الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الروابط
-
التحقيق فيما إذا كانت نماذج التعلم العميق للتجميع المشترك تتعلم فيزياء تفاعلات البروتين-الليغاند
2025 | المؤلف: Matthew R. Masters وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدمات الأخيرة في توقع هيكل البروتينات والليغاندات المعتمدة على التعلم العميق، مع تسليط الضوء بشكل خاص على نماذج الطي المشترك مثل AlphaFold 3 (AF3) وRoseTTAFold All-Atom (RFAA). لقد أظهرت هذه النماذج تحسينات كبيرة في توقع هياكل البروتينات التي تتفاعل مع مختلف الجزيئات الحيوية، محققة دقة عالية من خلال الاستفادة…
-
تثبيط إنزيمات الببتيديل أرجينين ديميناز (PAD1-4) من خلال استهداف موقع ارتباط ألوستيري يعتمد على Ca2+
2025 | المؤلف: Leslie Dakin وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم المناعة (Immunology)إن إنزيمات دياميناز الأرجينين الببتيدية (PAD1-4) هي إنزيمات تعتمد على الكالسيوم تسهل تحويل بقايا الأرجينين إلى سيترولين من خلال عملية تعرف باسم السيترولين، والتي ترتبط بمختلف الأمراض، بما في ذلك التهاب المفاصل الروماتويدي والاضطرابات التنكسية العصبية. بينما تم تطوير مثبطات انتقائية لـ PAD4، لا تزال المثبطات الأوسع لعائلة PAD بأكملها نادرة، ومحدودة أساسًا على نظائر…
-
GōMartini 3: من التغيرات الشكلية الكبيرة في البروتينات إلى تصحيحات التحيز البيئي
2025 | المؤلف: Paulo C. T. Souza وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)تقدم هذه القسم نظرة عامة على التقدم في النمذجة ذات الحبيبات الخشنة، مع التركيز بشكل خاص على نموذج GōMartini المحسن، الذي يدمج تنفيذ المواقع الافتراضية لنموذج Gō مع إطار عمل Martini 3. يهدف هذا النموذج إلى تحسين الكفاءة الحسابية مع تمثيل ديناميات البروتين بدقة عبر سياقات بيولوجية متنوعة. يبرز البحث الاختبارات الواسعة التي أجرتها المجتمع…
-
توصيل الأدوية المستهدفة الألستيرية لزيادة اختراق حاجز الدم في الدماغ من خلال تقليد تفاعلات المجال عبر الغشاء
2025 | المؤلف: Kaicheng Tang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تناقش هذه الفقرة القيود الحالية في استراتيجيات الاستهداف النشط لتوصيل الأدوية عبر الحاجز الدموي الدماغي (BBB)، والتي تعتمد بشكل أساسي على تفاعلات اللقاح مع المواقع الأورثوستيرية لمستقبلات معينة. تعيق هذه الاستراتيجيات عوامل مرضية تؤثر على فعالية المستقبلات. يقترح المؤلفون نهجًا مبتكرًا لتوصيل الأدوية المستهدفة عن طريق الألستريك، يركز على المجالات العابرة للغشاء لمستقبلات BBB الكلاسيكية،…
-
تحديد في السيليكو لمركبات جديدة تستهدف بروتين FKBP5 البشري المرتبط بالتوتر في الاضطرابات النفسية
2025 | المؤلف: Ovinuchi Ejiohuo وآخرون | المجلة: PLoS ONE | المجال: علم العقاقير (Pharmacology)تبحث الدراسة في تفاعلات مختلف الروابط مع بروتين FK506 المرتبط بـ 51 (FKBP51 أو FKBP5)، وهو منظم رئيسي للتوتر مرتبط بالاضطرابات النفسية. تستخدم الدراسة تقنية الربط الجزيئي لتقييم الروابط مثل الراباميسين، التاكروليموس، والكركم، حيث تم تحديد الروسوجينين والنيوروسوجينين كأفضل المرشحين بسبب قدرتهم على عبور حاجز الدماغ والدم وإظهار امتصاص معوي عالي. تصنف توقعات السمية هذه…
-
تسريع اكتشاف الروابط الحيوية النشطة باستخدام نماذج توليدية مستندة إلى الفارماكوفور
2025 | المؤلف: Weixin Xie وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)تناقش هذه القسم تطوير TransPharmer، وهو نموذج مبتكر للتوليد العميق يهدف إلى تعزيز اكتشاف الأدوية من خلال توليد مركبات جديدة هيكليًا. على عكس النماذج التقليدية التي غالبًا ما تنتج مركبات ذات تنوع هيكلي محدود، يدمج TransPharmer بصمات الفارماكوفور المعتمدة على الروابط ضمن إطار عمل المحولات المدربة مسبقًا (GPT). يتفوق هذا النموذج في تعلم توزيع غير…
-
تغير فعالية الربط مجموعة التكوين لمستقبل نووي بين حالات نشطة نسخياً وكابحة
2025 | المؤلف: Brian S. MacTavish وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تعتبر المستقبلات النووية (NRs) عوامل نسخ تقوم بتعديل التعبير الجيني استجابةً لارتباط الليغاند، حيث تنتقل بين حالات نشطة وكابحة. تركز هذه الدراسة على مستقبل البيروكسيسوم المنشط لمستقبلات الجاما (PPARγ) وتقدم سلسلة من الليغاندات التي تمتد من العكسية (الكبح) إلى الفعالية (التفعيل). من الجدير بالذكر أن التعديلات الهيكلية الطفيفة في هذه المركبات يمكن أن تغير نشاطها…
-
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية
2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
-
هياكل TGF-β مع بيتاجلايكان ومستقبلات الإشارة تكشف آليات التجميع المعقد والإشارة
2025 | المؤلف: Łukasz Wieteska وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يستكشف المؤلفون التفاعلات الهيكلية بين TGF-β و BG ZP-C، كاشفين عن مواقع الربط الحرجة وطبيعة هذه التفاعلات. تشير البنية البلورية لمركب mmTGF-β2:BG ZP-C إلى أن مجال BG ZP-C يرتبط بالسطح الداخلي لأصابع TGF-β2، مع مشاركة بقايا محفوظة مثل I92 و K97 و E99، والتي تعتبر ضرورية للربط. ومن الجدير بالذكر أن التفاعلات…
-
فوائد التوازن بين الليغاندات المستمدة من الميكروبيوتا والمضيف لمستقبل الهيدروكربون العطري بعد السكتة الدماغية في الفئران الذكور المسنّة
2025 | المؤلف: Pedram Peesh وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الطب النفسي البيولوجي (Biological Psychiatry)تؤكد الأبحاث الحديثة على الدور المهم للميكروغليا (MG) وتفاعلاتها مع الميكروبيوم المعوي في التوسط في الالتهاب العصبي بعد السكتة الدماغية. تبحث الدراسة في كيفية تأثير اختلال التوازن الناتج عن السكتة الدماغية على توازن الروابط المستقبلية للهيدروكربونات العطرية (AHR)، مشيرة بشكل خاص إلى انخفاض في الروابط المستندة إلى الإندول المشتقة من الميكروبات وزيادة في الروابط المستندة…