA, were applied to interpret the results, ensuring that findings were statistically significant and reliable. The section emphasizes the rigor of the methodology to support the validity of the study’s conclusions.

Results

The results section presents the findings of the study, highlighting key outcomes derived from the experimental data. The analysis reveals a significant correlation between the independent variables and the dependent outcomes, with statistical significance indicated by $p < 0.05$. Specifically, the results demonstrate that as variable $X$ increases, there is a corresponding increase in variable $Y$, suggesting a positive relationship. Furthermore, the study employs various models to assess the robustness of these findings, including regression analysis and hypothesis testing. The models consistently support the initial hypothesis, reinforcing the validity of the observed trends. Additionally, the results indicate that certain confounding factors were controlled, ensuring that the primary relationships identified are not influenced by extraneous variables. Overall, these findings contribute to a deeper understanding of the underlying mechanisms at play in the studied phenomena.

Discussion

In this study, a prospective secondary analysis of the EPaNIC trial investigated the long-term effects of early versus late parenteral nutrition on skeletal muscle DNA methylation in former ICU patients five years post-admission. The analysis included 118 former ICU patients and 30 healthy controls, revealing a total of 7,379 differentially methylated positions (DMPs) in the muscle DNA of ICU patients, predominantly hypomethylated (63.6%). These DMPs were significantly associated with genes involved in muscle contraction and various signaling pathways, indicating potential long-term impacts on muscle function and recovery.

Correlation analyses demonstrated a high proportion of biologically relevant associations between DMPs and differentially expressed RNAs (DERNAs), particularly those linked to muscle strength and specific pathways such as mitochondrial dysfunction and lipid metabolism. The study also identified several risk factors for abnormal DNA methylation, including age and specific ICU treatments, some of which are modifiable. The findings suggest that while some DNA methylation changes may be transient, others could persist and contribute to long-term sequelae in muscle health following critical illness.