دمج الجينوميات الميكروبية والنقل العصبي لفهم تأثير سلالات البروبيوتيك على الصحة العصبية Integrating microbial genomics and neurotranscriptomics to understand the impact of probiotic strains on neurological health

شارك:
المجلة: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology، المجلد: 15
DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2025.1732234
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41607522
تاريخ النشر: 2026-01-13
المؤلف: Xiaolan Jin وآخرون
الموضوع الرئيسي: البروبيوتيك والأطعمة المخمرة

نظرة عامة

تبحث الدراسة في محور الأمعاء والدماغ ودوره في الصحة العصبية، مع التركيز على التأثيرات العصبية النشطة للبروبيوتيك *Lactobacillus rhamnosus GG* و*Bifidobacterium longum 1714*. تستخدم الدراسة نهجًا متعدد الأوميات، يدمج الجينوميات الميكروبية، والنقل العصبي، والتحقق في المختبر لتوضيح الآليات الجزيئية التي تؤثر بها هذه البروبيوتيك على الاستجابات العصبية. شملت المنهجيات الرئيسية التوصيف الوظيفي للجينوم الكامل، وتوقع مسارات الأيض، وتحليل التعبير التفاضلي لمجموعات بيانات RNA-seq العصبية، والتي كشفت عن زيادة ملحوظة في تنظيم الجينات المشبكية (مثل BDNF، SYN1) وناقلات السيروتونين (مثل SLC6A4، TPH2)، إلى جانب قمع الوسطاء الالتهابيين (مثل IL-6، TNF-α).

أشارت النتائج إلى أن *L. rhamnosus GG* غنية في المسارات المتعلقة بحمض الغاما-أمينوبيوتيريك (GABA) والأحماض الدهنية قصيرة السلسلة (SCFAs)، بينما يرتبط *B. longum 1714* بتمثيل التريبتوفان-الإندول. أكدت التجارب في المختبر زيادة في إفراز GABA (بمعدل 1.7 مرة) والسيروتونين (بمعدل 1.5 مرة)، وتقليل الأنواع التفاعلية للأكسجين (ROS)، وزيادة في نسخ الحويصلات خارج الخلوية المرتبطة بالوظائف المشبكية ومضادة الالتهاب. تؤكد النتائج على تعديل المسارات العصبية الناقلات بشكل محدد للنوع، مما يشير إلى أن التدخلات البروبيوتيك المستهدفة يمكن أن تعزز تنظيم المزاج والمرونة الإدراكية، مع آثار على الاضطرابات النفسية العصبية.

مقدمة

تسلط مقدمة هذه الورقة البحثية الضوء على الدور الحاسم للميكروبيوم المعوي في تنظيم فسيولوجيا المضيف، خاصة من خلال محور الأمعاء والدماغ، الذي يسهل التواصل بين الميكروبات والجهاز العصبي المركزي (CNS). تُعتبر المستقلبات الميكروبية، مثل الأحماض الدهنية قصيرة السلسلة (SCFAs) وسوابق الناقلات العصبية، متورطة في التأثير على وظيفة الخلايا العصبية وترتبط بمختلف الاضطرابات العصبية والنفسية. تؤكد الورقة على الإمكانات العلاجية للبروبيوتيك، وخاصة *Lactobacillus rhamnosus GG* و*Bifidobacterium longum 1714*، التي أظهرت وعدًا في تعديل المسارات العصبية النشطة وتحسين نتائج الصحة العقلية.

على الرغم من الأدلة المتزايدة التي تدعم تأثير البروبيوتيك على الصحة العصبية، لا تزال الآليات الكامنة وراء هذه التأثيرات غير مفهومة جيدًا. يحدد المؤلفون فجوة كبيرة في البحث، خاصة نقص الدراسات الشاملة التي تربط الإمكانات الجينومية الميكروبية مع استجابات النسخ الجينية العصبية للمضيف. يقترحون استخدام تقنيات متعددة الأوميات لسد هذه الفجوة، من خلال دمج الجينوميات الميكروبية والنسخ الجينية العصبية لتوضيح الآليات العصبية المعدلة للسلالات البروبيوتيك المختارة. تهدف الدراسة إلى ربط مسارات الأيض الميكروبية بشكل منهجي مع نتائج الإشارات العصبية، مما يعزز فهم عمل البروبيوتيك ويؤسس إطارًا للتدخلات الدقيقة المستندة إلى الميكروبيوم في الصحة العصبية.

النتائج

يقدم قسم “النتائج” في الورقة البحثية النتائج الرئيسية المستمدة من التجارب أو التحليلات التي تم إجراؤها. عادةً ما يتضمن بيانات كمية، وتحليلات إحصائية، وتمثيلات بصرية مثل الرسوم البيانية أو الجداول لتوضيح النتائج. غالبًا ما تتم مقارنة النتائج مع الفرضيات أو الأهداف الأولية الموضحة في المقدمة، مما يبرز الأنماط أو الاتجاهات الملحوظة في البيانات.

بالإضافة إلى ذلك، قد يناقش القسم آثار النتائج، بما في ذلك أهميتها للأدبيات الموجودة والتطبيقات المحتملة في هذا المجال. يتم أيضًا تناول أي قيود واجهت الدراسة، بالإضافة إلى اقتراحات لوجهات البحث المستقبلية، لتوفير فهم شامل للنتائج التي تم الحصول عليها.

المناقشة

تبحث الدراسة في الإمكانات العصبية المعدلة لسلالتين من البروبيوتيك، *Lactobacillus rhamnosus GG* و*Bifidobacterium longum 1714*، من خلال نهج متعدد الأوميات التكاملي يجمع بين الجينوميات الميكروبية، والنسخ الجينية العصبية، والتحقق في المختبر. كشفت تسلسل الجينوم الكامل أن *L. rhamnosus GG* تمتلك مسارات جينية قوية لإنتاج GABA والأحماض الدهنية قصيرة السلسلة (SCFA)، بينما *B. longum 1714* غنية في تمثيل التريبتوفان، مما يشير إلى قدرتها على التأثير على مستويات السيروتونين. أظهرت التجارب الوظيفية أن *L. rhamnosus GG* زادت بشكل ملحوظ من إفراز GABA، بينما عززت *B. longum 1714* مستويات السيروتونين، مما يؤكد التأثيرات المتوقعة لمستقلبات البروبيوتيك على تعديل الناقلات العصبية.

كشفت تحليل النسخ الجينية أن العلاج بالبروبيوتيك أدى إلى زيادة ملحوظة في تنظيم جينات المرونة المشبكية (مثل BDNF، SYN1) وانخفاض تنظيم العلامات الالتهابية (مثل IL-6، TNF-α)، مما يشير إلى دور وقائي عصبي. سلط دمج البيانات الميكروبية والعصبية من خلال تحليل الارتباط الكنسي (CCA) وDIABLO الضوء على الارتباطات الهامة بين المسارات الميكروبية وتعبير الجينات العصبية، مع ظهور مجموعات متميزة للإرسال العصبي وتعديل المناعة. تؤكد هذه النتائج على الأدوار التكميلية للسلالتين في تعزيز الوظيفة المشبكية وتقليل الالتهاب، مما يشير إلى تطبيقات علاجية محتملة في الاضطرابات النفسية العصبية والتنكسية العصبية. تؤكد الدراسة على الحاجة إلى تدخلات بروبيوتيك دقيقة مصممة لتناسب اختلالات كيميائية عصبية فردية، مما يمهد الطريق للتحقق المستقبلي في الجسم الحي.

القيود

تقدم الدراسة نتائج مهمة في السيلكو وفي المختبر بشأن التفاعلات العصبية المناعية؛ ومع ذلك، تعترف بعدة قيود. من الجدير بالذكر أن استخدام خطوط خلايا عصبية وخلايا عصبية مشتقة من خلايا جذعية متعددة القدرات قد لا يعكس بشكل كافٍ تعقيدات التفاعلات العصبية المناعية في الجسم الحي. بالإضافة إلى ذلك، بينما تدعم التجارب مع الوسائط المشروطة دور المستقلبات القابلة للذوبان، فإنها تفشل في حساب التفاعل المعقد بين خلايا الظهارة المعوية والجهاز المناعي. علاوة على ذلك، على الرغم من أن شبكات SPIEC-EASI تشير إلى ارتباطات مستقرة، إلا أن العلاقات السببية بين المستقلبات الميكروبية والتغيرات المحددة في تعبير الجينات العصبية لم يتم تحديدها بعد.

لمعالجة هذه القيود، يجب أن تتضمن الأبحاث المستقبلية نماذج في الجسم الحي، مثل الفئران الجنوبيات، وإجراء تجارب سريرية لتعزيز الصلة التحويلية للنتائج. سيكون من الضروري اتباع نهج شامل يدمج الميتابولوميات، وبروتيوميات الحويصلات خارج الخلوية (EV)، والنسخ الجينية أحادية الخلية أو المكانية لتصحيح الفهم الآلي لهذه التفاعلات وتحديد التأثيرات المحددة لنوع الخلية. بالإضافة إلى ذلك، قد يكشف استكشاف مجموعات سلالات متعددة عن تفاعلات تآزرية أو مضادة لا تتضح في دراسات السلالات الفردية.

Journal: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Volume: 15
DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2025.1732234
PMID: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41607522
Publication Date: 2026-01-13
Author(s): Xiaolan Jin et al.
Primary Topic: Probiotics and Fermented Foods

Overview

The research investigates the gut-brain axis and its role in neurological health, focusing on the neuroactive effects of probiotics Lactobacillus rhamnosus GG and Bifidobacterium longum 1714. The study employs a multi-omics approach, integrating microbial genomics, neurotranscriptomics, and in vitro validation to elucidate the molecular mechanisms by which these probiotics influence neuronal responses. Key methodologies included whole-genome functional annotation, metabolic pathway prediction, and differential expression analysis of neuronal RNA-seq datasets, which revealed significant upregulation of synaptic genes (e.g., BDNF, SYN1) and serotonergic transporters (e.g., SLC6A4, TPH2), alongside suppression of inflammatory mediators (e.g., IL-6, TNF-α).

Results indicated that L. rhamnosus GG is enriched in pathways related to gamma-aminobutyric acid (GABA) and short-chain fatty acids (SCFAs), while B. longum 1714 is associated with tryptophan-indole metabolism. In vitro assays confirmed increased release of GABA (1.7-fold) and serotonin (1.5-fold), reduced reactive oxygen species (ROS), and enrichment of extracellular vesicle transcripts linked to synaptic and anti-inflammatory functions. The findings underscore the strain-specific modulation of neurotransmitter pathways and neuroinflammation, suggesting that targeted probiotic interventions could enhance mood regulation and cognitive resilience, with implications for neuropsychiatric disorders.

Introduction

The introduction of this research paper highlights the critical role of the gut microbiome in regulating host physiology, particularly through the gut-brain axis, which facilitates communication between the microbiota and the central nervous system (CNS). Microbial metabolites, such as short-chain fatty acids (SCFAs) and neurotransmitter precursors, are implicated in influencing neuronal function and are associated with various neurological and psychiatric disorders. The paper emphasizes the therapeutic potential of probiotics, specifically Lactobacillus rhamnosus GG and Bifidobacterium longum 1714, which have shown promise in modulating neuroactive pathways and improving mental health outcomes.

Despite the growing evidence supporting the influence of probiotics on neurological health, the mechanisms underlying these effects remain poorly understood. The authors identify a significant gap in research, particularly the lack of comprehensive studies linking microbial genomic potential with host neuronal transcriptomic responses. They propose utilizing multi-omics technologies to bridge this gap, integrating microbial genomics and neuronal transcriptomics to elucidate the neuromodulatory mechanisms of the selected probiotic strains. The study aims to systematically connect microbial metabolic pathways with neuronal signaling outcomes, thereby advancing the understanding of probiotic action and establishing a framework for precision microbiome-based interventions in neurological health.

Results

The “Results” section of the research paper presents the key findings derived from the conducted experiments or analyses. It typically includes quantitative data, statistical analyses, and visual representations such as graphs or tables to illustrate the outcomes. The results are often compared against the initial hypotheses or objectives outlined in the introduction, highlighting significant patterns or trends observed in the data.

Additionally, the section may discuss the implications of the findings, including their relevance to existing literature and potential applications in the field. Any limitations encountered during the study, as well as suggestions for future research directions, are also commonly addressed to provide a comprehensive understanding of the results obtained.

Discussion

The study investigates the neuromodulatory potential of two probiotic strains, *Lactobacillus rhamnosus GG* and *Bifidobacterium longum 1714*, through an integrative multi-omics approach combining microbial genomics, neuronal transcriptomics, and in vitro validation. Whole-genome sequencing revealed that *L. rhamnosus GG* possesses robust genetic pathways for GABA and short-chain fatty acid (SCFA) production, while *B. longum 1714* is enriched in tryptophan metabolism, indicating its capacity to influence serotonin levels. Functional assays demonstrated that *L. rhamnosus GG* significantly increased GABA release, whereas *B. longum 1714* enhanced serotonin levels, confirming the predicted effects of probiotic metabolites on neurotransmitter modulation.

Transcriptomic analysis revealed that probiotic treatment led to significant upregulation of synaptic plasticity genes (e.g., BDNF, SYN1) and downregulation of pro-inflammatory markers (e.g., IL-6, TNF-α), suggesting a neuroprotective role. Integration of microbial and neuronal data through canonical correlation analysis (CCA) and DIABLO highlighted significant associations between microbial pathways and neuronal gene expression, with distinct clusters emerging for neurotransmission and immune modulation. These findings underscore the complementary roles of the two strains in enhancing synaptic function and reducing inflammation, suggesting potential therapeutic applications in neuropsychiatric and neurodegenerative disorders. The study emphasizes the need for precision probiotic interventions tailored to individual neurochemical imbalances, paving the way for future in vivo validation.

Limitations

The study presents significant in silico and in vitro findings regarding neuroimmune interactions; however, it acknowledges several limitations. Notably, the use of neuronal cell lines and induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived neurons may not adequately reflect the complexities of in vivo neuroimmune interactions. Additionally, while experiments with conditioned media support the role of soluble metabolites, they fail to account for the intricate crosstalk between gut epithelial cells and the immune system. Furthermore, although the SPIEC-EASI networks indicate stable associations, the causal relationships between microbial metabolites and specific changes in neuronal gene expression have yet to be determined.

To address these limitations, future research should incorporate in vivo models, such as gnotobiotic mice, and conduct clinical trials to enhance the translational relevance of the findings. A comprehensive approach that integrates metabolomics, extracellular vesicle (EV) proteomics, and single-cell or spatial transcriptomics will be essential for refining the mechanistic understanding of these interactions and identifying cell-type-specific effects. Additionally, exploring multi-strain consortia may uncover synergistic or antagonistic interactions that are not evident in single-strain studies.