الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الجينوم
-
TIRTL-seq: تسلسل مجموعة TCR المقترنة العميقة والكمية والميسورة التكلفة
2025 | المؤلف: Mikhail V. Pogorelyy وآخرون | المجلة: Nature Methods | المجال: علم المناعة (Immunology)تناقش هذه الفقرة تطوير منهجية جديدة لتسلسل مجموعة مستقبلات الخلايا التائية (TCR) المزدوجة، والتي تُسمى تسلسل مكتبة TCR السريع الكثيف الإنتاج (TIRTL-seq). تجمع هذه الطريقة بين مزايا تسلسل TCR الجماعي، الذي يعد فعالاً من حيث التكلفة ولكنه يفتقر إلى معلومات اقتران السلاسل، مع تسلسل الخلايا المفردة، الذي يوفر بيانات مزدوجة ولكنه محدود في الإنتاجية ومكلف.…
-
الوبائيات الجزيئية لبكتيريا بروسيلا أبورتوس في شاندونغ، الصين: رؤى عالية الدقة من تحليل MLVA-16 وتحليل SNP للنواة الجينية
2025 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Frontiers in Microbiology | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تبحث ورقة البحث في علم الأوبئة الجزيئي لـ *Brucella abortus* في مقاطعة شاندونغ، الصين، بعد تحديد سلالات في عينات سريرية بشرية. تم تصنيف اثني عشر سلالة معزولة من مرضى بشريين منذ عام 2021 باستخدام تصنيف بيولوجي تقليدي، وتحليل تكرار متغير عدد المواقع المتعددة (MLVA)، وتحليل SNP للنواة (cgSNP). أشارت النتائج إلى أن معظم الإصابات حدثت…
-
الجينوم المرجعي لخط الخلايا البشرية ثنائية الصيغة الصبغية RPE-1
2025 | المؤلف: Emilia Volpe وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)لقد مكنت التقدمات الأخيرة في تقنيات التسلسل من تجميع الجينومات من الطرف إلى الطرف (T2T)، كما يتضح من جينوم T2T CHM13، الذي يوفر تمثيلًا شاملاً للجينوم البشري. ومع ذلك، فإن تطبيقه في التجارب الوظيفية مقيد بسبب التباينات مع جينومات أنظمة بيولوجية محددة. لمعالجة هذه القيود، يقدم المؤلفون RPE1v1.1، وهو تجميع جينوم ثنائي الصيغة الصبغية شبه…
-
تغييرات جينية وتعبيرية للخلايا الفردية في دماغ الإنسان المتقدم في العمر
2025 | المؤلف: Ailsa M. Jeffries وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول هذا القسم من ورقة البحث تأثير الشيخوخة على الدماغ البشري، مع التركيز بشكل خاص على القشرة الجبهية (PFC). باستخدام تقنيات متقدمة مثل تسلسل RNA أحادي النواة (snRNA-seq)، وتسلسل الجينوم الكامل للخلايا الفردية (scWGS)، والترانسكريبتوميات المكانية، تحدد الدراسة تغييرات كبيرة في التعبير الجيني والوراثي على مدار حياة الإنسان، من الطفولة إلى المعمرين. تشمل النتائج الرئيسية…
-
تكشف الميتوجينوميات المقارنة عن المحركات التطورية للديدان الخيطية من نوع Strongyloidea التي تعيش في الجهاز الهضمي
2025 | المؤلف: Junyan Li وآخرون | المجلة: BMC Genomics | المجال: الحيوانات الصغيرة (Small Animals)تبحث الدراسة في الجينوم الميتوكوندري للسوبر عائلة سترونجيلايد، وهي مجموعة هامة من الطفيليات المعوية التي تؤثر على المجترات والماشية. هذه الدراسة هي الأولى من نوعها التي تعيد بناء النشوء والتطور للسترونجيلايد وتفحص ديناميات الاختيار الخاصة بالموائل عبر موائل معوية مختلفة، وهي الكرش، الأمعاء الدقيقة، والأمعاء الغليظة. تكشف النتائج عن تجمعات نشوء قوية بين الأنواع، تتميز…
-
نظام Systema: إطار لتقييم توقع استجابة الاضطراب الجيني بما يتجاوز التباين المنهجي
2025 | المؤلف: Ramón Viñas وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في مجال الجينوميات الوظيفية، يمثل التنبؤ بالاستجابات النسخية للت perturbations الجينية تحديات كبيرة. يبرز هذا البحث أن الطرق الحالية غالبًا ما تفشل في التعميم خارج التغيرات النظامية – على وجه التحديد، الاختلافات النسخية بين الخلايا المتأثرة والخلايا الضابطة التي تنشأ من تحيزات الاختيار أو العوامل المربكة. يقوم المؤلفون بتحديد هذا التباين عبر عشرة مجموعات بيانات،…
-
البكتيريا المهندسة تطلق وتتحكم في فيروس مضاد للسرطان
2025 | المؤلف: Zakary S. Singer وآخرون | المجلة: Nature Biomedical Engineering | المجال: التقنية الحيوية (Biotechnology)في هذا القسم، يصف المؤلفون ظروف الصيانة والثقافة لخطوط خلايا ثدييات مختلفة، بما في ذلك HeLa (CRL-1958)، 4T1 (CRL-2539)، B16 (CRL-6475)، HCT116 (CRL-247)، N1E-115 (CRL-2263)، H446 (HTB-171)، و MC38 من Kerafast (ENH204-FP). تم زراعة جميع خطوط الخلايا في وسط RPMI معزز بـ 10% مصل جنيني بقري (FBS) و 1× MEM أحماض أمينية غير أساسية (NEAA)…
-
الجينات المقاومة للمضادات الحيوية في التربة العالمية مرتبطة بزيادة المخاطر والترابط مع مقاومة البشر
2025 | المؤلف: Yuxiang Zhao وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التلوث (Pollution)تسلط هذه القسم من ورقة البحث الضوء على الدور الحاسم للتربة كمستودع لجينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) وتأثيراتها على صحة الإنسان ضمن إطار الصحة الواحدة. تحلل الدراسة مجموعة بيانات كبيرة تتكون من 3,965 عينة ميتاجينومية من موائل مختلفة، بما في ذلك التربة والبراز والمياه العادمة، إلى جانب 8,388 جينوم لعزلات *Escherichia coli*. تشير النتائج إلى…
-
تسلسل طويل القراءة مع تحديد الجينوم يوسع التنوع الميكروبي المعروف عبر المواطن الأرضية
2025 | المؤلف: Mantas Sereika وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تسلط الأبحاث الضوء على التقدمات الكبيرة التي جعلها تسلسل الحمض النووي طويل القراءة وعالي الإنتاجية ممكنة في استعادة الجينومات الميكروبية من عينات بيئية معقدة. من خلال تسلسل نانوبور العميق وطويل القراءة لـ 154 عينة من التربة والرواسب من مشروع Microflora Danica، نجح المؤلفون في تحديد جينومات من 15,314 نوعًا ميكروبيًا لم يتم وصفه سابقًا. استخدمت…
-
أستار: حزمة لإعادة بناء النشوء والتطور على نطاق واسع
2025 | المؤلف: Chao Zhang وآخرون | المجلة: Molecular Biology and Evolution | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على تطوير حزمة شاملة تُدعى ASTER، والتي تدمج طرقًا مختلفة مشابهة لـ ASTRAL لاستنتاج شجرة الأنواع تأخذ في الاعتبار عدم توافق شجرة الجينات. تشمل حزمة ASTER عدة أدوات متخصصة مصممة لأنواع مختلفة من بيانات الإدخال: ASTRAL لتوبولوجيات شجرة الجينات ذات النسخة الواحدة، ASTRAL الموزونة (wASTRAL) لشجرات الجينات ذات النسخة الواحدة…