DOI: https://doi.org/10.1136/bmjgh-2025-019241
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41651557
تاريخ النشر: 2026-02-01
المؤلف: Anne‐Claire Stona وآخرون
الموضوع الرئيسي: إدارة الأمراض الحيوانية وعلم الأوبئة
نظرة عامة
تستكشف ورقة البحث حالة أنظمة الشراء وإدارة سلسلة التوريد (PSM) لعلم الجينوم الخاص بالعوامل الممرضة في جنوب وجنوب شرق آسيا، لا سيما في سياق تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS) التي أوصت بها منظمة الصحة العالمية لمراقبة الأمراض. شمل استبيان مقطعي تم إجراؤه من 2022 إلى 2023 42 شريكًا عبر 13 دولة، بالإضافة إلى مقابلات نوعية مع مصنعي NGS الإقليميين. تكشف النتائج عن تحديات كبيرة في PSM، بما في ذلك ارتفاع تكاليف المعدات والمواد الاستهلاكية (أبلغ عنها 85% من المستجيبين)، وأوقات تسليم طويلة لتوريد المعدات والمواد الكيميائية (متوسط 8 أسابيع)، والحواجز المتعلقة بالإجراءات الجمركية والاستيراد.
تسلط الدراسة الضوء على الحاجة إلى جهود وطنية وإقليمية منسقة لتعزيز أنظمة PSM، مما يحسن الوصول إلى تقنية تسلسل الجينوم الخاص بالعوامل الممرضة. تشمل التوصيات ضمان شفافية الأسعار، وتطوير أدوات التنبؤ من أجل كفاءة التكلفة، واستكشاف نماذج شراء مبتكرة، وتبسيط العمليات التنظيمية. من خلال معالجة هذه التحديات، تؤكد الأبحاث على إمكانية NGS في تحسين الكشف المبكر عن الأمراض وقدرات الاستجابة في البيئات ذات الموارد المحدودة، مما يسهم في النهاية في تحسين مراقبة الجينوم الخاص بالعوامل الممرضة في المنطقة.
مقدمة
كشفت جائحة COVID-19 عن نقاط ضعف كبيرة في سلاسل الإمداد الصحية العالمية، مما أثر بشكل خاص على توفر السلع الصحية الأساسية مثل معدات الحماية الشخصية والأدوية واللقاحات. أثرت الاضطرابات في سلاسل الإمداد، التي تُعرف بأنها أحداث غير مخطط لها تعيق التدفق الطبيعي للبضائع، أيضًا على معدات ومواد التسلسل من الجيل التالي (NGS)، والتي تعتبر ضرورية لتتبع متغيرات SARS-CoV-2 وإبلاغ التدخلات الصحية العامة. أكدت منظمة الصحة العالمية (WHO) على الحاجة إلى دمج NGS في برامج مراقبة الأمراض المعدية الوطنية، مما يتطلب إدارة قوية للشراء وسلسلة التوريد (PSM) لضمان توليد بيانات تسلسل العوامل الممرضة في الوقت المناسب.
تظهر الفجوات في قدرة المراقبة الجينومية، حيث تسهم الدول ذات الدخل المرتفع بشكل غير متناسب في قواعد البيانات العامة أكثر من الدول ذات الموارد الأقل، وغالبًا ما يكون ذلك بسبب الفجوات في البنية التحتية والموارد. الوقت المستغرق لتقديم البيانات إلى قواعد البيانات الجينومية الدولية أقصر بشكل ملحوظ في الدول الأكثر ثراءً، مما يبرز عدم المساواة في قدرات المختبرات. على الرغم من انخفاض تكاليف تقنيات التسلسل، لا تزال هناك تفاوتات كبيرة في الأسعار، حيث تواجه الدول ذات الموارد الأقل تكاليف أعلى لكل تسلسل عامل ممرض. تهدف مبادرات مثل مبادرة جينوميات العوامل الممرضة في آسيا إلى معالجة هذه التحديات من خلال تعزيز التنسيق وتطوير القدرات في جنوب وجنوب شرق آسيا. تسعى هذه الأبحاث إلى تحديد العقبات المتعلقة بـ PSM وتأثيرها على التكاليف، مما يساهم في إبلاغ الاستراتيجيات لتحسين الوصول إلى معدات التسلسل والمواد الكيميائية من أجل الكشف الأفضل عن العوامل الممرضة.
طرق البحث
في هذه الدراسة، تم إجراء استبيان كمي مقطعي لشركاء الدول المعنيين بمراقبة الجينوم الخاص بالعوامل الممرضة عبر جنوب وجنوب شرق آسيا. كان الهدف من هذا الاستبيان هو جمع البيانات حول الممارسات الحالية والتحديات التي تواجه جهود المراقبة الجينومية. بالإضافة إلى ذلك، تم إجراء مقابلات نوعية شبه منظمة مع كبار مصنعي التسلسل من الجيل التالي (NGS) في آسيا، الذين يزودون المعدات والمواد الأساسية لعلم الجينوم الخاص بالعوامل الممرضة. سمح هذا النهج المختلط بفهم شامل لكل من المشهد الكمي والرؤى النوعية المتعلقة بالقدرات والقيود في المراقبة الجينومية في المنطقة.
النتائج
في هذه الدراسة، تم جمع البيانات من 42 مؤسسة تعمل في مجال التسلسل الجينومي و3 مصنعي تقنيات التسلسل الجينومي. يتم تقديم النتائج كبيانات مجمعة على المستوى الوطني، مما يبرز كل من الاستجابات الكمية من مؤسسات الجينوم الخاص بالعوامل الممرضة (المشار إليها بالمستهلكين) والتعليقات النوعية من المصنّعين. يتم تنظيم هذه الاستجابات وتحليلها بشكل منهجي وفقًا لفئات إطار عمل PSC (تحالف تسلسل العوامل الممرضة)، مع تقديم تمثيلات مفصلة في الجداول 1 و2، بالإضافة إلى الشكل 1. يسمح هذا النهج المنظم بفهم شامل لوجهات نظر وتجارب كل من المستهلكين والمصنعين في مجال التسلسل الجينومي.
المناقشة
تسلط قسم المناقشة في ورقة البحث الضوء على التحديات التي تواجه إدارة الشراء وسلسلة التوريد (PSM) المتعلقة بمراقبة الجينوم الخاص بالعوامل الممرضة عبر 13 دولة في جنوب وجنوب شرق آسيا. على الرغم من القدرة الوطنية الحالية على التسلسل الجينومي، التي تم تطويرها بشكل أساسي خلال جائحة COVID-19، لا تزال هناك حواجز كبيرة، لا سيما فيما يتعلق بالتكاليف العالية للمعدات والمواد الكيميائية، والتي تتفاقم بسبب نقص الشفافية في الأسعار وهيمنة عدد قليل من المصنّعين، وخاصة Illumina وOxford Nanopore Technologies. تحدد الدراسة أن معظم عمليات الشراء تحدث على مستوى المختبر بدلاً من خلال التنبؤ الوطني أو الإقليمي، مما يؤدي إلى تأخيرات وعدم كفاءة في سلاسل الإمداد.
بالإضافة إلى ذلك، تناقش الورقة التحديات اللوجستية، بما في ذلك أوقات الشراء الطويلة ومشكلات توفر المخزون، التي تعيق الوصول في الوقت المناسب إلى أدوات التسلسل الجينومي الضرورية. تزيد التباينات في عمليات التخليص الجمركي والأطر التنظيمية المختلفة عبر الدول من تعقيد الوضع، مما يسهم في زيادة التكاليف وتأخيرات التسليم. يقترح المؤلفون أن استراتيجيات الشراء الجديدة، مثل عقود الإيجار والشراء المشترك، يمكن أن تخفف من بعض هذه التحديات. ويؤكدون على الحاجة إلى تحسين التنسيق بين أصحاب المصلحة، بما في ذلك المصنّعين والموزعين ومؤسسات الصحة العامة، لتطوير حلول مناسبة للسياق وتعزيز الكفاءة العامة لسلسلة التوريد. تؤكد النتائج على ضرورة التغييرات النظامية وزيادة الرقابة الحكومية لمعالجة هذه التحديات العالمية في PSM بشكل فعال.
DOI: https://doi.org/10.1136/bmjgh-2025-019241
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41651557
Publication Date: 2026-02-01
Author(s): Anne‐Claire Stona et al.
Primary Topic: Animal Disease Management and Epidemiology
Overview
The research paper investigates the status of procurement and supply chain management (PSM) systems for pathogen genomics in South and Southeast Asia, particularly in the context of next-generation sequencing (NGS) technology recommended by the WHO for disease surveillance. A cross-sectional survey conducted from 2022 to 2023 involved 42 partners across 13 countries, alongside qualitative interviews with regional NGS manufacturers. The findings reveal significant PSM challenges, including high costs of equipment and consumables (reported by 85% of respondents), long lead times for equipment and reagent resupply (averaging 8 weeks), and barriers related to customs and import procedures.
The study highlights the need for coordinated national and regional efforts to enhance PSM systems, thereby improving access to pathogen genomic sequencing technology. Recommendations include ensuring transparent pricing, developing forecasting tools for cost efficiency, exploring innovative procurement models, and streamlining regulatory processes. By addressing these challenges, the research emphasizes the potential of NGS to improve early disease detection and response capabilities in low-resource settings, ultimately contributing to more effective pathogen genomic surveillance in the region.
Introduction
The COVID-19 pandemic exposed significant vulnerabilities in global health supply chains, particularly affecting the availability of essential health commodities such as personal protective equipment, medicines, and vaccines. Disruptions in supply chains, defined as unplanned events that hinder the normal flow of goods, also impacted next-generation sequencing (NGS) equipment and consumables, which are crucial for tracking SARS-CoV-2 variants and informing public health interventions. The World Health Organization (WHO) has emphasized the need for integrating NGS into national infectious disease surveillance programs, necessitating robust procurement and supply chain management (PSM) to ensure timely generation of pathogen sequencing data.
Disparities in genomic surveillance capacity are evident, with high-income countries contributing disproportionately more sequences to public databases than lower-resourced nations, often due to gaps in infrastructure and resources. The turnaround time for data submission to international genomic databases is notably shorter in wealthier countries, underscoring inequalities in laboratory capabilities. Despite decreasing costs of sequencing technologies, significant price inequities persist, with lower-resourced countries facing higher costs per pathogen sequence. Initiatives like the Asia Pathogen Genomics Initiative aim to address these challenges by enhancing coordination and capacity development in South and Southeast Asia. This research seeks to identify PSM-related obstacles and their impact on costs, ultimately informing strategies to improve access to sequencing equipment and reagents for better detection of pathogens.
Methods
In this study, a cross-sectional quantitative survey was administered to country partners involved in pathogen genomic surveillance across South and Southeast Asia. This survey aimed to gather data on the current practices and challenges faced in genomic surveillance efforts. Additionally, semi-structured qualitative interviews were conducted with major next-generation sequencing (NGS) manufacturers in Asia, who supply essential equipment and materials for pathogen genomics. This mixed-methods approach allowed for a comprehensive understanding of both the quantitative landscape and qualitative insights regarding the capabilities and limitations of genomic surveillance in the region.
Results
In this study, data were collected from 42 institutions engaged in genomic sequencing and 3 manufacturers of genomic sequencing technology. The findings are presented as aggregated national-level data, highlighting both quantitative responses from the pathogen genomics institutions (referred to as consumers) and qualitative feedback from the manufacturers. These responses are systematically organized and analyzed according to the categories of the PSC (Pathogen Sequencing Consortium) framework, with detailed representations provided in Tables 1 and 2, as well as Figure 1. This structured approach allows for a comprehensive understanding of the perspectives and experiences of both consumers and manufacturers in the field of genomic sequencing.
Discussion
The discussion section of the research paper highlights the challenges faced in procurement and supply chain management (PSM) related to pathogen genomic surveillance across 13 countries in South and Southeast Asia. Despite the existing national capacity for genomic sequencing, primarily developed during the COVID-19 pandemic, significant barriers remain, particularly concerning the high costs of equipment and reagents, which are exacerbated by limited price transparency and the dominance of a few manufacturers, notably Illumina and Oxford Nanopore Technologies. The study identifies that most procurement occurs at the laboratory level rather than through national or regional forecasting, leading to delays and inefficiencies in supply chains.
Additionally, the paper discusses the logistical challenges, including lengthy purchasing lead times and stock availability issues, which hinder timely access to necessary genomic sequencing tools. Variability in customs clearance processes and differing regulatory frameworks across countries further complicate the situation, contributing to increased costs and delivery delays. The authors suggest that novel procurement strategies, such as leasing contracts and pooled procurement, could alleviate some of these challenges. They emphasize the need for improved coordination among stakeholders, including manufacturers, distributors, and public health institutions, to develop contextually appropriate solutions and enhance the overall efficiency of the supply chain. The findings underscore the necessity for systemic changes and greater governmental oversight to address these global PSM challenges effectively.