الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الروابط
-
تحقيق واسع النطاق في بيانات ديناميات الجزيئات لمستقبلات البروتينات الغشائية GPCR يكشف عن مواقع ألوستيرية وبوابات جانبية
2025 | المؤلف: David Aranda-García وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يصف المؤلفون المنهجية المستخدمة للتحقيق في إدخالات الدهون في مستقبلات البروتين G المرتبطة (GPCRs) من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية الشاملة (MD). قاموا بتحليل مجموعة بيانات تتكون من 190 هيكلًا محاكى، وحددوا 49 إدخالًا للدهون تتوافق مع تلك التي لوحظت في الهياكل المحلولة تجريبيًا. ومن الجدير بالذكر أن 46 من هذه الإدخالات تم…
-
هياكل TGF-β مع بيتاجلايكان ومستقبلات الإشارة تكشف آليات التجميع المعقد والإشارة
2025 | المؤلف: Łukasz Wieteska وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)في هذا القسم، يستكشف المؤلفون التفاعلات الهيكلية بين TGF-β و BG ZP-C، كاشفين عن مواقع الربط الحرجة وطبيعة هذه التفاعلات. تشير البنية البلورية لمركب mmTGF-β2:BG ZP-C إلى أن مجال BG ZP-C يرتبط بالسطح الداخلي لأصابع TGF-β2، مع مشاركة بقايا محفوظة مثل I92 و K97 و E99، والتي تعتبر ضرورية للربط. ومن الجدير بالذكر أن التفاعلات…
-
فوائد التوازن بين الليغاندات المستمدة من الميكروبيوتا والمضيف لمستقبل الهيدروكربون العطري بعد السكتة الدماغية في الفئران الذكور المسنّة
2025 | المؤلف: Pedram Peesh وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: الطب النفسي البيولوجي (Biological Psychiatry)تؤكد الأبحاث الحديثة على الدور المهم للميكروغليا (MG) وتفاعلاتها مع الميكروبيوم المعوي في التوسط في الالتهاب العصبي بعد السكتة الدماغية. تبحث الدراسة في كيفية تأثير اختلال التوازن الناتج عن السكتة الدماغية على توازن الروابط المستقبلية للهيدروكربونات العطرية (AHR)، مشيرة بشكل خاص إلى انخفاض في الروابط المستندة إلى الإندول المشتقة من الميكروبات وزيادة في الروابط المستندة…
-
الأساس الهيكلي لتنشيط معتمد على اللجند لمجمع AHR-ARNT الهتروثنائي
2025 | المؤلف: Xiaotong Diao وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)مستقبل الهيدروكربون العطري (AHR) هو مستقبل داخلي حيوي يكتشف مجموعة متنوعة من الروابط الجزيئية الصغيرة، بما في ذلك الملوثات البيئية والمركبات الذاتية. عند ارتباط الرابط، ينتقل AHR إلى النواة، حيث يشكل معقدًا نشطًا نسخيًا مع ناقل مستقبل الهيدروكربون العطري النووي (ARNT). يبدأ هذا المعقد برامج التعبير الجيني المتعلقة بإزالة السموم الخلوية والاستجابات المناعية. تبحث الدراسة…
-
البروتينات المصممة لتحفيز الإندوسيتوز تفكك الأهداف وتضخم الإشارات
2024 | المؤلف: Buwei Huang وآخرون | المجلة: Nature | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تتناول الأبحاث تطوير بروتينات مصممة من جديد، تُسمى EndoTags، التي تسهل عملية الإندوسيتوز المستهدفة لمستقبلات معينة، مما يتجاوز القيود المرتبطة بالطرق التقليدية المعتمدة على الأجسام المضادة. من خلال اختيار مستقبلات ذات ملفات تعبير نسيجي مميزة—مثل IGF2R، ASGPR، TfR، وsortilin—تهدف الدراسة إلى تحقيق تحكم محدد نسيجياً في الإندوسيتوز. يسمح نهج EndoTag باستهداف مواقع المستقبلات التي لا…
-
منصة فحص افتراضية معززة بالذكاء الاصطناعي لاكتشاف الأدوية
2024 | المؤلف: Guangfeng Zhou وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: النظرية الحسابية والرياضيات (Computational Theory and Mathematics)يقدم القسم نظرة عامة على طريقة جديدة تعتمد على الهيكل لفحص المركبات الافتراضية، RosettaVS، التي تم تطويرها لتعزيز دقة التنبؤ بوضعيات الربط وقوى الارتباط في اكتشاف الأدوية المبكر. تعالج هذه الطريقة قيود الأساليب الحالية من خلال نمذجة مرونة المستقبل بشكل فعال، مما يساهم في أدائها المتفوق على معايير مختلفة. يقدم المؤلفون منصة مفتوحة المصدر تستفيد…
-
إنزيم نانو أحادي الذرة مزدوج الموقع يحاكي أكسيد اليورات مع خصوصية عالية للركائز
2024 | المؤلف: Kaiyuan Wang وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: كيمياء المواد (Materials Chemistry)في هذا القسم، يناقش المؤلفون تطور وإمكانات الأكسيدات المستقلة عن الإنزيم المساعد والنانوإنزيمات ذات الذرة الواحدة (SAzymes) في التحفيز الانتقائي. يقدمون إنزيمًا جديدًا مزدوج الموقع للمعادن والروابط، يسمى Ni-DAB، والذي يظهر انتقائية في أكسدة حمض اليوريك (UA). يحاكي Ni-DAB آلية التحفيز المزدوجة لمؤكسد اليورات، مستخدمًا مركز معدن النيكل وذرة كربون في الرابط كمواقع ربط محددة…
-
درجة الحرارة الفسيولوجية تحرك التعرف على ligand TRPM4 وفتح القنوات
2024 | المؤلف: Jinhong Hu وآخرون | المجلة: Nature | المجال: الأنظمة الحسية (Sensory Systems)يتناول هذا القسم من ورقة البحث التأثير الكبير لدرجة الحرارة على هيكل ووظيفة الجزيئات الكبيرة، مع التركيز بشكل خاص على قناة الأيونات الحساسة لدرجة الحرارة TRPM4. يبرز المؤلفون أن العديد من الدراسات الفيزيائية الحيوية تُجرى عند درجات حرارة غير فسيولوجية، مما قد يؤدي إلى استنتاجات مضللة بشأن الآليات الجزيئية والتفاعلات الدوائية. من خلال المجهر الإلكتروني…
-
إنزيمات RNase T2 وPLD في الحويصلات اللمفاوية تولد بشكل تعاوني جزيئات RNA لتفعيل TLR7
2024 | المؤلف: Marleen Bérouti وآخرون | المجلة: Immunity | المجال: علم المناعة (Immunology)يتناول القسم دور الإكسونوكلياز في إطلاق 2′,3′-سيكلوجوانوزين أحادي الفوسفات، والذي يعد ضروريًا للتفاعل مع مستقبل TLR7 في الجيب 1. بالإضافة إلى ذلك، يتم تسليط الضوء على إنزيمات الفوسفوليباز D (PLD) كعوامل حاسمة في توليد شظايا RNA التي تتفاعل مع TLR7 في الجيب 2. يتم التأكيد على تفاعل PLDs كعملية ضرورية لمعالجة ركائز RNA بشكل فعال،…
-
RING 4.0: شبكات تفاعل بقايا أسرع مع أنواع تفاعل جديدة عبر أكثر من 35,000 هيكل كيميائي مختلف
2024 | المؤلف: Alessio Del Conte وآخرون | المجلة: Nucleic Acids Research | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)يتناول القسم التقدم في إطار شبكة تفاعل البقايا (RIN)، مع التركيز بشكل خاص على إصدار RING 4.0، وهو خادم ويب مصمم لتحليل التفاعلات غير التساهمية والتساهمية في هياكل البروتين. يقدم RING 4.0 تحسينات كبيرة، بما في ذلك تحديد سبعة أنواع من التفاعلات، مثل الروابط الهيدروجينية π، وروابط الهالوجين، ومواقع تنسيق أيونات المعادن. يستخدم البرنامج الآن…
