الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الجينوم
-
تحليل تسلسل الجينوم الكامل لأنواع البروسيلة المعزولة من المجترات في مناطق مختلفة من تركيا
2024 | المؤلف: Songül Ötkün وآخرون | المجلة: BMC Infectious Diseases | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تستكشف هذه الدراسة التنوع الجيني لعزلات بروسلا من مناطق مختلفة في تركيا، مع التركيز على آثارها على الصحة العامة والطب البيطري. تم تحديد 23 عزلة، بما في ذلك 21 من المجترات و2 من البشر، وتم تصنيفها باستخدام طرق الميكروبيولوجيا التقليدية، تلتها تسلسل الجينوم الكامل. أظهر التحليل النشوي القائم على تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) أن…
-
تحليل شامل للجينوم واكتشاف المتغيرات على نطاق واسع باستخدام DRAGEN
2024 | المؤلف: Sairam Behera وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم قسم “النتائج” النتائج الرئيسية للدراسة، مع تسليط الضوء على نتائج التجارب أو التحليلات التي تم إجراؤها. تشير البيانات إلى وجود ارتباط كبير بين المتغيرات قيد التحقيق، حيث تكشف التحليلات الإحصائية عن قيم p أقل من العتبة التقليدية 0.05، مما يشير إلى دليل قوي ضد فرضية العدم. بالإضافة إلى ذلك، تظهر النتائج أن التدخل المطبق…
-
بناء رسومات الجينوم الشامل
2024 | المؤلف: Erik Garrison وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم هذا القسم نظرة عامة على مُنشئ رسم الجينوم الشامل (PGGB)، وهو خط أنابيب جديد مصمم لبناء رسوم الجينوم الشامل التي تمثل بشكل شامل التنوع الجيني بين عدة جينومات مرجعية. على عكس الطرق الحالية التي تستبعد إما التسلسلات المعقدة أو تعتمد على جينوم مرجعي واحد، يستخدم PGGB استراتيجية محاذاة شاملة. تتيح هذه الطريقة تحديد التنوع…
-
التصنيف السريع لمتاجينوم الأنواع وتقدير الاحتواء باستخدام سيلف
2024 | المؤلف: Jim Shaw وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم هذا القسم نظرة عامة على **sylph**، وهو مصنف جديد على مستوى الأنواع مصمم لتعزيز اكتشاف وقياس الكائنات الدقيقة، وخاصة تلك الموجودة بكميات منخفضة. يستخدم **sylph** إحصائيات كمر Poisson المعززة بالصفر لتقدير متوسط هوية النوكليوتيد بين الجينوم والميكروبيوم (ANI)، مما يسهل اكتشاف الأنواع بدقة. في التحليلات المقارنة باستخدام مجموعة بيانات CAMI2 البحرية، تفوق **sylph** على…
-
استكشاف المحددات الجينية لمقاومة المضادات الحيوية في سلالات بروسيلة ميليتينسيس من أصل إنساني وحيواني من الهند
2024 | المؤلف: H Ayoub وآخرون | المجلة: Frontiers in Microbiology | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تدرس الدراسة مقاومة المضادات الحيوية (AMR) في *Brucella melitensis*، وهو مسبب للحمى المالطية، مع التركيز بشكل خاص على السلالات من الهند. تم تحليل 24 عزلة من البشر والحيوانات من خلال اختبار حساسية المضادات الحيوية وتسلسل الجينوم الكامل. أظهرت النتائج معدلات مقاومة بنسبة 20.80% للدوكسي سيكلين، و16.67% للسيبروفلوكساسين، و4.17% للكوتريموكسازول، و16.67% للريفامبيسين. ومن الجدير بالذكر أنه…
-
الكشف الجزيئي بواسطة تضخيم الدائرة الدوارة مقترنًا بالتسلسل العميق للعدوى المختلطة بواسطة فيروس الورم الحليمي البقري 2 و4 في سرطان الغشاء المخاطي للمريء البقري
2024 | المؤلف: Bruna Fonseca Matias وآخرون | المجلة: Viruses | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)في هذه الدراسة، قام المؤلفون بالتحقيق في وجود أنواع فيروس الورم الحليمي البقري (BPV) المرتبطة بالآفات التكاثرية في القناة الهضمية العليا لثور، باستخدام تقنية تضخيم الدائرة المتدحرجة (RCA) تليها التسلسل عالي الإنتاجية (HTS). ركز البحث على آفتين مريئيتين مفرطتين، مستخدمين تفاعل البوليميراز المتسلسل مع أزواج من البرايمرات المتغيرة وRCA لتحليل السلالات الفيروسية. كشفت النتائج عن…
-
الاعتماديات الأيضية في المجتمعات الحرارية تكشف باستخدام شبكات التواجد المشترك والتكامل
2024 | المؤلف: Xi Peng وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يستكشف المؤلفون التفاعلات المعقدة داخل المجتمعات الميكروبية، مع التركيز على الاعتماديات الأيضية التي تدفع هذه العلاقات. يقدمون سير عمل جديد يعتمد على نظرية المصفوفات العشوائية لتحليل الجينومات المجمعة من الميتاجينوم، مما يمكّن من بناء شبكات التواجد المشترك والتكامل الأيضي. تم تطبيق هذه المنهجية على ينابيع ساخنة ذات تدرج حراري، مما يكشف أنه…
-
مراجعة لمقاييس تقييم النماذج لتعلم الآلة في علم الوراثة والجينوميات
2024 | المؤلف: Catriona Miller وآخرون | المجلة: Frontiers in Bioinformatics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على تطبيق التعلم الآلي (ML) في علم الوراثة والجينوميات، مع التأكيد على إمكانيته في تعزيز فهم مخاطر الأمراض، وعلم الأمراض المرتبطة بالاضطرابات الوراثية، وتوقع الصحة بشكل عام. ومع ذلك، فإنه يبرز أيضًا ضرورة الحذر بشأن التحيزات والزيادة المحتملة في النتائج، والتي يمكن أن تؤدي إلى عواقب ضارة. يجادل المؤلفون بأن…
-
العزلة الجينية والاجتماعية الطويلة في إنسان النياندرتال قبل انقراضهم
2024 | المؤلف: Ludovic Slimak وآخرون | المجلة: Cell Genomics | المجال: الأنثروبولوجيا (Anthropology)يتناول القسم المعنون “نظرة عامة” العزلة الجينية والاجتماعية الطويلة التي تعرض لها إنسان النياندرتال قبل انقراضهم. يُعتقد أن هذه العزلة أثرت بشكل كبير على مسارهم التطوري وقدرتهم على التكيف. تسلط الأبحاث الضوء على أن التباين الجيني بين إنسان النياندرتال والبشر الحديثين، إلى جانب تدفق الجينات المحدود، ساهم في خصائصهم المميزة وفي النهاية في ضعفهم أمام…
-
التنبؤ بالأمراض باستخدام البيانات متعددة الأوميات والبيانات الحيوية يعزز الاكتشافات الجينية في دراسة الحالة–التحكم في بنك المملكة المتحدة الحيوي
2024 | المؤلف: Manik Garg وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الوراثة (Genetics)يقدم قسم “النتائج” في ورقة البحث النتائج الرئيسية المستمدة من التجارب والتحليلات التي تم إجراؤها. تشير البيانات إلى وجود علاقة كبيرة بين المتغيرات المدروسة، حيث كشفت التحليلات الإحصائية عن قيمة p أقل من 0.05، مما يشير إلى أن التأثيرات الملحوظة من غير المحتمل أن تكون بسبب الصدفة. بالإضافة إلى ذلك، تظهر النتائج أن النموذج المقترح…