الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: البروتيوم
-
كوانتيمز: خط أنابيب قائم على السحابة للبروتيوميات الكمية يمكّن من إعادة تحليل بيانات البروتيوميات العامة
2024 | المؤلف: Chengxin Dai وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)إن الزيادة في حجم بيانات البروتيوميات العامة تقدم تحديات حسابية كبيرة لإعادة التحليل على نطاق واسع. لمعالجة ذلك، يقدم المؤلفون quantms، وهو خط أنابيب مفتوح المصدر قائم على السحابة مصمم لتحليل بيانات البروتيوميات بشكل متوازي بشكل كبير. باستخدام quantms، أعادوا تحليل 83 مجموعة بيانات عامة من ProteomeXchange، تشمل 29,354 ملف أداة من 13,132 عينة بشرية،…
-
فك رموز المجالات المكانية من الميكروبيوم المكاني متعدد الأبعاد باستخدام SpatialGlue
2024 | المؤلف: Yahui Long وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، قام المؤلفون بتقييم SpatialGlue مقابل عدة طرق منافسة باستخدام بيانات متعددة الأومكس المكانية التي تم الحصول عليها تجريبيًا والمحاكاة مع تسميات الحقيقة المعروفة. استخدمت التقييمات مقاييس إشرافية مثل التجانس، المعلومات المتبادلة، المعلومات المتبادلة المعدلة (AMI)، المعلومات المتبادلة العادية (NMI)، ومؤشر راند المعدل (ARI). تضمنت مجموعات البيانات المحاكاة وضعيتين قدمتا رؤى فريدة ومتكاملة…
-
التصميم الحسابي لنظائر البروتينات الغشائية القابلة للذوبان والوظيفية
2024 | المؤلف: Casper A. Goverde وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم البحث نهجًا حسابيًا جديدًا يستخدم التعلم العميق، وبالتحديد AF2 seq-MPNN، لتصميم طيات البروتين المعقدة بكفاءة، بما في ذلك التسلسلات غير الطبيعية. يتميز هذا الإطار بمرونته وقابليته للتعميم، مما يلغي الحاجة إلى إعادة تدريب محددة للطيات أو قيود تصميم معقدة. نجح المؤلفون في هندسة عدة طيات بروتين صعبة، محققين معدلات نجاح تجريبية عالية للتصاميم القابلة…
-
اكتشاف المضادات الحيوية المدعوم بالتعلم العميق من خلال إزالة الانقراض الجزيئي
2024 | المؤلف: Fang Wan وآخرون | المجلة: Nature Biomedical Engineering | المجال: الكيمياء الحيوية السريرية (Clinical Biochemistry)يتناول قسم ورقة البحث النهج المبتكر لإعادة إحياء الجزيئات المنقرضة، والذي يهدف إلى إحياء الجزيئات المنقرضة لمعالجة القضايا المعاصرة مثل مقاومة المضادات الحيوية. باستخدام التعلم العميق، قام المؤلفون بتدريب مجموعات من النماذج لتحليل البروتيومات للكائنات المنقرضة، مما أسفر عن تحديد 37,176 تسلسل ببتيد له نشاط مضاد للميكروبات واسع الطيف، منها 11,035 كانت جديدة وغير موجودة…
-
TRP14 هو الإنزيم المحدد لمعدل تقليل السيستين داخل الخلايا وينظم سيستين البروتينات
2024 | المؤلف: Pablo Martí‐Andrés وآخرون | المجلة: The EMBO Journal | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)في هذه الدراسة، يحقق المؤلفون في الآلية التي تقلل بها الخلايا السيستين، وهي خطوة حاسمة لاستخدام السيستين في عمليات مثل تخليق البروتين والغلوثاثيون. يحددون بروتين الثيوريدوكسين المرتبط بوزن 14 كيلو دالتون (TRP14)، المشفر بواسطة TXNDC17، كإنزيم محدد لمعدل تقليل السيستين داخل الخلايا. يؤدي الإزالة الجينية لـ TRP14 إلى تحويل تخليق السيستين بشكل أساسي إلى مسار…
-
تحسين تحليل التعبير التفاضلي لبيانات البروتيوميات من خلال قواعد عالية الأداء واستنتاج جماعي
2024 | المؤلف: Hui Peng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)تستعرض هذه القسم دراسة شاملة تهدف إلى تحسين سير العمل لتحديد البروتينات المعبر عنها بشكل مختلف في علم البروتيوميات. يتكون سير العمل من خمس خطوات أساسية: قياس البيانات الخام، بناء مصفوفة التعبير، تطبيع المصفوفة، تقدير القيم المفقودة (MVI)، وتحليل التعبير التفاضلي (DEA). نظرًا للعدد الكبير من الطرق المتاحة في كل خطوة، فإن تحديد سير العمل…
-
استخدام النسخ الجيني والبروتينات لفك رموز الجينات والبروتينات الرئيسية في شتلات الأرز Oryza sativa التي تتوسطها السيلينيوم استجابةً لإجهاد الكادميوم
2024 | المؤلف: Sixi Zhu وآخرون | المجلة: BMC Plant Biology | المجال: التغذية وعلم الحميات (Nutrition and Dietetics)تدرس هذه الدراسة الدور الوقائي للسيلينيوم (Se) في تخفيف سمية الكادميوم (Cd) في شتلات الأرز (Oryza sativa). تُظهر الأبحاث أن تطبيق السيلينيوم الخارجي (1 ملغ/كغ) يقلل بشكل كبير من الآثار السلبية لإجهاد Cd، مما يؤدي إلى زيادة في ارتفاع النبات (20.53%) والوزن الطازج (34.48%)، بالإضافة إلى تحسينات في محتوى الكلوروفيل (16.68%) والكاروتينات (15.26%). كما تُبلغ…
-
تتيح تقنية One-Tip تغطية شاملة للبروتيوم في الخلايا الدنيا والزيجوت الفردية
2024 | المؤلف: Zilu Ye وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التحليل الطيفي (Spectroscopy)التزمت الدراسة بجميع اللوائح الأخلاقية ذات الصلة، مما يضمن الامتثال للمعايير المعمول بها في أبحاث الحيوانات. على وجه التحديد، تم إجراء التجارب الحيوانية تحت رقم الترخيص 2021-15-0201-00851، الذي منحته الهيئة الوطنية الدنماركية لتجارب الحيوانات. اتبعت المنهجية التوجيهات الوطنية والمحلية للحفاظ على الاعتبارات الأخلاقية طوال عملية البحث. يقدم قسم “النتائج” نتائج الدراسة، مع تسليط الضوء على…
