الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: علم الأحياء الحاسوبي
-
إطار توليدي جزيئي ثلاثي الأبعاد لتصميم الأدوية الموجهة بالتفاعل
2024 | المؤلف: Wonho Zhung وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم هذا القسم إطار عمل مبتكر لتوليد الجزيئات ثلاثية الأبعاد مع مراعاة التفاعلات، يهدف إلى تعزيز تصميم الأدوية من خلال النمذجة التوليدية العميقة. غالبًا ما تكافح النماذج التوليدية التقليدية مع التعميم بسبب نقص البيانات، مما يؤدي إلى تصاميم دون المستوى قد لا تتفاعل بفعالية مع البروتينات المستهدفة غير المرئية. يعالج الإطار المقترح هذه القيود من…
-
أدوار متنوعة لمجالات ربط المعادن وآلية نقل ATPases من النوع P الناقلة للنحاس
2024 | المؤلف: Zongxin Guo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)تعتبر مضخات النحاس من النوع P (P1B-1) ATPases ضرورية للحفاظ على توازن النحاس الخلوي، ومع ذلك فإن الآليات الكامنة وراء حالات E1-E1P-E2P-E2 لا تزال غير مفهومة بشكل كافٍ، خاصة فيما يتعلق بوظيفة مجالات ربط المعادن الداخلية (MBDs). تدمج هذه الدراسة بين أربعة هياكل من المجهر الإلكتروني بالتبريد (cryo-EM) ومحاكاة الديناميات الجزيئية لتوضيح أدوار MBDs في…
-
التنبؤ الدقيق بمخلفات فصل الطور الرئيسية باستخدام التعلم الآلي
2024 | المؤلف: Jun Sun وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة أهمية فهم الفصل الطوري داخل الخلايا للتحكم في النسخ، وانتقالات مصير الخلايا، وآليات الأمراض. يقدم البحث PSPHunter، وهو أداة قائمة على التعلم الآلي مصممة للتنبؤ بالبقايا الرئيسية التي تؤثر على فصل البروتينات. تشير دراسات التحقق إلى أن تقصير ست بقايا حيوية فقط في البروتين GATA3 يعطل فصلها الطوري، مما يؤدي إلى زيادة…
-
نموذج انتشار مزدوج يمكّن من توليد الجزيئات ثلاثية الأبعاد وتحسين الرصاص بناءً على جيوب الهدف
2024 | المؤلف: Lei Huang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)ت outlines ورقة البحث المبادئ الأساسية لنموذج الانتشار، الذي يعمل من خلال سلسلتين مترابطتين من ماركوف: عملية الانتشار وعملية العكس (إزالة الضوضاء). تقوم عملية الانتشار بإدخال ضوضاء غاوسية بشكل منهجي إلى البيانات على مدى سلسلة من الخطوات الزمنية، مما يحول توزيع البيانات الحقيقي إلى توزيع ضوضاء محدد مسبقًا. يتم التحكم في هذا التحويل من خلال…
-
توقع جينات المحور التفاعلي في خلايا PBMC في داء السكري من النوع 2، والخلل الدهني، والتهاب اللثة
2024 | المؤلف: Pradeep Kumar Yadalam وآخرون | المجلة: BMC Oral Health | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)تبحث ورقة البحث في العلاقات المعقدة بين داء السكري من النوع 2 (T2DM)، والخلل الدهني، والتهاب اللثة المزمن، وخلايا الدم البيضاء أحادية النواة المحيطية (PBMCs). باستخدام المعلوماتية الحيوية وخوارزميات التعلم الآلي، تهدف الدراسة إلى تحديد جينات المحور التفاعلي التي تربط بين هذه الحالات. تم تحليل مجموعات بيانات تعبير الجينات لتحديد الجينات ذات الصلة، مع استخدام…
-
دمج متعدد الأوميك لبيانات الميكروبيوم لتحديد الوحدات المرتبطة بالمرض
2024 | المؤلف: Efrat Muller وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح الأساليب التجريبية والتحليلية المستخدمة في الدراسة. يوضح معايير اختيار المشاركين، وتصميم التجارب، والتقنيات الإحصائية المستخدمة لتحليل البيانات. يتم وصف منهجيات محددة، مثل التجارب المضبوطة أو الدراسات الملاحظة، بالإضافة إلى أي أدوات أو أجهزة مستخدمة للقياس. بالإضافة إلى ذلك، قد يتضمن القسم معلومات عن حجم العينة، وإجراءات جمع البيانات، وأي اعتبارات أخلاقية تم…
-
الدياندولات الناتجة من مستقلبات الميكروبات المعاونة تعمل كليغاندات داخلية CAR/Nr1i3
2024 | المؤلف: Jiabao Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تسلط هذه القسم من ورقة البحث الضوء على العلاقة المهمة بين بكتيريا الأمعاء البشرية وعلم وظائف الأعضاء للمضيف، وخاصة من خلال عمل مستقبلات النواة (NRs). يحدد المؤلفون جزيئات الدياندول، المشتقة من مستقلبات البكتيريا المعوية، كمنبهات محددة لمستقبل الأندروستين اليتيم (CAR). من خلال التحليلات الفيزيائية الحيوية، يظهرون أن هذه الدياندولات تظهر تقارب نانومولي مماثل لمنبهات CAR…
-
تصنيف كيميائي قائم على SERS للتنبؤ الأمامي من أجل التوضيح الهيكلي غير المستهدف للسيريبروسيدات الإيبرية
2024 | المؤلف: Emily Xi Tan وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)في هذا القسم، يقدم المؤلفون إطار عمل جديد للتعرف الكيميائي غير المستهدف، والتفريق بين الإيزومرات، وقياس الكميات من السيريبروسيدات باستخدام تشتت رامان المعزز بالسطح (SERS) مع التعلم الآلي. تركز الدراسة على 11 سيريبروسيد إبيميري، محققة دقة تزيد عن 90% في توضيح البنية وقياس الكميات بشكل موثوق مع أخطاء تقل عن 10%. تتضمن المنهجية استخدام حمض…
-
استكشاف باسيلاس سوبتيليس: علم البيئة، التطبيقات البيوتكنولوجية، وآفاق المستقبل
2024 | المؤلف: Adenike A. Akinsemolu وآخرون | المجلة: Journal of Basic Microbiology | المجال: علم البيئة (Ecology)تسلط ورقة البحث الضوء على تطور *Bacillus subtilis* (B. subtilis) من اكتشافه الأول بواسطة كريستيان غوتفريد إيرهينبرغ إلى مكانته ككائن نموذجي محوري في علم الأحياء الدقيقة. تؤكد المراجعة على الخصائص الجينية والفيزيولوجية والبيوكيميائية المعقدة لـ B. subtilis، المعززة بتقنيات حديثة مثل CRISPR والأساليب الحاسوبية. تمتد تطبيقاته عبر التكنولوجيا الحيوية والزراعة والطب، بما في ذلك الأدوار…
-
تباين سرطان الكبد الخلوي: من الآليات إلى الآثار السريرية
2024 | المؤلف: Fatema Safri وآخرون | المجلة: Cancer Gene Therapy | المجال: أمراض الكبد (Hepatology)سرطان الكبد الخلوي (HCC) يمثل شكلاً شائعًا من سرطان الكبد الأولي، يتميز بفعالية علاجية محدودة إلى حد كبير بسبب التحديات في الكشف المبكر ومقاومة الورم للعلاجات. أحد المساهمين الرئيسيين في هذه القضايا هو تباين الورم، وخاصة التباين داخل الورم، مما يعقد التشخيص ونتائج العلاج. تسعى هذه المراجعة إلى توضيح الأبعاد الجزيئية لتباين الورم، مع التركيز…