الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الروابط
-
التكيف المثالي في استشعار التدرجات في حقيقيات النوى باستخدام الربط التعاوني الألوستيري
2026 | المؤلف: Zhenyun Du وآخرون | المجلة: Physical review. E | المجال: النمذجة والمحاكاة (Modeling and Simulation)في هذا القسم، يناقش المؤلفون نموذجًا لاستشعار التدرجات في الخلايا حقيقية النواة، مع التأكيد على دور ارتباط المستقبلات بالليغاند في الكيمياء الحيوية. يقدمون عاملًا ألوستيريًا يرتبط بالجانب السيتوزولي لمستقبلات الغشاء، مما يعزز من تقارب تفاعلات المستقبلات والليغاند. يسمح هذا الآلية للخلايا بالتكيف مع تركيزات الليغاند المتغيرة عن طريق تعديل توفر العامل الألوستيري للحفاظ على نسبة…
-
إعادة تشكيل ألوستيري وطاقة لمجال PDZ بواسطة امتدادات مجالات البروتين
2026 | المؤلف: Cristina Hidalgo-Carcedo وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذه الدراسة، يبحث المؤلفون في دور المجالات الهيكلية في البروتينات، مع التركيز على كيفية تأثير الإضافات لهذه المجالات على تنظيمها وقابليتها للتطور. من خلال تحليل أكثر من 190,000 نوع بروتين، يقيسون التغيرات في الطاقة الحرة المرتبطة بالطفرات في مجال PDZ ويفحصون حوالي 7,000 ارتباطات طاقية بين هذه الطفرات وإضافتين محددتين للمجال. تكشف النتائج أن…
-
بروتوكول عام من خطوة واحدة لإنشاء ركيزات هالو تاج الفلورية غير القابلة للاختراق لتطبيقات الخلايا الحية في الموقع وتصوير الفائق الدقة
2026 | المؤلف: Kilian Roßmann وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الفيزياء الحيوية (Biophysics)في هذا القسم، يقدم المؤلفون طريقة جديدة لتصور البروتينات من خلال دمج بروتين HaloTag (HTP) وراثيًا في البروتين المستهدف، تليها تطبيق صبغة مرتبطة بـ HaloTag Ligand (HTL). تسهل هذه التقنية استخدام الفلوروفورات المصممة لطرق بصرية محددة أو صبغات غير قابلة للاختراق للخلايا لتوسيم انتقائي لبروتينات سطح الخلية. ومع ذلك، تظهر تحديات حيث أن العديد من…
-
تنظم جينات ERECTA والليغاندات الخاصة بها بنية الساق والزهور في الذرة
2026 | المؤلف: Xiao Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علوم النبات (Plant Science)في هذا القسم، يحقق المؤلفون في دور كينازات شبيهة المستقبلات ZmERECTA1 (ZmER1)، ZmER2، وZmER1-like (ZmERL) في نشاط الميرستيم في الذرة وهندسة النبات، خاصة فيما يتعلق بالصفات المرتبطة بالعائد. يتم تنظيم هذه الكينازات بواسطة عوامل ربط شبيهة بعوامل نمط البشرة (ZmEPFL) ضمن مسار الإشارة CLAVATA-WUSCHEL (CLV-WUS). تكشف الدراسة أن مستقبلات ZmER تعمل بشكل متكرر، حيث يعد…
-
التحقيق فيما إذا كانت نماذج التعلم العميق للتجميع المشترك تتعلم فيزياء تفاعلات البروتين-الليغاند
2025 | المؤلف: Matthew R. Masters وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدمات الأخيرة في توقع هيكل البروتينات والليغاندات المعتمدة على التعلم العميق، مع تسليط الضوء بشكل خاص على نماذج الطي المشترك مثل AlphaFold 3 (AF3) وRoseTTAFold All-Atom (RFAA). لقد أظهرت هذه النماذج تحسينات كبيرة في توقع هياكل البروتينات التي تتفاعل مع مختلف الجزيئات الحيوية، محققة دقة عالية من خلال الاستفادة…
-
تثبيط إنزيمات الببتيديل أرجينين ديميناز (PAD1-4) من خلال استهداف موقع ارتباط ألوستيري يعتمد على Ca2+
2025 | المؤلف: Leslie Dakin وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)إن إنزيمات دياميناز الأرجينين الببتيدية (PAD1-4) هي إنزيمات تعتمد على الكالسيوم تسهل تحويل بقايا الأرجينين إلى سيترولين من خلال عملية تعرف باسم السيترولين، والتي ترتبط بمختلف الأمراض، بما في ذلك التهاب المفاصل الروماتويدي والاضطرابات التنكسية العصبية. بينما تم تطوير مثبطات انتقائية لـ PAD4، لا تزال المثبطات الأوسع لعائلة PAD بأكملها نادرة، ومحدودة أساسًا على نظائر…
-
GōMartini 3: من التغيرات الشكلية الكبيرة في البروتينات إلى تصحيحات التحيز البيئي
2025 | المؤلف: Paulo C. T. Souza وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم في النمذجة ذات الحبيبات الخشنة، مع التركيز بشكل خاص على نموذج GōMartini المحسن، الذي يدمج تنفيذ المواقع الافتراضية لنموذج Gō مع إطار عمل Martini 3. يهدف هذا النموذج إلى تحسين الكفاءة الحسابية مع تمثيل ديناميات البروتين بدقة عبر سياقات بيولوجية متنوعة. يبرز البحث الاختبارات الواسعة التي أجرتها المجتمع…
-
توصيل الأدوية المستهدفة الألستيرية لزيادة اختراق حاجز الدم في الدماغ من خلال تقليد تفاعلات المجال عبر الغشاء
2025 | المؤلف: Kaicheng Tang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة القيود الحالية في استراتيجيات الاستهداف النشط لتوصيل الأدوية عبر الحاجز الدموي الدماغي (BBB)، والتي تعتمد بشكل أساسي على تفاعلات اللقاح مع المواقع الأورثوستيرية لمستقبلات معينة. تعيق هذه الاستراتيجيات عوامل مرضية تؤثر على فعالية المستقبلات. يقترح المؤلفون نهجًا مبتكرًا لتوصيل الأدوية المستهدفة عن طريق الألستريك، يركز على المجالات العابرة للغشاء لمستقبلات BBB الكلاسيكية،…
-
تحديد في السيليكو لمركبات جديدة تستهدف بروتين FKBP5 البشري المرتبط بالتوتر في الاضطرابات النفسية
2025 | المؤلف: Ovinuchi Ejiohuo وآخرون | المجلة: PLoS ONE | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تبحث الدراسة في تفاعلات مختلف الروابط مع بروتين FK506 المرتبط بـ 51 (FKBP51 أو FKBP5)، وهو منظم رئيسي للتوتر مرتبط بالاضطرابات النفسية. تستخدم الدراسة تقنية الربط الجزيئي لتقييم الروابط مثل الراباميسين، التاكروليموس، والكركم، حيث تم تحديد الروسوجينين والنيوروسوجينين كأفضل المرشحين بسبب قدرتهم على عبور حاجز الدماغ والدم وإظهار امتصاص معوي عالي. تصنف توقعات السمية هذه…
-
تغير فعالية الربط مجموعة التكوين لمستقبل نووي بين حالات نشطة نسخياً وكابحة
2025 | المؤلف: Brian S. MacTavish وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تعتبر المستقبلات النووية (NRs) عوامل نسخ تقوم بتعديل التعبير الجيني استجابةً لارتباط الليغاند، حيث تنتقل بين حالات نشطة وكابحة. تركز هذه الدراسة على مستقبل البيروكسيسوم المنشط لمستقبلات الجاما (PPARγ) وتقدم سلسلة من الليغاندات التي تمتد من العكسية (الكبح) إلى الفعالية (التفعيل). من الجدير بالذكر أن التعديلات الهيكلية الطفيفة في هذه المركبات يمكن أن تغير نشاطها…