الأبحاث المرتبطة بالكلمة المفتاحية: الميتاجينوم
-
الجينات المقاومة للمضادات الحيوية المشفرة بواسطة البروفيج تزداد في البيئات المتأثرة بالبشر
2024 | المؤلف: Hanpeng Liao وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: علم البيئة (Ecology)تبحث الدراسة في التوزيع العالمي لجينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) التي تتوسطها الفاجات، وخاصة فيما يتعلق بتأثيرات البشر عبر موائل متنوعة. من خلال تحليل مجموعة بيانات شاملة تضم 38,605 جينوم بكتيري، و1,432 ميتاجينوم، و1,186 ميتا ترانسكريبتوم من 12 بيئة متنوعة، تكشف الدراسة عن زيادة كبيرة في وفرة وتنوع ونشاط جينات ARGs المشفرة بواسطة الفاجات في…
-
تنوع ميكروبي غير مستكشف من 2500 ميتاجينوم غذائي وروابط مع الميكروبيوم البشري
2024 | المؤلف: Niccolò Carlino وآخرون | المجلة: Cell | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)تقدم الدراسة مورد بيانات الميتاجينوم الغذائي المنسق (cFMD)، الذي يدمج 1,950 ميتاجينوم غذائي تم تسلسله حديثًا و583 ميتاجينوم غذائي متاح للجمهور، مما يؤدي إلى مجموعة بيانات شاملة تضم 10,899 جينوم تم تجميعه من الميتاجينوم. تشمل هذه المجموعة 1,036 نوعًا من الجينومات بدائية النواة و108 نوعًا من الجينومات حقيقية النواة، بما في ذلك 320 نوعًا لم…
-
مجموعة متعددة الممالك من 33,804 جينوم مرجعي للميكروبيوم المهبلي البشري
2024 | المؤلف: Liansha Huang وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)قسم “الطرق” في ورقة البحث يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة للتحقيق في سؤال البحث. استخدمت الدراسة نهجًا كميًا، متضمنة تحليلات إحصائية لتقييم البيانات المجمعة من تجارب مختلفة. شملت المنهجيات المحددة تجارب مختبرية محكومة، حيث تم التلاعب بالمتغيرات بشكل منهجي لمراقبة تأثيراتها على النتائج ذات الأهمية. شمل جمع البيانات تدابير نوعية وكمية، مما يضمن فهمًا…
-
أطلس عالمي لفيروسات التربة يكشف عن تنوع بيولوجي غير مستكشف وتأثيرات جيوكيميائية محتملة
2024 | المؤلف: Emily Graham وآخرون | المجلة: Nature Microbiology | المجال: علم البيئة (Ecology)تقدم هذه القسم نظرة عامة على أطلس الفيروسات التربة العالمي، وهو مجموعة بيانات هامة مشتقة من 2,953 ميتاجينوم للتربة، والتي تشمل 616,935 جينوم فيروس غير مزروع و38,508 وحدات تصنيف تشغيلي فيروسية فريدة (OTUs). تسلط هذه الدراسة الضوء على الدور الحاسم لفيروسات التربة في الدورات البيوجيوكيميائية العالمية، على الرغم من إهمالها التاريخي في علم البيئة الميكروبية.…
-
التسميد العضوي يختار بشكل مشترك جينات مقاومة المضادات الحيوية والمعادن (اللويد) المرتبطة جينياً في الميكروبيوم التربة العالمي
2024 | المؤلف: Ziteng Liu وآخرون | المجلة: Nature Communications | المجال: التلوث (Pollution)يتناول هذا القسم من ورقة البحث التعايش بين جينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) وجينات مقاومة المعادن (MRGs) في النظم البيئية الزراعية المخصبة بالمواد العضوية. يكشف تحليل 511 ميتاجينوم للتربة الزراعية العالمية أن التخصيب العضوي مرتبط بزيادة ثلاثة أضعاف في تنوع الكتل الحاملة لجينات ARG-MRG (AMCCs)، مع تحديد 63 نوعًا في التربة العضوية مقارنة بـ 22…
-
اكتشاف الببتيدات المضادة للميكروبات في الميكروبيوم العالمي باستخدام التعلم الآلي
2024 | المؤلف: Célio Dias Santos Júnior وآخرون | المجلة: Cell | المجال: علم الأحياء الدقيقة (Microbiology)حدد البحث 79 من أصل 100 ببتيد تم اختباره أظهر نشاطًا في المختبر، حيث استهدف 63 من هذه الببتيدات مسببات الأمراض بشكل محدد. وهذا يشير إلى إمكانات كبيرة لهذه الببتيدات في التطبيقات المضادة للميكروبات. بالإضافة إلى ذلك، تشير الدراسة إلى أن بعض الببتيدات النشطة قد تنشأ من تسلسلات أطول من خلال عملية تجزئة جينية. لتسهيل…
-
استكشاف وجود البكتيريا الفموية في مواقع غير فموية لدى مرضى الأمراض القلبية الوعائية باستخدام بيانات الميتاجينوم الكاملة
2024 | المؤلف: Aditi Chopra وآخرون | المجلة: Scientific Reports | المجال: أمراض اللثة (Periodontics)تبحث هذه الدراسة في العلاقة بين البكتيريا الفموية وأمراض القلب والأوعية الدموية (CVDs) من خلال تحليل الملفات الميكروبية من مواقع مختلفة في الجسم، بما في ذلك الأمعاء، لويحات الشرايين، والدم المزروع، في مرضى يعانون من CVDs. كشفت التصنيفات الضريبية عن 17,243 نوعًا ميكروبيًا، تم التعرف على 410 منها على أنها “فموية” من قاعدة بيانات الميكروبيوم…
-
تجميع الميتاجينوم عالي الجودة من قراءات طويلة دقيقة باستخدام metaMDBG
2024 | المؤلف: Gaëtan Benoit وآخرون | المجلة: Nature Biotechnology | المجال: علم الأحياء الجزيئي (Molecular Biology)قسم “الطرق” يوضح التصميم التجريبي والتقنيات التحليلية المستخدمة في الدراسة. يتفصل في معايير اختيار المشاركين، التدخلات المحددة التي تم إدارتها، ومدة الدراسة. تشمل المنهجية مقاييس كمية، مثل الاختبارات الإحصائية المستخدمة لتحليل البيانات، مما يضمن قوة النتائج. بالإضافة إلى ذلك، يصف القسم الأدوات والآلات المستخدمة لجمع البيانات، بما في ذلك أي استبيانات أو تقييمات. يؤكد المؤلفون…