الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الجينوم
-
تقييم القوة التمثيلية لنماذج اللغة المعتمدة على الحمض النووي المدربة مسبقًا في علم الجينوم التنظيمي
2025 | المؤلف: Ziqi Tang وآخرون | المجلة: Genome biology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يقدم ظهور نماذج اللغة الجينومية (gLMs) طريقة جديدة وغير خاضعة للإشراف لتعلم الأنماط التنظيمية الجينية في الجينوم غير المشفر، متجاوزًا الحاجة إلى تسميات النشاط الوظيفي من البيانات التجريبية. على الرغم من الدراسات السابقة التي تشير إلى أن نماذج gLM المدربة مسبقًا يمكن أن تعزز الأداء التنبؤي في علم الجينوم التنظيمي، فإن هذا البحث يقيم قدرتها…
-
القواعد العالمية تحكم عدد نسخ البلازميد
2025 | المؤلف: Paula Ramiro-Martínez وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الطب الجزيئي (Molecular Medicine)يتناول هذا القسم من ورقة البحث التغيرات والعوامل المحددة لعدد نسخ البلازميد (PCN) في البلازميدات البكتيرية، وهي جزيئات DNA تتكرر بشكل مستقل. من خلال استخدام بيانات تسلسل DNA واسعة النطاق، يكشف المؤلفون أن PCN يتغير بشكل كبير، حيث يغطي ما يقرب من ثلاثة أوامر من الحجم، وهو مرن تجاه التغيرات في السياق الجينومي. تسلط الدراسة…
-
تحليل شامل لفهرس الجينوم لمقاومة الجراثيم، الفيروسات، والمتحولات في ميكروبيوم أمعاء القوارض البرية
2025 | المؤلف: Kai-Meng Shang وآخرون | المجلة: npj Biofilms and Microbiomes | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة ميكروبيوم الأمعاء للقوارض البرية كمصدر مهم لجينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) وجينات عوامل الضراوة (VFGs). من خلال تحليل 12,255 جينوم بكتيري مشتق من الأمعاء، حدد الباحثون ما مجموعه 8,119 ARGs و7,626 VFGs، مع كون ARGs الأكثر شيوعًا تمنح مقاومة للإلفاميسين والمضادات الحيوية متعددة الفئات. ومن الجدير بالذكر أن عائلة Enterobacteriaceae، وخاصة Escherichia coli،…
-
توقع تطور الفيروسات يحدد الأجسام المضادة المحايدة بشكل واسع تجاه متغيرات SARS-CoV-2 الحالية والمحتملة
2025 | المؤلف: Fanchong Jian وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: الأمراض المعدية (Infectious Diseases)تناقش هذه القسم تقدم العلاجات القائمة على الأجسام المضادة من الجيل التالي التي تهدف إلى مكافحة SARS-CoV-2، الفيروس المسؤول عن COVID-19، بالإضافة إلى معالجة مسببات الأمراض المحتملة في المستقبل. تؤكد الأبحاث على أهمية تطوير علاجات مبتكرة بالأجسام المضادة يمكن أن توفر استجابات فعالة للتهديدات الفيروسية الناشئة. من خلال التركيز على تصميم وتحسين هذه التدابير المضادة،…
-
إنزيمات تخليق الكانابينويد المستأنسة وسط بانجينوم القنب البري
2025 | المؤلف: Ryan Lynch وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تقدم البحث تحليلًا شاملاً لجينوم القنب، باستخدام 181 جينومًا تم تسلسلها حديثًا و12 جينومًا تم إصدارها سابقًا من 144 عينة بيولوجية من القنب ساتيفا، تشمل كل من النباتات الذكرية (XY) والأنثوية (XX). يكشف الدراسة عن تنوع جيني وبنائي كبير داخل جينوم القنب، مما يتحدى فكرة التجانس داخل النوع. ومن الجدير بالذكر أن التحليل يحدد حدودًا…
-
الحفاظ على العناصر التنظيمية ذات التسلسلات المتباينة بشكل كبير عبر مسافات تطورية كبيرة
2025 | المؤلف: Mai H.Q. Phan وآخرون | المجلة: Nature Genetics | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تدرس الدراسة الحفاظ على العناصر التنظيمية cis (CREs) خلال التطور الجنيني، مع التركيز على قلوب الفئران والدجاج. على الرغم من الحفاظ الملحوظ على تعبير الجينات النمائية، وجد الباحثون أن معظم CREs تفتقر إلى الحفاظ على التسلسل، خاصة على مسافات تطورية أكبر. لمعالجة ذلك، طوروا خوارزمية تعتمد على التماثل تسمى إسقاط النقاط بين الأنواع، والتي تحدد…
-
تصميم البروتين الموجه بالتطور لـ IscB من أجل تحرير الجينوم المستمر في الجسم الحي
2025 | المؤلف: Soumya Kannan وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تشير الأبحاث إلى أن الطفرات النقطية تؤثر عادةً على قوة ارتباط البروتينات بالحمض النووي، ومع ذلك لا تغير بشكل كبير من الارتباط التفاضلي بين تسلسلات الحمض النووي المستهدفة وغير المستهدفة. تشير هذه النتيجة إلى أنه بينما يمكن أن تؤثر الطفرات على قوة تفاعلات الارتباط، فإن خصوصية الارتباط تظل مستقرة نسبيًا. هذه الرؤى ضرورية لفهم آليات…
-
الأصل العميق لليوكاريوتي خارج Heimdallarchaeia ضمن Asgardarchaeota
2025 | المؤلف: Jiawei Zhang وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول قسم النقاش في الورقة الأصول التطورية للكائنات حقيقية النواة، مع التركيز على مكانتها ضمن Asgardarchaeota بدلاً من Heimdallarchaeia. يقدم المؤلفون بيانات جينومية جديدة، بما في ذلك 223 جينوم تم تجميعه من الميتاجينوم، والتي تكشف عن 16 سلالة غير معروفة سابقًا ضمن الأركيا Asgard. تشير التحليلات النشوء الجيني إلى أن الكائنات حقيقية النواة تباينت قبل…
-
بناء مكتبات CRISPR متعددة الأهداف في الطماطم للتغلب على التكرار الوظيفي على مستوى الجينوم
2025 | المؤلف: Amichai Berman وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول هذا القسم قيود طرق الطفرات التقليدية في برامج التربية وفحص الطفرات، لا سيما فيما يتعلق بالتكرار الجيني وعدم القدرة على استهداف جينات معينة. بينما تقدم تقنية CRISPR-Cas9 تحريرًا دقيقًا للجينات، واجهت تطبيقاتها في تحسين المحاصيل تحديات في قابلية التوسع. تتناول هذه الدراسة هذه القضايا من خلال تطوير مكتبات CRISPR متعددة الأهداف على مستوى الجينوم…
-
الجينوميات الميتوكوندرية الشاملة لفاسيولا جيجانتكا من السودان: رؤى حول التنوع الجيني، الديناميات التطورية، وتكيف المضيف
2025 | المؤلف: Bashir Salim وآخرون | المجلة: Frontiers in Veterinary Science | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تدرس هذه الدراسة الجينومات الميتوكوندرية الكاملة لـ *Fasciola gigantica* من الأبقار والأغنام والماعز في السودان، بهدف توضيح التنوع الجيني، الديناميات التطورية، وتكيفات العائل. باستخدام تقنية إيلومينا ميسيك عالية الإنتاجية، قام الباحثون بتسلسل الجينومات بمتوسط 14,483 زوج قاعدي، متجاوزة قليلاً طول الجينوم المرجعي البالغ 14,478 زوج قاعدي. كشفت التحليلات عن تباينات جينية ملحوظة، بما في ذلك…